科学技術計算性能比較
2012 年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム High Performance Computing Symposium 2012 HPCS /1/24 京 コンピュータにおける疎行列とベクトル積の 性能チューニングと性能評価 南一生 井上俊介 堤重信 前田拓
... を十分活用するためのプログラムの書替え作業を 進めている． これらのアプリケーション群は， 「京」の汎用性 を活かし，様々な応用分野のアプリケーションが 幅広く高い性能を発揮できることを実証できるよ うに選択されている．また今後の計算機開発に役 立つように，計算機科学的特性の観点を含め選択 された．ここで云う計算機科学的特性とは，一つ ...
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講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... PPIインタフェース構造の情報は既に十分存在する(?) Structural space of protein-protein interface is degenerate close to complete, and highly connected Gao & Skolnick., PNAS, 107, 22521 (2010) 1) PDBのPPI構造を分類すると90%程度はいずれ ...
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自動残差修正機能付き GBiCGSTAB$(s,L)$法 (科学技術計算アルゴリズムの数理的基盤と展開)
... 彼等は，まず， $\triangle r_{k}$ と $A\triangle x_{k}$ から計算される量 $\frac{\Vert\triangle r_{k}+A\triangle x_{k}\Vert}{\Vert b\Vert}$ (櫻井等は inconsistency と読んでいる ) が偽収束の指標となることに注目した．しかし，この量の計算は重いので， inconsistency ...
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理論・計算分子科学研究領域
... 科研費基盤研究(B), 「化学反応および相転移ダイナミクスの多次元振動分光法による理論解析」 , 斉藤真司 (2004年度 –2006 年度). C) 研究活動の課題と展望 近年の計算機の発達によ り ， 比較的小さなタ ンパク質に関 してはマイ ク ロ秒オーダーの計算が可能と なった。さ らに， 特殊な ハー ドウェアを用いて求められたミ リ秒の ト ラジェク ト リ計算を利用でき る タ ...
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政策決定プロセスにおける専門人材の役割 ―科学技術政策史と知財政策史の比較研究―
... 自動車については、国際基準よりも一段高い国内基 準を設定することにより、技術革新を促進させること に成功し、1978年（昭和53年）には、「日本版マスキ— 法」という世界一厳しい排出ガス規制を策定している。 また、「自動車アセスメント」として乗用車の保安基準 を消費者向けに公表し、消費者の選択行動を誘発させ ることにより、自動車メーカーによる安全性に関する 研究開発を促進させるという政策を推進している。 ...
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平成24年度 計算科学技術部会 第10回部会表彰式 および 第12回全体会議
... (1) ガイドライン策定の経緯 （東芝）中田 耕太郎 (2) ガイドラインの紹介 （規制庁）工藤 義朗 (3) 国内外のガイドライン策定に係る現状 （原子力機構）田中 正暁 概要：最先端のシミュレーション技術の世界的な動向として、信頼性の確保にかかわるガイ ドや標準を作成する動きが活発になっている。我が国でも、福島事故の教訓としてシミュ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). イオン液体中の構成分子である陽・陰両イオン分子間の相互作用とそれが引き起こす動的挙動の関係について理論 化学的，及び物理化学的側面より研究を進めてきている。分子レベルでのイオン間相互作用の理解に重点を置き， 分子動力学シミュレーションの手法を用いてイオン液体中における陽イオン，および陰イオンの挙動に関して解析を 行い， イオン間相互作用の特性についての研究を行ってきている。研究結果から， イオン間相互作用は多体効果によっ ...
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0530cmsi教育計算科学技術特論a_中田真秀 (nakata maho's conflicted copy) (6)
... • 理論ピークバンド幅: Intel Xeon(R) Gold 6148 : 125GB/s, NVIDIA Tesla V100 900GB/s • 高性能メモリマシンとして使うのが良い?? • GPUの演算性能を無視して、B/Fの大きなアプリケーションを動か すべきなのか(?) ...
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講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... III-1. 酸素運搬タンパク質ヘムエリスリン III-2. 光合成反応中心のスペシャルペア IV. 生体高分子生化学的機能解析のための分子計算技術の開発 IV-1. 半経験的分子軌道法によるQM部分の高速化 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). イオン液体は陽イオンと陰イオンのペアで構成され，イオン分子間の相互作用の特性を分子レベルで理解することが 最重要課題の一つであると考えられる。特に，イオン液体中でのダイナミックスなどを実験観測する際には異なるイ オン種間の相互作用や分子内自由度の効果が顕著に表れることが期待される。しかしながら，実験データからこのよ うな効果について直接分子レベルでの解釈を試みることは困難であり，さらなる理解のためにはコンピュータ ・ シミュ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 溶質分子周辺の溶媒分子の分布関数を時間依存形式として定式化し，時間依存形式の R IS M-S C F 法と組み合わせて 溶質分子の電子状態に関する時間依存変化を記述する方法を提案してきた。この方法論は溶質分子としての色素分 子の光励起電子移動反応プロセスの研究に応用され，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダーでの超高速 ...
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講師取締役千田範夫シニアコンサルタント竹内宗孝 の事業内容 Winmostar の開発 販売 科学技術計算コードの並列化 高速化 およびカスタム開発 計算化学コンサル etc 2
... ノード内並列計算（共有メモリ型） • HDDをSSDにすることでディスクI/Oを高速化、GPGPUで 演算を高速化 etc. • Linuxクラスタ上のGromacsにジョブ投入することでス ケールアップを実現（「リモートジョブ投入機能」） ...
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エンジニアと科学者が 科学技術計算に MATLAB を 選ぶ理由 飛躍的な進化を遂げた MATLAB が提供する価値とは?
... データ自身に語らせるためには MATLAB はデータをあらゆる形にカットする「切れ者」ツール MATLAB を使うと、長いコードを書かずにデータの任意のサ ブセットと論理インデックス付けされた配列データでさまざ まな分析アルゴリズムの比較検討が容易になります。関数を ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 陽イオンと陰イオンのペアで構成されるイオン液体中において，イオン分子間の相互作用の特性がその物理的，化学 的な性質を左右している。このような相互作用を分子レベルで理解することがイオン液体の研究における最重要課 題の一つである。特に，イオン液体中でのダイナミックスなどでは異なるイオン種間の相互作用や分子内自由度の効 果が顕著に表れることが期待され，これらについてのデータは静的な挙動のデータに加えて必要不可欠である。し ...
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日本原子力学会計算科学技術部会ニュースレター第 29 号 2018 年 3 月 1. 巻頭言 2. 原子力理解活動 について 2017 年度副部会長伊藤啓 1 運営小委員会 年秋の大会計算科学技術部会全体会議開催報告 年秋の大会計算科学技術部会セッション開催開
... このまま AI が進化を続けると、いずれ技術的特異点（ Technological Singularity ）に至るとい う予想が提唱されています。特異点を過ぎた後の AI の進化速度はほぼ無限大となり、人間の想像 力 が 全 く 及 ば な い 知 性 が 誕 生 す る と 考 え ら れ て い ま す 。 ま た 、 特 異 点 に 至 る 前 に 前 特 異 点 （ Pre-singularity ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... (d)アプリケーション利用キューを新設し， 機種に依存しない W eb からの標準入力で， 量子化学計算で最も利用頻度が 高い Gaussian プログラムの効率的実行を初心者にも簡便に実行可能にした。 これらの変更により，これまでと比較して格段に大規模な計算が実行できるようになった。たとえば，HF /6-31G(d) 法で，原子数 338，基底関数 4,238 の分子系の S C F（21 ...
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計算分子科学研究系
... 誘起四重極子の効果を 計算できるように基礎理論を拡張した。 観測されるシグナルには界面だけでなくバルクからの成分が含まれている ことが従来から指摘されているが， その大きさを定量的に計算することを可能とした。 また②に対しては初めのス テップとして， 我々が以前に報告した水表面のスペクトルの計算手法に多くの改良をほどこしたうえで大規模計算 を行い， ...
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日本原子力学会計算科学技術部会ニュースレター第 28 号 2017 年 8 月 1. 巻頭言 年度計算科学技術部会部会賞贈賞報告 2017 年度部会長巽雅洋 1 表彰小委員会委員長西田明美 年春の年会計算科学技術部会全体会議開催報告 年度計算
... ーションのテーマ抽出、地球シミュレータ利用プロジェクトへのテーマ申請により採択された。 自身も、そのテーマの一つである「地下空間における放射性核種移行と地下水挙動の大規模シミ ュレーションに関する研究」の責任者として研究開発に従事された。また、文部科学省 IT プロ グラム 「戦略的基盤ソフトウェアの開発」 の 1 テーマ 「 HPC ミドルウェアグループ」 において、 ...
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計算分子科学研究系
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 可視−赤外の和周波発生分光法は， 界面構造を光学的にプローブする実験手法として広く用いられるようになって きた。 しかし得られたスペクトルを解釈する上では， しばしば経験的なフィッティングなどに伴う曖昧さがつきま とい， 界面構造を分子レベルで同定する上で実際上大きな障害となっている。 そこで近年我々は分子シミュレーショ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... (3) この分野の国内，国外での研究分野としての重要性 本研究分野は量子力学，統計力学，分子シミュレーションを中心とした分子科学分野の理論・方法論を基礎として， 分子およびその集合体の構造，物性，化学反応，相転移，ダイナミクスなど物質が示す様々な現象を電子・原子レベ ルから理論的に考究する学術分野であり，計算機科学の発展とも相俟って，現在，急速にその重要性に対する認識が ...
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