理化学研究所 計算科学研究機構様 施設内部
自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... 農学系ゲノム科学におけるビッグデータ解析 の実施内容 E1:UNIXの操作・データ解析環境の⽴立立ち上げ・スクリプト作成（Perl/Ruby/ Python） FreeBSD, Linux の操作、インストール、Perlなどをもちいたテキスト処理理 E2:DNA配列列アセンブリ・メタゲノム解析・データベース構築（SQL） ...
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ニュースリリース 平成 27 年 5 月 1 日 国立大学法人千葉大学 自然科学研究機構国立天文台 スーパーコンピュータによる 宇宙初期から現在に いたる世界最大規模のダークマターシミュレーション 概要 千葉大学 東京経済大学 愛媛大学 東京大学 文教大学による研究グループは 理化学研究所計算科学研
... E-mail：[email protected] 用語解説 ※1 スーパーコンピュータ「京」 文部科学省が推進する「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフ ラ（ HPCI）の構築」プログラムの中核システムとして、理研と富士通が共同で開発 を行い、2012 年 9 月に共用を開始した計算速度 10 ペタフロップス級のスーパーコン ピュータ。 「京（けい）」は理研の登録商標で、10 ペタ（10 ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... b) 自然界にある窒素や酸素などの小分子は， 金属酵素により活性化され， 利用される。 活性中心の金属イオンに配位し た小分子は， 配位する金属イオンの種類， 配位子， 構造によりその反応性を大きく変化させる。 このような多様な反 応性を支配する電子構造因子がなにかを解明するため， 磁気共鳴法により研究を行っている。 金属イオンやそれに 配位した小分子を磁気共鳴法により直接観測して， ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... 素を酸化的に分解する素過程の直接観測に成功 した。 さ ら に， 過酸化水素の分解機構の詳細を明らかにする こ と に成功 し た。 b) 我々が作成した人工ペルオキシゲナーゼは， 高い不斉酸化能を有することを示してきたが， これはヘム近傍を構成 する蛋白質の不斉環境が作用していることは明かである。 そこで， 蛋白反応場の不斉環境を利用しながらヘム酵素 とは異なる触媒機能を賦与する試みとして， ヘムタンパク質中のヘム ...
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12 理化学研究所
... 役員報酬の支給水準の設定についての考え方 理化学研究所は長い歴史を有し、これまで世界の第一線にて研究をリー ドしてきたところである。こうした研究機関に対し、文部科学省独立行政法 人評価委員会（理化学研究所作業部会）は、平成１７年度及び１８年度の 評価委員会意見において、国際水準に鑑みて給与の決定を行うべき意見 ...
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- 目次 - はじめに 1 Ⅰ 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の概要 2 Ⅱ 中間評価の概要 4 Ⅲ 中間評価の結果 1. 事業運営主体 理化学研究所 茅幸二 7 2. 各チームおよび個別研究課題の評価 A 分子スケール研究開発チーム 理化学研究所 木寺詔紀 10 A1 長時
... １． 計算（機）科学からの評価 評点３．８ 生命科学で重要なタンパク質間相互作用をネットワークする為に計算アルゴリズムを開発して大規模並列計算 を可能とするソフトウェア「MEGADOCK」を開発した。蛋白質形状相補性および静電相互作用に基づき高速にドッ キングの可能性を評価する独自ソフトウェアの開発は評価できる。計算速度と予測精度を改良し、さらに次世代ス ...
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PRESS RELEASE 2019 年 4 月 3 日理化学研究所金沢大学国立天文台 ガンマ線バーストのスペクトルと明るさの相関関係の起源 - 宇宙最大の爆発現象の理論的解明へ前進 - 理化学研究所 ( 理研 ) 開拓研究本部長瀧天体ビッグバン研究室の伊藤裕貴研究員 長瀧重博主任研究員 数理創造プ
... 本研究は、日本学術振興会（JSPS）科学研究費補助金若手研究 B「相対論的ジェット 中の輻射輸送計算に基づいたガンマ線バーストの放射機構の系統的研究（研究代表者： 伊藤裕貴）」をはじめ、同国際共同研究加速基金（国際共同研究強化） 「微視的な散逸過 ...
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60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 10 月 17 日財団法人高輝度光科学研究センター (JASRI) 独立行政法人科学技術振興機構 (JST) 独立行政法人理化学研究所松下電器産業株式会社筑波大学 DVD-RAM の記録速度を支配する構造の謎を解明 - さらなる記録速度向上への材料設計の
... この重要な問題を解決するため、大型放射光施設 SPring-8 ※ 3 において、戦略的創 造研究推進事業 CRESTタイプ（チーム型研究）「反応現象のX線ピンポイント構 造計測（研究代表者 :高田昌樹）」プロジェクトが発足し、高田昌樹（理化学研究所 主 任研究員） 、小原真司（財団法人高輝度光科学研究センター ...
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自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン
... 農学系ゲノム科学におけるビッグデータ解析 の実施内容 E1:UNIXの操作・データ解析環境の⽴立立ち上げ・スクリプト作成（Perl/Ruby/ Python） FreeBSD, Linux の操作、インストール、Perlなどをもちいたテキスト処理理 E2:DNA配列列アセンブリ・メタゲノム解析・データベース構築（SQL） ...
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機構共通研究施設（分子科学研究所関連）
... -3) 研究活動の概略と主な成果： a) これまでの研究においては， 紅色非硫黄光合成細菌中に含まれる転写調節因子 C ooA が， 一酸化炭素を生理的なエ フェクターとして利用しており， 一酸化炭素存在下においてのみ， 転写活性化因子としての活性を獲得する， 新規な 転写調節因子であることを明らかにしてきた。 本年度は， 好熱性一酸化炭素酸化細菌 Carboxydothermus ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 「京」やポスト「京」では、ネットワークで接続された膨大な数の計算ノードが 相互に通信し合いながら手分けして並列に処理を進めることにより、大規模な計 算を高速で実行する。しかし、ノード数が多くなるにつれて通信や同期に時間が かかり、全体として計算機の規模に見合った性能を実現しにくくなる。また、昨 今の大規模並列計算機は、複数のマルチコアプロセッサからなる共有メモリ型ノー ...
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KEK 技術研究会 2010/3/ /03/19 JPARC 実験データの共通計算機システムへの転送 高エネルギー加速器研究機構技術研究会 2010 年 3 月 19 日 KEK 共通基盤研究施設計算科学センター八代茂夫 2010/3/19 1/27 KEK 技術研究会 報告集の修正が入
... 2010/3/19 KEK 技術研究会 6/27 HPSS (High Performance Storage System) HPSSとは – アメリカエネルギー省研究所とIBM Houstonとで開発され、IBM Houston がサポートを行なっている階層型ストレージシステム – データの保管先として磁気テープを利用 ...
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理化学研究所の役職員への兼業（兼職）依頼について
... 究支援部人事課、播磨事業所、計算科学研究機構においては研究支援部総務課（以下 「人事担当課」という。）へ提出する。 2 前項の申請を受けた人事担当課は、決裁基準規程(平成 15 年規程第 2 号)による決裁 を得た後、本人に許可又は不許可について通知する。 ...
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植物科学最前線 7:241 (2016) 寄生植物コシオガマの吸器形成機構 若竹崇雅 1,2, 吉田聡子 3,4 1,2, 白須賢 1 東京大学大学院理学系研究科 東京都文京区本郷 理化学研究所環境資源科学研究センター 神奈川県横浜市鶴見区末広町
... 同様に，他の植物がいないところに吸器を形成しても意味がなく，どこに他の植物が存在 するかを適切に認識することは吸器形成においても重要である。寄生植物がどのように宿主 植物を認識し吸器を形成するのか調べるために，根の滲出液や抽出液から吸器誘導物質 （HIF: haustorium inducing factor）を単離，同定する研究が行なわれてきた。その結果，ソル ガムの根の抽出液から ...
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出版物・パンフレット | 理化学研究所 計算科学研究センター(RCCS)
... 造が反復されていく特徴を持っており、 現在ではコンピュータでシミュレーションすることができます。 コンピュータ内につくり出した環 境下で、 生命の進化を模倣させるアプローチもあります。 これらのシミュレーションは、 私たちが生命の本質に迫る手助けをしてくれます。 身体 ̶ 人間を代替するロボット 自らの姿形を模したものに、 私たちは不思議な魅力を感じます。 古代から現代にいたるまで、 洋の東西を問わず人形を愛でる文化がある ...
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計算分子科学研究系
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 分子振動ポピュレーション緩和や振動状態間デコヒーレンスなど，溶液中における溶質の量子動力学を取り扱うこ とのできる計算機シミュレーション手法の開発を進めている。これまですでに，調和振動子浴近似に従った経路積 分影響汎関数理論に基づいた方法論や，注目している溶質の量子系に対しては時間依存のシュレディンガー方程式 ...
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S PECIAL INTERVIEW バイオスーパーコンピューティングが拓くライフサイエンスの未来 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 の 6 年半をふりかえる 革新的なアプローチでライフサイエンス分野の未来を切り拓いてきたグランドチャレンジ 理化学研究所次世代計算科学研究開発プ
... 分子動力学（Molecular Dynamics, MD）シミュレーションは分子の 運動・構造変化等を計算で求める手法で、生命科学においては、タンパ ク質等の生命現象の基盤となる生体分子を計算対象としています。シミュ レーションでは原子間に働く力を計算し運動方程式を数値積分すること で全ての原子の運動を計算します。運動方程式の数値積分と古典力場で ...
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計算分子科学研究系
... 研究課題(b)を特に推進する。 非断熱 ト ンネル現象を利用した分子機能の制御と開発を目的とする。 その中で特に最近， 環 状分子にその機能を う ま く 発現させる可能性を見出している。 つま り ， ま さ に分子スイ ッチ ・ ゲー ト と して提案したモデルに対 する現実系と しての可能性を持つ結果を得は じめている。 そこで， この分子とその類似系について同様な理論計算を行い， 分子スイ ッチ ・ ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... 全 rank（MPIプロセス）の中で、計算、MPI待ち、MPI通信の最大値（MAX）と最小値（MIN）をプロット • 全rank（MPIプロセス）中の最大値（MAX）と最小値（MIN）の経過時間を調べると、 S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が 、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 大きく ...
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GROMACS-Viewer 利用者マニュアル 平成 26 年 3 月 独立行政法人理化学研究所 HPCI 計算生命科学推進プログラム
... 分子鎖ごとに色を変える color chain ２次構造ごとに色を変える color structure 詳細は jV のマニュアル http://pdbj.org/jv/manual/color_ja.html を参照してください。 本アプリケーションでは独自に dssp 配色を定義しています。4.5 節の内容に沿って Gromacs の DSSP 計算結果を読み込んだ場合、そこに記述されている配色を使用すること ...
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