Microsoft PowerPoint - 1_新アッセイ検索（TaqMan）.pptx

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2012-4月版

New TaqMan Assay Search 検索ガイド

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内容

• 検索及びアクセス方法 P3-6

• Gene Expression Assay検索 P8-30

• SNP Genotyping Assay検索 P32-41

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概要

• Applied Biosystems™ TaqMan™ アッセイ、ambion siRNA及

び_{microRNA関連製品の検索からご注文までを行える新サイトが} 公開されました。 • http://bioinfo.appliedbiosystems.com/genome-database/gene-expression.html • 主な特長 • 見やすくなった検索結果表示 • 操作しやすくなったマップ表示 • 検索結果の絞り込みや、過去の検索結果表示など多彩なメニュー表示 • 複数のAssayを比較表示して検討

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推奨環境

• 下記の環境で動作確認を行いました。

• Windows

• Internet Explorer 6,7,8（Internet Explorer 9以降は未検証）

• Google Chrome • Firefox • Macintosh OS X • Safari （Safari 6まで検証済） • Google Chrome • Firefox

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検索サイトへのアクセス

• アプライドバイオシステムズ製品トップページ

(http://www.appliedbiosystems.jp) 左上のTAQMAN ASSAYS または右上のインターネットオーダシステムご利用案内をクリック

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ユーザー登録

• ログイン前でも検索は可能ですが、製品のご注文はインターネットオーダーシステムへのログインが必要です。ご購入予定であればお早目にインターネットオーダシステムへのご登録をお願い致します。ユーザー登録のご案内は下記サイト内を参照下さい。 • http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/store/pages.jsp?PGCD=12# user

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内容

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Gene Expression Assay検索

• Gene Expressionをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを説明します。検索対象を選択します生物種を選択します配列を入力して検索します配列を含むファイルをアップロードして検索します遺伝子名、遺伝子ID等を入力して検索します検索条件の入力が終了したらsearchを

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Gene Expression Assay検索

• 検索対象の選択は下記のとおりです。

• All Gene Expression Assays: 全ての遺伝子発現解析用のAssayから検索を行います。

• Noncoding RNA Only: noncoding RNA検出用のAssayのみが検索対象になります。

• Markers & Reporters: レポーター遺伝子、マーカー遺伝子検出のAssayのみが検索対象になります。

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Gene Expression Assay検索

• 生物種の選択は下記のとおりです。 • ヒト、マウス、ラット以外の生物種で検索をする場合は、Otherをクリックして下に表示される欄に、学名や種類名を入力します。該当の生物種に対するアッセイがある場合は生物種を表示させた状態で検索を行います。複数の生物種を表示して検索することも可能です。選択対象から外す場合×をクリック

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Gene Expression Assay検索

• Gene Expression Assay検索

遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力することができます。入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です。クリックすると下記画面が表示されます。 _{入力できる}_{IDは下記のとおりで} す。検索条件の設定が終わりましたらsearch

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Gene Expression Assay検索

• 検索結果が表示されます。

マップ表示

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Gene Expression Assay検索

• Best Coverage Assay: 同一ターゲット遺伝子に対するAssayか

ら網羅性、特異性、Assayデザイン等総合的に判断して最もお奨

めできるAssayになります。詳細は下記に記載されています。

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Gene Expression Assay検索

• Assay IDには以下の情報が含まれておりAssay選択の参考になります。 • 最初の２文字は生物種を示しています。 • 次の数字は任意に割り当てられ、数字が大きいものの方が新しいデザインになります。 Assay ID Hs Homo sapiens （ヒト） Ec Equus caballus (Horse) Mm Mus musculus （マウス） Gg Gallus gallus (Chicken) Rn Rattus norvegicus （ラット） Gm Glycine max (Soybean) At Arabodopsis thaliana Oc Oryctolagus cuniculus (Rabbit) Bt Bos taurus (Cow) Os Oryza sativa (Rice) Ce Caenorhabditis elegans Rh Macaca mulatta (Rhesus) Cf Canis familiaris (Dog) Sp Schizosaccharomyces pombe (Fission Yeast) Cp Cavia. porcellus (Guinea Pig) Ss Sus scroga (Pig) Dm Drosophila melanogaster Xt Xenopus tropicalis (Frog) Dr Danio rerio (Zebrafish)

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Gene Expression Assay検索

• _末尾の文字列 • _m1：プローブがExon junction上にデザインされており、ゲノムDNAは検出されません。”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。 • _s1：一つのExon上にプライマー及びプローブがデザインされており、ゲノムDNAが含まれると検出されてしまいます。 ”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。 • _g1：ゲノムDNAを検出する可能性のあるAssayです。”1”はターゲット遺伝子特異的なAssayであることを示します。 • _mH,_sH,_gH：相同性の高い遺伝子ファミリーのある特定の転写産物に対してデザインされており、ターゲット遺伝子から10-15C_T値差（同一コピー数が存在した場合1,000～30,000倍の差に相当）で類似の転写産物を検出してしまう可能性があり、特異性が完全には保たれていないことを示します。 Assay ID

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Gene Expression Assay検索

• _末尾の文字列 • _u：Assayによって検出する増幅領域は２つのExon間にありますが、プローブがどちらかのエクソン上にデザインされているので、ゲノムDNAが検出される可能性があります。 • _ft：染色体転座による融合した転写産物を検出します。一つのプライマーとプローブが片方のBreakpointに存在し、もう一つのプライマーが別のBreakpointに存在するため、ゲノムDNAは検出されません。 • _at：どの生物種の配列にも含まれない合成RNAを検出する為にデザインされた Assayです。 • “Hs999999…_m1.” で示されるAssayは２つのExonの領域を増幅しますが、プローブのデザインはエクソンの境界線上ではありません。Exon Boundaryの情報が “1-1”と記載があればF-プライマー及びプローブはExon 1上にあることを示し、R-プライマーがExon 2上にあることを示します。 Assay ID

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Gene Expression Assay検索

• View Assay on Mapをクリックするとマップ上におよその位置情報が表示されます。

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Gene Expression Assay検索

• View Detailsをクリックすると公共データベースへのリンクを含む情報が表示されます。

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Gene Expression Assay検索

• Controlsをクリックすると、オンラインオーダーが可能な内在性コントロール製品群が表示されます。蛍光ラベル及び容量をプルダウンメニューで選択し、カートに追加することができます。蛍光ラベル及び容量を選択カートに追加する

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Gene Expression Assay検索

• Gene Arraysをクリックすると、同じAssayが収載されている TaqMan Array Gene Signature Platesが表示されます。

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Gene Expression Assay検索

• デザイン時点から公共データベースの情報が変更になったAssay に関してはその詳細が_{Important Informationをクリックすると表} 示されます。こちらのアッセイの場合、現在の公共データベース情報ではゲノムDNAを検出してしまうAssayであることが記載されています。

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Gene Expression Assay検索

• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。

表示結果の絞り込みに使用します。

Best Coverage: Best Coverage Assayのみを表示 Inventoried Assays：在庫ありAssayのみを表示 3’ Most Assay：最も3’末端側にデザインされたAssayを表示新規の検索条件を行う場合にクリックします。初めに選択した生物種から絞り込みたい場合対象の生物種のみクリックしてチェックを入れます。複数の候補遺伝子が検索結果に含まれた際に、遺伝子を絞り込む場合に使用します。 Probeのデザインで条件を絞り込む場合に使用します。

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Gene Expression Assay検索

• 検索結果上部のメニューは下記の通りです。

• 複数のAssay IDの左横にチェックを入れて

• add selected to cart：複数のAssayをまとめてカートに追加します。

• Compare: 下図のように比較の画面が表示されます。

• Email：入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます。

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Gene Expression Assay検索

• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進む場合は、_{checkoutをクリックします。} add to cartをクリックしてカートに追加しますクリックするとカート内容を確認できます。クリックするとカートの中身をクリックしてご注文手続きに進みます。

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ご注文の流れ

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインターネットオーダーシステムにログインしご注文の手続きに進みます。ユーザ名とパスワードを入力しLoginをクリックします。

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ご注文の流れ

• 既存のショッピングバスケットに追加するか、新規のバスケットを作成するかを選択します。既存のショッピングバスケットをプルダウンメニューから選択します。新規のショッピングバスケットを作成します。上記選択後、クリックしてカート内の製品をショッピングバスケットに追加します。

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ご注文の流れ

• カートの内容をこの段階で編集することも可能です。確認が終わりましたら「次へ」をクリックします。チェックを入れて削除をクリックすると購入をキャンセルできます個別に選択する場合クリックしてチェックを入れる全て選択する場合こちらをクリックしてチェックを入れる蛍光ラベルや容量をプルダウンメニューから変更できます。数量の変更が可能です確認後クリック

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ご注文の流れ

• 出荷先情報を確認し「次へ」をクリックします。確認後クリック前画面に戻る場合クリックお支払方法について：お支払方法のPurchase Order の表示、Blanket Orderの空欄はそのままで変更しないでください。お名前には、登録ユーザーのお名前を半角のアルファベットでご入力ください。

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ご注文の流れ

• 最終確認後、「ご注文」をクリックしてご注文を確定させます。一旦

「ご注文」をクリックしますと、キャンセルができませんのでご注文

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ご注文の流れ

• ご注文の確認画面が表示されます。弊社へご連絡頂く際の確認番号になりますのでこちらの画面もしくは情報が送信されるメールで番号をお控え下さい。こちらをクリックすると製品ページに戻ります。

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内容

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SNP Genotyping Assay検索

• SNP Genotypingをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを紹介します。全てのSNP Genotyping AssayかDrug Metabolism Assayのみを検索対象にするかを選択生物種を選択個別に検索キーワードを入力する場合はこちらに入力複数のIDをまとめてアップロードする場

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SNP Genotyping Assay検索

• 対象のAssay及び生物種を選択します。 All SNP Genotypingは全ての Assayを検索対象にし、Drug Metabolism Assayをクリックすると同アッセイのみに限定されます。生物種を選択します。

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SNP Genotyping Assay検索

• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力することができます。入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です。クリックすると下記画面が表示されます。 _{入力できる}_{IDは下記のとおりで} す。ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします検索条件の設定が終わりましたらsearch をクリックして検索します

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SNP Genotyping Assay検索

• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基の範囲をすることで、範囲内に含まれる_{SNPに対するAssayを検} 索することが可能です。生物種を選択塩基数を入力クリックして検索

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SNP Genotyping Assay検索

• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on Map

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SNP Genotyping Assay検索

• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。

クリックしてカートに追加できます

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SNP Genotyping Assay検索

• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。新規の検索条件を行う場合にクリックします。アリル頻度情報が既知のAssayに限定します。 Assay Typeを絞り込みます。詳細は?をクリックして下記のとおり表示されます。 SNP Typeを絞り込みます。

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SNP Genotyping Assay検索

• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。

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SNP Genotyping Assay検索

• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進む場合は、checkoutをクリックします。クリックするとカートの中身をクリックしてご注文手続きに進みます。 add to cartをクリックしてカートに追加します。クリックするとカート内容を確認できます。

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ご注文手続きに進む

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますので、イン

ターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。

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内容

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Copy Number Assay検索

• Copy Numberをクリック→条件を設定→searchをクリックして検索します。次頁以降で各ステップを説明します。検索対象を選択します生物種を選択します領域を指定して検索します

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Copy Number Assay検索

• 対象のAssay及び生物種を選択します。

All Copy Number Assaysは全てのAssayを検索対象にし、Markers & Reportersをクリックするとマーカ/ レポーター遺伝子用Assayに限定されます。

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Copy Number Assay検索

• 検索キーワードの入力は下記のとおりです。遺伝子名、遺伝子IDなどを直接入力することができます。入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です。クリックすると下記画面が表示されます。 _{入力できる}_{IDは下記のとおりで} す。検索条件の設定が終わりましたらsearch

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Copy Number Assay検索

• 生物種を選択し、染色体をプルダウンメニューから選択し、塩基の範囲をすることで、範囲内に含まれる_{CNVに対するAssayを検} 索することが可能です。生物種を選択プルダウンメニューで選択塩基数を入力クリックして検索

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Copy Number Assay検索

• 検索結果が表示されます。各Assay右上のView Assay on Map

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Copy Number Assay検索

• View Detailsをクリックすると下に詳細情報が表示されます。

クリックしてカートに追加できます

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Copy Number Assay検索

• Required Reference Assaysをクリックするとコントロール用アッセイが表示されますが、日本国内ではウェブ注文ができませんので、カートに追加は使用せず、代理店経由でご注文下さい。

ご注文のステップでエラーがでるので使用しないで下さい。

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Copy Number Assay検索

• 検索結果画面左欄に、条件変更のメニューがあります。新規の検索条件を行う場合にクリックします。設定した条件をリセットできます。 Assay Locationによる絞り込みが行えます。

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Copy Number Assay検索

• Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします。

まとめて容量を変更できます。

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Copy Number Assay検索

• 必要な製品が決まりましたらカートに追加し、ご注文手続きに進む場合は、_{checkoutをクリックします。} add to cartをクリックしてカートに追加しますクリックするとカートの中身を確認できます。クリックしてご注文手続きに進みます。クリックするとカート内容を確認できます。

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ご注文手続きに進む

• Checkoutをクリックすると下記の画面が表示されますのでインタ

ーネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます。

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研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用は出来ません。 The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners.

TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc