ゲノム解読が行われている各生物のゲノムデータベースに対して BLAST 検索を行うことがで きます。Database で Genome (all assemblies)を選択すると全ゲノム塩基配列に対して類似配 列を検索できます。Database で RefSeq protein を選択すると、アノテーションで予測されたタ ンパク質のアミノ酸配列に対して配列の類似検索を行うことができます。
練習：ショウジョウバエの eyeless 遺伝子のヒト相同遺伝子を探してみよう １． Map Viewer の human のＢボタンを選択
２． eyeless のアミノ酸配列を枠内にコピーする ３． Database は、Genome (all assemblies)を選択 ４． Program は TBLASTN を選択
５． Begin search をクリック、ページが変わったら View report をクリック ６． アミノ酸の保存性を見てみよう
７． Genome View をクリックすると相同遺伝子の染色体上の位置が表示される
Database に RefSeq protein を選択して、検索してみよう。
>Drosophila_eyeless
MRNLPCLGTAGGSGLGGIAGKPSPTMEAVEASTASHPHSTSSYFATTYYHLTDDECHSGVNQLGGVFVGGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDI SRILQVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATAEVVSKISQYKRECPSIFAWEIRDRLLQENVCTNDNIPSVSSINRVLRNLAAQKEQ QSTGSGSSSTSAGNSISAKVSVSIGGNVSNVASGSRGTLSSSTDLMQTATPLNSSESGGASNSGEGSEQEAIYEKLRLLNTQHAAGPGPLEPAR AAPLVGQSPNHLGTRSSHPQLVHGNHQALQQHQQQSWPPRHYSGSWYPTSLSEIPISSAPNIASVTAYASGPSLAHSLSPPNDIESLASIGHQR NCPVATEDIHLKKELDGHQSDETGSGEGENSNGGASNIGNTEDDQARLILKRKLQRNRTSFTNDQIDSLEKEFERTHYPDVFARERLAGKIGLP EARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRTPNSTGASATSSSTSATASLTDSPNSLSACSSLLSGSAGGPSVSTINGLSSPSTLSTNVNAPTLGAGI DSSESPTPIPHIRPSCTSDNDNGRQSEDCRRVCSPCPLGVGGHQNTHHIQSNGHAQGHALVPAISPRLNFNSGSFGAMYSNMHHTALSMSDSYG AVTPIPSFNHSAVGPLAPPSPIPQQGDLTPSSLYPCHMTLRPPPMAPAHHHIVPGDGGRPAGVGLGSGQSANLGASCSGSGYEVLSAYALPPPP MASSSAADSSFSAASSASANVTPHHTIAQESCPSPCSSASHFGVAHSSGFSSDPISPAVSSYAHMSYNYASSANTMTPSSASGTSAHVAPGKQQ FFASCFYSPWV
次に、Drosophila ゲノムに存在する eyeless のパラログ遺伝子を探してみよう Rice (Oryza sativa)に関連遺伝子が存在するか調べてみよう
推薦図書
ゲノム関連
「ゲノム」岡崎康司/坊農秀雅監訳・メディカル・サイエンス・インターナショナル社（9,500 円）
「ゲノム研究実験ハンドブック」辻本豪三、田中利男・羊土社（6,500 円）
「大規模ゲノム解析とポストシークエンス時代の遺伝子機能解析」林崎良英監修・中山書店（3,600 円）
「比較ゲノムから読み解く生命システム」藤山秋佐夫監修・秀潤社（4,000 円）
バイオインフォマティックス関連
「バイオインフォマティックス基礎講義-一歩進んだ発想をみがくために」岡崎康司/坊農秀雅 監訳・メディ カル・サイエンス・インターナショナル社（3,900 円）
「バイオインフォマティックスがわかる」菅原秀明・羊土社（4,200 円）
「ゲノム情報はこう活かせ」岡崎康司/坊農秀雅・羊土社（4,410 円）
「即活用のためのバイオインフォマティックス入門」広川貴次/美宅成樹著・中山書店（3,500 円）
「バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」中村保一ら編集・羊土社（3,800 円）
「できるバイオインフォマティックス」広川貴次/美宅成樹著・中山書店（3,500 円）
「バイオインフォマティックス」メディカル・サイエンス・インターナショナル社（9,500 円）
「バイオリソース＆データベース活用術」秀潤社（4,600 円）
「バイオインフォマティクス事典」日本バイオインフォマティクス学会編集・共立出版（14,000 円）
ウェブサイト
研究室 home page http://www.agri.tohoku.ac.jp/bioinfor/index-j.html
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文献検索、塩基配列、ホモロジー検索、ORF finder、Map viewer 等
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
(National Center for Biotechnology Information)
塩基配列、ホモロジー検索、分子系統樹作成、シークエンス登録等
DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html (DNA Data Bank of Japan)
塩基配列、ホモロジー検索、タンパク質の構造（ドメイン・モチーフ検索等）解析
EBI http://www.ebi.ac.uk/Information/
(European Bioinformatics Institute)
ゲノム配列のデータベース
Ensembl http://www.ensembl.org/index.html
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分子系統樹作成
ClustalW http://clustalw.genome.jp/
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タンパク質・遺伝子の機能検索
オントロジー http://www.geneontology.org/
http://www.pir.uniprot.org/
ドメイン・モチーフ検索 http://www.ebi.ac.uk/Information/
シグナルペプチドの予測 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
3D 立体構造の予測、DNA の翻訳 http://ca.expasy.org/
ノックアウトマウスの表現型 http://www.informatics.jax.org/
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転写調節領域のモチーフ検索
転写因子の結合部位予測 http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCHJ.html
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代謝経路
KEGG http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
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ゲノム研究のモデル生物
マウス http://www.informatics.jax.org/
ツメガエル http://genome.jgi-psf.org/cgi-bin/runAlignment?db=frog4x1 ミドリフグフグゲノムデータベース http://www.genoscope.cns.fr/externe/tetranew/
トラフグフグゲノムデータベース http://fugu.biology.qmul.ac.uk/
トラフグフグゲノムデータベース
http://genome.jgi-psf.org/cgi-bin/runAlignment?db=fugu6&advanced=1 ゼブラフィッシュ http://zfin.org/
http://www.ensembl.org/Danio_rerio/index.html メダカ http://shigen.lab.nig.ac.jp/medaka/
http://medakagb.lab.nig.ac.jp/Oryzias_latipes/index.html ショウジョウバエ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Genome/Insects.html http://genome.med.yale.edu/lab/index.htm
線虫 http://omicspace.riken.jp/Ce/rnai/jsp/index.jsp
酵母 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=4932 http://www.fhcrc.org/science/labs/kruglyak/Data/
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cDNA, EST 情報