租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令要綱 一 租税特別措置法施行令の一部改正（第１条関係） １ 個人所得課税 ⑴ 特定株式投資信託の要件について、収益の分配につき支払の取扱者を通じて 交付を受ける者にあっては、受託者への個人番号の登録を要しないこととする。 （租税特別措置法施行令第２条関係） （注）上記の改正は、配当等の支払の確定した日が平成 28 年４月１日以後であ る場合について適用する。（附則第３条関係） ⑵ 次に掲げる書類については、それぞれ次に定める個人番号の記載を要しな いこととする。（租税特別措置法施行令第２条の６、第２条の 14、第２条の 17 の２、第２条の 31、第２条の 32、第 25 条、第 25 条の４、第 25 条の６、第 25 条の 10 の４、第 25 条の 13 の２、第 25 条の 13 の８関係） ① 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申込書及び財産形成非課税住宅（年金） 貯蓄限度額変更申告書 当該申込書を提出する者及び当該申込書を受理し た勤務先等に係る賃金の支払者の個人番号 ② 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書 当該申告書を受理した勤務先等 に係る賃金の支払者の個人番号 ③ 特定の事業用資産の買換えの場合の譲渡所得の課税の特例等の適用を先行 取得した資産について受ける旨の届出書等 当該届出書等を提出する者の 個人番号 ④ 非課税口座移管依頼書及び未成年者口座移管依頼書等 当該移管依頼書等 を提出する者の個人番号 （注）上記①、②及び④に掲げる書類については平成 28 年４月１日以後に提出 又は受理するものについて適用し、上記③に掲げる届出書等については平成 29 年１月１日以後に提出するものについて適用する。（附則第４条、第５条、 第８条～第 10 条関係） ⑶ 金融機関等の受ける利子所得等に対する源泉徴収の不適用について、適用 対象となる金融機関の範囲に株式会社日本貿易保険を追加することとす る。 （租税特別措置法施行令第３条の３関係） （注）上記の改正は、平成29年４月１日以後に支払を受けるべき利子等について 適用する。（附則第６条関係）
⑷ 収用等に伴い代替資産を取得した場合の課税の特例について、次の措置を 講ずることとする。（租税特別措置法施行令第22条、第39条関係） ① 第一種市街地再開発事業の施行による個別利用区内の宅地への権利変換を 希望しない旨の申出に基づき補償金を取得する場合において、本特例の適 用対象となるやむを得ない事情によりその申出をしたと認められる場合を 定める。 ② 適用対象から除かれる一定の補償金を取得する第一種市街地再開発事業の 施行者である再開発会社の株主又は社員から除かれる株主又は社員に、指 定宅地又はその使用収益権を有するものを加える。 （注）上記の改正は、都市再生特別措置法等の一部を改正する法律の施行の日以 後に補償金を取得する場合について適用する。（附則第８条、第 22 条関係） ⑸ 換地処分等に伴い資産を取得した場合の課税の特例について、都市再開発法 の権利変換により取得した施設建築物の一部を取得する権利等につき清算が行 われた場合における現行の旧資産のうち譲渡等があったものとみなされる部分 の計算方法及び変換取得資産の取得価額の計算方法に、権利変換により取得し た個別利用区内の宅地又はその使用収益権に関するものを加えること等とする。 （租税特別措置法施行令第 22 条の３、第 22 条の６、第 39 条の２、第 39 条の 100 関係） ⑹ 居住用財産の譲渡所得の特別控除制度の特例について、適用対象となる被相 続人居住用家屋の部分及び被相続人居住用家屋の敷地等の部分、地震に対する 安全性に係る規定又は基準、適用前譲渡又は適用後譲渡が贈与等によるもので ある場合における当該適用前譲渡及び適用後譲渡の対価の額の算定方法の細目 等を定めることとする。（租税特別措置法施行令第 23 条関係） ⑺ 特定口座開設届出書の提出をする者の告知について、個人番号の告知を要 しない者の範囲を定めることとする。（租税特別措置法施行令第 25 条の 10 の ３関係） ⑻ 非課税口座内の少額上場株式等に係る譲渡所得等の非課税等について、次の 措置を講ずることとする。（租税特別措置法施行令第 25 条の 13 関係） ① 非課税口座を開設している者が出国により非課税口座の廃止をする場合に おいて、その者が国外転出の予定日から起算して３月前の日における有価 証券等の価格により国外転出をする場合の譲渡所得等の特例の適用を受け るときは、非課税口座内上場株式等の払出し時の金額は、同日における有
価証券等の価格とする。 ② 非課税適用確認書の交付申請書の提出をする者の告知について、個人番号 の告知を要しない者の範囲を定める。 ⑼ 未成年者非課税適用確認書の交付申請書の提出をする者の告知について、 個人番号の告知を要しない者の範囲を定めることとする。（租税特別措置法施 行令第 25 条の 13 の８関係） ⑽ 住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除について、エネルギーの使 用の合理化に資する修繕又は模様替を適用対象に加える措置を適用期限の到来 をもって廃止することとする。（租税特別措置法施行令第26条関係） （注）居住者が増改築等をした家屋を平成28年１月１日前にその者の居住の用に 供した場合については、なお従前の例による。（附則第11条関係） ⑾ 特定の増改築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控 除額に係る特例について、次の措置を講ずることとする。（租税特別措置法施 行令第26条の４関係） ① 多世帯同居改修工事等に係る特例について、適用対象となる他の世帯との 同居をするのに必要な設備の数を増加させるための増改築等の範囲及び要 件その他必要な事項を定める。 ② エネルギーの使用の合理化に資する修繕又は模様替を適用対象に加える措 置を適用期限の到来をもって廃止する。 （注）居住者が増改築等をした家屋を平成 28 年１月１日前にその者の居住の 用に供した場合については、なお従前の例による。（附則第 12 条関係） ⑿ 特定一般用医薬品等購入費を支払った場合の医療費控除の特例について、適 用対象となる取組及び一般用医薬品等を定めるとともに、特例の適用を受ける 際に確定申告書に添付等をすべき書類の細目等を定めることとする。（租税特 別措置法施行令第 26 条の 27 の２関係） ⒀ 公益社団法人等に寄附をした場合の所得税額の特別控除について、次の措 置を講ずることとする。（租税特別措置法施行令第 26 条の 28 の２関係） ① その実績判定期間にその公益目的事業費用等の額の合計額が１億円に満た ない事業年度（以下「特定事業年度」という。）を有する公益社団法人及び 公益財団法人、学校法人及び準学校法人、社会福祉法人並びに更生保護法 人に係るいわゆるパブリック・サポート・テストの絶対値要件（以下「絶 対値要件」という。）における実績判定期間内の判定基準寄附者数が年平均
100 人以上とする要件の当該判定基準寄附者数は、特定事業年度における判 定基準寄附者数に１億を乗じてこれを当該公益目的事業費用等の額の合計 額で除して計算する。 ② 公益社団法人及び公益財団法人並びに更生保護法人に係る絶対値要件につ いて、実績判定期間内の各事業年度における当該判定基準寄附者からの寄 附金の額の総額に12を乗じてこれを当該実績判定期間の月数で除して得た 金額が30万円以上であることを要件に加える。 ③ 特例の対象となる国立大学法人、公立大学法人、独立行政法人国立高等専 門学校機構及び独立行政法人日本学生支援機構の要件並びにこれらの法人 に対する寄附金の要件を定める。 ⒁ 既存住宅に係る特定の改修工事をした場合の所得税額の特別控除について、 適用対象となる多世帯同居改修工事等の範囲及び要件、控除額の計算の基礎と なる多世帯同居改修工事等の標準的な費用の額等を定めることとする。（租税 特別措置法施行令第26条の28の５関係） ２ 法人課税 ⑴ エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は特別税額 控除制度について、対象となる非化石エネルギー源の利用に資する機械その他 の減価償却資産の範囲を定めることとする。（租税特別措置法施行令第５条の ４、第27条の５関係） ⑵ 特定の地域において雇用者の数が増加した場合の特別税額控除制度について、 特定地域基準雇用者数の細目を定めるとともに、組織再編成があった場合にお ける基準雇用者数の計算等の基礎となる適用年度開始の日の前日における雇用 者の数の計算について所要の整備を行うこととする。（租税特別措置法施行令 第５条の６、第27条の12、第39条の45の２関係） ⑶ 認定地方公共団体の寄附活用事業に関連する寄附をした場合の特別税額控除 制度について、本制度の税額控除限度額の計算上控除される金額である特定寄 附金の支出について地方税法の規定により道府県民税及び市町村民税（都民税 を含む。）の額から控除される金額の細目等を定めることとする。（租税特別措 置法施行令第27条の12の２、第39条の45の３関係） ⑷ 特定中小企業者等が経営改善設備を取得した場合の特別償却又は特別税額控 除制度における認定経営革新等支援機関に準ずるものについて、都道府県農業
会議を除外した上、農業協同組合中央会を存続中央会とする規定の整備を行う こととする。（租税特別措置法施行令第５条の６の２、第27条の12の３関係） ⑸ 雇用者給与等支給額が増加した場合の特別税額控除制度について、特定の地 域において雇用者の数が増加した場合の特別税額控除制度の適用を受ける事業 年度において特別控除の対象となる雇用者給与等支給増加額から控除される金 額の計算方法等を定めることとする。（租税特別措置法施行令第５条の６の３、 第27条の12の４、第39条の46関係） ⑹ 特定地域における電気通信設備の特別償却制度について、対象となる特定電 気通信設備の範囲を定めることとする。（租税特別措置法施行令第28条の８、 第39条の55関係） ⑺ 障害者を雇用する場合の機械等の割増償却制度について、対象となる機械及 び装置並びに工場用の建物及びその附属設備の範囲を定めるとともに、書類添 付要件について所要の見直しを行うこととする。（租税特別措置法施行令第６ 条の５、第29条、第39条の60関係） ⑻ 倉庫用建物等の割増償却制度について、対象となる倉庫用の建物及びその附 属設備並びに構築物の範囲を国土交通大臣が財務大臣と協議して指定するもの とすることとする。（租税特別措置法施行令第８条、第29条の６、第39条の65 関係） ⑼ 保険会社等の異常危険準備金制度について、次のとおり見直しを行うことと する。（租税特別措置法施行令第33条の２、第39条の83関係） ① 火災等協同組合が行う火災共済の洗替保証限度額等を正味収入共済掛金 の45％（現行：60％）に、協同組合連合会が行う火災共済の洗替保証限度 額等を正味収入共済掛金の60％（現行：75％）に、それぞれ引き下げる。 ② 火災保険等及び火災共済に係る積立率の特例の適用期限を３年延長する。 ⑽ 海外探鉱準備金制度における海外自主開発法人の要件について、次のとおり 見直しを行うこととする。（租税特別措置法施行令第34条、第39条の88関係） ① 「 国 内 鉱 業 者 等 か ら 20％ 以 上 か つ 国 内 鉱 業 者 等 及 び 共 同 出 資 法 人 か ら 25％以上の出資又は長期の資金の貸付けを受けていること」との要件につ いて、国内鉱業者等からの長期の資金の貸付けを除外する。 ② 「その国内鉱業者等の役員及びその国内鉱業者等又はその子会社の技術 者が派遣されていること」との要件について、役員に業務を執行する役員 として派遣されているその国内鉱業者等の重要な使用人を加えるとともに、
技術者から重要な使用人を除外する。 ⑾ 新鉱床探鉱費又は海外新鉱床探鉱費の特別控除制度について、控除限度額と なる所得の金額から青色欠損金額等がその青色欠損金額等のうちその事業年度 の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額を超える部分の金額を控除す ることとする。（租税特別措置法施行令第35条、第39条の89関係） ⑿ 国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例について、対象となる事業 に係る所得の金額の計算の細目等を定めることとする。（租税特別措置法施行 令第37条、第39条の90の２関係） ⒀ 交際費等の損金不算入制度における中小法人に係る損金算入の特例について、 国際課税原則の見直しに伴い、外国法人が本特例の対象となるかどうかの判定 方法の見直しを行うこととする。（租税特別措置法施行令第37条の４関係） ⒁ 土地の譲渡等がある場合の特別税率について、適用除外となる棚卸資産の譲 渡の範囲に、防災街区計画整備組合が行う第一種市街地再開発事業による個別 利用区内の宅地の譲渡を加えることとする。（租税特別措置法施行令第38条の ４関係） ⒂ 特定の資産の買換えの場合等の課税の特例における既成市街地等内における 土地の計画的かつ効率的な利用に資する施策の実施に伴う土地等の買換えにつ いて、都市再開発法の改正により第一種市街地再開発事業において設定される こととなる個別利用区内の宅地については、再開発会社が取得するものを買換 資産の対象に含めないこととする。（租税特別措置法施行令第39条の７関係） ⒃ 社会保険診療報酬の所得の計算の特例について、対象となる事業年度から除 外される事業年度の細目を定めることとする。（租税特別措置法施行令第39条 の24の２、第39条の122の２関係） ⒄ 中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例について、対 象となる事務負担に配慮する必要がある中小企業者等の範囲を定めることとす る。（租税特別措置法施行令第39条の28、第39条の124関係） ⒅ 中小企業者の事業再生に伴い特定の組合財産に係る債務免除等がある場合の 評価損益等の特例における対象となる事実に係る再建計画の要件について、次 のとおり見直しを行うこととする。（租税特別措置法施行令第39条の28の２、 第39条の124の２関係） ① その再建計画に定めるべき事項から再生債権の取得対価の額を除外する。 ② その再建計画が、再生債権の取得対価の額が適正であることにつき確認
をする手続及びその確認をする者が定められた準則に従って策定されたも のであることとする。 ⒆ 投資法人に係る課税の特例における事業年度終了の時において有する特定の 資産の総資産に対する割合が２分の１超であることとの要件について、次の改 正を行うこととする。（租税特別措置法施行令第39条の32の３関係） ① 特定の資産の範囲に再生可能エネルギー発電設備を含めることができる 期間を再生可能エネルギー発電設備を最初に賃貸の用に供した日から20年 （現行：10年）以内に終了する各事業年度とする。 ② 特定の資産のうち匿名組合契約等に係る権利について、主として有価証 券、不動産等に対する投資として運用することを約するものに限る。 ⒇ 特定投資信託に係る受託法人の課税の特例について、事業年度終了の時にお いて有する特定の資産の総資産に対する割合が２分の１超であることとの要件 における特定の資産のうち匿名組合契約等に係る権利を、主として有価証券、 不動産等に対する投資として運用することを約するものに限ることとす る。 （租税特別措置法施行令第39条の35の３関係） ３ 国際課税 ⑴ 国外関連者との取引に係る課税の特例等について、独立企業間価格を算定 するために必要と認められる一定の書類の作成・保存等の義務が免除される国 外関連取引の細目等を定めることとする。（租税特別措置法施行令第25条の18 の３、第26条の28の７、第39条の12、第39条の12の３、第39条の33の４、第39 条の112、第39条の126の４関係） ⑵ 特定多国籍企業グループに係る国別報告事項の提供制度について、企業グル ープ、多国籍企業グループ、構成会社等及び最終親会社等の範囲の細目等を定 めることとする。（租税特別措置法施行令第39条の12の４関係） ⑶ 内国法人等の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例における適用除外基 準について、特定外国子会社等が事務所、店舗、工場その他の固定施設を有し ている場合と同様の状況にある場合並びに特定外国子会社等が事業の管理、支 配及び運営を自ら行っている場合と同様の状況にある場合の細目等を定めるこ ととする。（租税特別措置法施行令第39条の17、第39条の117関係） ４ 資産課税
⑴ 農地等に係る贈与税の納税猶予制度について、適用を受けることができる受 贈者の要件に一定の基準を満たす農業経営を行っていることを加えることとす る。（租税特別措置法施行令第 40 条の６関係） ⑵ 農地等に係る贈与税の納税猶予制度に係る継続届出書等について、当該継続 届出書等を提出する者の個人番号の記載を要しないこととする。（租税特別措 置法施行令第 40 条の６、第 40 条の７、第 40 条の７の４、第 40 条の８、第 40 条の８の２、第 40 条の８の４関係） （注）上記の改正は、平成 29 年１月１日以後に提出する継続届出書等について 適用する。（附則第 37 条関係） ⑶ 特定国際船舶の所有権の保存登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置に ついて、適用対象となる特定国際船舶を総トン数が１万トン以上の国際船舶で、 出港の制限を受けたことのないものとして国土交通大臣が財務大臣と協議して 指定するものとすることとする。（租税特別措置法施行令第 43 条関係） ⑷ 特定の学資としての資金の貸付けに係る消費貸借契約書の印紙税の非課税措 置について、適用対象となる資金の貸付けの要件等を定めることとする。（租 税特別措置法施行令第 52 条関係） ５ 消費課税 ⑴ バイオエタノール等揮発油に係る揮発油税の課税標準の特例に係る届出書等 について、当該届出書等を提出する者の個人番号の記載を要しないこととする。 （租税特別措置法施行令第46条の12、第46条の27、第47条の９、第48条の３、 第48条の５、第50条の２関係） （注）上記の改正は、平成29年１月１日以後に提出する届出書等について適用す る。（附則第38条、第39条関係） ⑵ 特定離島路線航空機に積み込まれる航空機燃料に係る航空機燃料税の税率の 特例措置について、次のとおり見直しを行うこととする。（租税特別措置法施 行令第50条の４関係） ① 適用対象となる路線の範囲に、離島と成田国際空港との間の路線を加える。 ② 離島と大阪国際空港又は関西国際空港との間の路線の指定要件を緩和する。 ③ 適用対象となる路線の指定手続を簡素化する。 ６ その他所要の規定の整備を行うこととする。
二 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和60年政令第61号）の一部改正 （第２条関係） １ 農業生産法人に現物出資した場合の納期限の特例等について、農業生産法人 が農地所有適格法人に名称変更されること等に伴う所要の整備を行うこととす る。（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令附則第８条関係） ２ その他所要の規定の整備を行うこととする。 三 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成７年政令第158号）の一部改 正（第３条関係） １ 特定農業生産法人に使用貸借による権利の設定をした場合の贈与税の納税猶 予の継続の特例について、次のとおり見直しを行うこととする。（租税特別措置 法施行令の一部を改正する政令附則第28条関係） ⑴ 一時的道路用地等としての貸付けに関する承認申請書等について、当該承認 申請書等を提出する者の個人番号の記載を要しない。 （注）上記の改正は、平成29年１月１日以後に提出する承認申請書等について適 用する。（附則第40条関係） ⑵ 農業生産法人が農地所有適格法人に名称変更されること等に伴う所要の整備 を行う。 ２ その他所要の規定の整備を行うこととする。 四 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成17年政令第103号）の一部改 正（第４条関係） １ 特定農業生産法人に使用貸借による権利の設定をした場合の贈与税の納税猶 予の継続の特例について、農業生産法人が農地所有適格法人に名称変更される こと等に伴う所要の整備を行うこととする。（租税特別措置法施行令の一部を改 正する政令附則第33条関係） ２ その他所要の規定の整備を行うこととする。 五 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成23年政令第383号）の一部改 正（第５条関係） 地方法人税法の一部改正に伴い、エネルギー需給構造改革推進設備等を取得し
た場合の特別償却又は特別税額控除制度に関する経過措置について、連結納税の 承認を取り消された場合に本制度により法人税の額に加算された金額があるとき における地方法人税法の適用に係る規定の整備を行うこととする。（租税特別措置 法施行令の一部を改正する政令附則第８条、第15条関係） 六 租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成24年政令第105号）の一部改 正（第６条関係） 地方法人税法の一部改正に伴い、沖縄の特定中小企業者が経営革新設備等を取 得した場合の特別償却又は特別税額控除制度に関する経過措置について、連結納 税の承認を取り消された場合に本制度により法人税の額に加算された金額がある ときにおける地方法人税法の適用に係る規定の整備を行うこととする。（租税特別 措置法施行令の一部を改正する政令附則第12条、第19条関係） 七 施行期日 この政令は、別段の定めがあるものを除き、平成28年４月１日から施行するこ ととする。（附則第１条関係）
