Top PDF 理論・計算分子科学研究部門 159

理論・計算分子科学研究領域

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 電子やエネルギーの移動が化学の基本であるなら，我々はそれらの化学プロセスをどのよう記述できるだろうか？当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象や化学反応をターゲットに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指して ...

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計算科学研究センター分子研リポート2004 | 分子科学研究所

... (d)アプリケーション利用キューを新設し，機種に依存しない W eb からの標準入力で，量子化学計算で最も利用頻度が高い Gaussian プログラムの効率的実行を初心者にも簡便に実行可能にした。これらの変更により，これまでと比較して格段に大規模な計算が実行できるようになった。たとえば，HF /6-31G(d) 法で，原子数 338，基底関数 4,238 の分子系の S C F（21 ...

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理論研究系分子研リポート2003 | 分子科学研究所

... d) 多次元トンネル理論の構築と応用：トンネルには， ①二重井戸におけるエネルギー分裂， ②トンネルを介しての崩壊， ③反応におけるトンネル，の三種類の現象がある。いずれについても，３次元以上の多次元系に適用出来る正確な理論はなかったが，我々は，最初の二つの問題に対してインスタントン理論を実用性のあるものに定式化し直す事によって高い精度で高次元系を扱い得る理論の開発に成功した。 ...

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計算科学研究センター分子研リポート2004 | 分子科学研究所

... 委員Ｂ分子科学研究所は我が国唯一の分子科学に関する研究所である。従って，その社会的および学問的責任は極めて重い。その意味で分子科学研究所は我が国の分子科学をリードする役目を必然背負っていると言わざるを得ない。その ...

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計算科学研究センター分子研リポート2006 | 分子科学研究所

... 5-5　計算科学研究センター計算科学研究センターにおいては，２０００年度における計算科学研究センター化にともない，従来の共同利用に加えて，理論，方法論の開発等の研究以外にも，研究の場の提供，ネットワーク業務の支援，人材育成等の新たな業務 ...

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計算科学研究センター（3ページ）分子研リポート2011 | 分子科学研究所

... 研究施設の現状と将来計画　301 8-6　計算科学研究センター計算科学研究センターは，２０００年度の電子計算機センターから計算科学研究センターへの組織改組にともない， ...

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計算科学研究センター（3ページ）分子研リポート2012 | 分子科学研究所

... 318　研究施設の現状と将来計画 8-6　計算科学研究センター計算科学研究センターは，２０００年度の電子計算機センターから計算科学研究センターへの組織改組にともない， ...

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理論研究系分子研リポート2002 | 分子科学研究所

... 委員Ｃ分子科学研究所理論研究系および岡崎国立共同研究機構計算科学研究センターの教授および助教授の研究に関する国内評価に参加した印象を述べる。理論系には中村，谷村，永瀬，岡本，平田，米満の教授・助教授が，センターには岡崎教授がそれぞれ研究グルー ...

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理論研究系分子研リポート2000 | 分子科学研究所

... b) Z hu-Nakamura理論の化学反応研究への応用：ポテンシャル曲線の交差による非断熱遷移に対して我々は完全解析解を求めたが、この理論は一般の多次元系化学反応に有効に活用出来る。ポテンシャル交差での遷移確率だけでなく遷移に伴って生じる位相に対する簡便な公式も得られており、しかも全て断熱ポテンシャルの情報から計算する事が出来るので大変便利である。 ...

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理論研究系分子研リポート1999 | 分子科学研究所

... e) 擬１次元ハロゲン架橋複核金属錯体（ＭＭＸ鎖）には，金属イオン，ハロゲンイオン，配位子，対イオン，溶媒に依存して，多様な混合原子価状態が現れる。配位子としてdtaを使った中性の白金ヨウ素系は室温以上で金属相，低温でスピンパイエルス的な格子変位をともなう交互電荷分極相が観測されている。一方，対イオンが存在する，配位子として pop を使った系は，白金塩素系や白金臭素系で電荷密度波型の格子変位が観測され，白金ヨウ素系 ...

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理論研究系分子研リポート1999 | 分子科学研究所

... 理論化学，化学物理理論の研究を進める上で電子計算機の利用は不可欠である。分子研計算機センターは，設立以来，日本の理論化学の研究の発展に極めて大きな貢献をしてきた。日本が分子科学のための大きな計算機センター，計 ...

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理論研究系分子研リポート2001 | 分子科学研究所

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。よって，その立体構造を予測することは（その生化学的機能との関係上，極めて重要であるにもかかわらず）至難の業である。特に，理論的に第一原理から（エネルギー関数を最小化することにより）立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。それは，溶媒の効果を取り入れるの ...

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理論研究系分子研リポート2002 | 分子科学研究所

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。よって，その立体構造を予測することは（その生化学的機能との関係上，極めて重要であるにもかかわらず）至難の業である。特に，理論的に第一原理から（エネルギー関数を最小化することにより）立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。それは，溶媒の効果を取り入れるのが困 ...

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計算科学研究センターの将来構想分子研リポート2001 | 分子科学研究所

... スーパーコンピュータシステムは，富士通製 V PP5000 と S GI 製 Origin から構成される。V PP5000 は 1 C PU 当たりの最高演算性能が 9.6 Gflops のベクトル演算装置３０台から構成され，各 C PU に 8 ∼ 16 GB の主記憶装置を持つベクトル並列計算機である。一方，S GI Origin は 1 C PU 当たりの最高演算性能が 0.6 ∼ 0.8 Gflops ...

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理論研究系分子研リポート1998 | 分子科学研究所

... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) ２次元ラマン等の高次光学過程による実験がポピュラーになるにつれ，様々な系を理論的に解析してほしいという声が強くなってきた。高次光学過程のスペクトルは，３次や４次の分極率や双極子の時間相関関数を求める事により計算されるが，溶媒等散逸のある系でこれらを計算する事は，量子力学の観測理論にも通じる厄介な問題 ...

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電子計算機室分子研リポート2003 | 分子科学研究所

... c) 非接触型原子間力顕微鏡のカンチレバーの機構を利用して試みられつつあるタンパク質の機械的延伸実験に対応した分子動力学シミュレーションを行っている。これにより，延伸実験で測定される力のプロフィールの分子論的な意味を明らかにするとともに，水中でのタンパク質のコンホメーション変化に際しての自由エネルギープロフィールを得ることができるが，これまでにポリアラニン，ポリグルタミン酸の ...

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電子計算機室分子研リポート2002 | 分子科学研究所

... -2) 研究課題： a) 溶液中における溶質分子振動量子動力学の計算機シミュレーション b) 量子液体とその中での溶媒和に関する理論的研究 c) 生体膜とそれを横切る物質透過の分子動力学シミュレーション d) タンパク質の機械的一分子操作の計算機シミュレーション e) ...

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計算科学技術特論 A 古典分子動力学計算法の高速化 2019 年 7 月 4 日名古屋大学大学院工学研究科附属計算科学連携教育研究センター吉井範行

... 短距離相互作用 Cell index法 • 帳簿を作成，更新する際のN(N-1)/2通りの距離計算が大きな負荷.大きなメモリを要する． • L/ r l が4以上の場合には，一辺の長さがr l よりも大きくなる範囲内で基本セルそのものをx，y， zそれぞれの方向に4分割以上の分割を行う． ...

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電子計算機室分子研リポート2001 | 分子科学研究所

... 超分子カリックスアレンは，分子内に極性と非極性を示すサイトがあり，有機アンモニウム種と錯体を構成するときユニークな結合特性を示す。このことは，生化学において重要な役割を果たす。我々は，誘導体の一つである p-tert-Butylcalix[4]crown-6-etherを取り上げ，アルキルアンモニウムカチオンとの錯体形成における特徴を非経験的分子軌道法により解明した。また， ...

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電子計算機センター将来計画分子研リポート1998 | 分子科学研究所

... 年のベクトル型スーパーコンピュータのセンターへの導入は，分子動力学計算と反応動力学計算分野の研究者に大きな刺激を与えた。この様に将来の超並列スーパーコンピュータの導入が，新たな分子科学計算分野の進展を促す可能性も十分にあり，前述のように超並列時代を見据えた方法論の開拓が重要である。計算機のハード・ソフトの ...

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