遺伝研スーパーコンピュータ
長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データの活用するシステムづく
... 遺伝研スーパーコンピュータシステム(NIGスパコンシステム) ゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 最新鋭の大規模クラスタ型 計算機、大規模メモリ共有型型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成された スーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。 ...
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理研スーパーコンピュータ・システム
... メモリ(記憶装置)のスピードについて メモリ(記憶装置)にも幾つか種類がある。 アクセススピードが速い= コスト高、容量小 アクセススピードが遅い= コスト安、容量大 一桁容量が大きくなると、一桁遅くなる 一桁容量が小さくなると、一桁速くなる レイテンシ:アクセスする時間 データを取ってくる命令を出してから、帰ってく るまでのことをレイテンシ(latenc[r] ...
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核融合プラズマ中の乱流が織り成すマルチスケール相互作用－スーパーコンピュータ「京」で得られた新発見－
... 並列計算技術の開発（日本原子力研究開発機構）、物理モデルの拡張（名古屋大学）を進め、 高速かつ高精度なマルチスケール乱流の解析を可能とするシミュレーションコードを開発しま した。そして、スーパーコンピュータ「京」をフル活用し、２千億点もの計算格子による高い空間 解像度を用いて、これ までにない精緻なプラズマ 乱流シミュレーションを行うことで 、イ オ ンが ...
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ニュースリリース 平成 27 年 5 月 1 日 国立大学法人千葉大学 自然科学研究機構国立天文台 スーパーコンピュータによる 宇宙初期から現在に いたる世界最大規模のダークマターシミュレーション 概要 千葉大学 東京経済大学 愛媛大学 東京大学 文教大学による研究グループは 理化学研究所計算科学研
... ※1 スーパーコンピュータ「京」 文部科学省が推進する「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフ ラ（ HPCI）の構築」プログラムの中核システムとして、理研と富士通が共同で開発 を行い、2012 年 9 月に共用を開始した計算速度 10 ペタフロップス級のスーパーコン ピュータ。 「京（けい）」は理研の登録商標で、10 ペタ（10 の 16 乗）を表す万進法の ...
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FIT2016( 第 15 回情報科学技術フォーラム ) RC-010 スーパーコンピュータ 京 における C++ アプリケーションの評価 Evaluation of Compiler Optimization of C++ application on the K computer 千葉修一 1
... PA イベントカウンタを利用する．イベント情報として， 実行区間の CPU サイクルを計上する cycle_counts，および レジスタウィンドウの切り替えにより命令発行ができな かったサイクル数を計上する regwin_intlk を計測する． regwin_intlk の情報は，詳細プロファイラ fapp では計測 することができない．そのため，PCR(Perf[r] ...
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H26 年度 スーパーコンピュータの高速化技法入門 並列化による高速化技法 2015 年 1 月 21 日 大阪大学サイバーメディアセンター日本電気株式会社
... 三角行列の計算（３） ▐ 以下のループをタスク数＝４で実行 do j=1,n do i=1, j a(i,j)=b(i,j)*c(i,j) enddo enddo for=4 for=8 このパターンでは分割数を８にしても インバランスは解消されない 分割数を増やすことにより、 インバランスを小さくすることは可能 作業量 作業量 内側ループの繰り返し数＝作業量は、 外側[r] ...
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計 算 科 学 センター Computing Research Center 中 央 計 算 機 システム Central Computer System ssspage 3 KEKネットワーク KEK Network ssspage 7 ssspage 9 スーパーコンピュータシステム Super
... KEK のスーパーコンピュータシステムは素粒子・原子核物理、物性物理、加速器物理等のシミュレーションに利用されています。「 KEK 大型シミ ュレーション研究」として共同利用の申請を受け付け、審査委員会によって利用時間が決定されます。 (http://ohgata-s.kek.jp/) KEK supercomputer system is used by collaborative researches in ...
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スーパーコンピュータ「京」の概要
... し スーパーコンピュータ「京」は，文部科学省が推進する「革新的ハイパフォーマンス・コ ンピューティング・インフラ（HPCI）の構築」計画のもと，富士通が独立行政法人理化学 研究所と共同で開発した，超大規模並列スーパーコンピュータである。これまで培って きた先端技術を結集し，CPU，インターコネクトなどのハードウェア，およびOS，ファ ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 各種事業 109 （２）平田グループ（分子研）と佐藤グループ（筑波大）との共同による 3D -F F T の超高並列化（一万ノード） 。従来， 3D -F F T は並列化が不可能と考えられていたが，その常識を打ち破った。 （３）遠山グループ（京大）と町田グループ（原研：クレスト）との共同で，巨大粗行列の対角化に関する超高並列 化を達成した。 ...
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２次元ガラスはどこまでもやわらかくなる スーパーコンピュータにより巨大な音波ゆらぎの存在を解明
... 本研究グループは、この結晶に見られる大きい空間スケールで発現する音波振動に着目し、ガラ ス物質でも同じような運動が起こるのではないかと考えました。 ２次元面のガラス形成体内の分子 の動きを確かめるためには多くの分子の数を長い間にわたって計算する必要があります。 そこで大 型並列計算機（スーパーコンピュータ）を積極的に用いてシミュレーションを行うとともに、短時 ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（5ページ）
... 標を達成しつつある。また，理研と共同でカーネル評価を実施し，次世代スパコン京の 400 ノードを利用する代行実 行も開始した。 5-6-2 「アプリケーション実証研究」および「連続研究会」 ナノ分野における「アプリケーション実証研究」および「連続研究会」を実施した。これらの研究活動は， ２ ０ ０ ８年， 外部評価委員会（魚崎浩平委員長）のアドバイスに基づき開始したものである。そもそも本拠点は前に述べた３つの ...
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JAXA スーパーコンピュータシステム利用成果報告 (2017 年 4 月 ~2018 年 3 月 ) ロケットエンジンおよび超音速飛翔体用エンジンに関する燃焼流体の研究報告書番号 :R17JACA01 利用分野 :JSS2 大学共同利用 URL:
... くなる.その速度分散の小さい大量の微惑星が原始惑星の周りに存在することで原始惑星の planetesimal driven migration(PDM) が促進される可能性がある.この PDM は円盤外側に原始惑星を 運ぶ可能性があるので.その場合,タイプ１惑星移動による惑星落下をある程度防ぐ可能性がある.本研 究ではガス抵抗,タイプ１惑星移動と破壊モデルを入れた大規模な N 体計算を行い,惑星移動がどうな ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 各種事業 115 5-6-3 プログラム公開に向けた取り組み 本プロジェクトは国家プロジェクトであり， そこで開発されたプログラムは 「公開」 を原則とする。一方， 本プロジェ クトで開発されたプログラムの多くは過去の履歴をもっており，公開に関しては様々な制約を帯びている。同時に， 本プロジェクトで解決を目指している課題の多くは新規の理論や方法論の開発など基礎研究の要素をもっており，研 ...
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平成 26 年度 JAXA スーパーコンピュータシステム利用成果報告 JAXA Supercomputer System Technical Summaries 2014 目次 成果概要 航空分野 1. 亜音速ジェット騒音の LES 数値予測の研究 2. エコウィング技術の研究開発環境航空機システム
... 3) Harutaka Oe, Yasutada Tanabe, Masahiko Sugiura, Takashi Aoyama, Yuichi Matsuo, Hideaki Sugawara and Makoto Yamamoto: Application of rFlow3D Code to Performance Prediction and the W[r] ...
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S PECIAL INTERVIEW 次世代スーパーコンピュータの性能を最大限に活かしライフサイエンス分野で世界のトレンドセッターをめざす! ライフサイエンス研究分野の未来を切り拓くバイオスーパーコンピューティング 次世代計算科学研究開発プログラム副プログラムディレクター 姫野龍太郎 次世代スーパー
... 私たちのグループの研究内容を一言で言えば、次世 代スーパーコンピュータの性能をいかんなく引き出すタ ンパク質の全電子シミュレーションソフトウェアを開 発することです。選定されたターゲット・ソフトウェ アは、標準的な電子状態計算法である密度汎関数法を用 いて数々のタンパク質の全電子波動関数計算を達成した 実績を持つProteinDFです。そのISLiM版への移植と 超並列化チューニングは平野が担当しています。彼は ...
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TSUBAME 2.0 の全貌 松岡聡 * 遠藤敏夫 ** 丸山直也 * 佐藤仁 * 滝澤真一朗 * * 東京工業大学学術国際情報センター ** 東京工業大学情報理工学研究科 2010 年 11 月に東京工業大学は新しいスーパーコンピュータTSUBAME 2.0 を稼働開始する TSUBAME 2.
... 物理学は、理論研究と実験研究が車の両輪となって発展してきた 学問領域である。その中で、計算機を用いる物理学研究を、理論研 究、実験研究と並ぶ、第 3 の柱に位置づけることが、20 世紀後半の 一時期になされたことがある。しかし、20 世紀末からの計算機資 源の急速な普及により、むしろ、理論研究活動および実験研究活 動の全般に渡って、計算機が深く組み込まれた状況に現在は至って ...
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遺伝看護講演2013改訂
... 10 人だけが健康とは何か知るのだと思っている。しかし、病人たちはまさにそれを失うことによってそ れを知るのである」 vii 。 この病＝気［概念］の誕生は、先の医療人類学における病いと疾病の意味論における位相の差異̶ ̶表現型の遺伝現象にも連なるウィトゲンシュタインの家族的類似性を示唆する̶̶を、「人々が生 きる文化」の領域と「看護者が生きる文化」の領域という２つの世界の差異として考えることを私た ...
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発枝醸定法 マルチプロセッサ スケジューリング問題 に対する分枝限定法の適用 笠原博徳 まえがきマルチプロセッサ方式の並列処理システムは科学技術計算用超大型計算機 ( スーパーコンピュータ ), 等の論理型言語を処理する高速推論マシン, あるいは低価格高性能のロボットコントローラの開発等を始め, 幅
... むすび 本解説では，実行時間最小マルチプロセッサ・スケジ ューリング問題に対する， DF/IHS 法と呼ぶ一種の分 校限定法の適用について述べた.分校限定法は，対象問 題の特徴を適切に押さえたヒューリスティックをうまく 取り入れ，計算時間および記憶領域を低く押さえるよう なインプリメントを行なえば， NP 困難な最適化問題に 対しても実用的な意味で最適解を求めることがで[r] ...
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特集続スーパーコンピュータ 京 の利用 図 -1 シミュレーションによって再現された, ダークマター構造の進化の様子. 明るさはダークマターの空間密度を表し, 明るいところは密度が高い. 宇宙初期 ( 一番左のパネル ) に存在した微小な密度揺らぎが, 時間経過とともに ( 左から右 ) 重力により
... 宇宙初期の密度揺らぎを持ったダークマターの分 布からスタートし，重力相互作用による時間発展 を追うものを，特に宇宙論的シミュレーションと 呼ぶ．無限遠方からの重力を取り入れるために周 期境界条件が用いられる．初期密度揺らぎは宇宙 背景放射の観測などから非常によく制限されてい る．対象とする天体によって，扱う領域はさまざま である．銀河の空間分布を調べたい場合は，観測 できる宇宙の全領域にせまる領域を扱う．銀河の ...
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遺伝情報は、どのように受け継がれるのか？ 遺伝情報は、どのように使われるのか？
... 維持する仕組は、 「遺伝の仕組」ではなく、エピジェネティクスという仕組で行っていま す。この「エピジェネティクスの仕組」の研究をしているのです。 図１ 染色体の顕微鏡観察像。DNA はタンパク質 や RNA とともに 46 本の染色体として核内に収納さ れます。わたしたちが発見したタンパク質を機能 阻害すると、姉妹染色分体がバラバラになってし ま う こ と が わ か り ま し た 。 こ の 結 果 は 、 学 術 ...
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