分子科学計算ソフトウェア
計算科学研究センター 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... 委員Ｂ 分子科学研究所は我が国唯一の分子科学に関する研究所である。従って，その社会的および学問的責任は極めて重 い。その意味で分子科学研究所は我が国の分子科学をリードする役目を必然背負っていると言わざるを得ない。その ...
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理論・計算分子科学研究領域
... から見積もられたポンテシャル曲線を再現した。 b) 飽和脂肪酸を不飽和脂肪酸へ変換する金属酵素による生化学反応を高精度量子化学計算を用いて解明することに成功 した。脂肪酸は炭素が連なった構造を持つ分子であるが，炭素−炭素間に二重結合（C = C ）があるかどうかで大きく 二つに分類さされる。二重結合が無いものは「飽和脂肪酸」 ，有るものは「不飽和脂肪酸」と呼ばれる。体内では，飽 ...
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計算科学研究センターの現状と今後 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... 5-4-2 大規模計算のための環境整備 高速パソコンクラスターの普及などに伴って，計算科学研究センターへの期待と役割が最近変化してきている。こ のために，利用者の意見を広く集めて，魅力ある中核計算センターとしてさらに大きく発展するために，８月 ２ ５ 日か ら９月８日にかけて，計算速度，ハード，ソフト，プログラムライブラリ，運用法，利用申請と利用報告等に関する ...
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計算科学研究センターの将来構想 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... 「センター」ではこれらの発展をふまえて，上記５研究所が連携した「ナノサイエンス」を主題とする新しい「計算 科学」プロジェクトを国に提案する方向で検討を開始した。現在，いわゆる「ナノテクノロジー」という言葉から想 像されるのは，L S I 加工技術や記憶媒体の高密度化など計算機製造にまつわる工学研究である。また，化学における ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c) Aβ ペプチドによるアミロイド線維形成は糖鎖と脂質膜の界面，あるいは水と空気の界面のような親水性／疎水性界 面で促進されることが実験的に報告がされている。 アミロイド線維中で分子間 β シート構造を形成する残基の多くが， 糖鎖／脂質界面では単量体の時に α ヘリックス構造を形成していることも明らかになっている。我々は親水性／疎 水性界面での単量体構造を詳細に解明するため，水／真空界面での Aβ ...
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電子計算機センター 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... 研究系および研究施設の現状 173 激減させることを示した。 c) C84は C76についで大量に得られている高次フラーレンであり， 24 個の構造異性体が存在するが， 実験的に全ての 異性体の構造を予測することは困難である。 本研究では非経験的分子軌道法による大規模な理論計算を行い， C84 (C2, D2, D2d)異性体の赤外スペクトル及び R amanスペクトルにおける振動構造を理論的に求め， ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3) 研究活動の概略と主な成果 a) これまでに提案，改良・発展をさせてきた時間依存形式による溶質分子の電子状態の時間依存変化を記述する方法 を色素分子の光励起電子移動反応プロセスなどの研究に応用し，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダー での超高速電子移動反応プロセスや溶媒和過程の解析を可能にしてきた。これらの提案された方法論をさらに，光 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 当研究グループでは， 「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」 を根源とする化学現象や化学反応をター ゲッ トに，その高精度な分子モデリングを可能とするような量子化学的な手法開発を目指している。特に着目するのは， 多重化学結合と解離，ナノグラフェン，有機磁性体，生体反応中心などの共役分子の光化学・スピン物性，金属化合 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... A -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 溶質分子周辺の溶媒分子の分布関数を時間依存形式として定式化し，時間依存形式の R IS M-S C F 法と組み合わせて 溶質分子の電子状態に関する時間依存変化を記述する方法を提案してきた。この方法論は溶質分子としての色素分 子の光励起電子移動反応プロセスの研究に応用され，光励起後の励起状態におけるフェムト秒オーダーでの超高速 ...
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理論・計算分子科学研究領域
... c). 有機磁性体は，単分子磁石をはじめとする分子デバイスの材料として注目されており多くの研究がなされている。分子 デバイスとしての有機磁性体には，より大きな磁気モーメントを持ち，かつ寿命が長い区，異なるスピン状態間のエネ ルギー差が大きく高温でもスピン配列を崩さないものが望まれる。スピン配列の秩序を保つにはスピンサイト間の相互 作用が強いほうが有利であることから， p 共役でスピンサイ ...
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電子計算機センター 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... M 計算の結果を比較することにより， 単分子解離 反応の解離速度が非統計的な挙動を示す起源を調べた。 b) 大気環境化学に関連する素反応の理論的研究：フッ化炭化水素（HF C ）またはフッ素化エーテル類と OH ラジカ ルとの反応は，フロンの地球温暖化への影響等に関与する大気化学における重要な素反応である。高精度の非経 験的分子軌道計算によりメタン系及びエタン系 HF C ...
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電子計算機センター将来計画 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... (3)世界のスーパーコンピュータの動向とセンターの立場 現在の計算機は様々な観点から分類することができる。たとえば，単体 C PU 性能の観点からは，1 C PU のベクトル 性能が 5 ギガフロップス以上の高価な計算機， 4 ギガフロップス以下のもの， そしてワークステーションに代表される ベクトル演算器を持たない安価なものという分け方ができる。また，並列度の観点から見ると，並列度の高い（３桁 ...
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状態図計算ソフトウェア
... 合金液相の表面張力と粘性を計算させるためには、データベース・ファイルに４種類の定義が 必要となります。ここでは純金属元素の物理データを定義します。合金の計算には熱力学相互作 用パラメータが利用されます。計算式に関しては文献を参照ください。 合金の Density は Volume fraction から計算されます。 ...
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SENAC Vol. 52, No. 2( ) 37 [ 大規模科学計算システム ] アプリケーションサービスの紹介 情報部情報基盤課共同利用支援係 はじめに 本センター大規模科学計算システムでは 分子軌道計算 数式処理 データ処理等の各アプリケーションソフトウェアをサービスしています
... 表 2. 計算機システムと日本語環境 システム ホスト名 OS 日本語環境 並列コンピュータ LX 406Re-2 front.cc.tohoku.ac.jp Linux UTF-8 SSH は通信路上のデータを暗号化することで安全性を高めたプログラムです。利用している端末が Linux, macOS の場合は SSH クライアントソフトがインストールされています。インストールされていない場合は端末の ...
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電子計算機センター 現状と将来構想 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... 5-1-3 将来構想検討会議 ２ ０ ０ ０ 年１月 ２ ５ 日に「分子科学研究所電子計算機センター将来構想検討会議」を開催した。所外からは，相田美砂子 （広島大）教授，大峰巌（名古屋大）教授，片岡洋右（法政大）教授，柏木浩（九州工大）教授，斎藤晋（東工大）教 授，斎藤稔（弘前大）教授，榊茂好（熊本大）教授，橋本健朗（都立大）助教授，中島徹（東大）助手，中野雅由（大 ...
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電子計算機室 分子研リポート2000 | 分子科学研究所
... b) 大気環境化学に関連する素反応の理論的研究 ： フッ化炭化水素 （HF C ） またはフッ素化エーテル類とOHラジカルと の反応は， フロンの地球温暖化への影響等に関与する大気化学における重要な素反応である。 高精度の非経験的分 子軌道計算によりメタン系及びエタン系 HF C ， フッ素化エーテル類と OH との反応経路を決定し， 変分的遷移状態 理論により反応速度定数求めた。 ...
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電子計算機室 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... c) 非接触型原子間力顕微鏡のカンチレバーの機構を利用して試みられつつあるタンパク質の機械的延伸実験に対応 した分子動力学シミュレーションを行っている。 これにより， 延伸実験で測定される力のプロフィールの分子論的 な意味を明らかにするとともに， 水中でのタンパク質のコンホメーション変化に際しての自由エネルギープロ フィールを得ることができるが， これまでにポリアラニン， ポリグルタミン酸の ...
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電子計算機室 分子研リポート2002 | 分子科学研究所
... 研究系及び研究施設の現状 209 d) 非接触型原子間力顕微鏡のカンチレバーの機構を利用して試みられつつあるタンパク質の機械的延伸実験に対応 した分子動力学シミュレーションを行っている。 これにより， 延伸実験で測定される力のプロフィールの分子論的 な意味を明らかに するととも に， 水中で のタンパク質のコンホメーショ ン変化に際 しての自由 エネルギープロ フィールを得る。 現時点ではポリペプチドの ...
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電子計算機室 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... ついても， 常温常圧から亜臨界， 超臨界状態にわたって水の分極を取り入れた分子モデルに基づいて分子論的な立 場から検討した。 d) 水中において異方性を示し， かつ不均一系を構成する脂質二重層膜に対し， 自然で安定な液晶層を良好に再現でき る分子動力学シミュレーション手法について検討し， これに基づいて膜の構造や動力学の分子論的解析を行ってき た。 その中で特に， ...
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計算科学研究センター（3ページ） 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... 8-6 計算科学研究センター 計算科学研究センターは，２ ０ ０ ０年度の電子計算機センターから計算科学研究センターへの組織改組にともない， 従来の共同利用に加えて，理論，方法論の開発等の研究以外にも，研究の場の提供，ネットワーク業務の支援，人材 育成等の新たな業務に取り組んでいる。２ ０ １ １年度においても， ...
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