界面科学、環境科学、計算科学
計算分子科学研究系
... b) 二分子反応における反応の特異性に関する理論研究 c) 機能分子の理論探索―非断熱遷移を利用した分子設計 A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 最も基礎的な反応過程である単分子反応の研究として光解離過程を取り上げ， 理論研究を行ってきた。 特にこのよ うな系は， 実験との厳密な比較が可能であり， 理論の問題点が明確になる。 その中で， 硫化カルボニル （OC S ） と一酸 化二窒素 （N 2 O） ...
9
海洋科学研究用電子計算機システム
... 3 コンパイラ等の利用 3.1 Fortran Compiler XL Fortran V.13.1 for AIX コンパイラは、Fortran77、90、95の各標準規格に完全準拠し、本システム が搭載するPowerPCプロセッサファミリーのアーキテクチャーに併せた最適化機能を有したコンパイラです。 またSMP環境での並列処理を可能にする為、POSIX ptheradsライブラリやOpenMP2.0 Fortran ...
19
理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 表面吸着系の電子物性や電子・核ダイナミクスを分子レベルで理解するためには，吸着種と表面の間で起こる電子 エネルギーの散逸を正しく記述することが必須である。従来の表面吸着系に対する一般的な計算方法としては，表 面を有限個の原子から構成されるクラスターで近似するクラスターモデル計算が良く知られている。しかしこのクラ スターモデル（C C ...
31
計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... スーパーコンピュータシステムは，富士通製 V PP5000 と S GI 製 Origin から構成される。V PP5000 は 1 C PU 当たり の最高演算性能が 9.6 Gflops のベクトル演算装置 ３ ０ 台から構成され，各 C PU に 8 ∼ 16 GB の主記憶装置を持つベクト ル並列計算機である。一方，S GI Origin は 1 C PU 当たりの最高演算性能が 0.6 ∼ 0.8 Gflops ...
4
理論・計算分子科学研究領域
... b) 我々の高精度分子理論を実在系の光機能分子における光・電子過程に応用し，それらの電子的メカニズムを解明す ることによって，実験との協力研究を推進することを目的としている。今年度は，電荷移動型の機能性色素の理論設 計の観点から，高い電子移動度を示すオリゴチオフェン骨格に電子ドナー・アクセプターを導入した分子システムの 研究を行った。 これらの電荷移動色素の励起状態と電荷移動度を置換基効果と溶媒効果の観点から検討した。 方法は， ...
21
Microsoft PowerPoint - 阪大計算科学特論A pptx
... 電力： 2.3 MW 環境温水冷却、大型リチウムイオン電池と高効率電源 東京大学の柏キャンパスに設置 理研「ディープラーニング解析システム」 Source: http://pr.fujitsu.com/jp/news/2017/03/6.html 2017年4月に稼働 ...
141
計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 302 研究施設の現状と将来計画 にしている。これまでに合計 113,007 件のデータが収録され，世界 84 カ国から利用されている。 共同利用に関しては，２ ０ １ １年度は 170 の研究グループにより，総数 666 名にもおよぶ利用者がこれらのシステム を日常的に利用している。また，世界をリードする計算科学研究を本センターから発信していくことができるよう， 大規模ユーザのために施設利用Ｓを設定し，２ ...
3
理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 当研究グループでは統計力学理論に基づき液体・溶液の構造，ダイナミクス，相転移を含む熱力学挙動，およびそ の中での化学反応を解明する理論の構築を目指して研究を進めている。特に，最近は様々な界面における液体の構 造とそこにおける化学過程に着目しており，電極−溶液界面，気液界面，液液界面，炭素細孔界面，生体分子界面 ...
24
計算科学研究センター 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... 共同利用における新システムの導入にあたり，運用面でも世界をリードする計算科学研究を本センターから発信し ていくことができるよう，大規模ユーザのために新たに施設利用Ｓを設定した。これに従い，審査により，年間３－ ４件程度の利用グループに本システムを優先的に使用していただき，従来の共同利用の枠を超えた超大規模計算の環 境を提供している。 ...
2
理論・計算分子科学研究領域
... b). 表面吸着系の電子物性や電子・核ダイナミクスを分子レベルで理解するためには，吸着系と表面の間で起こる電子 エネルギーの散逸を正しく記述することが必須である。従来の表面吸着系に対する一般的な計算方法としてしばし ば使われるクラスターモデル（C C M）では，本来半無限系である表面を有限個の孤立クラスターで近似してしまう ...
33
理論・計算分子科学研究領域
... c) Aβ ペプチドによるアミロイド線維形成は糖鎖と脂質膜の界面，あるいは水と空気の界面のような親水性／疎水性界 面で促進されることが実験的に報告がされている。 アミロイド線維中で分子間 β シート構造を形成する残基の多くが， 糖鎖／脂質界面では単量体の時に α ヘリックス構造を形成していることも明らかになっている。我々は親水性／疎 ...
20
試験の区分 院卒者試験 行政 人間科学 工学 数理科学 物理 地球科学 化学 生物 薬学 農業科学 水産 農業農村工学 森林 自然環境 大卒程度試験 政治 国際 法律 経済 人間科学 工学 数理科学 物理 地球科学 化学 生物 薬学 農業科学 水産 農業農村工学 森林 自然環境 総合職試験の院卒者試
... 27．原子力工学（原子炉・核燃料サイクル）①～②、 28．船舶海洋工学（流体）［船体復原性、船体抵抗・推進、船体運動］①～②、 29．船舶海洋工学（構造）［船体強度・振動、船舶設計・艤装］①～② （注1）13（材料力学［機械系］）と18（構造力学（土木））の同時選択不可。 15（流体力学［機械系］）と20（水理学）の同時選択不可。21（土木 計画）と22（環境工学（土木）・衛生工学）の同時選択不可。 ...
15
試験の区分 院卒者試験 行政 人間科学 工学 数理科学 物理 地球科学 化学 生物 薬学 農業科学 水産 農業農村工学 森林 自然環境 大卒程度試験 政治 国際 法律 経済 人間科学 工学 数理科学 物理 地球科学 化学 生物 薬学 農業科学 水産 農業農村工学 森林 自然環境 採用予定数 ( 院卒
... 27．原子力工学（原子炉・核燃料サイクル）①～②、 28．船舶海洋工学（流体）［船体復原性、船体抵抗・推進、船体運動］①～②、 29．船舶海洋工学（構造）［船体強度・振動、船舶設計・艤装］①～② （注1）13（材料力学［機械系］）と18（構造力学（土木））の同時選択不可。 15（流体力学［機械系］）と20（水理学）の同時選択不可。21（土木 計画）と22（環境工学（土木）・衛生工学）の同時選択不可。 ...
13
計算分子科学研究系
... 可視−赤外の和周波発生分光法は， 界面構造を光学的にプローブする実験手法として広く用いられるようになって きた。 しかし得られたスペクトルを解釈する上では， しばしば経験的なフィッティングなどに伴う曖昧さがつきま とい， 界面構造を分子レベルで同定する上で実際上大きな障害となっている。 そこで近年我々は分子シミュレーショ ...
12
計算分子科学研究系
... 法を開発してきた。本年の成果として，近年注目されている電解質水溶液界面の構造解析を行った。電解質水溶液 界面において，表面張力の濃度依存性の実験事実や誘電体モデルによる鏡像電荷の理論によって，イオンは水溶 液界面から遠ざかる傾向があると長年信じられてきた。しかし近年の分子動力学シミュレーションでは，B ...
9
計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 5-4-2 大規模計算のための環境整備 高速パソコンクラスターの普及などに伴って，計算科学研究センターへの期待と役割が最近変化してきている。こ のために，利用者の意見を広く集めて，魅力ある中核計算センターとしてさらに大きく発展するために，８月 ２ ５ 日か ...
4
講義資料 計算生命科学の基礎Ⅳ （→終了しました） | 計算科学教育センター
... まとめ BHandHLYP法はOxyHrとDeoxyHrの双方で妥当的な 磁気的相互作用を与えた ヘムエリスリンの蛋白質環境による静電相互作用は 活性中心の金属のd軌道のエネルギー準位を制御し 酸素結合に寄与している ...
103
CMSI教育計算科学技術特論A_中田真秀
... • 2000年までは、だいたいSUN/IBM/DEC/Intel/Fujitsu/Hitachi/NECなどCPU、 OS,システムごとにベンダーの実装があり、高価で販売されていた、またはマシンを買 うとついてきたりした。 • ATLAS:R. Clint Whaley氏による, オートチューニング機構で高速化したBLAS。そ れまでの2001年より多くのコンピュータのBLAS環境を劇的に改善した, パイオニア ...
75
計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 名にもおよぶ全国の利用者に共同利用施設として広くサービスを提供し， 計算 科学分野の中核的拠点センターとしての役割を果たしている。 最近の大規模計算への要求に答えるために， ２ ０ ０ ４ 年４ 月から運用の抜本的な変更を行い，これまでと比較してはるかに高度で便利な計算環境の整備を行った。変更の主な ...
3
理論・計算分子科学研究領域
... b). 電子エネルギーの散逸を考慮に入れた電子状態理論の開発 c). 量子ドット列における励起子ダイナミクスの理論 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 1. nm 〜数十 nm 程度のナノ構造体では，量子性を反映した特異な光誘起電子・核ダイナミクスが見られるが，その 基礎理学的理解は十分ではない。ナノ構造体ダイナミクスでは，局所的な空間領域で物質と電磁場が再帰的に相互 ...
33