VirtualboxへのLin4Neuroのインストール：Windows編

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VirtualboxへのLin4Neuroの

インストール

-Windows編-01-Dec-2018

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概要

• Windowsのバージョン確認（所要時間3分） • VirtualBoxのインストール（10分） • Lin4Neuroのダウンロード（60~120分） • Lin4Neuroのインポート（10分） • 共有フォルダの設定（5分） • Lin4Neuroの起動と確認（5分） • ABiSチュートリアル用のデータ入手（30分） • その他

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概要

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Windowsのバージョン

• VirtualBoxでLin4Neuroを動作させるには、64ビットのWindowsである必要があります

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Windows8以降での注意

• Windows8からはセキュリティがこれまで以上に厳しくなりました • 本ガイドでは、Windows 10で検証をしています • セキュリティに気をつけるところは説明していますが、Windows 7では出ない画面もありますのでご了承ください

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概要

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VirtualBoxのダウンロード (1)

• VirtualBoxは仮想化ソフトウェアです

• チュートリアルでは、解析ソフトがすでに

設定済みのLin4NeuroをVirtualBox上で動

作させます

• https://www.virtualbox.org/wiki/Downlo

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よりVirtualBoxをダウンロードします

– （過去のLin4NeuroはExtension packが必要でしたが、今は不要となりました）

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• VirtualBox本体をダウンロードしてください

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VirtualBoxのインストール (1)

• “VirtualBox-5.xxx-Win.exe”をダブルクリックしてインストーラーを起動します

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VirtualBoxのインストール (2)

• 通常のインストールと同様に進めてください • すべてデフォルトのま

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VirtualBoxのインストール (3)

• 途中、左のような Warningが出ますが気にする必要はありません • ネットワークが一時途切れますと言っているだけです • インストールが終わりましたら、Finishをクリックしてください

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• こうなっていれば、正しくインストールされています

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概要

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Lin4Neuroのダウンロード

• 皆様が最低限の作業ですむように、すでに構築されたLin4Neuroのシステムを、ひとつのファイル（仮想アプライアンス）にまとめてあります • “L4N-1804-Ja-VM-abis.ova"が仮想アプライアンス です • 約9GBあるため、ダウンロードが失敗しないように、ダウンローダーを準備しました • 以下のリンクをクリックして、まず、ダウンローダーをダウンロードしてください • http://www.md.tsukuba.ac.jp/clinical-med/psy-neuroimaging/abis/l4n-abis-win.zip

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ダウンローダーの準備

• ダウンロードしたzip ファイルを右クリック し、「すべて展開」を選 びます • 展開します

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ダウンローダーの実行 (1)

• 展開された l4n-abis-win フォルダの中の “get_l4n-abis.bat”をダ ブルクリックします • Windows8以降では、左のようなメッセージが出て実行できないようになっています • 「詳細情報」をクリック します

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• 左図のような画面があらわれ、ariaというダウンローダーが起動します • 環境によりますが、ダウンロードには60分～100 分程度かかりますので気長にお待ちください

ダウンローダーの実行 (2)

• そうすると、下に「実 行」ボタンが表示されま すので、実行をクリック します

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ダウンローダーの実行 (3)

• ダウンロードが完了すると、l4n-abis-winフォルダの 中に L4N-1804-Ja-VM-abis.ova が作成されます

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概要

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仮想マシンのインポート(1)

• L4N-1804-Ja-VM-abis.ova を VirtualBoxにインポートします

• VirtualBoxのメニューから、「ファイル」→「仮想ア

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仮想マシンのインポート(2)

• 先ほど入手した”L4N-1804-Ja-VM-abis.ova” を選択し、「次へ」をク リックします • 「インポート」をクリッ クします

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仮想マシンのインポート(3)

• ここまで来ればLin4Neuroのセットアップは完了です

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概要

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共有フォルダの作成

• 仮想マシンと共有するフォルダを作成します。

• ご自身のパソコン（Windows）の「ドキュメント」 のすぐ下に“share”というフォルダを作成します

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共有フォルダの設定 (1)

• 仮想マシンから、今設定した共有フォルダを見ることができるように設定します • VirtualBoxマネージャーの「設定」から設定します • L4N-1804-Ja-VM-abis を選んでから「設定」をクリックします

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共有フォルダの設定 (2)

• 左にある「共有 フォルダー」を 選択してから、 右側にある＋ア イコンをクリックします • 先ほど作ったshareフォルダを指定します • フォルダー名は自動で決まります

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共有フォルダの設定 (3)

• 共有フォルダが上図のように設定されたことを確 認して、OKをクリックし ます • これで設定は完了です • 「起動」からLin4Neuro を起動させてください

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概要

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パスワードは

lin4neuro です

Lin4Neuroの起動 (1)

• sf_share: 先ほど設定した shareフォルダです • abis-desktop: チュートリア ルデータのダウンロードのためのスクリプトがあります • installer: 有用な画像解析ス クリプトのインストーラーがあります

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Lin4Neuroの起動 (2)

• ときにログイン画面が乱れてしまうことがあります • こういうときは、焦らずに、右 Ctrlキー＋F1を押してください • 左下のような黒い画面になったのち、再度、右Ctrlキー＋F7を押していただくとなおります

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Lin4Neuroの起動 (3)

• 左下のメニューから、 「脳画像解析」を選ぶ と、事前に設定がすんでいるソフトウェアを起動できます

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Lin4Neuroの画面の最大化

• VirtualBoxの画面を最大化したうえで、Lin4Neuroを再起動すると、Lin4Neuroの画面が最大化されます • 何度か再起動が必要なこともあります • CONNは画面が大きい方がいいので、Lin4Neuroの画面が最大化できることをご確認ください

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FSLの起動確認

• メニュー→脳画像解 析→FSLを選択して ください • FSLを起動したのち、FSLeyesも起動できることを確認してください • 確認後、FSLと FSLeyesを閉じてください

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SPMの起動確認

• 次に、メニュー→ 脳画像解析 →SPM12でSPMを 起動します • 実際にSPMが起動するまで1分ほど時間がかかるのでお待ちください • 起動した後の動作は遅くありません • 確認後、SPMを閉

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CONNの起動確認

• 最後に、メニュー →脳画像解析 →CONNでCONN を起動します • CONNもSPMと同様に起動するまでに1分ほど時間がかかるのでお待ちください

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Lin4Neuroのアップデート

• Lin4Neuroは、脳画像解析ソフトのインストーラーなどが定期的にアップデートされます • GitHub経由で、簡単にアップデートできます • ターミナルを使うので、ターミナルを少しいじってみましょう • Lin4Neuroは、ホームディレクトリの下の git/lin4neuro-bionicに入っています • ホームディレクトリからは、cd git/lin4neuro-bionic で移動できます • （ホームディレクトリ以外の場所からは、cd ~/git/lin4neuro-bionic となります）

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• ターミナルはここから起動します

• DTIチュートリアルではターミナルを多用します

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Git pull によるアップデート

cd git/lin4neuro-bionic git pull

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概要

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チュートリアルデータのダウンロード (1)

• チュートリアルデータは、”GitHub”というサービスを用いて配布します • デスクトップ上にある”abis-desktop”の中にある「ABiSデータのダウンロード」をダブルクリックするとGitHubからダウンロードできます

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チュートリアルデータのダウンロード (2)

• デスクトップ上のabis-desktopを開きます • ABiSデータのダウンロードをダブルクリッ クします • ターミナルにUsernameとPasswordを入力 します（受講者メールをごらんください）

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チュートリアルデータの確認

• デスクトップ上の sf_share を 開きます • そこに abis フォルダがみえれば チュートリアルデータが無事にダウンロードできています

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概要

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日本語キーボード以外の場合

• Lin4Neuroのキーボード配置は日本語です • 英語キーボードをお使いの方は、設定を変えることで英語キーボードの配置にできます • 画面右下のキーボードアイコンをクリックし、「設定」を押します • 英語(US)を上に持ってくれば英語キーボード配置になります

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エラーが出てしまった場合

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BIOS画面の入り方(1)

• メーカーによりBIOSの入り方は異なります • 各PCの取り扱い説明書もしくはサポートサイトをご覧になっていただき、BIOSを起動してください – （参考） • Lenovo: 電源を押したらF1 • NEC: 電源を押したらF2 • VAIO: F3もしくはF4を押しながら電源を押す

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BIOS画面の入り方(2)

• 参考：Panasonic Let’s Note Windows 8 or 8.1

– [Windows ロゴ]キー＋[C]キーを押し、[設定]－[PC 設定の変更]をクリック – 【Windows 8.1の場合】 [保守と管理]－[回復]をクリック – 【Windows 8の場合】 [全般]をクリック – 「PCの起動をカスタマイズする」の[今すぐ再起動する]をクリック – [トラブルシューティング]-[詳細オプション]-[UEFI ファームウェアの設定]-[再起動]をクリック。

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Intel Virtualization Technology

• BIOS画面において、”Intel Virtualization Technology” もしくは “Intel VT-x” という項目を探 します • その項目が「無効」もしくは “Disabled”になっていると思いますので、「有効」もしくは “Enabled”に変更します • 変更した後、F10を押して変更を保存し、一度電源を切ります • その後、再起動します

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BIOSの例

• Lenovo: Securityの下にIntel

Virtualization Technology

の項目あり

• VaioおよびNEC: Advancedの下に

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もしわからなかったら…

• VirtualBox上でLin4Neuroのエラーが出るようであれば、ウェブサイトに記載されているメールアドレスにメールをください • サポートさせていただきます • 必ず事前に動作確認を行ってください。当日の朝エ ラーが出ると双方パニックになります

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仮想マシンの削除の方法

• 不要になったら仮想マシンは簡単に削除できます

• VirtualBoxマネージャーで仮想マシンを選択し、右クリックで除去を選択し、「すべてのファイルを削

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