富士通株式会社
計算科学ソリューション統括部
有田 正博
ChemBioDraw V12
機能と使用方法
２０１０年７月１２日計算化学セミナー
ChemBioDrawシリーズ製品（１）
ChemBioDrawシリーズ製品（１）
二次元作画機能のみの製品
ChemDraw Std V12
マニュアル：Chem & Bio Drawのみ
ChemDraw基本機能だけを使用する場合
ChemDraw Pro V12
マニュアル：Chem & Bio Draw、Chem & Bio Office Enterprise
ISISなど他アプリケーションとの互換性が必要な場合
（機能：薄層クロマト作画ツール、ペンツール、Mass Fragmentationツール、反応作画ツール, 化学量論計算、物性計算、化学構造の整形、ニックネームの定義、注釈の入力、 ポリマー表現、独自のTemplateや Style Sheet作成、反応の原子対応指定、
マーカシュ構造の展開、代替基、可変代替基、構造Query指定、三次元検索設定、 置換基の結合位置指定、Link Node指定、Paste SMILES,SLNの作成, 立体異性の表示, 対応ファイル形式：Connection Table ,Chemical Markup Language ,
ISIS (SKC, TGF, RXN) , JCAMP (JDX, DX) , MDL MolFile (MOL) , MDL RGFile (RGF) , Structure-Data file (SD) , Galactic Industries (SPC) ）
2
ChemBioDrawシリーズ製品（２）
ChemBioDrawシリーズ製品（２）
二次元作画中心、三次元モデリング、化学データ
ベース機能を含む高機能製品
ChemDraw Ultra V12
マニュアル：すべて添付 ２次元分子作画中心で自動命名機能など高度な機能も欲しい場合 （ClogP, 化学構造式から化学名を生成,名前から構造式を生成、構造式からスペクト ルを予測/表示）ChemBioDraw Ultra V12
マニュアル：すべて添付 ChemDraw Ultra+バイオ関係ツール＋E-NotebookChemBioOfficeシリーズ製品
ChemBioOfficeシリーズ製品
ChemOffice Pro 2010
マニュアル：すべて添付(ChemBioDraw Ultra,ChemBio3D Ultra,ChemFinder Pro,E-Notebook Ultra)
ChemOffice Ultra 2010
マニュアル：すべて添付、ClogPの計算や分子モデリング、データベースが使用可能 (ChemOffice ProのChemFinder ProをUltra(BioViz)に変更し,
Jaguar,Gaussianインターフェース，GAMESSを追加）
ChemBioOffice Ultra 2010
マニュアル：すべて添付、すべての機能が必要な場合
(ChemOffice UltraにInventory，BioAssay,ChemACXを追加）
ChemBio3D Ultra V12
マニュアル：Chem & Bio Office Desktop 、 Chem & Bio Office Enterprise 分子モデリング中心
4
その他製品
その他製品
Inventory Ultra
V12
マニュアル：Chem & Bio Office Enterprise
E-Notebbok Ultra
V12
マニュアル：Chem & Bio Office Desktop 、 Chem & Bio Office Enterprise
BioDraw Ultra V12
マニュアル：Chem & Bio Draw
MOPAC2009 for ChemBio3D Ultra V12
教育機関は、無償なのでCSのホームページからひとつひとつ入手する必要が あります。 http://scistore.cambridgesoft.com/ScistoreProductPage.aspx?ItemID=5701 MOPAC2009は、Windows7未対応です。
納品物
納品物
媒体 すべて DVD
マニュアル
富士通監修による日本語ユーザーズガイドを添付1. Chem & Bio Draw 12.0 Windows/Macintosh版 204ﾍﾟｰｼﾞ 2. Chem & Bio Bio Office Desktop 2010 Windows版 478ﾍﾟｰｼﾞ 3. Chem & Bio Office Enterprize 2010 Windows版 282ﾍﾟｰｼﾞ 希望によりPDF版もご提供
日本語：ChemBioDraw2010_J.pdf、ChemBioOffice2010_Desktop_J.pdf、 ChemBioOffice2010_Enterprise_J.pdf
英語 ：Chem & Bio Draw.pdf、 Chem & Bio Office Desktop 2010.pdf 、 Chem & Bio Office 2010_Ent.pdf
富士通作成添付品
標準ChemBioOffice2010インストール説明書 ChemACX Ultra使用説明書 Merck_INDEX14thインストール説明書 オーバーライドツール導入作業説明書2010 オ－バ－ライドツ－ル解説 ダウンロード契約サイトライセンス利用説明書 ChemBioOffice 2010機能紹介 ※製品によって添付されるマニュアル、書類が変わります。6
導入時の注意事項
導入時の注意事項
Excelアドインツール ChemDraw for Excelについて
ChemDraw for Excelを含む製品をインストールすると自動的に
アドインにChemDraw for Excelが追加されます。Microsoftの仕様によりこの追加を 一時的に外すことはできません。 富士通から登録削除ツールを提供しますのでご利用ください。削除後は、再び同様の ツールによる登録作業が必要になります。 提供モジュール DisableCDXL.reg：アドイン削除用モジュール EnableCDXL.reg ：アドイン登録用モジュール
動作環境
動作環境
OS:Windows2000 SP4(E-Notebookは不可),XP SP2/3,
Vista Business/ Ultimate (32-bitのみ),Windows7
MS Office2000(ChemDraw for Excel,Combi for Excel add-ins,
E-Noteは不可), 2003,XP,2007
IE 6.0,7.0,Netscape 8.0,Firefox 1.5
Macintosh(ChemBioDraw,ChemDrawのみ) OS X 10.4,10.5
Snow Leopard
Windows版、Mac版機能比較(ChemDraw Ultra以上)
命名機能
両方可能
NMR予測機能
両方可能
ChemProp
両方可能
ClogP
両方可能
ChemDraw Plugin
両方可能
ChemDraw for Excel
Windows版のみ
ChemFinder for Word
Windows版のみ
8
ライセンス管理について
ライセンス管理について
Activation Codeについて
Activation Codeとは、
プログラム起動に必要なCambridgeSoft社から 提供される利用コ－ドです．Activation Codeが無いとインスト－ルを完了できません． 取得方法
－インスト－ル時にインターネットを通じて自動取得（Activation over Internet) －FaxやE-mailを利用して取得 （とりあえず，Activation laterでインスト－ルだけしておき，後から Activation を行うこともできます．）
注意事項
●
Activation Code取得は，標準値として，３回が設定されています． （同じ端末に再度インストールする場合には、回数はカウントされません。） ● 一度取得されるとレジストリに書き込まれますので，起動時には取得の 必要はありません．Activation時にだけインターネット環境が必要です ● 端末の更新などで不足したというメッセ－ジが表示された場合は，連絡 頂ければ追加します． ● ２０台以上導入する場合は，簡易な方法もご提供します．ライセンス管理について
ライセンス管理について
同じシリアル番号を複数台で同時に使用すると以下のような
メッセージが表示されます。
10
ChemBioDraw Ultraの内容
ChemBioDraw Ultraの内容
含まれるアプリケーション
ChemBioDraw Ultra 12.0（二次元構造作画）
ChemBio3D Pro 12.0（三次元モデリング）
ChemBioFinder Ultra 12.0（化学構造データベース）
E-Notebook 12.0（電子ノートブック）
ChemDraw ActiveX/Plugin 12.0、Chem3D ActiveX
12.0
ChemBioDraw Ultra
世界で最も広く使用されている化学構造式作画ソフトのスタンダードです。 日本語入力機能を大幅に強化していますので、様々な日本語フォントに対応しており、日本 語を含むレポートが容易に作成可能です。また各種の構造解析機能も充実しています。 世界で最も広く使用されている化学構造式作画ソフトのスタンダードです。 日本語入力機能を大幅に強化していますので、様々な日本語フォントに対応しており、日本 語を含むレポートが容易に作成可能です。また各種の構造解析機能も充実しています。12
画面構成
画面構成
CDS
メインツールバー
メインツールバー
CDS
自由形状で選択 3次元回転 結合を描く 多重結合を描く 立体的に下向きの 結合を描く 立体的に下向きの 結合を描く 立体的に下向きの 結合を描く 立体的に上向きの 結合を描く 立体的に上向きの 結合を描く 立体的に上向きの 結合を描く 立体的に不明な結 合を描く アミノ酸を作成す る 側鎖を描く シクロプロパン シクロペンタン シクロヘプタン いす型シクロヘキ サン シクロペンタジエ ン 四角形で選択 MASS Fragmentを指定 消しゴム テキスト（原子と文章） 曲線を描く 矢印を描く 軌道を描く その他記号を描く 括弧を描く 化学記号を描く（ラジカルや 電荷） 化学検索記号を描く R-Groupを描く TLCプレートを描く いろいろなテンプレート集 シクロブタン シクロヘキサン シクロオクタン いす型シクロヘキサン ベンゼン14
基本機能
基本機能
CDS
単結合、二重結合、多重結合、立体結合作画
原子ラベル、置換基ラベル
日本語入力
テンプレートによる作画
反応、矢印作画、触媒の表記
アミノ酸の作画
カーボンナノチューブ作画
軌道、括弧、円、球作画
オブジェクトの反転、整列、色塗り機能
扱えるファイルの種類
扱えるファイルの種類
CDP
開く（Open)
保存（Save as)
16
豊富なテンプレート
豊富なテンプレート
CDS
様々なテンプレートが提供されています。画面上に自由に配置できます。
ユーザ独自のテンプレートも作成できます。(ChemDraw Pro以上）
特殊文字を選択するだけで簡単に入力できます。
View>Show Character Map Window
特殊文字入力（Characters Map)
特殊文字入力（Characters Map)
18
原子ラベル入力で周律表を利用できます。
View>Show Periodic Table Window
周期表の利用（PeriodicTable)
周期表の利用（PeriodicTable)
周期表は、運用に合わせて修正できます。
CDS
対象物の位置を調整
Object>Distribute(左寄せ、縦方向へ中心あわせ,右寄せ、上寄せ、水平方向
に中心あわせ、下寄せ）
Object>Align（水平方向へ均等配置、垂直方向へ均等配置）
並べ替え、調整（Distribute,Align)
並べ替え、調整（Distribute,Align)
CDS
20
対象物を囲む図形を作画
Object>Add Frame(括弧で囲む、四角で囲むなど）
対象物を囲む図形を作画
対象物を囲む図形を作画
CDS
化合物の選択（ISIS互換）
化合物の選択（ISIS互換）
投げ縄形、四角形選択ツールに調整ハンドルを追加
+ハンドルは、選択用の四角形の中心に表示されます。
このハンドル上にカーソルを移動させるとアイコンが手の記号に変わり、
その場所が、ドラッグできることを示します。
回転、サイズ変更の記号が表示した場所でダブルクリックするとメニューを表示
CDS
New
22
平面構造を三次元回転
平面構造を三次元回転
平面構造を傾斜、回転する機能です。
メインツールバーの
を使用します。
※本機能は、軌道ツールには未対応です。
CDS
ホットキー（Hotkey)
ホットキー（Hotkey)
ワンタッチで構造を描ける便利な機能です。
ラベルを追加したい位置にマウスカーソルを置いてキーを押します。 設定は、以下の場所にあります。C:¥Documents and Settings¥All Users¥Application Data¥CambridgeSoft ¥ChemOffice2010¥ChemDraw¥ChemDraw Items 設定されている主なホットキー "A" のキーを押すと"Ac" がラベルとして描かれます。 "e" のキーを押すと"Et" がラベルとして描かれます。 "E" のキーを押すと"COOCH3" がラベルとして描かれます。 "t" のキーを押すと"TMS" がラベルとして描かれます。 "T" のキーを押すと"OTs" がラベルとして描かれます。 "1" のキーを押すと"n-Bu" がラベルとして描かれます。 "2" のキーを押すと"s-Bu" がラベルとして描かれます。 "3" のキーを押すと"t-Bu" がラベルとして描かれます。 "4" のキーを押すと"Ph" がラベルとして描かれます。 "5" のキーを押すと"Ac" がラベルとして描かれます。 "6" のキーを押すと"CH2OH" がラベルとして描かれます。
CDS
24
ラベルの展開（Expand Label)
ラベルの展開（Expand Label)
省略形（Et,Me,COOHなど）の原子ラベルを
通常の構造に展開する機能です。
ホットキー、ニックネームなどと組み合わせると便利です。
CDS
SMILES,InChI表記文字列の作成
SMILES,InChI表記文字列の作成
CDP
文字列による構造式の表記方法の例
（Text Line Notation)
26
構造式の整形
構造式の整形
CDP
構造式をバランスよく整えます。部分的な整形も可能。
整形したい部分を選択後、
StructureメニューからClean Up Structure
実行前
実行後
反応式の解釈
反応式の解釈
CDP
反応物(原料）、生成物、触媒、注釈を識別します。
1. View>Show Reaction Interpretation.
2. 反応式の矢印上にマウスカーソルをあわせます。
以下のように識別されます。
赤：反応物
マゼンダ：生成物
シアン：反応式の矢印の上部にあるもの
青：反応式の矢印下部にあるもの
反応認識のための参考事項 反応物と生成物は、少なくとも１つ必要です。. 反応物と生成物は、各々ひとつのラベルでなければいけません。 複数の反応物や原料には、“+”で結んでいなければなりません。Reaction conditions must reside completely within the left and right boundaries of the reaction arrow. 反応式には、カーブした矢印を含んではいけません。
28
ポリマー表現
ポリマー表現
CDP
１．View>Other Toolbars>Brackets
(Main ToolbarからBracket tools)
２．Structure>Bracket Properties
ポリマー表現の設定
ポリマー表現の設定
30
マーカッシュ構造の展開
マーカッシュ構造の展開
CDP
マーカッシュ構造（代表構造）
構造の展開：Structure>Expand Generic Structure
ペンツール
ペンツール
CDP
ペンツール（Pen Tools）は、自由に曲線や形を描けます。
Main toolbar からDraw Curve（View>Other Toolbars>Pen Tools）
色を指定し、以下のような効果も指定できます。
A) 曲線 B) 閉曲面 C) 塗りつぶし D) 影 E) 薄い色
32
構造のQuery指定
構造のQuery指定
CDP
化学構造式による検索のために様々な指定が可能です。
原子に関する指定
結合に関する指定
リンクノード（Link Node)
リンクノード（Link Node)
CDP
リンクノードを使用することで可変長の鎖状構造や
繰り返し回数を指定できます。
原子ラベルテキストボックスで括弧［］を用います。
例：
34
立体異性の表示
立体異性の表示
CDP
立体異性の表示設定：File>Document Settings
Show Stereochemistry
R,S,r,s,E,Zがあります。
原子に対する設定
分子に対する設定
化学量論計算機能
化学量論計算機能
• 化学量論計算機能
（反応を描いてStructure，Analyze Stoichiometry)
CDP
36
薄層クロマト作画ツール
薄層クロマト作画ツール
CDP
TLC Tool（薄層クロマト作画ツール）
（Set Custom Spotで独自のSpot図形を作成できます）
Massフラグメントツール（１）
Massフラグメントツール（１）
同時に複数の場所を指定するには、Altキーを押しながら行います。 • 分子の特定の結合を切ります。
38
Massフラグメントツール（２）
Massフラグメントツール（２）
• Dissociation tool.（分離） 親分子の分離したい結合を指定する。CDP
Massフラグメントツール（３）
Massフラグメントツール（３）
同時に複数の場所を指定するには、Altキーを押しながら行います。 • Retrosynthesis tool. （逆合成） 親分子の分離したい結合を指定する。CDP
40
表作成ツール（Table Tool)
表作成ツール（Table Tool)
Mass フラグメントツールと同じ場所に
表作成ツールがあります。
CDP
物性予測（ChemProp)
物性予測（ChemProp)
構造式を変化させると予測結果も連動します。
１００原子（水素を含む）までの分子を計算できます。
CDP
42
LogP予測機能（CLogP)
LogP予測機能（CLogP)
構造式を変化させると予測結果も連動します。
（１００原子（水素を含む）までの分子を計算）
予測に使用しているClogPのバージョン
5.01 ClogP algorithm version (released 1 May 2005)
24 Fragment database version (released 1 May 2005)
Copyright Biobyte Corp. 1994-2005
CDU
化合物名称命名機能
化合物名称命名機能
構造式を変化させると命名結果も連動します。
Structure,Convert Structure to Name
44
化合物名から構造式を生成
化合物名から構造式を生成
化学名から構造式を生成できます。(Name=Struct)
Structure,Convert Name to Structure
CDU
HNMRシフト予測
HNMRシフト予測
46
CNMRシフト予測
CNMRシフト予測
CDU
三次元モデルの取得（Get３D Model）
三次元モデルの取得（Get３D Model）
ChemDrawで描いた構造をすぐに3次元モデルに変換できます。
構造を選択してEdit,Get3D Model（ChemBio3Dが必要）
CDU
48
インターネット検索（ChemBioFinder HotLink）
インターネット検索（ChemBioFinder HotLink）
ChemDrawで描いた構造をインターネット経由で検索することが
できます。
CDU
BioDrawツール
BioDrawツール
CBDU
50
豊富なテンプレート(バイオ関係）
豊富なテンプレート(バイオ関係）
CBDU
New
豊富なテンプレート(バイオ関係）
豊富なテンプレート(バイオ関係）
CBDU
New
52
豊富なテンプレート(その他）
豊富なテンプレート(その他）
CBDU
Shape
New
MS Office連携製品
Excel上で化学構造式の表示、検索、命名、物性予測を行うためのAdd-inツールです。 Excel上で化学構造式の表示、検索、命名、物性予測を行うためのAdd-inツールです。54
Excel上で化学構造式の作画、検索、物性計算が可能
SDFile Import/Export ChemFinderで構築したDBのImport ChemFinderの検索リストのインポート ChemProp連携 各種物性値計算機能(ChemSAR) 化学名命名機能 構造検索機能 Excel Functionality コンビケムライブラリ作成 (CS CombiChem Tool) Ｅｘｃｅｌ ２００７に対応しました。Excel連携機能概要
Excel連携機能概要
CDU
New
ChemOffice for Excel
ChemOffice for Excel
データの読み込み(Import Table)
ChemFinder DB、検索結果、ＳＤＦｉｌｅから可能
ＳＤＦｉｌｅへの書き出しも可能
構造式の表示（ChemOffice,Picture,Show)
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ChemOffice for Excel
ChemOffice for Excel
組み込まれている関数（ChemDraw Excel Functions)
ChemBioFinder for Office
ChemBioFinder for Office
いろいろなファイル（Word,PowerPoint,Excel)に含まれる構造式を
検索し、集めることができます。
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ChemBioFinder Ultra
ChemBioFinderは簡単操作で化学構造情報や反応式情報をデータベース化できる化学 情報管理システムです。 迅速かつ効率的に化学構造式、反応式、物性、文献情報等を管 理・検索することが可能です。 ChemBioFinderは簡単操作で化学構造情報や反応式情報をデータベース化できる化学 情報管理システムです。 迅速かつ効率的に化学構造式、反応式、物性、文献情報等を管 理・検索することが可能です。主な機能
主な機能
ChemFinder画面出力例
化合物情報・反応情報
DB作成
SDFile/RDFileのImport/Export機能
ChemFinder DB自動生成
ChemDraw連携
化学構造登録 化学構造クエリー作成構造検索機能
部分構造検索機能 完全一致検索機能 Similarity検索機能３次元検索機能
（ChemFinder Pro/Ultraのみ)データベースセキュリティ機能
DB全体に対するパスワードの設定 各種機能制限の設定CDU C3DU
60
組成式検索
組成式検索
C6H6
：６個の炭素と６個の水素を含む化合物
＝C6H6 ：６個の炭素と６個の水素の化合物
C6N0
：６個の炭素と０個の窒素を含む化合物
C6N1-3 ：６個の炭素と1から6個の窒素を含む化合物
特殊原子の指定
A（水素以外のすべての原子）
Q（すべてのヘテロ原子（水素、炭素以外））
X（すべてのハロゲン原子（F,Cl,Br,I,At)
M（すべての金属原子（Li,Be,Na,Mg,Al,K,Ca,..Rg,Ce,..Es)
例：AX3、A4の場合BiCl3がヒット
New
ChemBio3D Pro
ChemBio3D Proは、使いやすい３次元モデリングソフトウェアです。OpenGLによる 美しい３次元モデルをすばやく作成でき、MM2などで安定構造を求め、さらに詳細な 解析を行うことができます。また、蛋白質などの大きな分子も表示可能です。 ChemBio3D Proは、使いやすい３次元モデリングソフトウェアです。OpenGLによる 美しい３次元モデルをすばやく作成でき、MM2などで安定構造を求め、さらに詳細な 解析を行うことができます。また、蛋白質などの大きな分子も表示可能です。62
基本機能
基本機能
Ｃ３Ｐ
三次元分子の作画、回転、拡大、縮小
座標表示（直交座標、Ｚマトリックス、内部座標）
原子属性、結合属性の設定、表示
測定（原子間距離、角度、2面角）
計算（拡張ヒュッケル、ＭＭ２）
分子表面の計算、表示
分子軌道の表示
プレゼンテーション用効果設定（背景、強調）
扱えるファイルの種類
扱えるファイルの種類
Ｃ３Ｐ
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基本画面
基本画面
3D Model,Output,ChemDraw Panel,
Model Explorer,Structure Browser
三次元モデルの修正
三次元モデルの修正
元の三次元モデル 炭素原子の追加 単結合ツールを利用して Cを追加 HをOに変更 テキストツールを利用して HをOに変更 自動的にHが追加66
ChemDraw 連携
ChemDraw 連携
ChemDraw Panelの表示 ChemDrawによる二次元モデルの作成 MM2による構造最適化を指定
実行結果 MM2による構造最適化実行
拡張Huckelによる分子軌道表示
拡張Huckelによる分子軌道表示
三次元モデルの組み立て 拡張Huckel計算の実行 分子軌道表示の選択 分子軌道表示(表示軌道も選択可能)68
分子軌道表示例
分子軌道表示例
EthyleneのHOMO(solid) ButadieneのHOMO(wire mesh)
応用編セミナー項目
応用編セミナー項目
応用編
応用編
① 動作環境の変更、構造作画設定の変更
② ニックネームの定義と利用、代替基の定義
③ 独自のテンプテートの作成
④ 独自のスタイルシートの作成
⑤ ペンツールの使用方法
⑥ 原子ラベルの編集と配置
⑦ タブキーを使用した表の作成
⑧ 特殊な結合表現（多中心、可変結合：マーカッシュ表現）
⑨ TLCプレートの作画（今回は、解説）
⑩ 化学量論計算（今回は、解説）
⑪ 検索構造における詳細設定
⑫ 反応における手動マッピング方法
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