計算分子科学第一研究部門 175
計算分子科学研究系
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど， 溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 266 将来計画及び運営方針 スーパーコンピュータシステムは，富士通製 V PP5000 と S GI 製 Origin から構成されている。V PP5000 は 1 C PU 当た りの最高演算性能が 9.6 Gflops のベクトル演算装置 30 台から構成され，各 C PU に 8 ∼ 16 GB の主記憶装置をもつベ クトル並列計算機である。 一方， S GI Origin は 1 C PU ...
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電子計算機室 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... ついても， 常温常圧から亜臨界， 超臨界状態にわたって水の分極を取り入れた分子モデルに基づいて分子論的な立 場から検討した。 d) 水中において異方性を示し， かつ不均一系を構成する脂質二重層膜に対し， 自然で安定な液晶層を良好に再現でき る分子動力学シミュレーション手法について検討し， これに基づいて膜の構造や動力学の分子論的解析を行ってき た。 その中で特に， ...
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電子計算機センター 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) C H3C O ラジカルの解離速度定数 k(E )は R R K M 理論からの予想より一桁以上小さいことが鈴木（分子研）らの実 験で示されている。実験結果と R R K M 理論の不一致の原因として，実際の解離障壁がこれまでの ab-inito 計算よ り高いこと，R R K M ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... • ELPAの方が、計算には時間がかかている。 固有値ライブラリ（ zhegv）におけるMPIプロセスの中の計算の時間 • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 5-3-2 計算科学研究センターを巡る状況 「計算科学研究センター」 （以下， 「センター」と略）が発足（機構化）して２年が経過しようとしている。昨年度の 「分子研リポート」において，我々は「センター」の将来構想に関して二つの点を明確にした。ひとつは ７ ０ ０ 名近い分 ...
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電子計算機室 分子研リポート2002 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動緩和など， 溶液中における溶質の状態間遷移を含む量子動力学を取り扱うことのできる計算機シミュレー ション手法の開発を進めている。 これまですでに， 調和振動子浴近似に従った経路積分影響汎関数理論に基づいた 方法論や， 注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式を解きながらも溶媒の自由度 ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 超高速分子シミュレータは富士通社製の PR IM E R G Y . R X 300S 7 と S G I 社製の U V 1000 から構成される共有メモリ型 スカラ計算機で，両サーバは同一体系の C PU（Intel. X eon）および OS （L i nux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保っ て一体的に運用される。これらに加え， 京コンピュータと同じアーキテクチャの富士通社製 PR IME HPC ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 一方，高性能分子シミュレータは，演算サーバ，ファイルサーバ，フロントエンドサーバおよびネットワーク装置 から構成される。演算サーバは，日立製作所製の S R 16000 であり，1. C PU コアあたり 18.8. G fl ops の演算性能を持ち， 1 ノードが 32.C PU コアと 256.GB yte メモリを有する共有メモリ型スカラ計算機である。理論総演算性能は 5.4.T flops， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) 数 nm 程度以下の固体表面担持金属ナノクラスターは，有用な触媒として働くことが多くの研究において指摘されて いる。しかし，貴金属やレアメタル等の非常に高価な原子を使っていることが多く，豊富に存在する安価な原子で代 替した触媒の開発が望まれている。本研究課題では第一原理（カー・パリネロ）分子動力学計算を用いて，固体表 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... から見積もられたポンテシャル曲線を再現した。 b) 飽和脂肪酸を不飽和脂肪酸へ変換する金属酵素による生化学反応を高精度量子化学計算を用いて解明することに成功 した。脂肪酸は炭素が連なった構造を持つ分子であるが，炭素−炭素間に二重結合（C = C ）があるかどうかで大きく 二つに分類さされる。二重結合が無いものは「飽和脂肪酸」 ，有るものは「不飽和脂肪酸」と呼ばれる。体内では，飽 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) これまでに提案，改良・発展をさせてきた時間依存形式による溶質分子の電子状態の時間依存変化を記述する方法 を色素分子の光励起電子移動反応プロセスなどの研究に応用し，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダー での超高速電子移動反応プロセスや溶媒和過程の解析を可能にしてきた。これらの提案された方法論をさらに，光 ...
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電子計算機センター 現状と将来構想 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... それぞれの計算機は導入以降，徐々に 利用率が増加し２・３年後にピークを迎 えている。S X -3，HS P については利用率が ８ ０ ％以上にも達し飽和状態を経験している。導入当初は個々の計算機に適 したソフトウェアへの移植作業を行うなどジョブ処理以外での利用も含まれ，ソフトウェアの完成度が高まり，利用 ...
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自然科学研究機構連携事業 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... 2-17-3 分野間連携による学際的・国際的研究拠点形成 巨大計算新手法の開発と分子・ 物質シミュレーション中核拠点の形成 方法論の開発からそれに基づいた巨大計算にいたるまで，分子・物質の第一原理から出発した計算科学研究の中核 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2015 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本⽅針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2014 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本方針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2013 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本方針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本方針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本方針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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自然科学研究機構分子科学研究所点検評価規則（3ページ） 分子研リポート2010 | 分子科学研究所
... 第４条 委員会は，委員長が招集し，その議長となる。 （点検評価委員会の任務） 第５条 委員会は，次に掲げる事項について企画，検討及び実施する。 一 自己点検・評価及び外部評価の基本方針に関すること。 二 自己点検・評価及び外部評価の実施に関すること。 ...
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