分子シミュレーション研究の流れ
分子シミュレーションの応用
... 初期構造の作成（２） • 欠失残基への対応 – 欠失残基はモデリングなどで補う – N末端、C末端が欠失している場合は、欠失残基 の前後の残基をacetyl基、N-methyl基でブロック しても良い ...
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連載講座 : 高生産並列言語を使いこなす (5) 分子動力学シミュレーション 田浦健次朗 東京大学大学院情報理工学系研究科, 情報基盤センター 目次 1 問題の定義 17 2 逐次プログラム 分子 ( 粒子 ) セル 系の状態 ステップ 18
... 密度を可変として, それらの格子点から一様に点を間引いて生成している. 合計の分子数がほぼ 500,000 で一定となるように, シミュレーション領域の大きさ (セルの数) を調整する. 6.3 逐次性能 図 1 に, 元にした C プログラムの性能を示す. 演算数は, 力・ポテンシャルの計算内の浮動小数点 ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2001 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 化学的凝集法によって液相で合成された金属超微粒子の形態や配列に関する構造評価は， 透過型電子顕微鏡 （T E M） 観察による方法が主流である。 しかしながら， これらの金属超微粒子を 「金属クラスター」 として分子科学的な視点 で捉えるうえでは， T E M 観察は必ずしも十分な評価法とは言えない。 例えば， T E M ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート1999 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。よって，その立体構造を予測することは（その生化学的機能 との関係上，極めて重要であるにもかかわらず）至難の業である。特に，理論的に第一原理から（エネルギー関 数を最小化することにより）立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。それは，溶媒の効果を取 ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート1998 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 生体高分子の再構築 （金属錯生成により塩基対を形成する人工 D NA ） ：D NA は核酸塩基間の相補的な水素結合に より二本の鎖が特異的に会合し，塩基対間のスタッキングにより二重らせん構造を形成する。この水素結合によ る会合力を他の力に置き換えることにより， ...
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生体に基づいた 2 足歩行シミュレーションの研究
... 1 研究の背景 ヒトは多数の筋を協調的に制御することによって全身 の関節を動かし、安定に 2足歩行を行うことができる.こ のような生物の運動制御メカニズムについては神経生理 学分野での知見の増加が著しい.しかし、従来の生理学的 実験方法では、歩行のような実際の日常的運動にかかわる 全身的運動を計測することは困難である.このため、個々 の運動がどのように構成され、情報処[r] ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2003 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。 よって， その立体構造を予測することは （その生化学的機能との 関係上， 極めて重要であるにもかかわらず） 至難の業である。 特に， 理論的に第一原理から （自由エネルギーを最小化 することにより） 立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。 それは， ...
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研究紹介 ～粒子線シミュレーション～
... PHITSと崩壊の方程式を用いて、陽子線治療中における患者 体内の放射化をシミュレートする。 患者体内から放出される放射線から医療従事者を守るために 必要な冷却時間を見積もる。 ...
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4.2. 溶岩流のシミュレーション (1) シミュレーションモデル 溶岩流のシミュレーションは 2004 年の富士山ハザードマップ検討時にも 用いられた 流れをビンガム流体とし流下していく過程において熱放射によ って粘性やせん断降伏応力が増加することで流れにくくなって停止するとい うモデル ( 山下
... 小山 真人（2007） 富士山の歴史噴火総覧， 『富士火山』山梨県環境科学研究所， p.119-136． Proietti, C., Coltelli, M. , Marsella, M. and Fujita, E.(2009) A quantitative approach for evaluating lava flow simulation reliability: LavaSIM code applied to ...
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三次元二足歩行シミュレーションの研究
... 0 で作製した。 歩行モデル 3 章で述べたようにデータベースからの情報により構 成された単関節モデルで構成された多関節モデルである。 制御ユニットから与えられた筋活動率を各単関節に渡す。 すると各単関節モデルからの新しいトルクが算出される ので、これを各関節に渡し、各関節の回転中心、角加速度、 速度、回転角、角速度、角加速度、頭、爪先、瞳の位置を 得て制御ユニットに渡[r] ...
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分子動力学法による非晶・結晶PP/PEとグラファイト層界面のせん断シミュレーション
... PE 分子鎖中から CNT を引き抜くシミュレーションによ り，界面せん断強度がマトリックスの密度に依存することを示している． (11) また， Coto らもエポキシ樹脂から CNT を引き抜くシミュレーションにより，CNT の半径 の増加に従い界面せん断強度が減少することを示してる． (12) ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2002 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。 よって， その立体構造を予測することは （その生化学的機能との 関係上， 極めて重要であるにもかかわらず） 至難の業である。 特に， 理論的に第一原理から （エネルギー関数を最小化 することにより） 立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。 それは， ...
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理化学研究所計算科学研究機構研究部門量子系分子科学研究チーム殿 hp170163: 有機半導体 有機分子発光材料の全自動探索シミュレーションシステムの開発 高度化支援作業 2017 年 9 6 ( R405 般財団法 度情報科学技術研究機構利 援部 1
... S calapack と ELPA ともに、 インバランンスがある ことがわかった。 • Scalapack と ELPA を比較すると、 ELPAの方が 、 MPI待ちと、MPI通信の時間が、 大きく 減少して 、 インバランスも緩和 されていることがわかった。 à ELPA では、Scalapack と比べて、 通信方法が大きく改善 されていることがわかった。 ...
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研究領域の現状 分子研リポート2007 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 電子やエネルギーの移動が化学の基本であるなら，我々はそれらの化学プロセスをどのよう記述できるだろうか？ 当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現 ...
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研究領域の現状 分子研リポート2011 | 分子科学研究所
... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 超短光パルスを発生できるレーザーの波長は限られている。それを様々な波長へ効率よく，パルス幅を短い状態で 波長変換する技術は，超短光パルスの応用範囲を広げる上で，非常に重要である。この研究では，固体結晶と比べ て透過領域が桁違いに広い気体を波長変換媒質として使用することで，真空紫外から赤外光までの超短光パルスを ...
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研究領域の現状 分子研リポート2010 | 分子科学研究所
... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 1. nm 〜数十 nm 程度のナノ構造体では，量子性を反映した特異な光誘起電子・核ダイナミクスが見られるが，その 基礎理学的理解は十分ではない。ナノ構造体ダイナミクスでは，局所的な空間領域で物質と電磁場が再帰的に相互 作用し，更にその相互作用を介したエネルギー移動がナノ粒子間で連鎖的に起こることが重要であり，双極子近似 ...
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研究領域の現状 分子研リポート2009 | 分子科学研究所
... -3). 研究活動の概略と主な成果 a). 1. nm 〜数十 nm 程度のナノ構造体では，量子性を反映した特異な光誘起電子・核ダイナミクスが見られるが，その 基礎理学的理解は十分ではない。ナノ構造体ダイナミクスでは，局所的な空間領域で物質と電磁場が再帰的に相互 作用し，更にその相互作用を介したエネルギー移動がナノ粒子間で連鎖的に起こることが重要であり，双極子近似 ...
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研究領域の現状 分子研リポート2008 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 電子やエネルギーの移動が化学の基本であるなら，我々はそれらの化学プロセスをどのよう記述できるだろうか？ 当研究グループでは，化学現象の本質が「電子と電子との複雑な多体相互作用の複雑な量子効果」である化学現象 や化学反応をターゲットに， ...
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歩行者流動シミュレーションによる避難方法の評価に関する研究
... 学校などで行われる避難訓練は，避難開始から完了まで のルートが事前に決められており，あらかじめ設定された 避難経路を辿るものが一般的であるが，実際の災害時の避 難ではその場の危機感や想定外の事態により，訓練時より も避難行動が複雑化する．しかし，様々な事態が積み重な り危険となる複数の状況を訓練で再現することは難しい． ...
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研究系および研究施設の現状 分子研リポート2004 | 分子科学研究所
... -3) 研究活動の概略と主な成果 a) 蛋白質は自然界に存在する最も複雑な分子である。 よって， その立体構造を予測することは （その生化学的機能との 関係上， 極めて重要であるにもかかわらず） 至難の業である。 特に， 理論的に第一原理から （自由エネルギーを最小化 することにより） 立体構造を予測することは不可能と広く信じられている。 それは， ...
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