計算科学シミュレーション
HOKUGA: 多色光照射によるフラクタルスペックル : 計算機シミュレーション
... って シミュレーションを行い，それを最後に RGB表 色系に変換して表示する方法を用いる．XYZ表 色系のデータとしてカラー画像を作成しておけ ば，必要に応じてそれを具体的な機器に依存した RGB表色系，あるいは印刷用の CMYK 表色系に 変換することにより，最適な色表現が可能となる ためである．このような，XYZ表色系を介した色 管理は，カラーマネージメントと呼ばれる．ただ し，本論文に掲載するカラー画像は，生成した ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) Aβ ペプチドによるアミロイド線維形成は糖鎖と脂質膜の界面，あるいは水と空気の界面のような親水性／疎水性界 面で促進されることが実験的に報告がされている。 アミロイド線維中で分子間 β シート構造を形成する残基の多くが， 糖鎖／脂質界面では単量体の時に α ヘリックス構造を形成していることも明らかになっている。我々は親水性／疎 水性界面での単量体構造を詳細に解明するため，水／真空界面での Aβ ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 全 rank（MPIプロセス）の中で、計算、MPI待ち、MPI通信の最大値（MAX）と最小値（MIN）をプロット • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が 、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 大きく ...
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Python による科学技術計算の概要
... Nelder-Mead ネルダー・ミード法，Powell パウエル法 勾配を使う最適化：収束は早いが，勾配やヘシアンも与える必要 CG 共役勾配法，BFGS BFGS法，Newton-CG ニュートン法 ※ BFGSやニュートンは収束は早いがヘシアン計算で遅くなることも 制約付きの最適化：パラメータが有限区間にある多次元最適化 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... システム構成図 まず，２００６年７月より運用を開始した新システム「超高速分子シミュレータ」は，これまでの共同利用のスーパー コンピュータシステム（富士通 VPP5000，SGI2800/Origin3800）の後継機である。新システムは，量子化学，分子シミュ レーション，固体電子論，反応動力学などの共同利用の多様な計算要求に応えうるための汎用性があるばかりでなく， ユーザーサイドの PC ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... (a)C PU 時間とメモリーの上限を大幅に緩和して，大きな分子の電子状態計算を可能にした。また，デスク容量の上限 を大幅に緩和して，分子動力学計算等の巨大データの保存を可能にした。 (b)大規模計算を高速処理するための並列計算キューを大幅に拡充した。 (c)これまでの特別申請を簡素化した特別利用キューを新設し，申請時に簡単な説明を追記するだけで， ３ ６ ０ 時間（16- 32 ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 先端の研究拠点としての役割を担ってきた。同様に分子科学研究所の計算機センターは最新の計算機を分子科学の研 究者に提供することにより，わが国における計算化学，シミュレーション研究に多大の貢献をしてきた。特に創立後 の １ ０ 年間は，大学における計算機事情が悪かったせいもあり，当計算機センターの果たした役割は大きい。当時，日 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) これまでに提案，改良・発展をさせてきた時間依存形式による溶質分子の電子状態の時間依存変化を記述する方法 を色素分子の光励起電子移動反応プロセスなどの研究に応用し，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダー での超高速電子移動反応プロセスや溶媒和過程の解析を可能にしてきた。これらの提案された方法論をさらに，光 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) これまでに提案，改良・発展をさせてきた時間依存形式による溶質分子の電子状態の時間依存変化を記述する方法 を色素分子の光励起電子移動反応プロセスなどの研究に応用し，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダー での超高速電子移動反応プロセスや溶媒和過程の解析を可能にしてきた。これらの提案された方法論をさらに，光 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). イオン液体中の構成分子である陽・陰両イオン分子間の相互作用とそれが引き起こす動的挙動の関係について理論 化学的，及び物理化学的側面より研究を進めてきている。分子レベルでのイオン間相互作用の理解に重点を置き， 分子動力学シミュレーションの手法を用いてイオン液体中における陽イオン，および陰イオンの挙動に関して解析を 行い， イオン間相互作用の特性についての研究を行ってきている。研究結果から， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). イオン液体中の構成分子である陽・陰両イオン分子間の相互作用とそれが引き起こす動的挙動の関係について物理 化学的側面より研究を進めてきている。イオン間相互作用を分子レベルで理解することに重点を置き，分子動力学シ ミュレーションの手法を用いてイオン液体中における陽イオン，および陰イオンの挙動に関して解析を行い，イオン 間相互作用の特性についての研究を行ってきた。研究結果から，イオン間相互作用は多体効果によって生じる分極 ...
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グラフィックワークステーション 計算サーバ sgi sgi sgi + - 誤差評価 超音波診断装置 心臓 フィードバック 潰瘍 プローブ 大動脈 図 1 超音波計測融合シミュレーションシステム (a) 基準解 (b) 通常のシミュレーション (c) 超音波計測融合シミュレーション 図 2 下行大動
... 31. 白井敦，増田直, 早瀬敏幸：矩形流路における好中球の流動に関する数値解析（流路断面形 状が通過時間に与える影響）, 日本機械学会 2006 年度年次大会講演論文集 Vol. 5, Vol. 5 No. 06-1, (2006), 189-190. 32. 船本健一, 早瀬敏幸, 西條芳文, 山家智之：血流の超音波計測融合シミュレーションに関する 研究 第 6 報：3 次元非定常血流解析, 日本機械学会 2006 ...
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数学と計算機科学の相互作用：計算代数とHaskellにおける安全性と拡張性
... 2) の研究テーマでは、関数型プログラミング言語 Haskell を基盤に、計算機代数向けの領域特化型言 語を実装している。この実装は以下の特徴を持つ。 1. 弱い「依存型」を採用し、自然数や、文字列のリストに依存する依存型を用いている。これにより、 変数の個数が異なる多項式環を区別することで、たとえば 1 つのシステムの中で複数個の性質が ...
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1E3-3 ハイブリッド制約言語HydLa処理系における数式処理と区間計算を組み合わせたシミュレーション実行
... HyLaGI で採用すべき解を選択する手法が必要となる． 最小解の計算アルゴリズムを図 3 に示す．本アルゴリズムは 入力として，計算対象の方程式 Exp = 0 の左辺 Exp と， Exp を時刻に関して微分した DExp と，拡張区間ニュートン法の 初期区間 init とを用いる．ただし， HyLaGI は次の離散変化 時刻までの時間が 0 以下であるということを許していないた め， init ...
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計算科学技術特論 A 古典分子動力学計算法の高速化 2019 年 7 月 4 日名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター吉井範行
... • M. P. Allen, D. J. Tildesley，“ Computer Simulation of Liquids," Oxford Science, Oxford（１９８７）． • J. P. Hansen, I. R. McDonald, “Theory of Simple Liquids," Academic Press, London（１９８６）． • 岡崎 進, 吉井 範行, ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 本プロジェクトは，分子研，東大物性研，東北大金研，物構研，京大化研，産総研の６研究所を中心にして，いく つもの大学および企業からのナノ計算科学分野の第一線の研究者の参加をえて，我が国の計算科学の総力を結集した 取り組みになっている。具体的な研究課題と担当研究機関は，①機能性ナノ分子（分子研） ，②ナノ分子集合体（分子 研） ，③ナノ電子系（東北大・金研） ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 5-3-2 計算科学研究センターを巡る状況 「計算科学研究センター」 （以下， 「センター」と略）が発足（機構化）して２年が経過しようとしている。昨年度の 「分子研リポート」において，我々は「センター」の将来構想に関して二つの点を明確にした。ひとつは ７ ０ ０ 名近い分 ...
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海洋科学研究用電子計算機システム
... 3.5 LoadLeveler 並列計算サーバに導入されているLoad Leveler v4.1は、単一あるいは複数のマシンに投入された ジョブのスケジューリングと管理を行います。投入されたジョブを受け取り、ジョブを実行するため の用件を確認し、そのシステムがジョブの実行に最適かを決定しジョブの実行とチェックポイントの サポートに十分なリソースを持ったシステムで実行します。 ...
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シミュレーションによる「自然科学における階層と全体」に関する新たな学術分野の開拓（自然科学研究機構）（1ページ）
... -4 シミュレーションによる「自然科学における階層と全体」に関する 新たな学術分野の開拓（自然科学研究機構） 本プロジェクトでは，分子スケールから固体物質や生体分子にわたる物性や機能発現の解析に加え，分子の集団運 動と反応との関係，生体分子における揺らぎの下で起こる確実な機能発現や多様な状態・構造変化間の相関などに関 ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 高性能分子シミュレータは，演算サーバ，ファイルサーバ，フロントエンドサーバ，運用管理クラスタおよびネッ トワーク装置から構成される。演算サーバは， 富士通製の PR IME R GY .C X 250S 1 で， 16.C PU コア /64.GB yte 構成のノー ド 368 台からなる共有メモリ型スカラ計算機の PC クラスタである。理論総演算性能は 136.6. T flops，総メモリ容量は 23. T B ...
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