LC-MS の代謝物追跡

薬物代謝物の追跡を行います。投与した薬物、その代謝物を自動判別させます。

4. データを取り込みます。本資料では、ACD_HOME]¥Examples¥IX¥S_AMSN1_1_MS1_ESI+.espを使用し ます。

5. WorkflowバーのAnalysisのIntelliXtract Algorithm をクリックします。IntelliXtract Optionsダイアログ ボックスが表示されます。

6. Ion Presenceタブに追跡する化合物の情報を設定します。以下の設定項目があります。

オプション 説明

Ion Presence Table

クロマトグラムをラベルするための様々な設定を行います。

No. 通し番号

Reference Mass

質量数を設定します。対応するマスクロマトグラムコンポーネントにPn(n:通 し番号)がラベルされます。

Formula

組成式を設定します。Reference Mass 項目に組成式に応じた値が自動的に反 映されます。

Mass Delta

質量数の差を設定します。Reference Massの値から設定値の差を持つマスク ロマトグラムコンポーネントにMn(n:通し番号)がラベルされます。

Ion Mode

ドロップダウンリスト（Auto (automatically detected), +H, -H, El, Cation,, Anion.）からラベルするイオンタイプを選択します。

Label ラベル名を設定します。

Mode

ラベルするモードを設定します。

Ref—リファレンス（親）ピークをラベルします。

Delta—親+Deltaに対応するピークをラベルします。

Parent—それぞれの存在を考慮せず、親、Mass Deltaともにラベルします。

tR

ピークを検出する保持時間の値を設定します。指定がない場合はデータセット 全体から検出します。

tR Window 保持時間ウィンドウを設定します。

以前に作成したラベルテーブル(.XML file)を読み込みます。

現在のラベルテーブルを.XML fileに保存します。

MDL SDfile (.SDF), molfile (.MOL), ACD Spectrum file (.ESP)を取り込むImportダイアログボ ックスを表示します。

テーブルに行を追加します。

テーブルから選択行を削除します。

テーブルの全ての行を削除します。

Use Label Descriptor Only

このチェックボックスを選択すると、Label項で指定したラベルのみがつけられます。選択さ れていない場合は、加えてM1, M2, ..., etc.がつけられます。

Overwrite Manually Created Labels

このチェックボックを選択すると、手動のラベルが自動作成されたものに置き換わります。

Overwrite Automatically Created Labels

このチェックボックスを選択すると、自動作成されたラベルが手動のラベルに置き換わりま す。

7. ここでは、用意された設定ファイルを読み込みます。 をクリックします。Open XMLダイア ログボックスが表示されます。[ACD_HOME¥Examples¥ix¥default_ion_presence.xml]を指定し、開く(O) をクリックします。

9. 続いてModificationsタブで追跡する修飾を登録します。必要に応じて追加・削除することが可能です。

次の項目があります。

オプション 説明

Table

テーブルには以下の項目があります。

Combination Number—通し番号

Modification Description—エントリされている修飾の説明 Formula—変化分の実験式

Type (modification type)—リスト（増分(+), 差分(–), 両方(+/–)）から選択します。新規に追加する場 合はデフォルトで(+)が設定されます。

Mass Delta—最大精度で自動的に質量数が計算され、mass accuracy設定に従い表示されます。

Maximum No—一致する変化体の最大数

Cross Combinations—構造への化学変化のバランスをとるため、数字、あるいは元素の違いを指定し ます。None(デフォルト設定)か、数の組み合わせ（例：+1+2–(2H), +2+3–1+(OH)) が登録出来ます。

セルをダブルクリックし編集します。

ダイアログボックス下部のボタンを使って、行の追加や削除が行えます。

現在の設定をXML Document file (.XML)に保存するSave XML ダイアログボックスを表示します。

以前に保存したXML Document file (.XML)を読み込むOpen XML ダイアログボックスを表示します。

リスト最終行に新規行を追加します。

選択した行を削除します。

10. 情報が何も登録されていなければ、 をクリックし、Open XMLダイアログボックスで、

[ACD_HOME¥Examples¥ix¥default_ion_presence.xml]を指定し、開く(O)をクリックします。

用いただけます。マスの測定モードやサンプルによって変更が必要になる場合もあります。

以下のオプションがあります。

オプション 説明

List of Parameters

IntelliXtratc/IntelliTargetのパラメータが表示されます。各パラメータは表示、非表示が切 り替えられます。クリックすると編集できます。

規定値とは異なる値が設定されている場合は強調表示になります。またそのセクション 名にアスタリスク(*)が表示されます。

Advanced チェックボックスを選択すると、全てのパラメータを確認出来ます。このチ

ェックボックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されま す。このチェックボックスを選択するとそのパラメータはAdvancedモードでのみ表示さ れるようになります。

各パラメータの説明は本資料では省略します。

Remove All Previously Calculated Mass Chromatograms

このチェックボックスを選択すると、以前にCODAやCOMPARE LCMSモードで計算さ れた結果や手動で作成された結果が削除されます。

リストを拡張し、全ての値が確認出来ます。

リストを畳んで全ての値を隠します。

選択されている値をデフォルト値に戻します。

選択されているセクションの全ての値をデフォルト値に戻します。

全てのパラメータの値をデフォルト値へ戻します。

デフォルト値はプログラムに内蔵されており、対応するボタンをクリックすると復帰できます。

IntelliXtractパラメータを保存したINI-file (.INI)ファイルを指定するBrowse File ダイア ログボックスを表示します。

IntelliXtractパラメータを保存するINI-file (.INI)ファイルを指定するBrowse File ダイア ログボックスを表示します。

Advanced

このチェックボックスを選択すると全てのパラメータが確認出来ます。このチェックボ ックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されます。この チェックボックスを選択するとそのパラメータはAdvancedモードでのみ表示されるよ うになります。

12. 設定が確認出来たら処理を実行します。 をクリックします。処理が終わったら を クリックし、ダイアログボックスを閉じます。

13. 結果が表示されます。

します。Ion Presenceに設定した化合物に一致するコンポーネントにラベルが入っています。

15. Shiftキーを押しながらさらに項目名をクリックすると複数のデータでソートできます。Shiftキーを押しな

がらModificationsをクリックします。さらに変化体と一致するコンポーネントにラベルが入っています。