LIMS ワークリストの書式
はじめに
Chromeleon における LIMS データ(シーケンス)読取りフォーマットをワークリスト(WLE ファイル)といいます。 ワークリストファイル形式で LIMS から情報を出力して頂ければ、Chromeleon でインポートできます。 そのため、LIMS からワークリスト形式で出力できるように LIMS 側でプログラムを作成する必要があります。 既存のワークリストをインポートするには、[ファイル]→[新規作成]→[シーケンス(LIMS ワークリストから)]を選択してく ださい。インポートが完了すると、インポートされたシーケンスがブラウザに一覧表示されます。 インポートが完了すると、インポートされたシーケンスがブラウザに一覧表示されます。[オプション]セクションで [DeleteWorklist]を"Yes"に設定すると、既存のワークリストが再度インポートされないように自動的に削除されます。 インポート中にエラーが発生した場合は、エラー内容とワークリスト内の発生場所を報告するエラーメッセージが Chromeleon で表示されます。このエラーメッセージもログファイルに保存されます。このログファイルの名前は、ワー クリスト名に拡張子".log"を付けたものになります。[オプション]セクションで[Rename On Error]を"Yes"に設定すると、 不正なワークリストファイルの名前が自動的に"*.err"という形式の名前に変更されます。
ワークリストの書式
ワークリストにはファイル拡張子".wle"(ワークリストエクスポートの意味)が付きます。ワークリストの構造と構文は、 Windows の INI ファイルに類似しています。ワークリストは様々なセクションで構成されています。 各セクションは改行されて始まります。セクション名は角括弧で囲まれます。セクション名の下には"構文名 = 値"の書 式で 1 つまたは複数の項目が入力されています。コメント行の始めにはセミコロンが付き、1 行ごとに終了します。 ヒント 導入量などの情報がワークリストに不足している場合は、ワークリストの読取り後に、Chromeleon で情報を登録でき ます。ただし、QNT ファイルと PGM ファイルはワークリストで既に指定されていなければなりません。有効なワークリストの凡例とコメント
有効なワークリストの凡例とコメントを、以下に示します(Chromeleon 内でワークリストを使用する場合は、まずコメン トを削除してください)。 [options] Application = Chromeleon Delete Worklist = No Rename On Error = No [file names] ; 生成されたシーケンスのデータソース、パス、シーケンス名 Sequence = ¥labor2_local¥sys58¥sequences¥lims4711 ; プログラム欄の既定値 pgm = pgm0815 pgm＝Wash pgm = Stop ; QNT メソッド欄の既定値 qnt = qnt0815 qnt = noint ; ここに PGM ファイルをコピーする(データソース、パス) pgm templates = ¥server1¥templates¥hplc ; ここに定量メソッド(QNT メソッド)をコピーする(データソース、パス、名前) [qnt files] qnt0815 = ¥server1¥templates¥hplc¥pah¥qnt0815 noint = ¥server1¥templates¥common¥noint[defaults] ; 導入量の既定値 Injection Volume = 10.0 [1] Name=Wash Type=Blank Run Pos=1 ; 既定値("pgm0815")の代わりに"洗浄(Wash)"プログラムを使用する PGM=Wash QNT=qnt0815 [2] Name=Std Type=Standard Pos=99 [3] Name=Sample1 Pos=2 [4] Name=Sample2 Pos=3 [5] Name=Sample3 Pos=4 [6]
Pos=1 PGM=Stop QNT=noint このワークリストを使って、"lims4711"という名前のシーケンスが"sys58¥sequences"ディレクトリの"labor2_local"デ ータソースに作成されます。シーケンスには、リンス試料、標準、4 つの未知試料、および停止プログラムが含まれま す。 すべての制御プログラムがデータソース"Server1"(中央ファイルサーバー)のサブディレクトリ"¥templates¥hplc"から コピーされます。ソースには、"pgm0815"、"wash"、"stop"のプログラムが含まれていなければなりません。 アンプルのリンスと停止の評価メソッドは、"¥templates¥common¥noint.qnt"からコピーされ、分析試料のメソッドは "¥templates¥hplc¥pah¥qnt0815.qnt"からコピーされます(いずれもデータソース"server1"内のディレクトリです)。 パスの情報 ワークリストの完全なパス情報は Chromeleon のデータ構造に関連付けられています。そのため、パス名はハードデ ィスクではなくデータソース名から始まります。相対パスは受け入れられません。 パス名は Chromeleon の内部構文("Moniker"(名前)プロパティ)(SEQ::¥labor2_local¥sys58¥sequences¥lims4711 など)または単純化された構文(上記)のいずれかで表示できます。単純化された構文では、種類の略語と二重コロン が削除されます。この場合、バックスラッシュの代わりにスラッシュやコロンを使用できます。 Sequence = SEQ::¥labor2_local¥sys58¥sequences¥lims4711 Sequence = ¥labor2_local¥sys58¥sequences¥lims4711 Sequence = Labor2_local:sys58/sequences/lims4711 上記の 3 つのパスは、すべてデータソース"Labor2_local"の"sys58¥sequences"ディレクトリにあるシーケンス "lims4711"を参照します。 パス情報には、拡張子(.PGM、.QNT、.SEQ)を含めないでください。
PGM ファイルと QNT ファイルの扱い方 PGM ファイルと QNT ファイルは常にシーケンス内にあるため、シーケンスのプログラム欄とメソッド欄にはパス情報な しのファイル名のみが含まれます。これは、WLE ファイルのオプション("PGM="および"QNT=")にも適用されます(以 下参照)。 これらのファイルは、LIMS インポートモジュールでこれらのファイルをシーケンスにコピーすることによって作成されま す。コピーするテンプレートの場所の指定には、以下の 2 つのケースがあります。 使用するすべてのファイル(1 種類)が同じディレクトリ(テンプレートディレクトリ)内にある場合は、そのパスをセク ション[file names]で以下のように指定できます。 PGM Templates = テンプレートディレクトリのパス または QNT Templates= QNT ファイルのテンプレート ディレクトリのパス Chromeleon によって、指定された名前を持つファイルのテンプレートディレクトリが検索され、そのファイルが シーケンスにコピーされます。 コピーするテンプレートが複数の異なるディレクトリにある場合、各セクションのパスが[PGM file]セクションもしく は[QNT files]セクションに含まれていなければなりません。等記号の左側にファイル名、右側にテンプレートの完 全パスが示されます。 テンプレートのファイル名をコピーされるファイル名と異なる名前にすることは、技術的には可能ですが、シス テムには受け入れられません。 この 2 つのメソッドは混合できます。疑わしい場合は、2 番目のメソッドが優先されます。セクション[PGM files]に項目 が入力されている場合、PGM テンプレートファイルは検索されません。 すべての試料で同じ PGM ファイルと QNT ファイルを使用する場合は、メソッドの違いによる影響はありません。 [OPTIONS]セクション このセクションに表示されるオプションは、インポート機能に影響します。通常は、ここには項目は必要ありません。 ワークリストをテストする場合は、"Delete Worklist"と"Rename On Error"のコマンドを無効することをおすすめします。 これにより、ワークリストはインポート後に削除されることなく保持されます。
"Computer Name = <コンピュータ名>"は、ワークリストのコピー先を示します。
この入力名がローカルコンピュータと一致しない場合、そのワークリストは受け入れられません。この場合、ログファイ ルは作成されず、ワークリストの削除も名前の変更もおこなわれません。
"Log Error = Yes"によって、エラーイベントが発生した場合にエラーメッセージを含むログファイルが作成されます。
"Log Success = Yes"によって、正常に完了したインポートを文書化したログファイルが含まれます。
"Delete Worklist = Yes"によって、インポートが正常に完了した場合にワークリストが削除されます。
"Rename On Error = Yes"によって、エラーイベントが発生した場合にワークリストの名前を"*.err"に変更します。
"Character Set = Windows"によって、ワークリストの文字コードが示されます。
作成されるログファイルもこの文字コードで記述されます。漢字などの全角文字やギリシャ文字などの特殊文字が正 しく変換されない場合は、このオプションを変更します。 ここで使用できる値は、"Windows"、"ANSI"(システムの文字コード、すなわち変換なし)、"DOS"、"OEM"(Windows 関数 OEMToAnsi によって変換されるコンピュータの文字コード)です。 [FILE NAMES]セクション このセクションでは、さまざまなファイル名が指定されます。 "Sequence ="で、作成するシーケンスのパスと名前が示されます。 このパラメータは必ず指定しなければなりません。 "PGM ="または"QNT ="によって、PGM または QNT の欄の既定値が指定されます。 (既定値は試料ごとに上書きできます。) "PGM Templates ="および"QNT Templates ="によって、テンプレートのディレクトリが指定されます(上記参照)。 [PGM Files]、[QNT Files]セクション これらのセクションでは、PGM ファイルと QNT ファイルのコピー先が定義されます。 このセクションの入力内容は、テンプレートディレクトリよりも優先されます。以下の構文で入力します。 名前 = パス 等記号の左側にはファイル名、右側にはテンプレートの完全パス名が入ります。
[DEFAULTS]セクション
このセクションでは、様々な試料変数の既定値を定義します。
"Name="、"Comment="、"Type=Unknown"、"Status=Single"、"Sample Weight=1.0"、"Dilution Factor=1.0"、 "ISTD Amount="、"Std. Add. Group="、"Ref. Amount Set="、"Injection Volume=20.0"は、ブラウザに表示される各 項目と同じ意味になります。それぞれの値の範囲も同じです。
補足： PGM ファイルと QNT ファイルの既定値は、[FILE NAMES]セクションで定義されます。
[SEQUENCE]セクション
このセクションでは、シーケンスのプロパティを定義します。
"Title = Created from worklist <ワークリスト名>"では、シーケンスの名前(説明)が指定されます。 "Timebase ="では、シーケンスを実行するタイムベースが指定されます。 "Report ="では、レポートテンプレートの既定値が指定されます(印刷ダイアログに表示されます)。 "Channel ="では、印刷時のチャネルの既定値が指定されます(印刷ダイアログに表示されます)。 [n]セクション(試料データの記録) 1 つのセクションには 1 つの試料が記述されます。 このセクションには[n]の名前が付けられます。この[n]には試料番号の数字が入ります(0 は使用しません)。試料には 連続する番号が付けられていなければなりません。新しいシーケンスでは、試料の番号付けを 1 から開始します。試 料は既存のシーケンスに追加できます。この場合、試料の番号付けはシーケンスの次の未使用試料番号(シーケンス の試料数に 1 を足した番号)から開始されなければなりません。1 つの試料セクションには"PGM="、"QNT="、 "Name="、"Comment="、"Sample ID="、"Replicate ID="、"Pos="、
"Type=Unknown/Blank/Validation/Standard/Matrix/Spiked/Unspiked"、
"Status=Single/Multiple/Finished/Interrupted"、"Sample Weight=1.0"、"Dilution Factor=1.0"、"Injection
Volume=20.0"の項目を含められます。項目が見つからない場合は、[DEFAULTS]セクションと[FILE NAMES]セクシ ョンの既定値が入力されます。
お問い合わせ先
サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 カスタマーサポート本部テクニカルサポート
