遺伝研スーパーコンピュータシステム(NIGスパコンシステム)
長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データの活用するシステムづく
... 遺伝研スーパーコンピュータシステム(NIGスパコンシステム) ゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 最新鋭の大規模クラスタ型 計算機、大規模メモリ共有型型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成された スーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。 ...
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理研スーパーコンピュータ・システム
... メモリ(記憶装置)のスピードについて メモリ(記憶装置)にも幾つか種類がある。 アクセススピードが速い= コスト高、容量小 アクセススピードが遅い= コスト安、容量大 一桁容量が大きくなると、一桁遅くなる 一桁容量が小さくなると、一桁速くなる レイテンシ:アクセスする時間 データを取ってくる命令を出してから、帰ってく るまでのことをレイテンシ(latenc[r] ...
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平成 26 年度 JAXA スーパーコンピュータシステム利用成果報告 JAXA Supercomputer System Technical Summaries 2014 目次 成果概要 航空分野 1. 亜音速ジェット騒音の LES 数値予測の研究 2. エコウィング技術の研究開発環境航空機システム
... 65. 機体騒音低減技術の飛行実証 (FQUROH) プロジェクト ········································· 66. 小型回収カプセルアブレータのリセッション効果の調査 ·········································· 67. 大気突入機の熱空力評価システムの高度化 ...
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JAXA スーパーコンピュータシステム利用成果報告 (2017 年 4 月 ~2018 年 3 月 ) ロケットエンジンおよび超音速飛翔体用エンジンに関する燃焼流体の研究報告書番号 :R17JACA01 利用分野 :JSS2 大学共同利用 URL:
... くなる.その速度分散の小さい大量の微惑星が原始惑星の周りに存在することで原始惑星の planetesimal driven migration(PDM) が促進される可能性がある.この PDM は円盤外側に原始惑星を 運ぶ可能性があるので.その場合,タイプ１惑星移動による惑星落下をある程度防ぐ可能性がある.本研 究ではガス抵抗,タイプ１惑星移動と破壊モデルを入れた大規模な N 体計算を行い,惑星移動がどうな ...
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核融合プラズマ中の乱流が織り成すマルチスケール相互作用－スーパーコンピュータ「京」で得られた新発見－
... 並列計算技術の開発（日本原子力研究開発機構）、物理モデルの拡張（名古屋大学）を進め、 高速かつ高精度なマルチスケール乱流の解析を可能とするシミュレーションコードを開発しま した。そして、スーパーコンピュータ「京」をフル活用し、２千億点もの計算格子による高い空間 解像度を用いて、これ までにない精緻なプラズマ 乱流シミュレーションを行うことで 、イ オ ンが ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 各種事業 109 （２）平田グループ（分子研）と佐藤グループ（筑波大）との共同による 3D -F F T の超高並列化（一万ノード） 。従来， 3D -F F T は並列化が不可能と考えられていたが，その常識を打ち破った。 （３）遠山グループ（京大）と町田グループ（原研：クレスト）との共同で，巨大粗行列の対角化に関する超高並列 化を達成した。 ...
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ニュースリリース 平成 27 年 5 月 1 日 国立大学法人千葉大学 自然科学研究機構国立天文台 スーパーコンピュータによる 宇宙初期から現在に いたる世界最大規模のダークマターシミュレーション 概要 千葉大学 東京経済大学 愛媛大学 東京大学 文教大学による研究グループは 理化学研究所計算科学研
... ※1 スーパーコンピュータ「京」 文部科学省が推進する「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフ ラ（ HPCI）の構築」プログラムの中核システムとして、理研と富士通が共同で開発 を行い、2012 年 9 月に共用を開始した計算速度 10 ペタフロップス級のスーパーコン ピュータ。 「京（けい）」は理研の登録商標で、10 ペタ（10 の 16 乗）を表す万進法の ...
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新スーパーコンピュータ 「ITOシステム」利用講習会
... 富士通コンパイラの主なオプション -c オブジェクトファイルの作成までを行う -o ファイル名 作成するファイル名を変更 -Kfast 最適化(推奨オプション) -Kparallel 自動並列化 -Kopenmp OpenMPによる並列化 -Free 自由形式（Fortran） -Fixed 固定形式（Fortran） -Haefosux コンパイル時及び実行時に引数の[r] ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（5ページ）
... 標を達成しつつある。また，理研と共同でカーネル評価を実施し，次世代スパコン京の 400 ノードを利用する代行実 行も開始した。 5-6-2 「アプリケーション実証研究」および「連続研究会」 ナノ分野における「アプリケーション実証研究」および「連続研究会」を実施した。これらの研究活動は， ２ ０ ０ ８年， 外部評価委員会（魚崎浩平委員長）のアドバイスに基づき開始したものである。そもそも本拠点は前に述べた３つの ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 各種事業 115 5-6-3 プログラム公開に向けた取り組み 本プロジェクトは国家プロジェクトであり， そこで開発されたプログラムは 「公開」 を原則とする。一方， 本プロジェ クトで開発されたプログラムの多くは過去の履歴をもっており，公開に関しては様々な制約を帯びている。同時に， 本プロジェクトで解決を目指している課題の多くは新規の理論や方法論の開発など基礎研究の要素をもっており，研 ...
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FIT2016( 第 15 回情報科学技術フォーラム ) RC-010 スーパーコンピュータ 京 における C++ アプリケーションの評価 Evaluation of Compiler Optimization of C++ application on the K computer 千葉修一 1
... の局所性を向上させる利点を得ている． しかしながら，HPC 分野ではプログラミング技術によ る高速化だけではシステムの性能を十分に引き出すこと はできず，コンパイラによる最適化も必要となる．演算 器への命令供給をスムーズにするための命令スケジュー リング，レジスタの効率的に利用するためのレジスタ割 り 付 け な ど が あ る ． 特 に 「 京 」 で は ， HPC-ACE (High Performance ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）
... 分子科学研究所は２ ０ ０ ６年４月より表記の「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクトにお ける「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発」拠点としてナノ分野の「グランドチャレンジアプ リケーション研究」を推進している。我々は「次世代スパコン」プロジェクトの一環として， わが国の近未来の学術， ...
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( 様式 ) 成果報告書 ものになるため, 並列演算による大規模解析が可能なスーパーコンピュータの利用が有効となる [3]. 本利用課題では, ラジオ受信機, 携帯端末, 無線 LAN ルータへの干渉を想定し,WPT システムの高調波である 87MHz,815MHz,3.5GHz,5.3GHz の漏
... 本利用課題では，商業施設の各建材が漏えい電磁界特性に与える影響をスーパーコンピュータ TSUBAME 2.5 を用いて解析する． The wireless power transfer (WPT) system for electronics devices and so on has been actively developed in recent years. Since the electromagnetic ...
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S PECIAL INTERVIEW 次世代スーパーコンピュータの性能を最大限に活かしライフサイエンス分野で世界のトレンドセッターをめざす! ライフサイエンス研究分野の未来を切り拓くバイオスーパーコンピューティング 次世代計算科学研究開発プログラム副プログラムディレクター 姫野龍太郎 次世代スーパー
... SPECIAL INTERVIEW 生命現象の統合的な理解へのチャレンジは、21世紀のサイエンスに とって最も重要な課題の一つです。また、ライフサイエンス分野におけ る計算科学的なアプローチの必要性が、世界中で叫ばれています。こう した状況のなか、今、私たちがやらなければいけないのは、これまでの ライフサイエンス分野の研究の方法論を変えてしまうような、大きな転 換を図ることです。これにいち早く取り組み、先端を走ることで、世界 ...
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第 1 章新しい数値予報モデル構成とプロダクト 1.1 モデル構成 1 数値予報課では 2006 年 3 月のスーパーコンピュータシステムの更新時に メソ数値予報モデルの解像度を水平格子間隔 10km から 5km に また 鉛直層数を 40 から 50 に向上させ また 週間アンサンブル予報モデル
... (3) 台風アンサンブル予報システムの導入 台風アンサンブル予報は今回新しく開始するもので、 台風が存在しているときに、 TL319L60の全球モデル による11メンバーのアンサンブル予報を1日4回行うとい うものである。目的は台風進路予報の不確定性を見積 もり、確率的な情報を与えることにある。 ...
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(2) スーパーコンピュータを活用した創薬の促進 (3) 電子処方箋の実現 (4) 地域医療連携ネットワークの普及促進 (5) 診療情報システムの標準化 電子カルテに記載されるデータ構造等の標準化等 (6) データヘルス計画の推進等 5. その他 1 日本版 NIHの創設 2 先進医療ハイウェイ構想
... 医療・介護等分科会 中間整理（案） １．効率的で質の高いサービス提供体制の確立 （１）医療・介護等を一体的に提供する非営利ホールディングカンパニー型法 人制度（仮称）の創設と関連制度の見直し （２）医療法人制度に関する規制の見直し （３）病院を対象とするヘルスケアリートの活用 （４）医療品質情報の更なる開示 （５）介護サービスの質の改善 （６）居[r] ...
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( 様式 20) 成果報告書 そこで本利用課題では, ラジオ受信機, 携帯端末, 無線 LAN ルータへの干渉を想定し,WPT システムの高調波である 87MHz,815MHz,3.5GHz,5.3GHz の漏えい電磁界の戸建て住宅内及び商業施設内外における特性を, スーパーコンピュータ TSUBA
... WPT システムが同時動作するユー スケースを想定し，波源を住宅 A の部屋 A，部屋 C 及び部屋 D に 1 個ずつ配置した．配置高さはそれぞ れ床から 1m である．ここで，87MHz では波源とな るスパイラルコイルの開口面が地面に対し平行にな るよう配置し，815MHz ではパッチアンテナの最大 放射方向が図 ...
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発枝醸定法 マルチプロセッサ スケジューリング問題 に対する分枝限定法の適用 笠原博徳 まえがきマルチプロセッサ方式の並列処理システムは科学技術計算用超大型計算機 ( スーパーコンピュータ ), 等の論理型言語を処理する高速推論マシン, あるいは低価格高性能のロボットコントローラの開発等を始め, 幅
... むすび 本解説では，実行時間最小マルチプロセッサ・スケジ ューリング問題に対する， DF/IHS 法と呼ぶ一種の分 校限定法の適用について述べた.分校限定法は，対象問 題の特徴を適切に押さえたヒューリスティックをうまく 取り入れ，計算時間および記憶領域を低く押さえるよう なインプリメントを行なえば， NP 困難な最適化問題に 対しても実用的な意味で最適解を求めることがで[r] ...
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参考資料3 スーパーコンピュータ「京」の一般利用枠における利用研究課題として62件を選定
... 選定結果は、本日付で課題応募者に通知されるとともに HPCI ポータル（*2）にも結果 が公表される。今後、利用者の本人確認を経て、利用アカウントが発行され、共用開始 日の 9 月 28 日より「京」をはじめとする HPCI システム資源が利用可能となる。(採択され た課題については、別添 1 参照) ...
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２次元ガラスはどこまでもやわらかくなる スーパーコンピュータにより巨大な音波ゆらぎの存在を解明
... 本研究グループは、この結晶に見られる大きい空間スケールで発現する音波振動に着目し、ガラ ス物質でも同じような運動が起こるのではないかと考えました。 ２次元面のガラス形成体内の分子 の動きを確かめるためには多くの分子の数を長い間にわたって計算する必要があります。 そこで大 型並列計算機（スーパーコンピュータ）を積極的に用いてシミュレーションを行うとともに、短時 ...
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