Top PDF 計算科学研究センター将来構想

計算科学研究センターの将来構想分子研リポート2001 | 分子科学研究所

... 将来計画及び運営方針 253 5-3-1 現在の計算機システムと運用２００２年２月現在の計算機システムの概要を下図に示す。図の左側は２０００年３月に導入されたスーパーコンピュータシステムであり，来年度に更新が予定されている汎用高速演算システムが右側に示されている。 ...

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計算分子科学研究系

... b) 量子－古典混合系近似に基づいて，水溶液中における分子内プロトン移動の量子動力学シミュレーションによる検討を進めている。状態間デコヒーレンスの速い系を有効に記述し得るサーフィスホッピングの枠組みの中で，シミュレーションに用いられる運動方程式に関して，前年の透熱表示に引き続き，今年度は断熱表示による書き下し等方法論の確立に努めた。モデル系に対する予備的な計算では，振動励起に端を発する熱的な活性化過程を経るプロ ...

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理論・計算分子科学研究領域

... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象や化学反応をターゲットに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。特に着目するのは，多重化学結合と解離，ポリマー，ナノチューブ，生体反応中心などの共役分子の光化学，金属化合 ...

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理論・計算分子科学研究領域

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 電子やエネルギーの移動が化学の基本であるなら，我々はそれらの化学プロセスをどのよう記述できるだろうか？当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象や化学反応をターゲットに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。 ...

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理論・計算分子科学研究領域

... (3)　この分野の国内，国外での研究分野としての重要性本研究分野は量子力学，統計力学，分子シミュレーションを中心とした分子科学分野の理論・方法論を基礎として，分子およびその集合体の構造，物性，化学反応，相転移，ダイナミクスなど物質が示す様々な現象を電子・原子レベ ...

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理論・計算分子科学研究領域

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 液体を急冷すると，融点で結晶化せずに過冷却液体さらにはガラスとなる。水においては，２種類以上のアモルファス状態が存在し，その密度揺らぎは非常に興味深い。我々は，分子動力学計算を用い過冷却水の構造・密度・エネルギー揺らぎの解析を進めている。また，薄膜や多孔質媒体などの制限空間におけるガラス転移に関する研究も ...

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高生産高性能プログラミングのための並列言語 XcalableMP 佐藤三久筑波大学計算科学研究センター

...  2007年１２月にkick-off, 現在、e-scienceプロジェクトの並列プログラミング検討委員会に移行  メーカからのコメント・要望（活動開始時）  科学技術アプリケーション向けだけでなく、組み込みのマルチコアでも使えるようなも ...

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計算分子科学研究系

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 可視−赤外の和周波発生分光法は，界面構造を光学的にプローブする実験手法として広く用いられるようになってきた。しかし得られたスペクトルを解釈する上では，しばしば経験的なフィッティングなどに伴う曖昧さがつきまとい，界面構造を分子レベルで同定する上で実際上大きな障害となっている。そこで近年我々は分子シミュレーショ ...

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計算分子科学研究系

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 近年界面に敏感な振動分光法として，和周波発生分光法が注目され急速に発達を遂げている。しかし，その実験的なスペクトルを分子レベルで解析，同定する方法論については多分に未開拓であり，理論計算による貢献が強く望まれている。近年我々は，電子状態理論および分子動力学シミュレーションを用いて，和周波発生スペクトルを非経験 ...

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計算機センター Vol 研究報告リモートアクセス環境の構築と運用に関する研究学習院大学計算機センター村上登志男学習院大学計算機センター磯上貞雄国立情報学研究所コンテンツ科学研究系孟洋学習院大学計算機センター城所弘泰研究目的現在では電子メールサービスをはじめとする情報センター

... 構築した環境を利用してのリモートアクセスの実際概要学習院外部のネットワークから学習院内部のネットワークに接続するためのリモートアクセスサーバー（RAS サーバー）を研究代表者の村上が Windows Server で本研究に先立ち構築している。その Windows Server で構築した RAS サーバー利用し、様々なプラットホーム、クライアントを ...

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講義資料計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター

... を行う立場をゲノミクスという。 2) 構造ゲノミクスとは、ポスト(後)ゲノミクスの課題として、「代表タンパク質」の立体構造を解析・研究することをいう。構造ゲノミクスに対して1)を配列ゲノミクスという場合もある。 ...

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講義資料計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター

... 現在までの研究開発成果 • RDF, UHF, R-DFT, U-DFT, CIS, CIS(D), CIS-DFT, MP2, CASSCF の実装 • エネルギー・力計算における積分計算のハイブリッド並列化とSIMD化 • 2電子積分計算の原子軌道基底から分子軌道基底への変換部分の高度化 ...

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計算科学技術特論 A 古典分子動力学計算法の高速化 2019 年 7 月 4 日名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター吉井範行

... 研究ができない。）開発方針：多少遅くてもよい、高精度の計算ができなければならない。まずは自分たちの研究用として利用。数ノードで並列化MPI＋SMP（富士通SR8000）、数万原子系に対応。 ⇒ループ分割、簡単。 ...

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計算科学研究センターの現状と今後分子研リポート2003 | 分子科学研究所

... 5-4-2 大規模計算のための環境整備高速パソコンクラスターの普及などに伴って，計算科学研究センターへの期待と役割が最近変化してきている。このために，利用者の意見を広く集めて，魅力ある中核計算センターとしてさらに大きく発展するために，８月２５日か ...

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理論・計算分子科学研究領域

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) アミロイド線維はタンパク質が間違って折りたたみ，凝集することによってできた不溶性の線維である。アミロイド線維は 20 種類以上の病気の原因と考えられている。例えばアルツハイマー病はアミロイド β ペプチドが凝集してできたアミロイド線維が原因ではないかと言われている。近年，超音波を使ってアミロイド線維を破壊する実験報告が ...

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自然科学研究機構分子科学研究所将来計画委員会規則

... （委員以外の者の出席）第５条委員長は，必要に応じて，委員以外の者を委員会に出席させ，意見を聴取することができる。（庶務）第６条委員会の庶務は，岡崎統合事務センター総務部総務課において処理する。 ...

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電子計算機センター分子研リポート1999 | 分子科学研究所

... c) 分子軌道並列計算手法の開発研究:非経験的MC SC F 計算と分子動力学手法を組み合わせ，多原子分子のポテンシャルエネルギー曲面の情報を電子状態計算から直接取得するための新たな手法を開発し，モデル計算として，イオン分子反応 C + H3 + ...

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電子計算機センター分子研リポート1998 | 分子科学研究所

... 研究系および研究施設の現状 173 激減させることを示した。 c) C84は C76についで大量に得られている高次フラーレンであり， 24 個の構造異性体が存在するが，実験的に全ての異性体の構造を予測することは困難である。本研究では非経験的分子軌道法による大規模な理論計算を行い， C84 (C2, D2, D2d)異性体の赤外スペクトル及び R ...

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理論・計算分子科学研究領域

... C) 研究活動の課題と展望近年の計算機の発達により，比較的小さなタンパク質に関してはマイクロ秒オーダーの計算が可能となった。さらに，特殊なハードウェアを用いて求められたミリ秒のトラジェクトリ計算を利用できるタンパク質もある。しかし，タンパク質の動的理解は未だに十分に進んでいない。そこで，タンパク質の構造変化を凝縮系反応とみな ...

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理論・計算分子科学研究領域

... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 当研究グループでは，「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」を根源とする化学現象や化学反応をターゲットに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。特に着目するのは，多重化学結合と解離，ナノグラフェン，有機磁性体，生体反応中心などの共役分子の光化学・スピン物性，金属化合 ...

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