NGS ターゲットエンリッチメントシステム 次世代シーケンシング効率化の世界標準 2009 年に発売された SureSelect Target Enrichment システムは 次世代シーケンシングを画期的に効率化し 世界各国の次世代シーケン サユーザーから絶大な支持を集めています すでに Natu

SureSelect

ライブラリ調製

_/

ターゲットエンリッチメントシステム

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステム

次世代シーケンサ用ソリューション

次世代シーケンシング効率化の世界標準

DNA オリゴを切り離す 数万から数十万種類の120 mer ビオチン化 RNA プローブが 1本のチューブに入った キットとして出荷 ビオチン化 RNA に転写 （プローブの作製） 120 mer の DNA オリゴを アレイ上に製造

SureSelect

の特長

カスタムデザイン作成 DNA オリゴをアレイ上に製造 ビオチン化 DNA プローブを作製 最大200,000プローブが 1本のチューブに入った キットとして出荷

NGS

ターゲットエンリッチメントシステム

2009年に発売された SureSelect Target Enrichment システムは、次世代シーケンシングを画期的に効率化し、世界各国の次世代シーケン サユーザーから絶大な支持を集めています。すでに Nature、Science をはじめとする主要な雑誌に400報近い応用例が報告されており、 原因不明のメンデル遺伝病の原因遺伝子の同定において数多くの成果が報告されているばかりではなく、がんや糖尿病、神経疾患や 精神疾患など、より複雑で一般的な疾患に対しても幅広く応用されています。

さらに2012年、ヒトゲノムを対象にした HaloPlex Target Enrichment システムが登場し、より少ない DNA を用いて、より簡単に実験を行 うことが可能になりました。SureSelect を用いた Exome 解析のフォローアップや、疾患感受性遺伝子パネルによる多検体の解析に活用 されており、デスクトップ型次世代シーケンサとの組み合わせで迅速に結果が得られるという利点があります。 アジレント・テクノロジーでは、進化し続けるシーケンサ技術と、それに伴い次々と生み出される新たなご要望にこたえるべく、製品の 種類、対応シーケンサ、カスタムキット、自動化システム、解析ツールなど次世代シーケンサ用ソリューションを常に拡充、充実させ ています。 ● 高品質

120 mer

のロングオリゴ（プローブ） 20 bp程度の Deletion があっても理想的なアレルバ ランスでキャプチャ、SNP や InDel の影響を受けにく く、高効率で変異を検出 ● ビオチン化

RNA

をプローブとして利用 DNA-DNA より高い DNA-RNA のハイブリ効率プロー ブのコンタミネーションがない ● 容易なハイスループット化 ● バイオアナライザ

/TapeStation

と定 量

PCR

による

_QC

ステップを取り入れた堅牢なプロ トコル

HaloPlex

の特長

● わずか

225 ng

の

gDNA

からスタート可能 FFPEサンプルにも対応 ● シンプルなプロトコル、短い

hands-on time

ゲノム DNA の物理的断片化は不要、特別な機器を 必 要 としな い シン プルな プ ロトコ ル2-3時 間 の hands-on time で1日から1.5日で完了 ●

Web

上の

SureDesign

で簡単にカスタムライ ブラリを設計 ● 専用解析ソフトウェア

SureCall

でデータ解析 可能 FASTQ ファイルを入力すればアライメントから変異 解析までを自動で実施

キャプチャライブラリ（プローブ）と試薬キットを

それぞれ別にご購入いただく製品構成です。

̶キャプチャライブラリ：実験の目的に応じて、異なるターゲット領域をカバーしているライブラリの中から選択 ̶試薬キット：使用予定のプロトコルと次世代シーケンサの機種によって選択 それぞれにアジレント

_NGS

自動化システム用の試薬があります。

1.

キャプチャライブラリ（プローブ）を選択します

●

SureSelect XT DNA

キャプチャ ●

SureSelect XT DNA Methyl-Seq

2.

適切な試薬キットを選択します

SureSelect XT

試薬キット：ライブラリ調製試薬・アダプタ・ハイブリダイゼーション試薬を含む ●

イルミナ社

HiSeq

対応（

HSQ

）・

MiSeq

対応（

MSQ

） ●

ライフテクノロジーズ社

5500 SOLiD

対応

SureSelect QXT

試薬キット：ライブラリ調製試薬・アダプタ・ハイブリダイゼーション試薬を含む ●

イルミナ社

HiSeq

対応（

HSQ

）・

MiSeq

対応（

MSQ

）

SureSelect Methyl-Seq

試薬キット：ハイブリダイゼーション試薬・アダプタを含む ●

イルミナ社

HiSeq

対応（

HSQ

）

SureSelect

試薬キット：ハイブリダイゼーション試薬を含む ●

ライフテクノロジーズ社

IonProton

用 ※ライブラリ調製試薬はライフテクノロジーズ社からご購入ください。

3.

反応数を

₁₆

検体・

₉₆

検体の

₂

種類から選択します（自動化用は

₉₆

検体のみ）

ゲノム

_DNA

の目的領域をシーケンスする

カスタム P.10 カタログ P.8 カタログ P.4

SureSelect

製品選択ガイド

◆

_PolyA

付き

_RNA

をストランド特異的にシーケンスするための製品

（キャプチャは含みません）

SureSelect

ライブラリ調製試薬：ライブラリ調製試薬を含む

●

SureSelect Strand Specific RNA Library

調製試薬（イルミナ社対応）

◆目的の

_Transcript

をキャプチャしてシーケンスするための製品

1.

キャプチャライブラリ

（プローブ）

を選択します

●

SureSelect XT RNA

キャプチャ

2.

適切な試薬キットを選択します

SureSelect XT

試薬キット：ライブラリ調製試薬・アダプタ・ハイブリダイゼーション試薬を含む

●

イルミナ用

SureSelect Strand Specific RNA Library

調製試薬とハイブリ試薬・アダプタのキット

3.

反応数を

₁₆

検体・

₉₆

検体の

₂

種類から選択します

カスタム P.10 カタログ P.9 P.9

RNA

をシーケンスする

3

■

製品概要

製品 特徴

Human All Exon V5

改善を重ねた５代目のデザインにより、キャプチャの均一性をより向上させ、より少ないシーケン ス量で高いカバレッジを得ることができます。合計50 Mbの Coding 領域をキャプチャ対象として います。

Human All Exon V5+UTRs 上記 V5ライブラリのターゲット領域に、UTR を追加したデザインです。

Human All Exon V5 +lncRNA 上記_{9.3 Mb} V5_{を追加したデザインです。}ライブラリのターゲット領域に、8,263 lincRNA と HGNC 979 non-coding RNA エクソン合計

Human All Exon V5 +Regulatory 上記_{デザインです。}V5ライブラリのターゲット領域にプロモータや一部のエンハンサなどの制御領域を追加した

Human All Exon V5 + ミトコンドリアDNA

（アーリーアクセス）

上記V5ライブラリのターゲット領域に、16のミトコンドリア関連の核遺伝子のエクソンおよび、

16 kbのミトコンドリアゲノムDNAをキャプチャするプローブを追加したデザインです。ミトコンド リアDNAの過剰なキャプチャを避けるため、核遺伝子をキャプチャするプローブとミトコンドリア ゲノムをキャプチャするプローブの比が100：1に調整されています。

Mouse All Exon UCSCS _{ザインされています。}の mm9 の Reference 配列をもとに Ensemble と RefSeq で定義されたエクソンにプローブがデ

Bovine All Exon University of Maryland build 3.1_{Predicted Exon および miRNA を含みます。}のデータベースをもとに USDA と設計したデザインです。Coding Exon,

Canine All Exon（アーリーアクセス） CanFam2 _{ESTs を含みます。}の UCSC Tracks をもととしてデザインされ、RefSeq, Human Protein Alignment および Spliced

Zebrafish All Exon Ensemble の Zv9 library をもとに、Sanger 研究所と設計したデザインです。

Human Kinome DNA 612_{す。キナーゼ変異と疾患との関連の探索に威力を発揮します。}のキナーゼ遺伝子とがん関連遺伝子のエクソンと UTR 領域にプローブがデザインされていま Human Chr-X exon ヒト X 染色体のエクソンをキャプチャします。X 連鎖型疾患の原因遺伝子探索に威力を発揮します。

■

製品型番

_XT

：ポストプール式

ライブラリ 製品名 ターゲットサイズ 型番

16反応 96反応

Exome

Human All Exon V5 キャプチャライブラリ 50 Mb 5190-6208 5190-6209 Human All Exon V5 + UTRs キャプチャライブラリ 75 Mb 5190-6213 5190-6214 Human All Exon V5 + lncRNA キャプチャライブラリ 59.3 Mb 5190-6446 5190-6447 Human All Exon V5 + Regulatory キャプチャライブラリ  113.7 Mb お問い合わせください お問い合わせください

Human All Exon V5 +ミトコンドリア DNA キャプチャライブラリ 50 Mb EA（アーリーアクセス） EA

Mouse All Exon キャプチャライブラリ 49.6 Mb 5190-4641 5190-4642 Bovine All Exon キャプチャライブラリ 54 Mb 5190-5448 5190-5449 Canine All Exon キャプチャライブラリ 54 Mb EA EA Zebrafish All Exon キャプチャライブラリ 75 Mb 5190-5450 5190-5451 Panel Human DNA Kinome キャプチャライブラリ 3.2 Mb 5190-4646 5190-4647 Human Chromosome-X キャプチャライブラリ 3.1 Mb 5190-4651 5190-4652 試薬 対応 NGS /機種 型番 16反応 96反応 DNA 用：ライブラリ 調製試薬を含む イルミナ社 HiSeq G9611A G9611B イルミナ社 MiSeq G9612A G9612B ライフテクノロジーズ社 5500 SOLiD G9615A G9615B DNA 用：ライブラリ 調製試薬を含まない ライフテクノロジーズ社 IonProton G9605A G9605B

SureSelect XT DNA

キャプチャ用カタログライブラリ

XT：ポストプール式…ライブラリの高い複雑性の保持が必要とされる用途に適しています。 XT2 プレプール式の製品についてはお問い合わせください。

XT

：ポストプール式

SureSelect

右図は SureSelect Human All Exon シリーズの性能を示 すデータです。本製品はバージョンアップの度にキャ プチャ性能が改善されており、V5および 5+UTRs の キットでは、V4で見られた過剰な読み取りを回避し て均一性を向上させました。他社製品と比べてより 少ないシーケンス量で、より高いカバレッジを得る ことが可能です。 SureSelect のキャプチャプローブは、120 merの長さ の高品質ビオチン化 RNA を使用しています。 DNA ではなく、長い RNA オリゴを使用しているため、 ターゲットの gDNA に20 bp近くの Deletion が存在し ても、良好なアレルバランスでキャプチャすること ができます。米国科学アカデミー紀要（PNAS）には、 乳がんサンプル中の BRCA 遺伝子のさまざまな変異 の検出例とアリルバランスが報告されています。 SNP や InDel があっても、高い性能を示す SureSelect は、次世代シーケンサによる多検体の変異解析に 威力を発揮します。 Allele 1 Allele 2 – 20bp deletion Allelic Balance post-capture

0.5

_0.5

Deletion Reference:

Detection of inherited mutations for breast and ovarian cancer using genomic capture and massively parallel sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Jul 13;107（28）:12629-33.

最新のデータ、英文プロトコル、論文や Webcast は、下記のアジレント社英語 WEB サイトにてご覧頂くことができます。 http://www.halogenomics.com/

■

主な仕様

キャプチャライブラリは XT, QXT で共通して使用できます。

Human All Exon V5 Human All Exon V5+UTRs カバーする遺伝子数 21,522 21,522

カバーするエクソン数 357,999 359,555 CCDS 37.3（rel 9） 37.3（rel 9）

RefSeq Rel51（01/12） Rel51（01/12）

GENCODE V10（Ensemble 65） V10（Ensemble 65）

miRBase V18 V18 TCGA V6 V6 UCSC hg19 hg19 VEGA V46 V46 Total 50 Mb 75 Mb Read の均一性を向上させより 少ないシーケンス量でこれまで 同様のカバレッジを実現

Human All Exon 50 Mb

（5 Gb seq）

Human All Exon V4 51 Mb

（4 Gb seq）

Human All Exon V5 50 Mb （4 Gb seq） 過剰に深読みされる領域の プローブを減らし、より均一 なカバレッジを実現 SureSelect V5（4 Gb） SureSelect V5+UTRs（6 Gb） 他社製品（5 Gb） 100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30%

ターゲットエンリッチメントの世界標準

XT

：ポストプール式

120 mer

の

_RNA

プローブで

_{SNP, Indel}

を高精度・高感度に検出

% Reads On-target +/–100 bp % bases > 1x cov. % bases > 20x cov.

■

製品型番

_QXT

試薬 対応NGS /機種 反応数 型番

SureSelect QXT ライブラリ調製キット イルミナ 16 G9682A

96 G9682B SureSelect QXT Reagent キット（ハイブリ用試薬含む） イルミナ 16 G9681A

96 G9681B ※自動化対応試薬は開発中です。お問い合わせください。

SureSelect QXT DNA

ライブラリ調製キット

SureSelect QXT Reagent

キット

QXT

：ポストプール式

SureSelect

QXT：ポストプール式…効率化が必要とされる用途に適しています

SureSelect QXT Reagent

キット

:

ハイブリ時間をわずか

1.5

時間に短縮

上記の SureSelect QXT ライブラリ調製法を、SureSelect XT のキャプチャライブラリと組み合わせて使うための試薬キットです。新しいハ イブリダイゼーション試薬の開発により、わずか1.5時間へとハイブリ時間の短縮が実現しました。これにより、エクソームシーケンス やターゲットシーケンスのライブラリ調製を1日で行うことが可能となりました。最大の効率が求められる用途に最適です。 SureSelect QXT を用いると、50 ngの微量 DNA からスタートして、トー タル7時間、ハンズオン3.5時間のハイスピードで、エクソームなど ターゲットキャプチャ済みでシーケンスにかけられるライブラリが 完成します。速さと簡便さが求められる NGS のアプリケーションに 最適なソリューションです。 キャプチャライブラリは定評ある SureSelect XT シリーズと共通です。 注）高いライブラリ複雑性の保持が求められる癌や FFPE サンプルの解析に は、従来の XT キットのご利用をお勧めします。

■

_{SureSelect QXT}

ターゲットキャプチャのワークフロー

SureSelect QXT

ライブラリ調製キット：

_DNA

必要量はわずか

_{50 ng}

高い性能と品質で定評あるアジレント SureSelect シリーズに、DNA ライブラリ調製キット（イルミナ用）が新たに登場しました。独自の トランスポゼースにより高い効率でアダプタ付加のタグメンテーションを行い、約90分の短時間で、DNA シーケンス用ライブラリの 調製が可能です。ヒトや各種モデル生物、植物、昆虫など幅広いアプリケーションに対応します。

■

_{SureSelect QXT}

のワークフロー

ライブラリ QC 反応 準備 断片化とアダプタ付加（45℃） 準備PCR 増幅PCR

_TapeStation

バイオアナライザ AMPureXP 精製 AMPureXP 精製

11 min ∼25 min 16 min

∼10 min ∼10 min

∼

_{90 min}

∼20 min

1 2 3 4 5 Work Days

Library Prep Enrichment Sequence

圧倒的な時間短縮！ QXT

Competitor B

サンプルから抽出された

_gDNA

や

_{total RNA}

の

_QC

各ステップでライブラリの

_QC

をしながら進めるワークフロー

サンプルから抽出されたゲノム DNA や Total RNA の品質確認、NGS 用ライブラリ調製過程での品質確認など、NGS のワークフローにお いて電気泳動装置は必須のものです。アジレントのバイオアナライザまたは TapeStation を用いると、非常に簡単な手順で迅速にサン プルの QC を行うことができます。

SureSelect

実験プロトコル

_QC

ステップ

バイオアナライザ DNA1000 キット 断片化DNAの サイズ確認 バイオアナライザ DNA1000 キット アダプタ付きDNA ライブラリのサイズ 確認と定量 アダプタ付き DNA断片 溶液中で24時間 ハイブリダイゼーション ビオチン化 RNA ベイトライブラリ ストレプトアビジン 磁性ビーズ キャプチャされたDNA だけを回収、濃縮 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ gDNAもしくは mRNAを目的 サイズに断片化 SureSelect XTキット またはNGSキット バイオアナライザ リアルタイム定量PCR バイオアナライザ 高感度DNAキット キャプチャされたDNA のサイズ確認と定量 QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリの ハイスループット定量

SureSelect

実験プロトコル

_QC

ステップ

バイオアナライザ DNA1000 キット 断片化DNAの サイズ確認 バイオアナライザ DNA1000 キット アダプタ付きDNA ライブラリのサイズ 確認と定量 アダプタ付き DNA断片 溶液中で24時間 ハイブリダイゼーション ビオチン化 RNA ベイトライブラリ ストレプトアビジン 磁性ビーズ キャプチャされたDNA だけを回収、濃縮 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ gDNAもしくは mRNAを目的 サイズに断片化 SureSelect XTキット またはNGSキット バイオアナライザ リアルタイム定量PCR バイオアナライザ 高感度DNAキット キャプチャされたDNA のサイズ確認と定量 QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリの ハイスループット定量

SureSelect

実験プロトコル

_QC

ステップ

バイオアナライザ DNA1000 キット 断片化DNAの サイズ確認 バイオアナライザ DNA1000 キット アダプタ付きDNA ライブラリのサイズ 確認と定量 アダプタ付き DNA断片 溶液中で24時間 ハイブリダイゼーション ビオチン化 RNA ベイトライブラリ ストレプトアビジン 磁性ビーズ キャプチャされたDNA だけを回収、濃縮 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ gDNAもしくは mRNAを目的 サイズに断片化 SureSelect XTキット またはNGSキット バイオアナライザ リアルタイム定量PCR バイオアナライザ 高感度DNAキット キャプチャされたDNA のサイズ確認と定量 QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリの ハイスループット定量

SureSelect

実験プロトコル

_QC

ステップ

バイオアナライザ DNA1000 キット 断片化DNAの サイズ確認 バイオアナライザ DNA1000 キット アダプタ付きDNA ライブラリのサイズ 確認と定量 アダプタ付き DNA断片 溶液中で24時間 ハイブリダイゼーション ビオチン化 RNA ベイトライブラリ ストレプトアビジン 磁性ビーズ キャプチャされたDNA だけを回収、濃縮 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ gDNAもしくは mRNAを目的 サイズに断片化 SureSelect XTキット またはNGSキット バイオアナライザ リアルタイム定量PCR バイオアナライザ 高感度DNAキット キャプチャされたDNA のサイズ確認と定量 QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリの ハイスループット定量 TapeStation D1000 assay TapeStation D1000 assay TapeStation HS D1000 assay QPCR NGS ライブラリ定量キット DNA ライブラリの ハイスループット定量 バイオアナライザ DNA1000 assay バイオアナライザ DNA1000 assay バイオアナライザ 高感度 DNA assay 断片化 DNA のサイズ確認 アダプタ付き DNA ライブラリのサイズ確認と定量 キャプチャされた DNA のサイズ確認と定量 TapeStation バイオアナライザ Mx3000P/3005P リアルタイム定量 PCR

SureSelect

実験プロトコル

_QC

ステップ

バイオアナライザ DNA1000 キット 断片化DNAの サイズ確認 バイオアナライザ DNA1000 キット アダプタ付きDNA ライブラリのサイズ 確認と定量 アダプタ付き DNA断片 溶液中で24時間 ハイブリダイゼーション ビオチン化 _RNA ベイトライブラリ ストレプトアビジン 磁性ビーズ キャプチャされた_DNA だけを回収、濃縮 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ gDNAもしくは mRNAを目的 サイズに断片化 SureSelect XTキット またはNGSキット バイオアナライザ リアルタイム定量PCR バイオアナライザ 高感度DNAキット キャプチャされたDNA のサイズ確認と定量 QPCR NGS ライブラリ定量キット DNAライブラリの ハイスループット定量

わかりやすい実験プロトコルと

_QC

ステップ

SureSelect

gDNA

の

_QC

は

_{genomic DNA}

キット

_{Total RNA}

の

_QC

は

_RIN/RINe

TapeStation の genomic DNA キットを使うと、アガロースゲ ルの調製なしに手軽に gDNA の分解度合いを評価するこ とができます。

TapeStation・バイオアナライザ の RNA キットを 使うと、

Total RNA の分解度合いを評価し、RIN/RINe _{として結果を} 数値化します。RNA サンプルの客観的な QC が可能です。

DNA 断片化からアダプタ付きライブラリ調製、SureSelect によるハイブリダイゼーション、キャプチャされた DNA の回収、増幅、精製 までの全ステップが、わかりやすい日本語プロトコルで提供されています。SureSelect のワークフローの中では、断片化・ライブラリ調 製・キャプチャ後のステップに、バイオアナライザまたは TapeStation と定量 PCR による QC ステップが入り、安心して実験を進めること ができます。

メチル化部位の網羅的な解析に威力を発揮

エピジェネティクスの重要な機構のひとつである DNA メチル化については、癌におけるゲノムワイドな低メチル化や、癌抑制遺伝子の 高メチル化などの現象が知られており、自然発生の癌化の初期にかかわっていると推測されています。また近年は、生活習慣病や精 神神経疾患などとのかかわりも精力的に研究されており、メチル化部位を網羅的に低コストで解析できる手法の開発が強く求められて いました。 SureSelect XT Methyl-Seq は、ヒトで84 Mb、マウスで109 Mbのメチル化に関連するターゲットを、PCR 増幅なしにキャプチャし、バイ サルファイト変換を行った後、増幅してシーケンスを行います。CpG アイランドや近年注目を集める CpG アイランドの Shore および

Shelves と定義される領域、がん、組織特異的な DMRs（Differential Methylated Regions）などのメチル化状態を1 bpの解像度で一気に 解析できます。NGS を活用し、メチル化研究を加速する画期的なツールです。

■

_Methyl-Seq

製品一覧：

_XT

ポストプール式

ライブラリ 製品名 ターゲットサイズ 型番

16反応 96反応 Methyl Human Methyl-Seq 84 Mb 5190-4661 5190-4662

Mouse Methyl-Seq 109 Mb EA EA

試薬 対応NGS /機種 型番

16反応 96反応 XT Methyl Reagents イルミナ社 HiSeq G9651A G9651B

※イルミナ HiSeq のみの対応です。 ※ポストプール式のみの対応です。

※実験に別途バイサルファイト変換試薬などが必要です。その他の必要な試薬は、http://Agilentgenomics.jp のサイトを参照ください。

SureSelect XT Human / Mouse Methyl-Seq

XT

：ポストプール式

SureSelect

84 Mb

のターゲットサイズ

コンテンツ ●

CpG

アイランド ●

癌、組織特異的

DMRs

●

GENCODe

プロモーター ●

CpG

アイランド、

shores and shelves

±

4 kb

●

DNasel

高感受性領域 ●

RefGenes

●

Ensemble Regulatory Features

109 Mb

のターゲットサイズ

コンテンツ

●

CpG

アイランド ●

組織特異的

DMR

●

Ensenmbl Regulatory Features

– CpG shores and shelves（±4 kb） – DNase I Hypersensitive sites – Histone Modifications – TFBS

– Polymerase

Human Methyl-Seq

Mouse Methyl-Seq

（

_EA

）

※微量 DNA からのターゲットメチルシーケンスを可能とする PBAT（Post Bisulfite Adapter Tagging）法との組み合わせについてはお問い合わせください。

●

Open Regulatory Annotatione

– Promoters（ORegAnno） – Enhancers

– TFBS

ストランド特異的

_RNA

ライブラリ調製試薬

SureSelect Strand Specific RNA ライブラリ調製キットは、わずか50 ngの total RNA

から、99%以上の高い特異性でストランド特異的なライブラリを調製する試薬キッ トです。Duplication の Read が低く抑えられているため、シーケンス量に比してよ り高いカバレッジを達成できます。また5'/3'バイアスも少なくなっており、遺伝子 全長に渡ってより均一なカバレッジを得ることができます。 本キットで調製したライブラリの RNA-Seq による発現差解析の結果とアジレント 遺伝子発現マイクロアレイによる発現差解析の結果は高い相関があり、RNA-Seq のフォローアップ実験としてより安価で簡便なマイクロアレイを用いることも可能 です。 特定の遺伝子をキャプチャをしたい場合は、SureSelect RNA キャプチャライブラリ お よび SureSelect 試 薬 キットと 組 み 合 わ せ て 興 味 の あ る 遺 伝 子 の み の Deep Sequencing を行うこともできます。

■

製品型番

製品名 型番 16反応 96反応 SureSelect Strand Specific RNA

Library 調製試薬、イルミナ対応 G9691A G9691B ※本製品はイルミナ社の Sequencer にのみ対応しています。 ※ キャプチャを行う場合は、本ライブラリ調製試薬とキャプチャライブ ラリ・SureSelect 試薬キットを組み合わせてお使いください。 100 99 98 97 96 95 Agilent

-Replicate 1 Agilent -Replicate 2 Agilent -Replicate 3

99%を超えるストランド特異性

Agilent

-Replicate 1 Agilent -Replicate 2 Agilent -Replicate 3

450 400 350 300 平均カバレッジ（Base） 遺伝子発現マイクロアレイと RNA-seq の比較

次世代シーケンサで RNA-Seq を行った場合、それぞれの転写産物の Read Depth は発現量に相関するため、目的遺伝子の発現量が低い と十分なカバレッジが得られない問題がありました。SureSelect RNA キャプチャキットはこの問題を解決します。

● RNA キャプチャにより、Read Depth が10∼100倍増加 ● 低発現遺伝子のカバレッジが向上 ● gDNA の SNP や InDel が遺伝子発現に与える影響を精度よく解析 ● アレル特異的な発現レベルを高精度に定量 ● スプライスバリアントの同定にも威力を発揮 ● 融合遺伝子（Fusion Gene）の発見効率を向上

■

製品一覧

ライブラリ 製品名 ターゲットサイズ 型番 16反応 96反応 Panel Human Kinome 3.2 Mb 5190-4801 5190-4802

試薬 対応NGS /機種 型番

16反応 96反応 RNA 用：ライブラリ調製試薬を含む イルミナ社 HiSeq G9692A G9692B RNA 用：ライブラリ調製試薬を含まない ライフテクノロジーズ社 SOLiD4 G9604A G9604B

SureSelect RNA Human Kinome キット

DNA Capture Human Kinome キットとまったく同じ612の Kinase 遺伝子とがん関連遺伝子がターゲットです。

プローブは転写産物の配列に対してデザインされています。DNA と RNA の両方のキットを使用することで、gDNA に起きた変異が転写産物 に与える影響を、詳細に解析できます。また新規融合遺伝子の発見にも力を発揮します。

ターゲットキャプチャ用カタログライブラリ

* Top 1000 Expressed Transcripts. 50 ng of Human UHRR samples Data normalized to 20 million reads. 2x100 bp sequencing

SureSelect RNA Sequencing

用製品

ポストプール式

SureSelect XT

カスタムキット

SureSelect XT DNA

キャプチャ用カスタムキット

ターゲット領域を

_{24 Mb}

まで拡張可能

【対応生物種（全16種類）】 ヒト、マウス、ラット、イヌ、ウシ、ニワトリ、線虫、ショウジョウバエ、アラビドプシス イネ、アカゲザル、マーモセット、メダカ、ゼブラフィッシュ、出芽酵母、分裂酵母 全16種類

■

製品一覧：

_XT

ポストプール式 

＊その他の生物種でも独自デザインのベイトでライブラリ作製可能 ライブラリ ターゲットサイズ 型番 16反応 16反応 Re-Order 96反応 96反応 Re-Order Custom 1-499 Kb 5190-4806 5190-4811 5190-4807 5190-4812 0.5-2.9 Mb 5190-4816 5190-4821 5190-4817 5190-4822 3.0-5.9 Mb 5190-4826 5190-4831 5190-4827 5190-4832 2ELIDs （サイズ目安6.0-11.9 Mb） 5190-4836 5190-4841 5190-4837 5190-4842 3ELIDs （サイズ目安12.0-24.0 Mb） 5190-4896 5190-4901 5190-4897 5190-4902 試薬 対応NGS /機種 型番 16反応 96反応 DNA 用：ライブラリ 調製試薬を含む イルミナ社 HiSeq G9611A G9611B イルミナ社 MiSeq G9612A G9612B ライフテクノロジーズ社 5500 SOLiD G9615A G9615B ※ポストプール式対応製品です。プレプール式対応製品についてはお問い合わせください。 ※16種類のバーコードアダプタが含まれています。96種類のバーコードアダプタが必要な場合はお問い合わせください。 ※Re-Order 2回目以降の同一デザインの場合はこちらの型番で御注文ください。

SureSelect RNA

キャプチャ用カスタムキット

【対応生物種（全79種類）】 ヒト、マウス、ラット、イヌ、ウシ、ニワトリ、線虫、ショウジョウバエ、アラビドプシス イネ、アカゲザル、メダカ、その他67生物種

■

製品一覧：ポストプール式 

＊全79種に含まれていない生物種でも独自デザインのベイトでライブラリ作製可能 ライブラリ ターゲットサイズ 型番 16反応 16反応 Re-Order 96反応 96反応 Re-Order Custom 1-499 Kb 5190-4934 5190-4939 5190-4935 5190-4940 0.5-2.9 Mb 5190-4944 5190-4949 5190-4945 5190-4950 3.0-5.9 Mb 5190-4954 5190-4959 5190-4955 5190-4960 試薬 対応NGS/機種 型番 16反応 96反応 RNA 用：ライブラリ 調製試薬を含まない イルミナ社 HiSeq G9601A G9601B ※ポストプール方式対応製品です。 ※16種類のバーコードアダプタが含まれています。96種類のバーコードアダプタが必要な場合はお問い合わせください。 ※Re-Order 2回目以降の同一デザインの場合はこちらの型番で御注文ください。

XT

：

ポストプール式

SureSelect XT

カスタムキット

SureSelect

SureSelect

カスタムキット

アジレント・テクノロジーは、1枚から自由にカスタムマイクロアレイをデザインすることができるWeb上のフリーツール eArray を、長 い時間をかけて開発、発展させてきました。このツールの機能を利用・拡張し、ゲノムキャプチャのためのターゲット領域を自由に選 択することができる新しいツールとしてリリースされたのが、SureDesign です。

SureSelect DNA キャプチャには SureDesign を、SureSelect RNA キャプチャには eArray を用い、ヒトだけではなくマウス、ラット、ショウジョ ウバエ、アカゲザル、イネ、マーモセット、メダカなど様 々な生物 種に対して、キャプチャしたい 領域や 遺伝 子名を入 力して、

SureSelect のカスタムライブラリをデザインすることができます。SureDesign は、HaloPlex のカスタムデザインにもご利用頂くことがで きます。

eArray には79種類の生物種の Transcriptome 配列情報が登録されており、GenBank のア クセッション ID や転写物の配列情報を指定することで任意の Transcript をキャプチャす るためのプローブ設計を行います。UniGene に登録されていない転写物をキャプチャし たい場合、ゲノム上の任意の領域を指定することでプローブ設計をすることも可能です。 設計されたプローブは、eArray 内の Transcriptome 情報を用いて他の転写物との相同性検 索をすることも可能で、その結果からプローブを取捨選択することもできます。

■

製品概要

本製品は、1つのデザインに含まれるプ ローブの数と、キャプチャされる領域の 合計サイズで価格帯が変わります。各デ ザインに含めることのできる遺伝指数は デザインによって大きく異なります。 RNA Bait SureDesign には16種類の生物種のゲノム DNA の配列情報が登録されており、ゲノ ム上の位置情報や遺伝子名、データベースのアクセッション ID や SNP ID を入力 することで任意の領域をキャプチャするためのプローブを設計を行います。指定 領域のコーディングエクソンのみ・UTR を加えたエクソンのみ・領域全体などの 指定も可能で、合計キャプチャサイズ24 Mbまでのデザインが作成可能です。

SureDesign でカスタム設計したデザインを Human All Exon V5にプラスし、1つの 「Exome Plus デザイン」として実験することもできます。

SureDesign にゲノム DNA の情報が登録されていない生物種については、独自に設 計したプローブの塩基配列情報をアップロードして頂くことで、カスタムデザイン の作成が可能です。

SureSelect DNA

キャプチャのカスタム作成：

_SureDesign

Library Bait ゲノム_DNA Enrichしたい領域 Bait Group1 Target interval Bait Group2

●

最高の使いやすさを追及したユーザーインターフェース

– 多言語に対応したユーザーインターフェース、日本語・英語などの言語で操作可能 – 目的に応じて標準操作とアドバンスオプションが選択可能、シンプルな操作と高度 な設定を共存 – SureDesign ユーザーインターフェースから UCSC ゲノムブラウザにダイレクトリンク、 検索されたターゲット領域や設計されたプローブをすぐに視覚的に確認可能 – スピーディーなプローブ設計により、最短の待ち時間でカスタム設計が可能

●

最高のパフォーマンスを実現するプローブ設計アルゴリズム

– Masking オプションにより、ゲノム上のリピート領域など「避けたい領域」 を設定 – ブースティングオプションにより、キャプチャが難しい領域のカバレッジを 改善 – 目的に応じて最適なプローブ密度をx2からx5まで自由に設定可能

SureSelect RNA

キャプチャのカスタム作成：

_eArray

カスタムキット ターゲットサイズ範囲 プローブ数上限 サイズ 遺伝子数目安 SureSelect XT Custom 1 Kb - 499 Kb 57,680 1 Kb - 499 Kb 約150 SureSelect XT Custom 0.5 - 2.9 Mb 57,680 0.5 - 2.9 Mb 約900 SureSelect XT Custom 3 - 5.9 Mb 57,680 3.0 - 5.9 Mb 約1,300 SureSelect XT Custom 6 - 11.9 Mb 115,360 6.0 - 11.0 Mb 約2,500 SureSelect XT Custom 12 - 24 Mb 173,040 12.0 - 24.0 Mb 約5,000

11

HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステムは PCR のスピードとハイブリダイゼーションによる選択的濃縮の利点を組み合わせること により、1チューブで200,000ものアンプリコンを増幅可能な技術です。  ● 疾患関連遺伝子2000個の coding exon を濃縮するパネル  ● 全ゲノムシーケンス、Exome シーケンスで同定・絞り込んだ変異を多数のサンプルで解析  ● 染色体の特定領域だけに注目した解析 など、ヒトゲノムの最大5 Mbの領域を225 ngのゲノム DNA サンプルから簡単に濃縮し、変異解析を短時間に高い精度で実施すること ができます。デスクトップシーケンスと組み合わせて使用することで、威力を発揮します。 ■少ないサンプル量・簡単なプロトコル・フレキシブルなプラットフォーム対応  ● わずか225 ngの gDNA からスタート可能  ● FFPE サンプルに対応したデザインも可能  ● 物理的断片化はおこなわず、特別な機器は不要  ● 2-3時間の hands-on time、1日から1.5日でターゲットエンリッチメントが完了  ● アジレント自動化システムに対応したプロトコルを順次開発中  ● ウェブサイト上のデザインウィザード SureDesign で簡単にカスタムライブラリを設計

 ● イルミナ HiSeq、MiSeq、ライフテクノロジーズ Ion Torrent 対応

■高い性能  ● 1チューブでなんと200,000アンプリコンを増幅  ● ターゲットサイズは5 Mb（イルミナ）、2.5 Mb（Ion PGM）  ● ターゲット領域を複数のアンプリコンでカバーし、極めて高いターゲットカバレッジと感度で変異を検出

従来のアンプリコンシーケンスを凌駕する新技術

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステムの特長

従来のアンプリコンシーケンス ターゲット領域を複数のアンプリコンでカバー ・変異検出の信頼性が向上 ターゲット領域を1つのアンプリコンでカバー ・PCRで入るエラーと変異の区別が困難 * 4-400 kbの範囲で、異なる12デザイン に つ い て エ ン リッ チメ ント を 行 い、

HiSeq、MiSeq、Ion PGM いずれかのシス テムで解析を行った結果に基づきます。 サイズの異なるライブラリ間でも安定し て高いパフォーマンスが得られます。 HaloPlex

gDNA 225 ng

Hands-on time

は わずか

2-3

時間

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステム

t

HaloPlex のパフォーマンス デザイン可能なサイズ 5 Mbまで（Ion PGM 対応キットは2.5 Mbまで）

Specificity（% basses on-target） > 99% * Uniformity（coverage at 10% of mean） > 90% *

ターゲット領域 ターゲットとするフラグ メントと相補的な部分 I n d e x i n g P r i m e r Cassette：シーケン シングに 必 要な 配 列を含む共通部分

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステムのしくみ

■

_{Step 1. gDNA}

を

₈

組の制限酵素で消化

■

_{Step 2. HaloPlex}

プローブとのハイブリダイゼーション

■

_{Step 3.}

ビーズ精製とライゲーション

シンプルな

₄

ステップの実験で、ターゲット領域のエンリッチメントが完了し、

すぐにシーケンシング可能なライブラリが完成します。

サンプル

_DNA

を

₈

組の制限酵素で

double-digestion

ヒトゲノムの制限酵素切断パターンはデータベース から予測可能なので、ライブラリをデザインする 時に、ターゲット領域を含んでいて長さが100-400 bp程度になるフラグメントが in silico で選択され、 HaloPlex プローブがデザインされます（右図）。 制 限 酵 素 処 理したgDNAフラグメント の 両 端と HaloPlex プローブがハイブリダイズし、環状構造を 形成します。 HaloPlex プローブは、濃縮されるフラグメントに対 応した数がキットに含まれ、最大で200,000種類 になります。 濃縮するフラグメントの数の分、HaloPlex プローブ と gDNA フラグメントの環状構造が形成されます。 マグネットビーズに結合させたままの状態 で、ライゲーション反応により、ターゲッ ト DNA と Indexing Primer Cassette は環状1

本鎖 DNA になります。 ストレプトアビジン・マグネットビーズで、ターゲッ ト DNA/HaloPlex Probe のハイブリッドを捕集し、ハ イブリダイズしなかった DNA を洗いで除去します。 リードの累積 エンリッチされた フラグメントの両 端 か ら 得 ら れ る リード ターゲット領域 制限酵素で消化した フラグメント 全てのプローブに共通、シーケンシングに 必要な配列部分 20数bp 相補的 20数bp相補的

■

_{Step 4.}

ターゲット断片の

_PCR

増幅

アル カリ 性 の 溶 出 バッフ ァで HaloPlex プローブと、環状1本鎖 DNA を解離させ、回収します。 共 通 配 列 部分 に 対 するプ ライ マーで PCR 増幅を行います。最 大200,000アンプリコンを1組 のプライマーで増幅します。PCR 産 物 を AMPure ビーズ 精 製し、 最 終 産 物 はそ の ままシー ケン シングに進めることができます。

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステム

■

_{Step 5.}

シーケンシング・データ解析

それぞれのプラットフォームにあわせたメソッドでシー ケンシングし、データ解析を行います。 HaloPlex で得られるデータは、ターゲット領域に対して 複数のアンプリコン由来のリードが積み重なった様式 になります。 無料のソフトウェア SureCall も利用可能！

13

カスタムデザインキット：デザインの過程でターゲット領域のカバー率が判明

両鎖キャプチャや

_FFPE

オプションなど多彩な機能

■

製品一覧：

_{HaloPlex Target Enrichment Panel}

製品名 反応数 イルミナ対応 IonPGM 対応

HaloPlex Cancer リサーチパネル ₉₆16 G9903A_G9903B G9904A_G9904B

HaloPlex 心筋症リサーチパネル 16 G9908A G9909A

96 G9908B G9909B

・96反応キットはNGS自動化システムに対応

■

製品一覧：

_{HaloPlex Target Enrichment}

カスタムキット

製品名 ターゲットサイズ 反応数 型番

HaloPlex Target Enrichment

イルミナ対応 1-500 kb（プローブ数<20 K） 48₉₆ G9901C_G9901B 501 kb - 2.5 Mb（20 K=<プローブ数<200 K） 48₉₆ G9911C_G9911B 2.6 - 5 Mb（20 K=<プローブ数<200 K） 48₉₆ G9921C_G9921B 1 - 250 kb（プローブ数<20 K） 48 G9902C HaloPlex Cancer リサーチパネル遺伝子リスト

ABL1 CDKN2A FANCA FGFR3 JAK3 NOTCH1 PTEN STK11 AKT1 CSF1R FANCC FLT3 KIT NPM1 RET TP53

ALK CTNNB1 FANCF HRAS KRAS NRAS RUNX1 VHL AR EGFR FANCG IDH1 MAP2K1 PDGFRA SMAD4 WT1 ATM ERBB2 FGFR1 IDH2 MAP2K4 PIK3CA SMO BRAF ERBB4 FGFR2 JAK2 MET PIK3R1 SRC

HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステム

t

シンプルで直観的に操作できる SureDesign により、簡単にカスタムデザインの作成が可能です。選択され たアンプリコンの位置から、ターゲット配列のカバー率が自動的に計算されます。

● 両鎖キャプチャのオプション…FFPE 処理による片側 Strand の Artifact を除去

● FFPE対応オプション…断片化の進んだ FFPE サンプルのカバー率を向上させるため、より短いサイズの アンプリコンが自動的に選択されます。 イルミナシーケンサで1 kb-5 Mb、IonPGM で1 kb-2.5 Mbの領域で自由な設計が可能です。

HaloPlex Cancer

リサーチパネル

● がん関連46遺伝子の合計526ホットスポットを網羅的 に解析 ● FFPEサンプルに対応したデザイン ● Research Use Only

カタログキット：設計済みの

_Panel

で手軽に変異解析

HaloPlex

心筋症リサーチパネル

● 肥大型心筋症、拡張型心筋症、不整脈原性右室心筋症

関連の34遺伝子を含むデザイン

● Uppsala 大学 Dr. Berivan Baskin との共同開発 ● Research Use Only

その他の設計済み疾患リサーチパネルについては、お問い 合わせください。

HaloPlex 心筋症リサーチパネル遺伝子リスト

TTR MYH6 TNNI3 CSRP3 DES LDB3 RBM20 DSG2 MYL2 MYH7 TPM1 PLN LMNA ABCC9 TGFB3 DSC2 MYL3 MYBPC3 TTN TNNC1 SGCD SCN5A DSP TMEM43 MYOZ2 TNNT2 ACTN2 TCAP VCL TAZ PKP2 JUP

SureCall

：

_{SureSelect/HaloPlex}

専用データ解析ソフトウェア

（

_Human

のみ）

FASTQ

ファイルの入力で変異を同定、手間いらずの解析フロー

■

取り扱えるデータ・解析

_PC

の必要条件

● SureSelect（Human のみ）, HaloPlex でターゲットエンリッチメントを行って取得したシーケンシングデータ ● FASTQ 形式または BAM 形式 ● イルミナプラットフォーム、Ion PGM ともに対応 ● OS：Windows 7、RAM推奨12 GB（アライメントを行う場合）、8 GB（アライメント済みデータの解析の場合） ハードディスクの空き容量：500 GB以上

■

_SureCall

のワークフロー

デザインファイルおよびデータファイルを指定して解析を開始

  ▼

レポート

Mutation Table と Genome Viewer

SureCall は、SureSelect, HaloPlex データ解析をウィンドウズPC上で手軽に行うことができるソフ トウェアです。

シーケンシング結果の FASTQ ファイルと、SureSelect, HaloPlex のデザインファイルを入力すれば、 アライメント・変異検出・変異のカテゴリー分類までの一連の解析を自動で実施します。

  ▼

Mutation Table と Genome Viewer で結果が表示されます。

必要に応じて、カテゴリー分類の変更や、コメントの追加ができます。

  ▼

結果をコンパクトにまとめた レポートファイルを SureCall が作成します。 アダプター配列除去、

_BWA

もしくは

_TMAP

によるアライメント

      ▼

Mutation

検出、

_Mutation

のインパクトの解析、

_QC

レポートの作成 

      ▼

Mutation

のカテゴリ分類、

_{Mutation Table}

の出力、ブラウザ形式での表示

SureCall

による自動プロセス

SureSelect / HaloPlex

ターゲットエンリッチメントシステム

Bravo NGS

自動化システム

8

∼

₉₆

検体の各種

_NGS

ライブラリ調製をフレキシブルに自動化

次世代シーケンサの応用が生活習慣病や癌などのより一般的な疾患に広がるにつれ、効率的な多検体処理の要望が高まっています。 アジレント・テクノロジーではリキッドハンドリングプラットフォーム Bravo をベースにしたシステムで、NGS ライブラリ調製の自動化 ソリューションを提供しています。

Bravo NGS オプション A は、より安価で場所をとらないシステムで、HaloPlex の自動化の他に、カスタム AMPure 精製−可変ボリューム、 カスタム AMPure サイズセレクション、ランダムピッキング、SureSelect のステップ毎の自動化が可能です。特に AMPureXP 精製について は、DNA 量、ビーズ量、溶出量、インキュベーション時間を可変で設定できるため、各種の NGS ライブラリ調製プロトコルにおいて、ビー ズ精製ステップを8-96検体の単位で効率よく自動化できます。

Bravo NGS Workstation オプション B では、 Bravo に、スタッカーとロボットハンドラーを備えたベンチセルと、各種プレートを20までセッ ト可能なミニハブステーションを追加したシステムを用い、断片化された DNA の精製からライブラリ調製、SureSelect のハイブリダイ ゼーション、精製の個々のステップを最大96検体まで自動で行います。8検体単位で自動化処理を行うことができますが、SureSelect

自動化用の試薬は、 24, 48, 96検体単位で使用したときに、過不足なく使用できるように量が調整されています。アジレント Strand Specific RNA ライブラリ調製試薬にも対応します。3日間で最大96検体まで処理できるので、真のハイスループット NGS 解析を実現す ることができます。世界および日本で数多くの導入、稼働実績があり、安心してお使いいただけます。またオプションとして、イルミ ナ社 TruSeq の PCR-Free DNA-Seq、RNA-Seq ライブラリ調製や種々の条件の AMPureXP ビーズ精製、各社 NGS プロトコルにも対応して います。 アジレント

_NGS

自動化システムの特徴 ●

手間と時間のかかる

NGS

ライブラリ調製を自動化 ●

自動化システムのハードウェアと

NGS

ライブラリ調製用の試薬 を

₁

社から提供。便利で安心な一本化されたサポート窓口。 ●

バリデーション済みの自動化プロトコルを提供。 ●

わかりやすい和文マニュアル ●

自動化システムの使用量に合わせた専用の試薬を発売。 ●

世界および日本での豊富な稼働実績に基づく高い信頼性。 ●

SureSelect XT, HaloPlex, Strand Specific RNA

に対応

Agilent Bravo NGS オプション A

（AMPure ビーズ精製の自動化のカスタマイズ、

SureSelect のプロトコルのステップ別自動化、

HaloPlex の自動化アプリケーションに対応）

Agilent Bravo NGS Workstation オプション B

（SureSelect/HaloPlex および その他の NGS ライブラリ調整）

有償追加プロトコル

●

イルミナ

TruSeq PCR-Free DNA-Seq

●

イルミナ

TruSeq Nano DNA-Seq

●

イルミナ

TruSeq RNA-Seq

●

イルミナ

TruSeq ChIP

●

NEBNext ChIP-Seq

●

Epicentre Ribo-Zero

●

KAPA HTP Library Prep

Bravo NGS

自動化システム

マニュアル操作と自動化システムによる

_SureSelect

ライブラリ調製の比較

NGS 自動化システムを用いると、コバリス断片化処理、サーマルサイクラーによる PCR 反応とハイブリダイゼーション、およびバイオア ナライザ/TapeStation を用いたサンプル QC 以外のステップのほとんどを、自動化することができます。下記に SureSelect のライブラリ 調製にかかる時間を、マニュアル操作と自動化システムで比較した例を示します。マニュアルでは一度に一人で96検体のサンプルを処 理することは不可能ですが、自動化システムを用いることにより、１回のランで最大96検体を処理できるようになるので、サンプル のスループットは飛躍的に向上します。 マニュアル操作によるサンプル前処理 自動化されたサンプル前処理 操作時間 処理済みサンプル/ 日の最大値 操作時間 処理済みサンプル/ 日の最大値 ライブラリ調製 375 20 25 96 プリキャプチャ PCR 90 20 13 96 ハイブリダイゼーションの準備 60 20 7 96 キャプチャ 210 20 20 96 ポストキャプチャ PCR 90 20 40 96 合計時間（分） 825 20∼40 /週 105 192 /週 合計時間（時間） 13.75 1.75 ターゲットエンリッチメントのためのマニュアル操作によるサンプル前処理と自動的なサンプル前処理の比較： 操作時間と1週間あたりのスループットの概算

■

製品型番：

_{SureSelect XT}

自動化システム対応キット

ライブラリ 製品名 ターゲットサイズ 型番 96反応 96反応 Re-Order Exome Human V5 50 Mb 5190-6210 5190-6210 Human V5+UTRs 75 Mb 5190-6215 5190-6215 Human V5+lncRNA 59.3 Mb 5190-6448 5190-6448 Human V5+Regulatory 113.7 Mb お問い合わせください お問い合わせください Human V5+mtDNA 50 Mb お問い合わせください お問い合わせください

Panel Human Kinome 3.2 Mb 5190-4648

Custom 1 - 499 Kb 5190-4808 5190-4813 0.5 - 2.9 Mb 5190-4818 5190-4823 3.0 - 5.9 Mb 5190-4828 5190-4833 2ELIDs （サイズ目安6.0 - 11.9 Mb） 5190-4838 5190-4843 3ELIDs （サイズ目安12.0 - 24.0 Mb） 5190-4898 5190-4903 試薬 対応NGS /機種 型番 96反応 480反応 DNA用：ライブラリ 調製試薬を含む イルミナ社 HiSeq G9641B G9641C イルミナ社 MiSeq G9642B G9642C ※イルミナ社以外のNGSプラットフォームへの対応また記載以外の製品の自動化対応についてはお問い合わせください。 ※16種類のバーコードアダプタが含まれています。96種類のバーコードアダプタが必要な場合はお問い合わせください。 HaloPlex の48および96反応用のキットは、マニュアル操作および本自動化システムの両方に対応しています。 型番はP.13を参照ください。

17

TapeStation

より簡便で高速な多検体のライブラリ

_QC

を実現

TapeStation はゲル 充 填 済み の ScreenTape を 使 用し、DNA や RNA

サンプル16検体をわずか20分（genomic DNA キットは25分）で高 速分析することが可能です。サンプルは96Well Plate にセットして、 ScreenTape とチップを入れ替えるだけの操作で、96検体でも2時間 以内で分析が終了します。多検体ライブラリのサイズ確認と定量に 威力を発揮します。 ▶

ゲル充填作業不要

▶

DNA

サンプルを

_{loading buffer}

と混ぜるだけ ▶

各サンプル独立レーンなのでレーン間の クロスコンタミネーションはありません。 ▶ DNA サンプル

₁₆

検体をわずか

₂₀

分で高速分析 （

₉₆

検体でも

₂

時間以内） ▶

未使用レーンを後から

_*

利用可能 _*2週間以内 ▶

バイオアナライザと同等の感度、分離能 ● DNA 用 D1000キット （dsDNA 35 - 1000 bp, 0.1 - 50 ng/µL）

● DNA 用 High Sensitivity D1000 キット

（dsDNA 35 - 1000 bp, 75 - 1000 pg/µL）

● Genomic DNA キット（200 - 60,000 bp, 0.5-100 ng/µL） ● RNA 用 RNA キット（2 - 500 ng/µL）

● RNA 用 High Sensitivity RNA キット（100 - 10,000 pg/µL）

感度はいずれもラダー測定時のものです。

ゲノム DNA の品質確認をより簡便に行いたいというお客様の ご要望にお答えするため、より簡便に QC を行えるシステムと して Genomic DNA Kit を開発しました。必要サンプル量は僅か

1 µL、バッファと混ぜるだけの簡単なサンプル調製でゲノム DNA の品質確認が行えます。

バイオアナライザ

次世代シーケンサ

ライブラリ

_QC

の世界標準

DNA や RNA を高い感度で検出、定量できるマイクロチップ型 電気泳動バイオアナライザは、次世代シーケンサの DNA-Seq、 RNA-Seq、ChIP-Seq など各種アプリケーションのライブラリ QC に広く採用されています。 SureSelect では、コバリス社製 DNA 断片化装置による断片化 のサイズ確認、アダプタ付き DNA ライブラリのサイズ確認と 定量、最終的にキャプチャされたライブラリのサイズ確認と 定量にバイオアナライザを使用します。 ● DNA1000キット（dsDNA 25 - 1000 bp, 0.1 - 50 ng/µL）

● High Sensitivity DNA キット（dsDNA 50 - 7000 bp, 5 - 500 pg/µL）

Avadis-NGS

次世代シーケンサーの膨大なデータを

解析するためのソフトウェアパッケージ

QPCR NGS

ライブラリ定量キット

優れた GUI と直感的でわかりやすい操作で、世界で最も多く使われている遺伝子発現解析用ソフトウェア GeneSpring。Avadis-NGS は、 この GeneSpring をベースに開発され、初心者でも使いやすいインターフェースと解析ツール群を備えています。次世代シーケンサーで 行うリシーケンスアプリケーションについて研究者を強力にサポートします。

高速サイクル条件下でも、高い感度と再現性を示す新規 Mutant Taq

の Brilliant III Ultra-Fast を用い、NGS ライブラリの定量に必要な DNA

の Standard や Primer などの試薬を1つにまとめた便利なキットです。 特にマルチプレックスシーケンスを行う際には、各サンプルのライブ ラリを正確に定量し、等量に混ぜることが重要なポイントとなります。 SureSelect でキャプチャしたライブラリのみならず、全ゲノムシーケン ス用のライブラリの定量にも使うことができます。キットには、84サン プル分の定量 PCR に必要な試薬がまとまっています。 ● G4880A QPCR NGS ライブラリ定量キット イルミナ用 ● G4881A QPCR NGS ライブラリ定量キット AB SOLiD 用

取り扱えるデータ

● SAM/BAM 形式のデータ ● ELAND の Export 形式のデータ ● FASTA/FASTQ 形式のデータ

基本機能

● 独自の Aligner によりリファレンスゲノムへのアライメントが可能 ● ゲノムマネージャーによりゲノム配列や遺伝子の アノテーション管理が可能 ● ゲノムブラウザによる結果の閲覧が可能 ● リードクオリティの評価とフィルタリング機能が可能

対応アプリケーション

● DNA Variation ゲノム DNA の SNPs・INDEL 検出や、染色体の リアレンジメント等の検出。SNP Effect の評価、 複数サンプルの比較が可能。 ● RNA-Seq cDNA からの発現差解析、融合遺伝子、 Splice Variant 等の解析、SNPs 検出 ● ChIP-Seq 転写因子等の結合領域の予測や 近傍遺伝子のリストアップ ● Small RNA-Seq

miRNA・snRNA・snoRNA 等の Non-codingRNA の解析

Avadis-NGS はデータを生物学的に解釈するためのツールが 搭載されています。

● GO 解析： Gene Ontology を使った遺伝子リストの意味づけ ● GSEA/GSA： BROAD Institute が 定 義した GeneSet を使った

遺伝子リストの意味づけ

ライブラリ

_{QC &}

データ解析ツール

販売店 アジレント・テクノロジー株式会社 ［お問い合わせ窓口］ 本社/ 〒 192-8510 東京都八王子市高倉町 9-1 ●カストマコンタクトセンタ  0120-477-111 mail：email_japan@agilent.com ※仕様は予告なく変更する場合があります。 ※本資料掲載の製品は全て研究用です。  その他の用途にご利用いただくことはできません。

www.agilent.com/chem/jp