計算分子科学第二研究部門 185
計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 本プロジェクトは，分子研，東大物性研，東北大金研，物構研，京大化研，産総研の６研究所を中心にして，いく つもの大学および企業からのナノ計算科学分野の第一線の研究者の参加をえて，我が国の計算科学の総力を結集した 取り組みになっている。具体的な研究課題と担当研究機関は，①機能性ナノ分子（分子研） ...
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理論・計算分子科学研究領域
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 当研究グループでは， 「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」 を根源とする化学現象や化学反応をター ゲッ トに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。特に着目するのは， 多重化学結合と解離，ナノグラフェン，有機磁性体，生体反応中心などの共役分子の光化学・スピン物性，金属化合 ...F ...
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理論・計算分子科学研究領域
... から見積もられたポンテシャル曲線を再現した。 b) 飽和脂肪酸を不飽和脂肪酸へ変換する金属酵素による生化学反応を高精度量子化学計算を用いて解明することに成功 した。脂肪酸は炭素が連なった構造を持つ分子であるが，炭素−炭素間に二重結合（C = C ）があるかどうかで大きく 二つに分類さされる。二重結合が無いものは「飽和脂肪酸」 ，有るものは「不飽和脂肪酸」と呼ばれる。体内では，飽 ...
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自然科学研究機構について 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... ２ 前項に規定するもののほか， 国立大学法人等は， 長期借入金又は債券で政令で定めるものの償還に充てるため， 文部科学大臣の 認可を受けて，長期借入金をし，又は債券を発行することができる。ただし，その償還期間が政令で定める期間のものに限る。 ３ 文部科学大臣は，前二項の規定による認可をしようとするときは，あらかじめ，評価委員会の意見を聴かなければならない。 ４ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A-3) 研究活動の概略と主な成果 a) アミロイド線維はタンパク質が間違って折りたたみ，凝集することによってできた不溶性の線維である。アミロイド 線維は 40 種類以上の病気の原因と考えられている。例えばアルツハイマー病はアミロイド β（Aβ）ペプチドが凝集 してできたアミロイド線維が原因ではないかと言われている。アミロイド線維の伸長は，その末端に Aβ １分子が順 次結合して β ...
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理論・計算分子科学研究領域
... から見積もられたポンテシャル曲線を再現した。 b). 光合成系 II 酸素発生中心における水分解反応は K ok サイクルと呼ばれる光照射に合わせた反応サイクル「 S 0 → S 1 → S 2 → S 3 → S 4 ( → S 0 )」に沿って起こるとされており，反応中心の Mn 4 C a クラスターは各ステップで Mn 酸化数を変化さ せ，最終的に水を分解するのに必要な電位を蓄えると予測される。ゆえに各ステップにおける M n ...
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理論・計算分子科学研究領域
... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 理論や計算手法の開発と計算機能力の飛躍的な向上のおかげで，次世代量子デバイス候補となり得るナノ構造体の 個々の物性の理解は格段に進んでいる。しかしその一方で，大容量，超高速，超極小，高効率，新規化学反応性等， 次世代量子デバイスに課せられた要求レベルは非常に高く，個々の物性の理解と機能性量子デバイス開発の間には ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c). 有機磁性体は，単分子磁石をはじめとする分子デバイスの材料として注目されており多くの研究がなされている。分子 デバイスとしての有機磁性体には，より大きな磁気モーメントを持ち，かつ寿命が長い区，異なるスピン状態間のエネ ルギー差が大きく高温でもスピン配列を崩さないものが望まれる。スピン配列の秩序を保つにはスピンサイト間の相互 作用が強いほうが有利であることから， p ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 金属化合物のの高精度計算に向けて D M R G - S C F 法の開発を行った。D M R G（密度行列繰り込み群）法は，大規模な H i l bert 空間（f ul l. C I 空間）をコンパクトな多体基底により取り扱う変分法である。D M R G 法は，空間的局所性から一 次元的多体相関をもつ電子系に対して従来の方法では計算不可能な大きさの f ul l. C I ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 対象モジュール： PWscf（pw.x） • 依頼内容 オープンソースの第一原理電子状態計算プログラムQuantum ESPRESSOの最新版v6.1のPWscfモ ジュール(pw.x)について、実行性能の阻害要因のひとつとなっている対角化計算に対して、EPLAライ ブラリ導入による高速化を行い、ライブラリ導入前の(ScaLAPACKを使用した)コードとELPAライブラリ ...
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電子計算機室 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... d) 分子クラスターの分子間ポテンシャルとダイナミクス ： 分子クラスターは分子間振動と呼ばれる大振幅振動を持つ。 この大振幅振動を観測することは， 分子間のポテンシャルエネルギー面の特徴を知ることが， 分子間の相互作用運 動を学ぶ上で基礎となる。 我々は， 九州大学理学部の田中助教授, 原田助手らと共同研究を行い， 実験と理論の両面 ...
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電子計算機室 分子研リポート2002 | 分子科学研究所
... e) ミセルや二重層膜に代表されるような水溶液中における溶質分子の集団的な自発的構造形成に対するシミュレー ション手法を確立することを目的として， 溶質分子にかかる平均力やメモリーについての解析を行っている。 特に 前者については， 水中での自由エネルギー解析に対応し， 充分な精度を得るために大規模計算を行っている。 同時に， 溶質分子がとる構造の安定性が， ...
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計算科学技術特論 A 古典分子動力学計算法の高速化 2019 年 7 月 4 日名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター吉井範行
... • M. P. Allen, D. J. Tildesley，“ Computer Simulation of Liquids," Oxford Science, Oxford（１９８７）． • J. P. Hansen, I. R. McDonald, “Theory of Simple Liquids," Academic Press, London（１９８６）． • 岡崎 進, 吉井 範行, ...
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電子計算機センター 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... 研究系および研究施設の現状 173 激減させることを示した。 c) C84は C76についで大量に得られている高次フラーレンであり， 24 個の構造異性体が存在するが， 実験的に全ての 異性体の構造を予測することは困難である。 本研究では非経験的分子軌道法による大規模な理論計算を行い， C84 (C2, D2, D2d)異性体の赤外スペクトル及び R ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... まず，超高速分子シミュレータは富士通社製の P R I M E R G Y と S G I 社製の U V 1000 から構成される共有メモリ型ス カラ計算機で，両サーバは同一体系の C PU（Intel. X eon）および OS （L i nux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保って 一体的に運用される。これらに加え，京コンピュータと同じアーキテクチャの富士通社製 P R I M E H P C . F ...
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電子計算機センター将来計画 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... 年のベクトル型スーパーコンピュータのセンターへの導入は， 分子動力学計算と反応動力学計算分野の研究者 に大きな刺激を与えた。この様に将来の超並列スーパーコンピュータの導入が，新たな分子科学計算分野の進展を促 す可能性も十分にあり，前述のように超並列時代を見据えた方法論の開拓が重要である。計算機のハード・ソフトの ...
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計算分子科学研究系
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 近年界面に敏感な振動分光法として， 和周波発生分光法が注目され急速に発達を遂げている。 しかし， その実験的な スペクトルを分子レベルで解析， 同定する方法論については多分に未開拓であり， 理論計算による貢献が強く望ま れている。 近年我々は， 電子状態理論および分子動力学シミュレーションを用いて， 和周波発生スペクトルを非経験 ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 5-3-2 計算科学研究センターを巡る状況 「計算科学研究センター」 （以下， 「センター」と略）が発足（機構化）して２年が経過しようとしている。昨年度の 「分子研リポート」において，我々は「センター」の将来構想に関して二つの点を明確にした。ひとつは ７ ０ ０ 名近い分 ...
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電子計算機センター 現状と将来構想 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... 岡崎国立共同研究機構分子 科学研究所電子計算機センター（以下「センター」という）は，センターの大型電子計算機システムを分子科学の大 型計算等のために分子科学研究所内外の研究者の利用に供するとともに，これに必要な研究開発を行い，かつ，岡崎 ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 超高速分子シミュレータは富士通社製の PR IM E R G Y . R X 300S 7 と S G I 社製の U V 1000 から構成される共有メモリ型 スカラ計算機で，両サーバは同一体系の C PU（Intel. X eon）および OS （L i nux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保っ て一体的に運用される。これらに加え， 京コンピュータと同じアーキテクチャの富士通社製 PR IME HPC ...
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