理化学研究所計算科学研究機構様 施設内部
植物科学最前線 7:241 (2016) 寄生植物コシオガマの吸器形成機構 若竹崇雅 1,2, 吉田聡子 3,4 1,2, 白須賢 1 東京大学大学院理学系研究科 東京都文京区本郷 理化学研究所環境資源科学研究センター 神奈川県横浜市鶴見区末広町
... 同様に，他の植物がいないところに吸器を形成しても意味がなく，どこに他の植物が存在 するかを適切に認識することは吸器形成においても重要である。寄生植物がどのように宿主 植物を認識し吸器を形成するのか調べるために，根の滲出液や抽出液から吸器誘導物質 （HIF: haustorium inducing factor）を単離，同定する研究が行なわれてきた。その結果，ソル ガムの根の抽出液から ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 生体内には， 活性中心に金属イオンをもつ金属酵素と呼ばれる一群のタンパク質が存在する。 これらの中で酸化反 応に関与する金属酵素は， その反応中に高酸化状態の反応中間体を生成する。 この高酸化状態の反応中間体は， 酵素 反応を制御するキーとなる中間体であるが， その不安定性のため詳細が明らかでないものが多い。 これら金属酵素 の構造と機能の関わりを解明するため， ...
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ニュースリリース 平成 27 年 5 月 1 日 国立大学法人千葉大学 自然科学研究機構国立天文台 スーパーコンピュータによる 宇宙初期から現在に いたる世界最大規模のダークマターシミュレーション 概要 千葉大学 東京経済大学 愛媛大学 東京大学 文教大学による研究グループは 理化学研究所計算科学研
... ハローはまず小さいものから形成され、それらが合体を繰り返すことで大きく成長 していきます。このように、階層的に構造を形成しながら、ハローの中でガスが冷え て収縮して星が誕生し、銀河や銀河団などの巨大な天体が形成していったと考えられ ています。またハローの合体に続いてハロー内部の銀河が合体すると、大量のガスが 銀河中心に存在するブラックホールに供給され、ブラックホールが成長するとともに、 活動銀河核 ※ 4 ...
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60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 10 月 17 日財団法人高輝度光科学研究センター (JASRI) 独立行政法人科学技術振興機構 (JST) 独立行政法人理化学研究所松下電器産業株式会社筑波大学 DVD-RAM の記録速度を支配する構造の謎を解明 - さらなる記録速度向上への材料設計の
... この重要な問題を解決するため、大型放射光施設 SPring-8 ※ 3 において、戦略的創 造研究推進事業 CRESTタイプ（チーム型研究）「反応現象のX線ピンポイント構 造計測（研究代表者 :高田昌樹）」プロジェクトが発足し、高田昌樹（理化学研究所 主 任研究員） 、小原真司（財団法人高輝度光科学研究センター ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... 農学系ゲノム科学におけるビッグデータ解析 の実施内容 E1:UNIXの操作・データ解析環境の⽴立立ち上げ・スクリプト作成（Perl/Ruby/ Python） FreeBSD, Linux の操作、インストール、Perlなどをもちいたテキスト処理理 E2:DNA配列列アセンブリ・メタゲノム解析・データベース構築（SQL） ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... 計算、 Boxplot, PCA biplot, heatmap による可視化、edgeR, DESeq をつかった binding affinity 解析 • MOSAiCS :モデルから期待される値に fivng • iSeq Link :隠れイジングモデルによる結合部位の同定 ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... １． 計算機科学からの評価 評点３．７ 脳神経系は多階層を成す超複雑システムであり、複雑なシステムの中で本研究は無脊椎動物（カイコガ）にお ける匂い刺激大から匂い源探索行動までの嗅覚情報処理をシミュレーションするものである。脳神経系の情報処 理基盤における入力から出力までの変換過程が環境により動的に適応する過程の解明には次世代スーパーコン ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... ) 研究活動の課題と展望 酸化反応を触媒するヘム酵素の反応機構に関する基礎研究から， 活性中心を構成する ア ミ ノ酸の役割を分子レベルで明 らかと してきた。 こ う した研究成果に基づいて， 人工的なヘム酵素の構築を現在目指している。 具体的には， ミ オグロ ビンを 人工酵素構築のためのビルディ ングブロ ッ ク と して利用 し， 酵素活性発現に必要なア ミ ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... -3) 研究活動の概略と主な成果： a) これまでの研究においては， 紅色非硫黄光合成細菌中に含まれる転写調節因子 C ooA が， 一酸化炭素を生理的なエ フェクターとして利用しており， 一酸化炭素存在下においてのみ， 転写活性化因子としての活性を獲得する， 新規な 転写調節因子であることを明らかにしてきた。 本年度は， 好熱性一酸化炭素酸化細菌 Carboxydothermus ...
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PRESS RELEASE 2019 年 4 月 3 日理化学研究所金沢大学国立天文台 ガンマ線バーストのスペクトルと明るさの相関関係の起源 - 宇宙最大の爆発現象の理論的解明へ前進 - 理化学研究所 ( 理研 ) 開拓研究本部長瀧天体ビッグバン研究室の伊藤裕貴研究員 長瀧重博主任研究員 数理創造プ
... 本研究は、日本学術振興会（JSPS）科学研究費補助金若手研究 B「相対論的ジェット 中の輻射輸送計算に基づいたガンマ線バーストの放射機構の系統的研究（研究代表者： 伊藤裕貴）」をはじめ、同国際共同研究加速基金（国際共同研究強化） 「微視的な散逸過 ...
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S PECIAL INTERVIEW バイオスーパーコンピューティングが拓くライフサイエンスの未来 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 の 6 年半をふりかえる 革新的なアプローチでライフサイエンス分野の未来を切り拓いてきたグランドチャレンジ 理化学研究所次世代計算科学研究開発プ
... そのため、分子科学研究所を中心に、電子・原子・分子レベルからの精 緻な大規模計算によってナノ物質の特性や現象を理解して予測につなげ るグランドチャレンジのシミュレーションソフトウェア開発がスタートし ました。しかし、ライフサイエンス分野に関しては、それまで計算科学 的なアプローチはほとんど未開拓に近い領域でした。それでも、この分 ...
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植物のエピジェネティクス変化をリアルタイムに捉えることに成功 プレスリリース（研究成果）2017 | 理化学研究所
... 東京理科大学 理化学研究所 東京工業大学 科学技術振興機構 東京理科大学理工学部応用生物科学科 松永 幸大 教授、坂本 卓也 助教、栗 田和貴大学院生、理化学研究所 環境資源科学研究センター 植物ゲノム発現研 究チーム 関原明チームリーダー、ケミカルゲノミクス研究グループ 吉田稔グ ループディレクター、東京工業大学 ...
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理化学研究所の役職員への兼業（兼職）依頼について
... 究支援部人事課、播磨事業所、計算科学研究機構においては研究支援部総務課（以下 「人事担当課」という。）へ提出する。 2 前項の申請を受けた人事担当課は、決裁基準規程(平成 15 年規程第 2 号)による決裁 を得た後、本人に許可又は不許可について通知する。 ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... • zhegv部分のMPI待ちと、MPI通信の経過時間が大きく減少している à ELPAは、Scalpack よりも 通信方法が大きく改善されている ことがわかった。 • Scalapack より、ELPAの方が計算はコストがかかっている。 à ELPAは、 計算にコストをかけて、通信で得するようになっている 。 ...
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計算分子科学研究系
... 研究課題(b)を特に推進する。 非断熱 ト ンネル現象を利用した分子機能の制御と開発を目的とする。 その中で特に最近， 環 状分子にその機能を う ま く 発現させる可能性を見出している。 つま り ， ま さ に分子スイ ッチ ・ ゲー ト と して提案したモデルに対 する現実系と しての可能性を持つ結果を得は じめている。 そこで， この分子とその類似系について同様な理論計算を行い， 分子スイ ッチ ・ ...
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GROMACS-Viewer 利用者マニュアル 平成 26 年 3 月 独立行政法人理化学研究所 HPCI 計算生命科学推進プログラム
... 分子鎖ごとに色を変える color chain ２次構造ごとに色を変える color structure 詳細は jV のマニュアル http://pdbj.org/jv/manual/color_ja.html を参照してください。 本アプリケーションでは独自に dssp 配色を定義しています。4.5 節の内容に沿って Gromacs の DSSP 計算結果を読み込んだ場合、そこに記述されている配色を使用すること ...
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計算分子科学研究系
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど，溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。これまですでに，調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や，注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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KEK 技術研究会 2010/3/ /03/19 JPARC 実験データの共通計算機システムへの転送 高エネルギー加速器研究機構技術研究会 2010 年 3 月 19 日 KEK 共通基盤研究施設計算科学センター八代茂夫 2010/3/19 1/27 KEK 技術研究会 報告集の修正が入
... 2010/3/19 KEK 技術研究会 6/27 HPSS (High Performance Storage System) HPSSとは – アメリカエネルギー省研究所とIBM Houstonとで開発され、IBM Houston がサポートを行なっている階層型ストレージシステム – データの保管先として磁気テープを利用 ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 「京」やポスト「京」では、ネットワークで接続された膨大な数の計算ノードが 相互に通信し合いながら手分けして並列に処理を進めることにより、大規模な計 算を高速で実行する。しかし、ノード数が多くなるにつれて通信や同期に時間が かかり、全体として計算機の規模に見合った性能を実現しにくくなる。また、昨 今の大規模並列計算機は、複数のマルチコアプロセッサからなる共有メモリ型ノー ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 造が反復されていく特徴を持っており、 現在ではコンピュータでシミュレーションすることができます。 コンピュータ内につくり出した環 境下で、 生命の進化を模倣させるアプローチもあります。 これらのシミュレーションは、 私たちが生命の本質に迫る手助けをしてくれます。 身体 ̶ 人間を代替するロボット 自らの姿形を模したものに、 私たちは不思議な魅力を感じます。 古代から現代にいたるまで、 洋の東西を問わず人形を愛でる文化がある ...
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