大規模生命データ解析
様々な多重代入法アルゴリズムの比較～大規模経済系データを用いた分析～
... データの対処法として多重代入法(Multiple Imputation) 2 が提唱されてきた(Rubin, 1987)。 理想的な欠測値への対処法は、欠測値を含む不完全データが、欠測値のない完全データと 同一になる方法であるが、このような目標は、いかなる補定法を用いても達成できない。つ まり、調査票を丹念に設計し、緻密にデータを収集することこそが、欠測値への最善の対処 ...
44
目次 生命科学系の研究分野において主にゲノムデータ解析用の プラットフォームとして使われている Galaxy について オンデマンドクラウド機能を活用して解析環境を提供する 事例をご紹介します 1. データ解析プラットフォーム Galaxy とは 2. Galaxy によるNGSデータ解析について
... 事業内容 ソフトウェアの受託開発 ソフトウェアに関するコンサルテーション 主な開発実績 ‐ 並列スーパーコンピュータOS開発 ‐ 仮想化データセンター運用基盤開発 ‐ 商用IaaS型クラウドサービス基盤開発 ...
26
食料品アクセス問題と健康・栄養 －大規模個票データを用いた分析－
... 第１図 食料品アクセスに関する設問 資料：『平成 23 年度国民健康・栄養調査』． 本稿では該当する質問が複数回答可であることを考慮し，上述した食料品アクセスに関 する選択肢のいずれかのみを回答した回答者を「食料品アクセス困難者」と定義する。これ により「価格が高い」のような経済的事由を除去した，食料品アクセス困難であることが健 康・栄養へ与える影響の評価を試みる。健康の指標としては BMI（Body Mass Index）と腹 ...
12
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング IC2010 ueno paper
... 知 大 対 規模 計算 繰 返 場合 多 GPGPU 手法 高 速化 ． GPU 並列 高速化 提案 ．変化 検知 １ あ 特異 変換 計算 多 特異値 解 占 い 特異値 解 計算 う 二 対角化 GPU 並列 実装 行列 320 数 256 CPU 1 対 17.22 倍 高速 ...
8
PDF Graph500 への挑戦 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... のBFSによる探索（Kernel 2）のみである。（a） では、枝数が頂点数の 16 倍となるようなクロネッカーグラフ [4] を生成する。枝はすべて重み なし、無向辺である。ここで生成されるデータは規則性のない順番 で並んだ、枝のリストである。（b）では（a）で生成された枝リストから、 隣接行列のCSR (Compressed Sparse Row)や、CSC (Compressed ...
4
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング IC2010 ueno
... データは 64byte 幅で Partition に振り分けられる ある Partition にアクセスが集中すると、その Partition がボトルネッ クとなり速度が低下 行列サイズ 256,512 などの切りのいいサイズで発生しやすい ...
20
大規模データの匿名加工処理を高速化する技術を開発
... ６．用語解説： 注 1）非順序型実行原理 喜連川 優 東京大学 生産技術研究所 教授／国立情報学研究所所長・合田 和生 東 京大学 生産技術研究所 特任准教授が考案した原理で、データの要求順序とは無関係 な順序に非同期的にデータを処理することにより、ハードウェアの処理性能を最大限 に引き出すことを可能にする点に特徴があります。当該実行原理に基づき東大生研と ...
6
大規模動的ネットワークに特化した グラフデータ格納基盤
... • ソーシャルネットワークデータに対する解析 ：動的な重要度、影 響度の判定。各点の周辺、及び広域内における影響（情報の 伝播力)を推定する • その他：疫病の拡散、人口の増減、経済動向等の分析。ライフ ライン等の基盤計画（電力、水、食料）。生命科学系（創薬、遺 伝子）。ビジネス系（金融、データマイニング）。安全保障分野 （組織構成の解明、事件事故の事前予測）。 ...
37
大規模ゲノム解析から明らかとなった低悪性度神経膠腫における遺伝学的予後予測因子 ポイント 低悪性度神経膠腫では 遺伝子異常の数が多い方が 腫瘍の悪性度 (WHO grade) が高く 患者の生命予後が悪いことを示しました 多数検体に対して行った大規模ゲノム解析の結果から 低悪性度神経膠腫の各 sub
... 遺伝子変異数と臨床的因子との比較を行いました。日本のコホートでは、全エクソンシークエンス 解析を少数でしか行っていないため（52 例）、TCGA コホート（407 例）と合わせて解析を行いまし た。その結果、遺伝子変異の多い症例（上位 25％）では、少ない症例に比べて有意に患者予後が不 良であり（図 1E）、すべての subtype で、WHO grade II に比べ grade III ...
6
一般研究課題 大規模ソフトウェア解析と Web 応用のための研究開発 助成研究者中部大学前田和昭 大規模ソフトウェア解析と Web 応用のための研究開発 前田和昭 ( 中部大学 ) A Study on Analysis of Large-Scale Software Systems and the
... WWW普及の立役者となったHTMLは，文書中に印刷命令を表現するタグを埋め込むために設計 された．これに対してXMLは，データに意味を付記できるようにしたマークアップ言語である． コンピュータでの処理やデータベースに格納するなど，ビジネスで広く活用できるように工夫がな されている．例えば，文献データや注文伝票などを記述したものがそれにあたり，アプリケーショ ...
10
PDF 本研究室志望者へ 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... ずしもすべてのデータ データを データ データ を を保存 を 保存 保存する 保存 する する する必要 必要はなし 必要 必要 はなし はなし（ はなし （ （ （例 例 例 例： ： 連続 ： ： 連続 連続 連続データ データ データ データ） ） ） ） – 到達する 到達 到達 到達 する するデータ ...
42
PDF 本研究室志望者へ 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... - 情報爆発時代における一つの解決策 情報爆発時代における一つの解決策 情報爆発時代における一つの解決策 情報爆発時代における一つの解決策 動いているデータをリアルタイムに分析 ストリーミング・データ 動いている構造化データや非構造化データのストリーム ストリーム・コンピューティング ...
17
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... あら 大規模 成長 続 るエメネ構 を持 タヴシを， モ゚ャシ゜ヘ性を考慮 効率よ 解析 る ， タヴシ ケダモヴヘ処理を用い ゜ンェモベンシャエメネ処理を提案 る． 計算ペタャ Incremental GIM-V を提案 ，タヴシ ケダモヴヘ処理系 IBM System S を用い 実装 評価を行い， より効率的 適用範 広いタヴシケダモヴヘエメネ処 理 向 議論 る．人工タヴシ よる ...
6
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... を も と に 最 適 化 問 題 を 解 く こ と に す る 。 こ の 次 の TimeSlot 時のデータレートを予想するための手法 と し て は 、 [16] で 用 い ら れ て い る 、 AR(Auto Regressive Model) モデルを変形したモデルである、 ...
8
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... れた．少数のエッジ追加がサブグラフの大部分を変更しない代替のアルゴリズムを用いれ ば改善する可能性がある．一方で， Dynamic-Split 処理は入力エッジを基準にマイグレー ションを行っているため SemiDynamic-Split 処理ほどの速度低下は見られなかった．いず れにしても， METIS によるマイグレーションがボトルネックとなり速度低下が発生してい るが， Dynamic-Split ...
12
Spark と大規模データ処理 - NAISTビッグデータアナリティクス 第2回
... データベースの ACID 特性 データベースは，以下の四つの性質を満たしている必要が ある． Atomicity （原子性）: トランザクション処理はすべて実行 されるか，全く実行されない状態かのいずれかで終わる Consistency（一貫性）: トランザクション処理の前後で データに矛盾を生じない ...
39
大規模データ天文学の進展
... • データ移動を極力避ける解析システム 望遠鏡・観測装置の大型化、高機能化 • 高品質なデータ、取得のコストの増大 科学成果の最大化 • 取得したデータを 速やかに解析 できる環境の構築 ...
33
マイクロソフトと大規模データ処理
... Sqoop Hadoop 上で大規模な機械学習を行うためのライブラリ 典型的には、ネットワーク経由で収集される大量のデータを基に、 レコメンデーション エンジンの作成や評判分析に利用される。 ...
57
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... In this paper we implement the proposed approach over SVD (Singular Value Decomposition) and IKA-SST, a powerful algorithm of change point detection.. The experiment[r] ...
8
Publication 論文 鈴村研究室 大規模データ処理・ストリームコンピューティング
... Current Data Stream Processing Systems cannot dynamically assign or remove computational nodes.. New nodes?[r] ...
42