理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム
GROMACS-Viewer 利用者マニュアル 平成 26 年 3 月 独立行政法人理化学研究所 HPCI 計算生命科学推進プログラム
... 分子鎖ごとに色を変える color chain ２次構造ごとに色を変える color structure 詳細は jV のマニュアル http://pdbj.org/jv/manual/color_ja.html を参照してください。 本アプリケーションでは独自に dssp 配色を定義しています。4.5 節の内容に沿って Gromacs の DSSP 計算結果を読み込んだ場合、そこに記述されている配色を使用すること ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 全 rank（MPIプロセス）の中で、計算、MPI待ち、MPI通信の最大値（MAX）と最小値（MIN）をプロット • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が 、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 大きく ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... ピークコーリングなどに用いられるRパッケージ� • BayesPeak : 隠れマルコフモデルとベイズ統計 • PICS : ChIP-Seqの確率推論 • DiffBind Link : ChIP-Seq ピークデータの結合差解析Overlap 計算、Boxplot, PCA biplot, heatmap による可視化、edgeR, DESeq をつかった binding affinity 解析 ...
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座談会 HPCI 戦略プログラム分野 1 特別座談会 予測する生命科学 医療および創薬基盤 の 5 年間を振り返る生命科学の新たな時代を切り拓いた計算生命科学 京 を中核とする日本の高性能計算基盤 (HPCI) を活用して 生命科学分野で世界最高水準の研究成果を達成することを目指し 2011 年度か
... 重点課題（2） 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学 NEXT STAGE MRIやX線CT、超音波エコーなど、非 侵襲的に生体内の観察を可能にする計測 技術の発展は、医療に大きな進歩をもた らしてきました。一方、計算科学の発展 により、生体分子や細胞から組織、臓器、 個体に至る様々な階層での力学現象の解 ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... 計算、 Boxplot, PCA biplot, heatmap による可視化、edgeR, DESeq をつかった binding affinity 解析 • MOSAiCS :モデルから期待される値に fivng • iSeq Link :隠れイジングモデルによる結合部位の同定 ...
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S PECIAL INTERVIEW バイオスーパーコンピューティングが拓くライフサイエンスの未来 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 の 6 年半をふりかえる 革新的なアプローチでライフサイエンス分野の未来を切り拓いてきたグランドチャレンジ 理化学研究所次世代計算科学研究開発プ
... 心筋梗塞のシミュレーションでは、グランドチャレンジプログラムで 開発した血栓シミュレータを拡張し、血栓形成の初期段階で血小板が粘 着・凝集する一次血栓（血小板血栓）だけでなく、血液凝固機能の発動 による二次血栓（フィブリン血栓）の成長から血管閉塞に至るまでのシ ナリオを再現することをめざしています。さらに、久田俊明（東京大学） らが開発している心臓シミュレータとの連成を行い、その効果を含めて、 ...
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資料2-2HPCI戦略プログラム分野1 予測する生命科学・医療および創薬基盤
... 課題1：細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション ① 細胞環境を考慮した信号伝達経路のモデリング （理研 杉田） 細胞環境の重要な要素の一つである分子混雑に注目し、分子混雑環境が蛋白質のダイナミクス、安定性、水和、 分子認識などに与える影響を明らかにすることを目的にして、マイコプラズマの細胞質が含む生体分子によって 構成される 世界最大級の1億原子系の全原子分子動力学シミュレーションを実施した。 計算には、自主開発した ...
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2001 年 3 月 12 日 独立行政法人理化学研究所 智の遺伝子探索計画 国際ワークショップの開催 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は 3 月 14 日 15 日の 2 日間 東京都内のホテルにおいてヒトゲノムの意味をより高度に理解するための国際ワークショップ GEMINI(Genes a
... 理研 GSC では、ヒトゲノムとチンパンジーおよび関連類人猿ゲノムとの比較解析 から、ヒト固有の遺伝子型を発見し、それをヒト固有の表現型、特に高度の知的活 動と結びつけることを目指しています。本計画は、理研 BSI と国立遺伝学研究所と 共同で「智の遺伝子探索プロジェクト」として取り組み、ゲノム研究者のみならず、 分子進化学、脳科学、人類学など学際的協力で推進していきます。 ...
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PRESS RELEASE 報道解禁日 : 日本時間 2016 年 10 月 24 日午後 8 時 25 日朝刊 2016 年 10 月 21 日理化学研究所千葉大学高知大学大阪大学生薬 甘草 のゲノム解読に成功 - 重要生薬の原料の安定供給と有用遺伝子の探索に貢献 - 要旨理化学研究所 ( 理研
... このウラル甘草の単一系統（308–19 系統）を材料として、タイプの異なる高 速シークエンサー [5] を組み合わせて用いて、 ゲノムの DNA 配列を解読しました。 解読した DNA 配列を高速計算機で解析し、冗長性をなくして（解読したデータ における重複する部分をなくす） 、推定されているゲノムサイズの 94.5％に相当 する 379 メガベース（Mb、1Mb は 100 万ベース）のゲノム情報を構築しまし た。 ...
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東京大学医科学研究所 The Institute of Medical Science, The University of Tokyo ポスト 個別化 京 重点課題 (2 ) 予防医療を支援する統合計算生命科学 ポスト 京 重点課題 2 個別化 予防医療を支援する統合計算生命科学 がん細胞が免疫か
... 本 研 究 は 、 日 本 医 療 研 究 開 発 機 構 （ AMED ） の 「 革 新 的 が ん 医 療 実 用 化 研 究 事 業 （ 15Ack0106014h0002 ） 」 、 科 学 研 究 費 助 成 事 業 新 学 術 領 域 研 究 （ 22134006, 15H05909）、文部科学省 HPCI 戦略プログラム 分野１「予測する生命科学・医療および創 ...
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戦略的創造研究推進事業 CREST 研究領域 生物の発生 分化 再生 研究課題 Geneticdissection による神経回路網形成機構の解析 研究終了報告書 研究期間平成 12 年 11 月 ~ 平成 17 年 10 月 研究代表者 : 岡本仁 ( 独立行政法人理化学研究所脳科学総合 研究セン
... 俵山 寛司、帯刀 益夫、東海林 亙, ゼブラフィッシュ・ニューロピリン-1・ホモログの発現調節機 構の解明, 第 27 回日本神経科学大会・第 47 回日本神経化学会大会, 大阪, 2004.6 Yamaguchi, M., Tonou-Fujimori, N., Komori, A., Maeda, R., Li, H., Nojima, Y., Okamoto, H. and Masai, I. Analysis of ...
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ニュースリリース 平成 27 年 5 月 1 日 国立大学法人千葉大学 自然科学研究機構国立天文台 スーパーコンピュータによる 宇宙初期から現在に いたる世界最大規模のダークマターシミュレーション 概要 千葉大学 東京経済大学 愛媛大学 東京大学 文教大学による研究グループは 理化学研究所計算科学研
... 本研究は、HPCI 戦略プログラム 5―物質と宇宙の起源と構造（代表機関：筑波大 学計算科学研究センター）のプロジェクトとして実施されました（課題番号： hp120286、 hp130026、hp140212）。また科学研究費補助金（課題番号：24740115、25287041）、 山田科学振興財団の援助を受けて実施されました。 ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... １． 計算（機）科学からの評価 評点３．８ 生命科学で重要なタンパク質間相互作用をネットワークする為に計算アルゴリズムを開発して大規模並列計算 を可能とするソフトウェア「MEGADOCK」を開発した。蛋白質形状相補性および静電相互作用に基づき高速にドッ ...
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PRESS RELEASE 毒のないジャガイモ 参考資料配布 2016 年 7 月 26 日理化学研究所大阪大学神戸大学 - さらに萌芽を制御できる可能性の発見 - 要旨理化学研究所 ( 理研 ) 環境資源科学研究センター統合メタボロミクス研究グループの梅基直行上級研究員 斉藤和季グループディレクタ
... 破壊したりすることで毒がなく、かつ萌芽を制御できるジャガイモを育種できる可能 性を示しています。 本研究の一部は、生物系特定産業技術研究支援センター・イノベーション創出基礎 的研究推進事業ならびに，総合科学技術・イノベーション会議の SIP（戦略的イノベ ーション創造プログラム）「次世代農林水産業創造技術」などの支援を受けて行いま した。本成果は、米国の科学雑誌『Plant ...
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共同研究チーム 理化学研究所光量子工学研究センター画像情報処理研究チーム チームリーダー 横田秀夫 ( よこたひでお ) ( 兼務副ク ルーフ テ ィレクタ- 科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログラム 健康医療データ多層統合プラットフォーム推進グループ ) 研究員 竹本智子 ( たけも
... した。CNN は、特に画像の分類や識別で高い性能を発揮するディープラーニン グの一つです。採用した学習方法を用いれば、早期胃がんの領域を正解として 与えた正解画像と正常画像の計約 200 枚から、効率的な学習を可能にできると 考えました。共同研究において、国立がん研究センターは早期胃がんの内視鏡 画像の収集・分類を行い、理化学研究所はそれらの画像情報から早期胃がんの 判別モデルを作成しました。 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... たくさんのCPUを持つ「京」を使いこなすには、ソフトウェアやプログラミングにも工夫が必要なんだ。 「京」の持つ力を最大限引き出すよ！ メモリに置いてある命令の列（プログラム）から命 令を順番に取り出し、 その命令に従ってコンピュー タの各部分に指令（指示） を出す、 コンピュータの 頭脳。コンピュータの最も重要な部品で、たし算や かけ算をする演算装置も含まれている。 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... ものづくりの世界では、流体、熱、構造、音、化学反応などが連成する複雑・ 複合現象を対象としたシミュレーションが望まれている。これまで、こうした問題 には、各現象に対して個別に開発された手法を組み合わせることで対応してきた が、「京」に代表される HPC 環境を活用して手法のさらなる高速化や高精度化 をねらう場合、手法間のデータ転送や補間のために、十分な計算性能を引き出 せないという問題が生じる。我々のチームでは、「 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 境下で、 生命の進化を模倣させるアプローチもあります。 これらのシミュレーションは、 私たちが生命の本質に迫る手助けをしてくれます。 身体 ̶ 人間を代替するロボット 自らの姿形を模したものに、 私たちは不思議な魅力を感じます。 古代から現代にいたるまで、 洋の東西を問わず人形を愛でる文化がある ことはよく知られています。 中には、 外見を真似するのみならず、 お茶を運んだり、 ...
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資料2_ライフサイエンス研究におけるオープンサイエンスの推進（理化学研究所 小安重夫氏 説明資料）
... 析手法によって分類し、カタログ化することを目的とした国際プログラム「セルアトラス（ヒト細胞百 科事典、HCA）プロジェクト」が欧米の主要な研究機関（欧州：サンガー研究所・カロリンスカ研究 所、米国：ブロード研究所、等）を中心に提案され、参画機関の研究者間の会議で議論が進んでいる。 本プロジェクトの推進のためには、系統的かつ高精度でヒトを構成する全ての細胞ついて一つ一つの細 ...
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資料1－3 独立行政法人理化学研究所役員・センター長プレゼン資料（ゲノム医科学研究センター）
... ◯次世代シーケンサーを用いた発の国際プロジェクトで、がん研究の世界共通の基盤構築を目指した「国際がんゲノムコンソーシア ム（ICGC）」へ参画し、ウイルス性肝がんのゲノム変異を高精度に解析、今年度１２症例のウイルス性肝がんの体細胞突然変異と構 造変化を同定、ICGCに大きく貢献した。 ◯米国国立衛生研究所（NIH）と設立した国際薬理遺伝学研究連合（GAP）において、薬剤の効果予測や副作用回避に向けて先端 ...
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