©2020 The Medical Society of Kansai Medical University
小児期の腸内細菌叢の形成：
新生児期の分娩様式と栄養法が及ぼす影響
赤川 翔平 *，赤川友布子， 章志，金子 一成
関西医科大学医学部小児科学講座
Development of Gut Microbiota in Childhood:
Focusing on the effects of mode of delivery and nutrition in neonatal period
Shohei Akagawa*, Yuko Akagawa, Shoji Tsuji, Kazunari Kaneko
Department of Pediatrics, Kansai Medical University Received 9 October, 2020 / Accepted 23 October, 2020 Abstract:
The gut microbiota resides in the human gastrointestinal tract, maintaining a certain homeostatic balance. Recent advance-ments in next-generation sequencing have accelerated our understanding of the human gut microbiota, which is established after birth (or in utero) and starts to resemble the microbiota of an adult by the age of three years. Various factors affect its composition, and imbalances thereof have been associated with an increased risk of disease during both childhood and adulthood. Therefore, a deeper understanding of the establishment of the gut microbiota during childhood is critical for human health promotion. However, due to the numerous, complex factors affecting the gut microbiome, the exact etiology remains unknown. Herein, we discuss the impact of mode of delivery and feeding type on neonate gut microbiota.
Key words: gut microbiota, mode of delivery, feeding type, 16S rRNA sequencing 要旨： 腸内細菌叢とはヒトの腸管内で一定のバランスを保ちながら共存している多種多様な細菌集団である．近年， 次世代シークエンサーによる遺伝子解析技術の進歩に伴って腸内細菌叢の研究が加速している．腸内細菌叢は 新生児期（あるいは胎児期）から形成され 3歳までに成人同様となるが，様々な要因でその構成は乱れ，小児期・ 成人期の疾患発症と関連する．したがって乳幼児期の腸内細菌叢の構築過程に関する知識と理解はヒトの健康 増進を考える上できわめて重要である．しかし，腸内細菌叢に影響を及ぼす因子は数多くあり，まだ不明な点 も多い．今回，分娩様式や栄養法が新生児の腸内細菌叢に及ぼす影響を検討した筆者らのデータを中心に小児 期の腸内細菌叢について紹介する． キーワード：腸内細菌叢，分娩様式，栄養法，16S rRNA 遺伝子解析
はじめに
腸内細菌叢とはヒトの腸管内で一定のバランスを保
ちながら共存している多種多様な細菌集団である．近
年，次世代シークエンサーによる遺伝子解析技術が進
み，腸内細菌叢を構成する細菌の種類や機能を詳細に
分析できるようになった．その結果，ヒトの健康維持
における腸内細菌叢の重要性がこれまでになく注目さ
れている．
本稿ではヒトの腸内細菌叢の形成・確立に関する基
本的事項と，腸内細菌叢に影響を及ぼす因子につい
て，近年の報告や自験例を中心に紹介する．
The Journal of Kansai Medical University
Published online: 15 March, 2021 in J-STAGE (www.jstage.jst.go.jp) doi: 10.5361/jkmu.71.7
1．腸内細菌叢とは？
体内にはヒトの体を構成する細胞数の約 1.3 倍の細
菌が存在し，その種類は 1000 種を超える
1)．これらの
細菌がヒトの皮膚，消化管，呼吸器系，口腔，膣など
に常在し，細菌叢を形成しているが，その 90% 以上
は消化管に生息している．そして腸内細菌は脂質や
タンパク質だけでなく， ヒトが消化することのできな
い難消化性物質の代謝を行い，短鎖脂肪酸などを産生
することで大腸粘膜上皮にエネルギーを供給し，感染
防御や発がん抑制に関与し，あたかも一つの臓器とし
て機能している
2)．
細 菌 は 系 統 的 に 界（kingdom）， 門（phylum）， 綱
（class）， 目 （order）， 科 （family）， 属 （genus）， 種 （species）
に分類される．本稿では主に 「目」 や 「属」 レベルで細
菌を分類し表記する．
2．腸内細菌叢の発達と疾患との関連
ヒトのライフステージにおける腸内細菌叢の変化に
ついては，Odamaki らが 2016 年に報告している
3)．彼
らは，16S rRNA 遺伝子解析技術を用いて，0 歳から
104 歳までの健康な日本人 367 名の腸内細菌叢を解析
した．その結果，成人の腸内細菌叢の構成割合はほぼ
一定しており，Lactobacillalles 目や Clostridiales 目など
のグラム陽性細菌による Firmicutes 門に属する細菌の
比率が最優勢であることを明らかにした．一方で，1
歳児の腸内細菌叢の構成割合は成人と全く異なり，
Bifidobacteriales 目を含む Actinobacteria 門に属する細
菌の比率が最優勢であるが，その比率は徐々に低下
し，3 歳頃には成人とほぼ同様の腸内細菌叢が形成さ
れる
3)．
胎児期の腸内細菌叢について，胎盤
4)や羊水
5)，帝
王切開分娩で出生した児の胎便
6)からも細菌 DNA が
検出されており，腸内細菌叢の形成は胎児期から始
まっていると考えられている
4–6)．この胎児期の腸内細
菌叢の形成メカニズムについては不明な点も多いが，
母体の腸内細菌叢そのものが胎盤を通じて胎児の腸内
細菌叢を形成しているというプログラミング仮説も提
唱されている
7)．しかし最近は，「胎児を取り巻く環境
はやはりほとんど無菌なのではないか」という研究成
果も出されており，胎児の腸内細菌叢がそもそも存在
するのか否かについてはまだ議論が多い
8–10)．いずれ
にせよ，出生直後から母体の産道や皮膚の細菌叢およ
び環境中の細菌に暴露されながら，新生児期・乳児期
の腸内細菌叢は劇的に変化し 3 歳頃までに成人と同様
となる
3)．
腸内細菌叢の乱れ（dysbiosis） は成人と同様，小児
期の様々な疾患の発症に関与することが明らかになっ
てきている．具体的には炎症性腸疾患
11,12)，過敏性腸
症候群
13)，壊死性腸炎
14)などの消化管疾患を始めとし
て，アレルギー関連疾患
15–17)，肥満
18,19)，糖尿病
20)，自
閉症スペクトラム
21)，乳幼児突然死症候群
22)などの発
症にも関与している可能性が示唆されている．また筆
者らのグループは小児の特発性ネフローゼ症候群にお
いても腸内細菌叢の乱れが再発と関連している可能性
を初めて報告した
23,24)．
3．腸内細菌叢に影響を与える因子
前述の様に，新生児期および乳幼児期の腸内細菌叢
は劇的に変化し，3 歳頃に成人と同様の腸内細菌叢が
形成されることが知られているが
3)，この時期の腸内
細菌叢の dysbiosis は成人期にまでトラッキングする
と考えられており
25)，この時期の腸内細菌叢をより好
ましい状況に保つことはきわめて重要である
26)．新生
児から乳幼児期にかけての腸内細菌叢に影響を与える
因子として，母体の膣の常在菌や腸管内の細菌叢
27,28)，
分娩様式
29–32)，栄養法
29–31)，抗菌薬の使用
31,33)，在胎週
数
34)，同胞やペット飼育の有無
35)，衛生状況を含めた
地域差
36)などが挙げられる．筆者らは最近，分娩様式
や栄養法および抗菌薬投与が新生児や乳児の腸内細
菌叢に与える影響について検討したので以下に紹介
する．
1）分娩様式と栄養法が日本人の新生児の腸内細菌叢
に及ぼす影響
新生児は経腟分娩で出生時，母体の産道を通過す
る際に，母体の膣や腸管内に常在する有益菌である
Bifidobacteriales 目（ビフィズス菌）や Bacteroidales 目
（バクテロイデス菌） を獲得する．一方，産道を通過
せずに出生する帝王切開分娩では，それらの菌を獲得
する機会を逃し dysbiosis をきたす
37)．出生後は，母乳
または人工乳による栄養が始まるが，母乳には人工乳
に含まれていない Bifidobacteriales 目の細菌が含まれ
ているほか，プレバイオティクスとして知られるヒト
ミルクオリゴ糖（human milk oligosaccharides: HMOs）
が含まれている．HMOs は乳糖，脂質に続き母乳中で
3番目に多く含有される固形物であり， 初乳では 20 g/L
程度も含まれる．経口的に摂取された HMOs は消化
吸収を受けることなく消化管を通過して大腸に集積
し，プレバイオティクスとして，ビフィズス菌の増殖
や病原菌の増殖抑制に寄与する．一方で，人工乳には
ガラクトオリゴ糖やフラクトオリゴ糖が添加されてい
るが， 母乳に含まれる200種類以上と言われるHMOs
38)と比較してその種類は少ない．
筆者らは帝王切開分娩で出生した日本人新生児に
おいても腸内細菌叢は dysbiosis を来たしているのか，
そしてもし dysbiosis が存在するなら，出生直後から
母乳栄養を行うことでそれを是正することができるの
か否かを明らかにすることを目的に検討を行った
32)．
対象は 2015 年 9 月から 2016 年 8 月に同一施設（大阪
府内の市立病院・産婦人科）で出生し，両親が日本人
の正期産，正常体重の新生児 36 名とし，産婦人科退
院前の日齢4と1か月健診受診時に便検体を採取した．
採取した便から細菌 DNA を抽出し，PCR で増幅の上，
Ion PGM System （Thermo Fisher Scientific 社） を用いて
16S rRNA 解析を実施した．腸内細菌叢の評価法とし
ては，微生物生態系の生物学的多様性を示す Shannon
Index と腸内細菌叢の構成割合を菌目レベルで比較し
た．また，Bray-Curtis 非類似度による主座標分析を用
いて，β 多様性を評価した．Bray-Curtis 非類似度は 2
つの群集に出現する種組成の類似性を評価する指標
で，群集が類似している場合には 0 に近づき，まった
く異なるときには最大値 1 をとるものである
39)．それ
ぞれの 2 群集の非類似度を主座標分析で 2 次元にプ
ロットすることで，各プロットの距離の遠近で菌叢構
造の類似性を視覚的に認識できる．
まず分娩様式（経腟分娩または帝王切開分娩）によ
る腸内細菌叢への影響を検討する目的で，経腟分娩で
出生した新生児と帝王切開分娩で出生した新生児の生
後 4 日目の便を比較した．次に生後 1 か月間の栄養法
（母乳栄養または人工乳栄養） が腸内細菌叢に及ぼす
影響を検討する目的で，対象を 4 群に分け生後 1 か月
時点で採取した便の解析を行った．4 群の内訳と対象
人数は以下の通りである：経腟分娩で出生し 1 か月間
母乳栄養で育てられた新生児（経腟分娩 / 母乳栄養群）
10 名，経腟分娩で出生し 1 か月間人工乳栄養で育て
られた新生児（経腟分娩 / 人工乳栄養群）10 名，帝王
切開分娩で出生し 1 か月間母乳栄養で育てられた新生
図 1．日本人新生児の日齢 4 と生後 1 か月時における腸内細菌叢 日齢 4 における腸内細菌叢は，経腟分娩児において，帝王切開分娩児と比較して有意に Lactobacillales 目に属する細菌と Bacillales 目に属する細菌の割合が低く，Enterobacteriales 目に属する細菌と Bacteroides 目に属する細菌の割合が高かった．生 後 1 か月時には Bacteroides 目に属する細菌については 4 群間で有意な差を認めたが，他の菌目については有意な差は認めな かった．（文献 28 “Effect of Delivery Mode and Nutrition on Gut Microbiota in Neonates,” by Akagawa, et al, 2019. Annals of Nutrition and Metabolism, 74: 132–149. Figure 2 より S. Karger AG の厚意に基づき許諾を得て引用，改変）
児（帝王切開分娩 / 母乳栄養群）10 名，帝王切開分娩
で出生し 1 か月間人工乳栄養で育てられた新生児（帝
王切開分娩 / 人工乳栄養群）6 名．これらの 4 群間で
性別，出生体重，在胎週数に有意差は認めず，また人
工乳栄養群には完全人工乳栄養（一度も母乳を摂取し
たことがない）の新生児はいなかった．なお栄養法は，
日本小児科学会の推奨にしたがって「1 か月時までの
総哺乳量の 8 割以上が母乳」の場合を母乳栄養，「8
割以上が人工乳」の場合を人工乳栄養と定義した．結
果であるが，まず日齢 4 においては，帝王切開分娩児
（n=16） と比較して経腟分娩児 （n=20） において，有
意に Lactobacillales 目と Bacillales 目の細菌の割合が低
く，Enterobacteriales 目と Bacteroides 目の細菌の割合が
高かった （図 1）．また経腟分娩児では Shannon Index
の中央値が 2.20 であったのに対し，帝王切開分娩児
では中央値 1.79 と有意に低かった（p=0.04; Mann–
Whitney U 検定）
（図 2）．一方，生後 1 か月時には 4 群
間で Shannon Index に差を認めなかった （経腟分娩 / 母
乳栄養群 2.00［中央値，以下同様］，経腟分娩 / 人工
乳栄養群 2.37，帝王切開分娩 / 母乳栄養群 2.26，帝王
切開分娩 / 人工乳栄養群 2.12） （図 2）．また菌目の構
成割合は Bacteroides 目の細菌の割合について，4 群間
で有意な差を認めたが，他の菌目の構成割合について
は有意な差は認めなかった （図 1）．また β 多様性にお
いても，日齢 4 では分娩様式によって菌種構成が異な
るものの，生後 1 か月時点ではその違いは小さくなる
傾向がみられた（図 3）
以上の結果から，分娩様式の影響が大きい日齢 4 で
は，経腟分娩児に比して帝王切開分娩児は，膣や腸管
の常在菌である Lactobacillales 目と Bacillales 目の細菌
が少なく，また多様性も低く，腸内細菌叢の dysbiosis
が明らかであるものの，生後 1 か月時点では分娩様式
や栄養法の違いによる腸内細菌叢の差異は小さくなる
ことが明らかとなった．生後 1 か月時点で 4 群の腸内
細菌叢が類似した理由としては，本研究において人工
乳栄養とした新生児も全例，多少の母乳を乳房から摂
取していたことが関与していると思われた．すなわち，
少量であっても乳房から母乳を摂取することにより帝
王切開分娩で出生した児の dysbiosis が是正できる可
能性が示唆された
32)．
2）他人種における分娩様式と栄養法が腸内細菌叢に
及ぼす影響
筆者らの研究は日本人新生児における検討である
が，最近，英国から 596 例の正期産の新生児を対象
とした同様の検討についての結果が報告された
40)．
それによれば，日齢 4 の時点で，経腟分娩児では
Bifido bacteriales 目と Bacteroides 目の細菌が優勢であっ
たのに対して， 帝王切開分娩では Lactobacillales 目と
Bacillales 目の細菌が優勢であった．しかし， その差は
日齢 7， 日齢 21 と経過するとともに小さくなり，乳児
期（8.75±1.98 か月）にはほぼ同様の腸内細菌となっ
たとしている
40)．したがって人種に関係なく，分娩様
式は新生児期の腸内細菌叢に大きな影響を及ぼすもの
の，成長とともにその差異は小さくなることが示唆さ
れた．
3）抗菌薬投与が新生児期・乳児期の腸内細菌叢に及
ぼす影響
抗菌薬投与も腸内細菌叢の形成に大きな影響を及ぼ
す．筆者らのグループは新生児も含む 35 例の上部尿
路感染症患者 （月齢中央値 5.2） に対し， 14 日間の抗菌
薬治療（セフトリアキソンナトリウム 100 mg/kg/day
の経静脈投与を 7 日間およびセフジトレンピボキシル
9 mg/kg/day の内服を 7 日間） を実施する前後で腸内細
菌叢を比較した．その結果，抗菌薬投与前は数種類の
菌目が認められたが，抗菌薬投与後は Lacto bacillales
目のほぼ 1 種類となった．また，Shannon Index は 2.9
図 2．日本人新生児の腸内細菌叢の α 多様性の比較 経腟分娩児では Shannon Index の中央値が 2.20 であったの に対し，帝王切開分娩児では中央値 1.79 と有意に低かっ た （p=0.04）．一方で，生後 1 か月時には 4 群間で Shannon Index に差は認めなかった．箱ひげ図は最大値―第 3 四分 位値―中央値―第 1 四分位値―最小値を示す．（文献 28 “Effect of Delivery Mode and Nutrition on Gut Micro-biota in Neonates,” by Akagawa, et al, 2019. Annals of Nutrition and Metabolism, 74: 132–149. Figure 3よりS. Karger AG の厚 意に基づき許諾を得て引用，改変）
から 1.4 に低下し，腸内細菌叢の多様性は大幅に低下
し，明らかな dysbiosis を来たした
41)．
おわりに
細菌の検出法の飛躍的進歩に伴って，人体における
腸内細菌叢の様々な働きや疾患との関連が明らかに
なっている．現在，小児においても様々な疾患におい
て腸内細菌叢の dysbiosis が果たす病因的役割の検
討
24,42,43)やプロバイオティクスなどを用いた dysbiosis
の予防や是正による治療効果が検討されており
44-46)，
その成果が待たれる．
本総説は，学位論文をもとに，第 19 回関西医科大
学医学会賞に応募・口演 （2019 年 11月16日） し，第 2
位を受賞した際の発表要旨でもある．
利益相反
本論文に関して，開示すべき利益相反関連事項は
ない．
文 献
1. Sender R, Fuchs S, Milo R. Are we really vastly out-numbered? Revisiting the ratio of bacterial to host cells in humans. Cell 164: 337–340, 2016.
2. Savage DC. Microbial ecology of the gastrointestinal tract. Annu Rev Microbiol 31: 107–133, 1977.
3. Odamaki T, Kato K, Sugahara H, Hashikura N, Takahashi S, Xiao JZ, Abe F, Osawa R. Age-related changes in gut micro-biota composition from newborn to centenarian: a cross- sectional study. BMC Microbiol 16: 90, 2016.
4. Aagaard K, Ma J, Antony KM, Ganu R, Petrosino J, Versalovic J. The placenta harbors a unique microbiome. Sci Transl Med 6: 237–265, 2014.
5. DiGiulio DB, Romero R, Amogan HP, Kusanovic JP, Bik EM, Gotsch F, Kim CJ, Erez O, Edwin S, Relman DA. Microbial prevalence, diversity and abundance in amniotic fluid during preterm labor: a molecular and culture-based investigation. PLoS One 3: e3056, 2008.
6. Jimenez E, Marin ML, Martin R, Odriozola JM, Olivares M, Xaus J, Fernandez L, Rodriguez JM. Is meconium from healthy newborns actually sterile? Res Microbiol 159: 187– 193, 2008.
7. Gomez de Aguero M, Ganal-Vonarburg SC, Fuhrer T, Rupp S, Uchimura Y, Li H, Steinert A, Heikenwalder M, Hapfelmeier S, Sauer U, McCoy KD, Macpherson AJ. The maternal microbiota drives early postnatal innate immune develop-ment. Science 351: 1296–1302, 2016.
8. Rackaityte E, Halkias J, Fukui EM, Mendoza VF, Hayzelden C, Crawford ED, Fujimura KE, Burt TD, Lynch SV. Viable bacterial colonization is highly limited in the human intestine in utero. Nat Med 26: 599–607, 2020.
9. Leiby JS, McCormick K, Sherrill-Mix S, Clarke EL, Kessler LR, Taylor LJ, Hofstaedter CE, Roche AM, Mattei LM, Bittinger K, Elovitz MA, Leite R, Parry S, Bushman FD. Lack of detection of a human placenta microbiome in samples 図 3．日本人新生児の腸内細菌叢の β 多様性の比較
Bray-Curtis 非類似度による主座標分析法で分娩様式による腸内細菌叢の違いを示した．各プロットの距離が近いほど菌叢構 造が類似していることを示す．Principal Component 1の寄与率は10.0%であり， Principal Component 2の寄与率は8.7%であった． 日齢 4 では分娩様式によって菌叢構造が異なるが，生後 1 か月時点ではその違いは小さくなっている．
from preterm and term deliveries. Microbiome 6: 196, 2018. 10. Perez-Munoz ME, Arrieta MC, Ramer-Tait AE, Walter J.
A critical assessment of the “sterile womb” and “in utero colonization” hypotheses: implications for research on the pioneer infant microbiome. Microbiome 5: 48, 2017.
11. Bellaguarda E, Chang EB. IBD and the gut microbiota—from bench to personalized medicine. Curr Gastroenterol Rep 17: 15, 2015.
12. Gevers D, Kugathasan S, Denson LA, Vazquez-Baeza Y, Van Treuren W, Ren B, Schwager E, Knights D, Song SJ, Yassour M, Morgan XC, Kostic AD, Luo C, Gonzalez A, McDonald D, Haberman Y, Walters T, Baker S, Rosh J, Stephens M, Heyman M, Markowitz J, Baldassano R, Griffiths A, Sylvester F, Mack D, Kim S, Crandall W, Hyams J, Huttenhower C, Knight R, Xavier RJ. The treatment-naive microbiome in new-onset Crohn’s disease. Cell Host Microbe 15: 382–392, 2014.
13. Simren M. IBS with intestinal microbial dysbiosis: a new and clinically relevant subgroup? Gut 63: 1685–1686, 2014. 14. Torrazza RM, Ukhanova M, Wang X, Sharma R, Hudak ML,
Neu J, Mai V. Intestinal microbial ecology and environmental factors affecting necrotizing enterocolitis. PLoS One 8: e83304, 2013.
15. Atarashi K, Tanoue T, Shima T, Imaoka A, Kuwahara T, Momose Y, Cheng G, Yamasaki S, Saito T, Ohba Y, Taniguchi T, Takeda K, Hori S, Ivanov, II, Umesaki Y, Itoh K, Honda K. Induction of colonic regulatory T cells by indigenous Clostridium species. Science 331: 337–341, 2011.
16. Fazlollahi M, Chun Y, Grishin A, Wood RA, Burks AW, Dawson P, Jones SM, Leung DYM, Sampson HA, Sicherer SH, Bunyavanich S. Early-life gut microbiome and egg allergy. Allergy 73: 1515–1524, 2018.
17. Simonyte Sjodin K, Hammarstrom ML, Ryden P, Sjodin A, Hernell O, Engstrand L, West CE. Temporal and long-term gut microbiota variation in allergic disease: A prospective study from infancy to school age. Allergy 10.1111/all.13485, 2018.
18. Turnbaugh PJ, Ley RE, Mahowald MA, Magrini V, Mardis ER, Gordon JI. An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest. Nature 444: 1027– 1031, 2006.
19. Ley RE, Backhed F, Turnbaugh P, Lozupone CA, Knight RD, Gordon JI. Obesity alters gut microbial ecology. Proc Natl Acad Sci USA 102: 11070–11075, 2005.
20. Tilg H, Kaser A. Gut microbiome, obesity, and metabolic dys-function. J Clin Invest 121: 2126–2132, 2011.
21. Hsiao EY, McBride SW, Hsien S, Sharon G, Hyde ER, McCue T, Codelli JA, Chow J, Reisman SE, Petrosino JF, Patterson PH, Mazmanian SK. Microbiota modulate behav-ioral and physiological abnormalities associated with neuro-developmental disorders. Cell 155: 1451–1463, 2013. 22. Goldwater PN. Gut microbiota and immunity: possible role in
sudden infant death syndrome. Front Immunol 6: 269, 2015. 23. Tsuji S, Suruda C, Hashiyada M, Kimata T, Yamanouchi S,
Kitao T, Kino J, Akane A, Kaneko K. Gut microbiota dysbio-sis in children with relapsing idiopathic nephrotic syndrome.
Am J Nephrol 47: 164–170, 2018.
24. Tsuji S, Akagawa S, Akagawa Y, Yamaguchi T, Kino J, Yamanouchi S, Kimata T, Hashiyada M, Akane A, Kaneko K. Idiopathic nephrotic syndrome in children: role of regulatory T cells and gut microbiota. Pediatr Res 10.1038/s41390-020-1022-3, 2020.
25. Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, Trehan I, Dominguez- Bello MG, Contreras M, Magris M, Hidalgo G, Baldassano RN, Anokhin AP, Heath AC, Warner B, Reeder J, Kuczynski J, Caporaso JG, Lozupone CA, Lauber C, Clemente JC, Knights D, Knight R, Gordon JI. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature 486: 222–227, 2012.
26. Palmer C, Bik EM, DiGiulio DB, Relman DA, Brown PO. Development of the human infant intestinal microbiota. PLoS Biol 5: e177, 2007.
27. Makino H, Kushiro A, Ishikawa E, Kubota H, Gawad A, Sakai T, Oishi K, Martin R, Ben-Amor K, Knol J, Tanaka R. Mother-to-infant transmission of intestinal bifidobacterial strains has an impact on the early development of vaginally delivered infant’s microbiota. PLoS One 8: e78331, 2013. 28. Mueller NT, Bakacs E, Combellick J, Grigoryan Z, Dominguez-
Bello MG. The infant microbiome development: mom mat-ters. Trends Mol Med 21: 109–117, 2015.
29. Azad MB, Konya T, Maughan H, Guttman DS, Field CJ, Chari RS, Sears MR, Becker AB, Scott JA, Kozyrskyj AL, Investigators CS. Gut microbiota of healthy Canadian infants: profiles by mode of delivery and infant diet at 4 months. CMAJ 185: 385–394, 2013.
30. Backhed F, Roswall J, Peng Y, Feng Q, Jia H, Kovatcheva- Datchary P, Li Y, Xia Y, Xie H, Zhong H, Khan MT, Zhang J, Li J, Xiao L, Al-Aama J, Zhang D, Lee YS, Kotowska D, Colding C, Tremaroli V, Yin Y, Bergman S, Xu X, Madsen L, Kristiansen K, Dahlgren J, Wang J. Dynamics and stabiliza-tion of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host Microbe 17: 852, 2015.
31. Penders J, Thijs C, Vink C, Stelma FF, Snijders B, Kummeling I, van den Brandt PA, Stobberingh EE. Factors influencing the composition of the intestinal microbiota in early infancy. Pediatrics 118: 511–521, 2006.
32. Akagawa S, Tsuji S, Onuma C, Akagawa Y, Yamaguchi T, Yamagishi M, Yamanouchi S, Kimata T, Sekiya SI, Ohashi A, Hashiyada M, Akane A, Kaneko K. Effect of delivery mode and nutrition on gut microbiota in neonates. Ann Nutr Metab 74: 132–139, 2019.
33. Greenwood C, Morrow AL, Lagomarcino AJ, Altaye M, Taft DH, Yu Z, Newburg DS, Ward DV, Schibler KR. Early empiric antibiotic use in preterm infants is associated with lower bacterial diversity and higher relative abundance of Enterobacter. J Pediatr 165: 23–29, 2014
34. Jacquot A, Neveu D, Aujoulat F, Mercier G, Marchandin H, Jumas-Bilak E, Picaud JC. Dynamics and clinical evolution of bacterial gut microflora in extremely premature patients. J Pediatr 158: 390–396, 2011.
35. Azad MB, Konya T, Maughan H, Guttman DS, Field CJ, Sears MR, Becker AB, Scott JA, Kozyrskyj AL. Infant gut
microbiota and the hygiene hypothesis of allergic disease: impact of household pets and siblings on microbiota compo-sition and diversity. Allergy Asthma Clin Immunol 9: 15, 2013.
36. De Filippo C, Cavalieri D, Di Paola M, Ramazzotti M, Poullet JB, Massart S, Collini S, Pieraccini G, Lionetti P. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci USA 107: 14691–14696, 2010.
37. Koleva PT, Kim JS, Scott JA, Kozyrskyj AL. Microbial pro-gramming of health and disease starts during fetal life. Birth Defects Res C Embryo Today 105: 265–277, 2015.
38. Plaza-Diaz J, Fontana L, Gil A. Human milk oligosaccharides and immune system development. Nutrients 10, 2018. 39. Bray JR, Curtis JT. An ordination of the upland forest
com-munities of southern Wisconsin. Ecol Monogr 27: 325–349, 1957.
40. Shao Y, Forster SC, Tsaliki E, Vervier K, Strang A, Simpson N, Kumar N, Stares MD, Rodger A, Brocklehurst P, Field N, Lawley TD. Stunted microbiota and opportunistic pathogen colonization in caesarean-section birth. Nature 574: 117–121, 2019.
41. Akagawa Y, Kimata T, Akagawa S, Yamaguchi T, Kato S, Yamanouchi S, Hashiyada M, Akane A, Kino M, Tsuji S,
Kaneko K. Impact of long-term and low-dose antibiotic prophylaxis on gut microbiota in children. J Urol 10.1097/ JU.0000000000001227. 2020. [in Press]
42. Kaneko K, Akagawa S, Akagawa Y, Kimata T, Tsuji S. Our evolving understanding of Kawasaki disease pathogenesis: role of the gut microbiota. Front Immunol 11: 1616, 2020. 43. Bunyavanich S, Berin MC. Food allergy and the microbiome:
current understandings and future directions. J Allergy Clin Immunol 144: 1468–1477, 2019.
44. Osborn DA, Sinn JK. Probiotics in infants for prevention of allergic disease and food hypersensitivity. Cochrane Database Syst Rev 10.1002/14651858.CD006475.pub2: CD006475, 2007.
45. Panigrahi P, Parida S, Nanda NC, Satpathy R, Pradhan L, Chandel DS, Baccaglini L, Mohapatra A, Mohapatra SS, Misra PR, Chaudhry R, Chen HH, Johnson JA, Morris JG, Paneth N, Gewolb IH. A randomized synbiotic trial to prevent sepsis among infants in rural India. Nature 548: 407–412, 2017.
46. Goldenberg JZ, Yap C, Lytvyn L, Lo CK, Beardsley J, Mertz D, Johnston BC. Probiotics for the prevention of Clostridium difficile-associated diarrhea in adults and children. Cochrane Database Syst Rev 12: CD006095, 2017.
