計算物質科学イニシアティブ
理論・計算分子科学研究領域
... c). 金属クラスターにおけるプラズモン励起の解明 d). 金属クラスターの電子物性 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 次世代量子デバイス候補となり得るナノ構造体の個々の物性の理解は格段に進んでいるが，その一方で依然として 個々の物性の理解と機能性量子デバイス開発の間には大きな隔たりがあることも事実である。この溝を埋めるために ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 一方， 「ナノ統合シミュレーションソフトウエアの開発」プログラムは２ ０ ０ ６年度に開始された文科省プロジェクト 「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」の一貫として，次世代スパコンを有効に活用するソフトウエア の開発を目的としている。 この目的のため， １． 次世代情報機能材料， ２． 次世代ナノ生体物質， ３． 次世代エネルギー， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 科研費基盤研究(B), 「化学反応および相転移ダイナミクスの多次元振動分光法による理論解析」 , 斉藤真司 (2004年度 –2006 年度). C) 研究活動の課題と展望 近年の計算機の発達によ り ， 比較的小さなタ ンパク質に関 してはマイ ク ロ秒オーダーの計算が可能と なった。さ らに， 特殊な ハー ドウェアを用いて求められたミ リ秒の ト ラジェク ト リ計算を利用でき る タ ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 高性能分子シミュレータは，演算サーバ，ファイルサーバ，フロントエンドサーバ，運用管理クラスタおよびネッ トワーク装置から構成される。演算サーバは， 富士通製の PR IME R GY .C X 250S 1 で， 16.C PU コア /64.GB yte 構成のノー ド 368 台からなる共有メモリ型スカラ計算機の PC クラスタである。理論総演算性能は 136.6. T flops，総メモリ容量は 23. T B ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 金属含有化合物の高精度電子状態計算に向けた DMR G-SC F 法の開発 c). 共役有機化合物（ジフェニルポリエン，ポリカルベン）の電子状態，多重スピン状態の解析 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象や ...
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物質分子科学研究領域
... 先端研究助成基金助成金 （最先端・次世代研究開発支援プログラム） , 「低炭素社会基盤構築に資する イ ノベイ ティ ブ物質変 換」 , 唯美津木 (2011年 –2014年 ). C ) 研究活動の課題と展望 効率的な触媒反応を 目指した新しい固体触媒表面の分子レベル設計のために，金属錯体の表面固定化，表面化学修飾，表 面モレキュラーイ ンプリ ンティ ング等の触媒表面の構築法を用いて， ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 一方，高性能分子シミュレータは，演算サーバ，ファイルサーバ，フロントエンドサーバおよびネットワーク装置 から構成される。演算サーバは，日立製作所製の S R 16000 であり，1. C PU コアあたり 18.8. G fl ops の演算性能を持ち， 1 ノードが 32.C PU コアと 256.GB yte メモリを有する共有メモリ型スカラ計算機である。理論総演算性能は 5.4.T flops， 総メモリ容量は ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 電子やエネルギーの移動が化学の基本であるなら，我々はそれらの化学プロセスをどのよう記述できるだろうか？ 当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象 や化学反応をターゲットに， その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。 ...
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講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... 1) 核膜孔複合体は核<->細胞質の高分子輸送を制御し、細胞内のタンパク質局在の管理に重要。分子量 120MDa、約30の異なるタンパク質からなる超分子で、実験的構造解析は極めて困難である。 2) そこで、実験(超遠心..結合 アッセイ..構造解析)から計算機解析( インフォマティクス)までを統合して 、 一つの複合体構造を決定(予測)する。 ...
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物質分子科学研究領域
... A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). お椀型共役化合物「バッキーボウル」は，フラーレン・単一組成カーボンナノチューブ合成達成への鍵物質として， あるいはそれ自身の特異な物理的性質を利用した新規物質の基本骨格として魅力的な化合物群である。我々はバッ キーボウルの「シンプル」かつ「エレガント」な合成経路を確立し，さらに合成した化合物の物性や錯体触媒への応 ...
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計算分子科学研究系
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど， 溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) サイズの大きい分子が与える外部空間および内部空間は新しい機能発現として有用である。このために，金属内包 フラーレンの L a 2 @ C 80 のシリル化による内包金属の二次元ホッピング運動，S c 2 C 2 を内包した C 80 フラーレンの新 規な構造と化学修飾，一次元に並んだ K n C 60 を内包したカーボンナノチューブの構造と電子特性，ナフタレンなど ...
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計算分子科学研究系
... MD 計算を行っている。 こ れまでに， 特に大規模な MD 計算を効率よく実行することを可能とするため， 原子数にして百万個オーダーの計算 が可能な高並列汎用 MD 計算プログラムの開発を行ってきた。 今年度は特に， これに基づいて， イオン性， 非イオン 性の両親媒性分子が水溶液中に生成する球状ミセル， 棒状ミセルなどに対して熱力学的積分法に基づいたシミュ レーションを行い， ...
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計算分子科学研究系
... a) 液体を急冷すると，融点で結晶化せずに過冷却液体，さらにはガラスとなる。とくに，過冷却液体では，通常の液 体状態に比べ揺らぎの影響が顕著となる。また， 水においては， 一般的な液体とは異なり， ２種類以上のアモルファ ス状態が存在し，その密度揺らぎは非常に興味深く，過冷却水の運動，揺らぎの分子動力学計算による解析を行っ ...
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3-3. 物質化学グループ 木村正雄物質構造科学研究所放射光科学第二研究系総合研究大学院大学高エネルギー加速器科学研究科物質構造科学専攻 1. 概要 グループのミッション XAFS/ [1] ビームラインの高度化視点 (1) (heterogeneity) (2) (dynamics) (3) /
... は挿入光源のリアルタイム状況転送システムと 計算結合 6 軸協調駆動スキャンシステムにより 20μm× 20μ のビームを安定して使う事が可能である。高速でのマッピ ング（いわゆる On-the-fly モード），高速パルスカウント モード，高速掃引（いわゆる QuickXAFS モード）での半 導体検出器の利用等，多彩な測定が可能であり，環境，電池， 社会インフラ材料等の多彩な分野で産官学のユーザーでの ...
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理論・計算分子科学研究領域
... a). ウイルス内 M2 チャネルのプロトン透過機構：M2 チャネルはインフルエンザ A の細胞膜に存在するプロトンチャネル であり，細胞膜内外の pH を調整する機能を持つ。よく知られたインフルエンザ薬であるアマンタジンはこのチャネル の阻害剤である。 . M2 チャネルは pH に応じてゲートを開閉することで細胞内の pH を調整している。M2 チャネルは 4 量体からなり， ゲー ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 新しい拡張アンサンブル分子シミュレーション手法であるレプリカ置換法を昨年，提案した。この手法では２つのレ プリカ間だけで温度を交換するのではなく，２つ以上のレプリカ間で温度を置換する。さらに効率よくレプリカの置 換を行うために従来のメトロポリス判定法ではなく最近提案された諏訪・藤堂法を用いる。通常のレプリカ交換法で ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c). 強く二量化した集積型金属錯体の電荷分離相における分子内軌道と結合した振動状態 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). モット絶縁相をもつ擬２次元有機導体にはバンド充填率が本来の 3/4 ではなく，二量体をひとつの単位としてバンド 充填率が実質的に 1/2 になるものが多い。したがって模型計算では二量体を単位とすることがしばしば行われる。こ ...
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物質分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) お椀型共役化合物「バッキーボウル」は，フラーレン・単一組成カーボンナノチューブ合成達成への鍵物質として， あるいはそれ自身の特異な物理的性質を利用した新規物質の基本骨格として魅力的な化合物群である。我々はバッ キーボウルの「シンプル」かつ「エレガント」な合成経路を確立し，さらに合成した化合物の物性や錯体触媒への ...
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物質分子科学研究領域
... T 計算により，比較的小さな歪み エネルギーと適切な H OM O – L U M O ギャップをもったベルトを設計した。最近その前駆体の合成が完了し，ベルト の完成に近づきつつある。その過程で，偶然に芳香族サドルと呼ぶべき，鞍型の極端に平面性を失った新ベンゼノ イド化合物を得ることができた。これは [8] サーキュレンと呼ばれる化合物の誘導体で，以前にこの分子構造が報告 されたことはなかった。１ ９ ８ ３年に [7] ...
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