NIMSにおける計算材料科学研究
計算分子科学研究系
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど， 溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 全 rank（MPIプロセス）の中で、計算、MPI待ち、MPI通信の最大値（MAX）と最小値（MIN）をプロット • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が 、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 大きく ...
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東北大学金属材料研究所 並列計算 インフォマティクスサーバ マニュアル 2019 年 10 月 3 日 東北大学金属材料研究所計算材料学センター
... ４-３１ mpirun -np 2 -hostfile hostfile /usr/local/app/ABINIT/current/src/98_main/abinit < input.files ４ .２.１１ CPMD CPMD を使用するためには、利用者自身が CPMD のライセンスを取得している必要があります。 CPMD の利用を希望される場合は、 CPMD のライセンスを取得 し、 ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 研究施設の現状と将来計画 319 タベース研究会の活動を支援し，同会から提供された量子化学文献データベースをホームページから検索できるよう にしている。これまでに合計 118,989 件のデータが収録され，世界 91 カ国から利用されている。 共同利用に関しては，２ ０ １ ２年度は 190 研究グループにより，総数 697 名にもおよぶ利用者がこれらのシステムを ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 302 研究施設の現状と将来計画 にしている。これまでに合計 113,007 件のデータが収録され，世界 84 カ国から利用されている。 共同利用に関しては，２ ０ １ １年度は 170 の研究グループにより，総数 666 名にもおよぶ利用者がこれらのシステム を日常的に利用している。また，世界をリードする計算科学研究を本センターから発信していくことができるよう， ...
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海洋科学研究用電子計算機システム
... 3.5 LoadLeveler 並列計算サーバに導入されているLoad Leveler v4.1は、単一あるいは複数のマシンに投入された ジョブのスケジューリングと管理を行います。投入されたジョブを受け取り、ジョブを実行するため の用件を確認し、そのシステムがジョブの実行に最適かを決定しジョブの実行とチェックポイントの サポートに十分なリソースを持ったシステムで実行します。 ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 5-3-2 計算科学研究センターを巡る状況 「計算科学研究センター」 （以下， 「センター」と略）が発足（機構化）して２年が経過しようとしている。昨年度の 「分子研リポート」において，我々は「センター」の将来構想に関して二つの点を明確にした。ひとつは ７ ０ ０ 名近い分 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... 共同利用における新システムの導入にあたり，運用面でも世界をリードする計算科学研究を本センターから発信し ていくことができるよう，大規模ユーザのために新たに施設利用Ｓを設定した。これに従い，審査により，年間３－ ４件程度の利用グループに本システムを優先的に使用していただき，従来の共同利用の枠を超えた超大規模計算の環 境を提供している。 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... (a)C PU 時間とメモリーの上限を大幅に緩和して，大きな分子の電子状態計算を可能にした。また，デスク容量の上限 を大幅に緩和して，分子動力学計算等の巨大データの保存を可能にした。 (b)大規模計算を高速処理するための並列計算キューを大幅に拡充した。 (c)これまでの特別申請を簡素化した特別利用キューを新設し，申請時に簡単な説明を追記するだけで， ３ ６ ０ 時間（16- 32 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 先端の研究拠点としての役割を担ってきた。同様に分子科学研究所の計算機センターは最新の計算機を分子科学の研 究者に提供することにより，わが国における計算化学，シミュレーション研究に多大の貢献をしてきた。特に創立後 の １ ０ ...
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滋賀県立大学 工学研究科 材料科学専攻
... 協でお昼ご飯を食べておられて、話しかけさせていただくこともできます。マンモス大学 ではちょっとありえないことですね。大学の駐車場にも無料で車をとめることができます し・・。 この研究室にいる間に、 「何のためにここにいるのか、何を達成したいのか」 、自分なり によく考えてみるといいのではないでしょうか。もちろん指導の先生方からは、研究方針 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... e) 大規模・長時間にわたる分子動力学シミュレーションを行うため，これまでに独自の高速分子動力学プログラム GEMB（Generalized-Ensemble Molecular Biophysics）を開発してきた。このプログラムの特長は①拡張アンサンブル 法を用いて効率よく構造サンプリングを行う，②シンプレクティック解法を用いて安定かつ高速に計算できることで ある。２ ０ １ ５年度はこのプラグラムの MPI ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 計の観点から，高い電子移動度を示すオリゴチオフェン骨格に電子ドナー・アクセプターを導入した分子システムの 研究を行った。 これらの電荷移動色素の励起状態と電荷移動度を置換基効果と溶媒効果の観点から検討した。 方法は， 我々が開発した PC M SA C -C I 法と charge-transfer index を用いた。励起状態と電荷移動度には，顕著な溶媒効果が計 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... あなたもシミュレーションをしている シミュレーションは、 私たちが特に意識せず日々行っていることでもあります。 例えば、 学ぶという行為。 「学ぶ」 には 「まねぶ、 まねる」 の 意味があり、 「習う」 は 「倣う」 であることからも、 学習≒模倣≒シミュレーションという構図が見て取れるでしょう。 ヒトは乳児の段 階から模倣を始め、 様々なスキルや感情、 社会性を身に付けていきます。 その際に夢中になるのが 「遊び」 ですが、 ...
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平成 27 年 12 月 11 日 報道機関各位 東北大学原子分子材料科学高等研究機構 (AIMR) 東北大学大学院理学研究科東北大学学際科学フロンティア研究所 電子 正孔対が作る原子層半導体の作製に成功 - グラフェンを超える電子デバイス応用へ道 - 概要 東北大学原子分子材料科学高等研究機構 (
... 2 における特異物性は、電子と正孔が結合して励起子を形成することによって生じるこ とを見出しました。今後、この単原子層 TiSe 2 に対して、電子および正孔の数を調節・制 御する方法を確立し、半導体デバイス構築へ向けた材料設計を進めることが期待されます。 また一方で、励起子によって出現した電荷密度波を利用したメモリーデバイスなどへの応 用展開も急速に進むものと考えられます。 ...
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日本材料科学会誌「材料の科学と工学」投稿規程（試行中）
... 5. レターは，研究論文と同様に新しい事実や価値あるデータを含んだ短い原著論文．速報性を重視し，原則 として原稿受理後 3 か月以内に掲載する． 6. ノートは，断片的な論文であっても，新しい事実や価値ある結果，測定方法などを含む短い論文． 7. 寄書は，本誌に掲載された論文や解説に対する討論，事業所，研究室などにおける経験，トピックス，興 ...
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共同研究報告書 京都大学再生医科学研究所長殿 研究代表者 ( 申請者 ) 所属 : 独立行政法人物質 材料研究機構生体材料センター職名 : グループリーダー氏名 : 小林尚俊 下記のとおり共同研究課題の実施結果について報告します 記 1. 研究課題 :3 次元ナノファイバー足場内における幹細胞分化に
... 今後は、ナノファイバー高次構造体の構造が間葉系幹細胞の分化にどの程度影響を 及ぼすのかという点に関して引き続き研究を展開するために、各種紡糸法を駆使して、 生体適合性ナノファイバーを合成するとともに、これまでに構築した 3 次元構造化の 技術を用いて生体構造を模倣したナノファイバーベースの幹細胞足場としての３D 空 間を創成する研究に展開する予定である。 ...
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講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... を行う立場をゲノミクスという。 2) 構造ゲノミクスとは、ポスト(後)ゲノミクスの課題として、「代表タンパク質」の立体構 造を解析・研究することをいう。構造ゲノミクスに対して1)を配列ゲノミクスという場合 もある。 ...
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講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... 現在までの研究開発成果 • RDF, UHF, R-DFT, U-DFT, CIS, CIS(D), CIS-DFT, MP2, CASSCF の実装 • エネルギー・力計算における 積分計算のハイブリッド並列化とSIMD化 • 2電子積分計算の 原子軌道基底から分子軌道基底への変換部分の高度化 ...
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数学と計算機科学の相互作用：計算代数とHaskellにおける安全性と拡張性
... ーが起こりにくい数式処理システムの方法論についても、近年、注目が集まっているが、アルゴリズムの効 率化に比べれば、それらは現状においてはやや地味な研究分野という見方もできよう。しかし、近年、ソフ トウェア工学などの分野では、医療や航空宇宙産業など、ミッションクリティカルな用途に用いるソフトウェ アに対し、実装の正当性を理論的に検証することで、ソフトウェアの安全性を保証する方法論が広まりつ ...
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