次世代計算科学研究開発プログラムアドバイザリ委員
S PECIAL INTERVIEW 次世代スーパーコンピュータの性能を最大限に活かしライフサイエンス分野で世界のトレンドセッターをめざす! ライフサイエンス研究分野の未来を切り拓くバイオスーパーコンピューティング 次世代計算科学研究開発プログラム副プログラムディレクター 姫野龍太郎 次世代スーパー
... 細胞のなかでおきている現象を理解するための重要なファクターは何 か。その一つは細胞のなかの化学反応のネットワーク、もう一つが構造 的なものとして機能している膜です。化学反応（代謝）は、将来的には 分子動力学ベースで計算できるかもしれませんが、とてつもなく計算コ ストがかかります。そこで、細胞のなかで支配的と思われる化学反応に よって擬似的に表現することによりシミュレーションしようとしていま ...
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理論・計算分子科学研究領域
... P2 計算を実行できるようにした。これからの計算化学では，高速化ばかりでなく高精度化が重要に なる。すなわち，S chrö di nger 方程式の正確な解が望まれる。このために，電子配置をウォーカーとしてサンプルす るプロジェクタモンテカルロ（P M C ）法を考案して，基底状態および励起状態の高精度計算を可能にした。この計 ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 中核アプリ ： ナノ分野の研究にとって基本的な量子力学，統計力学，分子シミュレーションに関する６本のアプリケー ション。 付加機能ソフト：上記６本のアプリケーションを様々に組み合わせて，マルチスケール・マルチフィジックス問題を 解決したり，構造探索を効果的に行なうなどの目的に対応するプログラム群。 ...
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S PECIAL INTERVIEW バイオスーパーコンピューティングが拓くライフサイエンスの未来 次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 の 6 年半をふりかえる 革新的なアプローチでライフサイエンス分野の未来を切り拓いてきたグランドチャレンジ 理化学研究所次世代計算科学研究開発プ
... ●「京」による数理解析で生命システム理解にブレークスルーを 2003年、13年の歳月と1千億円という費用をつぎ込んだ「ヒトゲ ノム計画」によって、ヒトのゲノムが解読されました。この年に、米国 国立衛生研究所（NIH）は、ヒトゲノム解読後のロードマップを出しま したが、そのなかに「Biology is changing fast into a Science of Information ...
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計算分子科学研究系
... MD 計算を行っている。 こ れまでに， 特に大規模な MD 計算を効率よく実行することを可能とするため， 原子数にして百万個オーダーの計算 が可能な高並列汎用 MD 計算プログラムの開発を行ってきた。 今年度は特に， これに基づいて， イオン性， 非イオン 性の両親媒性分子が水溶液中に生成する球状ミセル， 棒状ミセルなどに対して熱力学的積分法に基づいたシミュ ...
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理論・計算分子科学研究領域
... １． 次世代情報機能材料， ２． 次世代ナノ生体物質， ３． 次世代エネルギー， という３つの「グランドチャレンジ課題」を設定し，それらの研究課題に沿って研究チームを編成している。これら の課題を達成する上で必要な理論および方法論を構築すると同時に，それらに対応する計算プログラムを作成し，次 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... b). 電子エネルギーの散逸を考慮に入れた電子状態理論の開発 c). 量子ドット列における励起子ダイナミクスの理論 A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 1. nm 〜数十 nm 程度のナノ構造体では，量子性を反映した特異な光誘起電子・核ダイナミクスが見られるが，その 基礎理学的理解は十分ではない。ナノ構造体ダイナミクスでは，局所的な空間領域で物質と電磁場が再帰的に相互 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) ナノ構造体の柔軟な電子構造や化学的性質の多様性を活かし，更には光との相互作用の自由度を取り込んだ量子デ バイスは，従前の電子デバイスや光デバイスとは異なる光・電子機能性を併せ持った有望な次世代量子デバイスと 考えられる。しかし，その機能発現のメカニズムは複雑であるために実験的研究は未だ試行錯誤の連続であり，ま ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2006 | 分子科学研究所
... ２００７年１月現在の計算機システムの概要を下図に示す。システムは大きく分けて２系統からなる。最初のものは 共同利用に供している超高速分子シミュレータと汎用高速演算システムからなり，前者は今年度，２００６年７月に新 たに導入され，後者は２００３年３月に更新されて山手地区に設置されている。もうひとつは，次世代スーパーコン ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発
... の概要 次世代スパコンプロジェクトは我が国が IT 分野における国際的なリーダーシップを確保ために 「旗艦」 的コンピュー タを構築し，それを下方展開することによって我が国に強固な I T インフラを整備することを目指す国家プロジェク トである。また，このプロジェクトの目的は単に「巨大なマシン」を構築することにとどまらず，同時に，我が国の ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... まず，超高速分子シミュレータは富士通社製の P R I M E R G Y と S G I 社製の U V 1000 から構成される共有メモリ型ス カラ計算機で，両サーバは同一体系の C PU（Intel. X eon）および OS （L i nux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保って 一体的に運用される。これらに加え，京コンピュータと同じアーキテクチャの富士通社製 P R I M E H P C . F X 10 ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2012 | 分子科学研究所
... 超高速分子シミュレータは富士通社製の PR IM E R G Y . R X 300S 7 と S G I 社製の U V 1000 から構成される共有メモリ型 スカラ計算機で，両サーバは同一体系の C PU（Intel. X eon）および OS （L i nux2.6）をもとに，バイナリ互換性を保っ て一体的に運用される。これらに加え， 京コンピュータと同じアーキテクチャの富士通社製 PR IME HPC .F X ...
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日本原子力学会計算科学技術部会ニュースレター第 28 号 2017 年 8 月 1. 巻頭言 年度計算科学技術部会部会賞贈賞報告 2017 年度部会長巽雅洋 1 表彰小委員会委員長西田明美 年春の年会計算科学技術部会全体会議開催報告 年度計算
... ーションのテーマ抽出、地球シミュレータ利用プロジェクトへのテーマ申請により採択された。 自身も、そのテーマの一つである「地下空間における放射性核種移行と地下水挙動の大規模シミ ュレーションに関する研究」の責任者として研究開発に従事された。また、文部科学省 IT プロ グラム 「戦略的基盤ソフトウェアの開発」 の 1 テーマ 「 HPC ミドルウェアグループ」 ...
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研究開発の俯瞰報告書 研究開発の俯瞰報告書 主要国の研究開発戦略 2018 年 123 主要国の研究開発戦略 2018年 124 図表Ⅴ-1 ドイツの科学技術関連組織図 ドイツ 出典 CRDS 作成 国立研究開発法人科学技術振興機構 研究開発戦略センター 国立研究開発法人科学技術振興機構 研究開発戦
... と名付けた製造技術デジタル化の研究開発を掲げ、産官学が一体となって取り組む複数のプロ ジェクトを推進している。インダストリー 4.0 はモノのインターネット（Internet of Things: IoT） や生産の自動化（ Factory Automation）技術を駆使し、工場内外のモノやサービスと連携するこ ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 5-4-2 大規模計算のための環境整備 高速パソコンクラスターの普及などに伴って，計算科学研究センターへの期待と役割が最近変化してきている。こ のために，利用者の意見を広く集めて，魅力ある中核計算センターとしてさらに大きく発展するために，８月 ２ ５ 日か ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）
... 分子科学研究所は２ ０ ０ ６年４月より表記の「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクトにお ける「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発」拠点としてナノ分野の「グランドチャレンジアプ リケーション研究」を推進している。我々は「次世代スパコン」プロジェクトの一環として， わが国の近未来の学術， ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）
... (2) ナノ統合シミュレーションプログラム ナノスケールの諸現象は無限の広がりをもつ均一系と不均一な少数多体系が複雑にからみあったマルチスケール・ マルチフィジックス現象であり，単一の理論や物理では対応できないものがほとんどである。上記６本の中核アプリ は単一の物理現象（例えば，分子の電子状態）を解明する上では強力な武器であるが，それだけではナノ現象に太刀 ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（4ページ）
... 分子科学研究所は２ ０ ０ ６年４月より表記の「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクトにお ける「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発」拠点としてナノ分野の「グランドチャレンジアプ リケーション研究」を推進している。我々は「次世代スパコン」プロジェクトの一環として， わが国の近未来の学術， ...
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最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発（文部科学省）（5ページ）
... 最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウエアの研究開発 （文部科学省） 分子科学研究所は， 平成１ ８年度より平成２ ３年度まで「最先端 ・ 高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェ ...
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計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... (d)アプリケーション利用キューを新設し， 機種に依存しない W eb からの標準入力で， 量子化学計算で最も利用頻度が 高い Gaussian プログラムの効率的実行を初心者にも簡便に実行可能にした。 これらの変更により，これまでと比較して格段に大規模な計算が実行できるようになった。たとえば，HF /6-31G(d) 法で，原子数 338，基底関数 4,238 の分子系の S C F（21 回）+force ...
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