分析の開始: ログインして実験データをアップロードします。 ログインして実験データをアップロードします。
データ解析(基礎編)
このようにして、DNA マイクロアレイ データのみを使用して実験ペアを作成することができ、マップはデータに応じて色で表示されます。
代謝マップの上部にある比較実験ペアの名前の横にあるチェック マークを見ると、現在どのようなデータが表示されているかを確認できます。以下の例では、Ath 1 という名前のデータを調べます。化合物データが選択されていないため、化合物を表す円はすべて空白になります。地図上に描かれている記号は以下の通りです。シンボルをクリックすると、そのシンボルが遺伝子を表しているのか化合物を表しているのかを知ることができます。
表示モードが名前の場合、各インジケーターバーを表すマップが表示されます。データのやり取りや閲覧をしたい場合に設定します。表示モードが相関の場合、相関データが表示されます。詳細は4-1を参照してください。
データ解析(応用編)
以下に示すコントロール パネルが代謝マップの下部に表示されます。このパネルでは、表示するデータを選択します。代謝マップが表示されている下の画像のようにデータを選択し、「相関関係を更新」ボタンを押してください。すると、相関関係を示す線が代謝マップ上に表示されます。 (曲線)が表示されます。
表示する相関データを絞り込む(表示するデータ数を設定) 鳥瞰図マップ上に相関データを表示する 代謝マップと同様に、下部のコントロールパネルで表示したい相関データを設定します。
ここでアップロードするデータは、相関ダッシュボードのドロップダウン リストから選択できるようになります。マップを作成するには、代謝マップ ツリーの下部に表示される [シンプル マップの作成] ボタンをクリックします。以下のようなウィンドウが表示されます。
その他の機能
特定の種について複数の実験データがある場合は、そのうちの 2 つを選択し、同じマップ上に表示して比較できます。外部サーバーまたはアプリケーションから KaPPA-View4 を使用する 各 KaPPA-View 要素へのリンクを作成できます。
種類を指定することもできます。 KaPPA-Viewで実験データを表示するには、ブラウザでKaPPA-ViewのWebサイトにアクセスし、ログインして操作する必要がありました。 POST 機能を使用すると、このステップを自動的に実行できるため、外部アプリケーションからデータを直接ロードして代謝マップ上にデータを表示できます。 KaPPA-View4を使用してデータを閲覧できます。
ダウンロードしたサンプルデータのpostフォルダーには、HTML FORMを使用したPOST関数のデモが含まれています。
パワーユーザー
上級ユーザー アカウントは、最後のログインから 30 日間ログインしないと自動的に削除されます。上級ユーザーがアップロードしたデータもこの時点で削除されることに注意してください。最後にログインしてから 21 日後に、アカウントが削除されることを知らせる自動電子メール通知が届きます。アカウントの使用を継続するには、30 日が経過する前に上級ユーザーとしてログインしてください。 KaPPA-View4のメインページにアクセス後、ユーザー名とパスワードを入力してログインしてください。すると上級者向けのメイン画面が表示されます。表示されるようになります。
パワーユーザー向けのメイン画面では、画面左側にパワーユーザー専用のメニューが表示されます。実験データ、ユーザー マップ、相関データをアップロードできます。ここでアップロードしたデータは一時アップロードとは異なり、KaPPA-View4上に保存されるため、ログイン後すぐに解析を開始できます。保存されたデータはシステム内で厳重に管理され、他のユーザーが利用・閲覧することはできません。 「パーソナルデータリスト」では、保存されているデータの一覧表示、登録内容の編集・削除、ユーザーカードの変更などが行えます。管理者にメッセージを送信することもできます。
パスワードやメールアドレスなどのユーザー情報を編集できます。
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