低分定性コーストレーニングマニュアル次第 1 章基本操作 Qual Browser とは 4 Qual Browser の起動法 5 Qual Browser での操作の注意点 6 複数のセルが表されている場合の操作複数のプロットが表されている場合データファイルの開き 7 画 ( セ

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Qual Browser

ベーシックトレーニングマニュアル

PN:81012221 Revision A March 2013 サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 本社〒221-0022 神奈川県横浜市神奈川区守屋町 3-9 C 棟 2F ⼤阪⽀店〒532-0011 ⼤阪府⼤⼤阪市⻄中島 6-3-14ＤＮＸ新⼤阪ビルお問い合わせは

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Qual Browser Manual - 1 -

低分⼦定性コーストレーニングマニュアル

⽬次 第１章基本操作 ◆ Qual Browser とは… 4 ◆ Qual Browser の起動⽅法 5 ◆ Qual Browser での操作の注意点 6 ・複数のセルが表⽰されている場合の操作・複数のプロットが表⽰されている場合 ◆ データファイルの開き⽅ 7 ◆ 画⾯（セル）を配置する 9 ・セルを増やす/減らす・セルの表⽰サイズを変更する・セルの表⽰を切り替える・データのインフォメーションを表⽰する ◆ クロマトグラム/スペクトルの拡⼤表⽰ 11 ・クロマトグラム/スペクトルを拡⼤表⽰する ◆ スペクトルの表⽰ 12 ・任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する ◆ レイアウトを作成する 13 ・複数のスペクトルを表⽰する ◆ レイアウトの保存と呼び出し 14 ・レイアウトを保存する・レイアウトの呼び出し ◆ プリントアウト 16 ・プリントアウトする・書式を設定する ◆ 他のソフトウェアへのグラフィックスの転送 18 ・クロマトグラムやスペクトルを転送する ◆ シークエンスファイルの開き⽅ 20 ・シークエンスファイルを開く・リザルトファイルを開く・データのインフォメーションを表⽰する 第 2 章スペクトルの解析 ◆ スペクトルの表⽰ 22 ・任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する・平均したスペクトルを表⽰する・バックグランドを差し引いてスペクトルを表⽰する・表⽰を戻す ◆ スペクトルの⽐較 24 ・複数のスペクトルを表⽰する ◆ MSｎスペクトルを表⽰する 25 ・MSｎスペクトルを表⽰する ◆ スペクトルの表⽰オプションの変更 26 ・表⽰オプションを変更する ◆ スペクトルの情報（Mass List）を転送する 27

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◆ ライブラリサーチ 28

・ライブラリの設定をする

・ライブラリサーチをする

◆ Library Browser でのライブラリサーチ 31

・Qual Browser から Library Browser へスペクトルを転送 ・ライブラリサーチ条件 第３章クロマトグラムの解析 ◆ クロマトグラムの表⽰ 36 ・マスクロマトグラムを表⽰する・＜Plot properties の設定項⽬＞・縦軸のスケールを固定する ◆ スキャンフィルタ 40 ・オートフィルタ・マニュアルフィルタ ◆ スムージングをかける 42 ・スムージングをかける ◆ クロマトグラムの表⽰オプションの変更 43 ・表⽰オプションを変更する ◆ Area、Height、SN の計算 44 ・オートインテグレーション・オートインテグレーションのパラメータの確認とアルゴリズムの変更・Area を消去する・マニュアルインテグレーション・マニュアルインテグレーションの Area を消去する・SN を計算する・ノイズの範囲を指定する/解除する ◆ オートインテグレーションのパラメータについて 49 ・ICIS アルゴリズムについて・Genesis アルゴリズムについて ◆ クロマトの情報を転送する 54 ・Retention Time/Intensity の数値データを Excel に転送する・Peak List を Excel に転送する 第４章初期設定とその他のツール ◆ Xcalibur Configuration 57

◆ ツールバーの編集 59 ・ツールバーを編集する ◆ バックグランド処理（Background Subtraction Tool） 61 ・バックグランド処理をしたファイルを作成する 第５章 Library Browser ◆ Library Browser について 63 ◆ Library Browser へスペクトルをエクスポートする 31 ◆ Other Search の使⽤⽅法 64 ◆ 化合物名からの検索（Name の使⽤⽅法） 65 ◆ ユーザーライブラリの作成（Librarian） 66

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第１章基本操作

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Qual Browser とは

Qual Browser は弊社の質量分析計で測定したデータを解析するためのソフトウェアです。Qual Browser で扱うファイルは以下の３つになります。

データファイル（＊.raw）シークエンスファイル（＊.sld）

リザルトファイル（＊.rst）

データファイル（＊.raw）には、m/z、Retention Time、Intensity の主要な値のほか、Tune File や Instrument Method、測定時の Status log などの情報が含まれています。第１章では基本操作、第２章ではスペクトルの解析、第３章ではクロマトグラムの解析について順に説明していきます。

クロマトグラム

X 軸：Retention Time Y 軸：Intensity

スペクトル

X 軸：ｍ/ｚ Y 軸：Intensity

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Qual Browser の起動⽅法

Thermo Xcalibur Roadmap 画⾯でをクリックすると Qual Browser が起動します。

Thermo Xcalibur Roadmap

＜Qual Browser 各部名称＞ Qual Browser での操作は通常、メニューバーをプルダウンして⾏いますが、多くの操作は、ウィンドウ上部にあるツールボタンや右クリックで表⽰されるメニューでショートカットできます。また、ツールバーの内容は、⾃由に変更することができます。ボタンで表⽰/⾮表⽰を切り替えします。 メニューバー ツールバー Info Bar Cell(セル) Status Bar Cell Pin Cell(セル) Plot（プロット）

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Qual Browser での操作の注意点

QUAL Browser では、1 画⾯の中に複数のセルやプロットが表⽰できます。その場合には、下記のことに注意して操作してください。 複数のセルが表⽰されている場合の操作 複数のセルが出ている場合には、解析したいセルを選択し、アクティブな状態にしてから各操作を⾏います。セルをアクティブにするには各セルの右上にある（Cell pin）をクリックします。 複数のプロットが表⽰されている場合 スペクトル、クロマトグラムの画⾯では、最⼤で 8 段までプロットを表⽰できます。複数のプロットが表⽰されている場合には、各操作を⾏う前にセルおよびプロットを選択してアクティブな状態にしておく必要があります。まず、前節のようにセルをアクティブにした後、プロット上をクリックします。選択されたプロットは背景の⾊が変わり、ハイライトされます。余分なプロットはクリックしてアクティブにした状態で DELETE キーを押すと削除できます。上図の場合で DELETE キーを押すと、スペクトルの 2 段⽬が削除されます。（アクティブになっているセルが優先されます。） 選択されていない状態アクティブな状態（緑⾊） プロットをクリックするとアクティブな状態になり、プロット全体がハイライトされます。

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データファイルの開き⽅

データファイルを開く

① ツールバーの ボタンまたはメニューの File＞Open…を選択します。Open Raw File 画⾯が開き ますので、データファイル名を選択し、を押します。 ② デフォルトレイアウトでは上下 2 段のセル（上段のセルがクロマトグラム、下段のセルがスペクトル）で表⽰されます。デフォルトの設定は Add Window です。データを選択するたびに新しくウインドウを⽴ち上げてデータを表⽰します。 スペクトル クロマトグラム ①Open ボタンを押します ②解析するデータを選択し Open ボタンを押します。

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Qual Browser Manual - 8 - ファイルの開き⽅のオプションについて Replace Window： 現在のウィンドウを新しいファイルに置き換えます。 Cell：複数のセルが表⽰されている場合、アクティブなセルを 新しいファイルに置き換えます。 Plot： 複数のプロットが表⽰されている場合、アクティブなプロットを新しいファイルに置き換えます。 Add Window： 選択したファイルを新しいウィンドウで開きます。（前に開いたウィンドウは、残ります。ウィンドウの出しすぎに注意!!） Plot：新しいファイルを、現在のウィンドウに新しいプロット として追加します。 Default Layout： デフォルトのレイアウトファイルでデータを表⽰します。 Current Layout： 既に開いているウィンドウと同じレイアウトでデータを表⽰します。

解析したいデータファイル（＊.raw）は Windows Explorer でダブルクリックしても開きます。

解析したいデータファイルを表⽰し、ダブルクリックします。

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画⾯（セル）を配置する

Qual Browser では、ひとつのウィンドウ上に複数の Cell（セル）を⽤意し、クロマトグラム、スペクトルなどを同時に表⽰させることが出来ます。 セルを増やす/減らす メニューバーの Grid＞Insert Cells…または ツールボタンでセルの個数を変更します。アクティブなセルの上に 1 ⾏挿⼊アクティブなセルの左に 1 列挿⼊アクティブなセルを⼀⾏削除アクティブなセルを⼀列削除 セルの表⽰サイズを変更する セルの増減は１⾏/列ごとですが、Grid＞Cell Size で またはツールボタンでセルの⼤きさを変更できます。セルサイズを最⼩にするセルを横に引き伸ばすセルを縦に引き伸ばすセルを縦横に引き伸ばす

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Qual Browser Manual - 10 - セルの表⽰を切り替える セルに表⽰させる内容はメニューの View の項⽬で変更できます。 表⽰を切り替えたいセルの Cell pin をクリックし、アクティブな状態にしてから、ツールバーのボタンをクリックします。 Chromatogram：クロマトグラム（下図左上） Spectrum：スペクトル（右上） Map:３D マップ（左下） Spectrum List：マスリスト（右下） 表⽰切り替えボタンセルを指定してから押す

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Qual Browser Manual - 11 - 

クロマトグラム/スペクトルの拡⼤表⽰

セルの中の表示を拡大表示します。 クロマトグラム/スペクトルを拡⼤表⽰する ① 表⽰させたいセルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ② 拡⼤したい範囲をドラッグ＆リリースすると拡⼤表⽰されます。 ③ プロット外でドラッグ＆リリースすると、横軸のみ拡⼤されます。 ④ プロット内で四⾓く囲むとその範囲が最⼤になる様に拡⼤されます。 拡⼤表⽰を元に戻す ツールバーの Undo ボタン で 1 回前の操作に戻ります。（Ctrl+z でも戻ります。） または、Zoom Reset ボタン で全体表⽰に戻ります。 ①Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②拡⼤したい範囲をドラッグ＆リリース

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スペクトルを表⽰する

任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する ① セルの配置ボタンを使⽤して、上下２段のセルを配置します。上のセルの Cell pin をクリッしてアクティブな状態にします。ボタンでクロマトグラムを表⽰します。 ② _{同様に下のセルをアクティブな状態にして} _{ボタンでスペクトルを表⽰します。} ③ この状態でクロマトグラム上の任意の場所でクリックすると、そのスキャンナンバーのスペクトルが表⽰されます。 ①表⽰を変えたい Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。ボタンでクロマトグラム表⽰ ④クロマト上をクリックする ③スペクトルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②表⽰を変えたい Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。ボタンでスペクトル表⽰

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レイアウトを作成する

複数のスペクトルを表⽰する 1 つのクロマトグラム内の複数のピークのスペクトルを表⽰させて⽐較する場合は、次のようにセルを配置しレイアウトを作成すると便利です。 ① ボタンでセルを 1 個にします。ボタンでクロマトグラムを表⽰します。 ② ボタンを 1 回押して、縦に２分割します。 ③右側のセルをアクティブにし、ボタンを押してスペクトル画⾯に切り替えます。 ④ ボタンを３回押して、セルを８個に分割します。 ⑤左側のクロマトグラムのセルをアクティブにし、ボタンで引き伸ばします。 ⑥下記レイアウトになります。それぞれの、スペクトルの Cell Pin をアクティブにして表⽰すれば、スペクトルを⽐較することが出来ます。 ①スペクトルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。

１

２

３

４

１のスペクトル ２のスペクトル ３のスペクトル ４のスペクトル ②クロマト上の範囲をドラッグ＆リリースする

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レイアウトの保存と呼び出し

レイアウトを保存する Qual Browser では、画⾯（セル）やプロットの配置、各種パラメータの設定などをレイアウトとして保存できます。同じようなパターンのデータを解析する際には、レイアウトを保存しておくと便利です。 ①前項のレイアウトを保存します。レイアウトには、解析時に設定したすべてのパラメータが保存され ます。メニューの File＞Layout＞Save As…を選択します。 ②名前を付けて保存します。デフォルトでは Xcalibur/Method の下にレイアウトファイル（*.lyt）が保存されます。 メニューの File＞Layout＞Save As Default を選択すると、現在のレイアウトをデフォルトにするこ とができます。ただし、フィルタやバックグランド処理などの情報もレイアウトに保存されますので、複雑なレイアウトファイルをデフォルトに設定すると、Qual Browser が起動しなくなることがあります。 ①メニューの File/Layout/Save As… を選択します ②名前をつけて保存します。

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Qual Browser Manual - 15 - レイアウトの呼び出し ① レイアウトを読み込む場合には、メニューバーの Layout＞Apply…を選択します。 ② 表⽰されたダイアログボックスからレイアウトを選択します。 2 個⽬以降のデータにレイアウトを使⽤する場合には、File＞Open…で表⽰されるダイアログ ボックスを下図のように Current Layout に設定しておきます。 ①メニューの File/Layout/Apply… を選択します ②レイアウトファイルを選択し OPEN ボタンを押します。

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プリントアウト

プリントアウトする

① File メニューの Print…または Print Preview を押します。解析しているウィンドウのレイアウトを どのように印刷するかを選択します。設定をしたら OK ボタンを押します。 ② Print ダイアログが表⽰されますので、現在解析しているデータをどのようにプリントするかを設定します。OK を押すと Preview の場合はプレビューを表⽰します。 ①メニューの File/Print…または File/Print Preview を選択します現在表⽰されているすべてのセルをプリント選択しているセルのみプリント 1 ページにプリント各セル毎に 1 ページずつプリント プレビュー

②All Cells in the selected window /One Page を選択すると

Qual Browser で解析しているウインドウのレイアウトと同じ状態でプリントできます。

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Qual Browser Manual - 17 - ③ Print の場合は御使⽤のプリンターの設定画⾯が表⽰されます。OK ボタンで印刷します。ツールバーのボタンを押すと、最後に⾏った設定でプリントアウトされます。 書式を設定する 書式の設定は File＞Page Setup…で⾏います。 紙のサイズ、印刷の⽅向（縦書き/横書き）や余⽩の調整が出来ます。 ③OK で印刷します。 Paper ⽤紙サイズ、給紙⽅法を変更します Orientation 印刷の向きを設定します。 Portrait:縦書き Landscape:横書き Margins (inches) 余⽩サイズを設定（インチサイズで指定）します。

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他のソフトウェアへのグラフィックスの転送

Xcalibur ではクロマトグラム、スペクトルなどをグラフィックスとして、他のソフトウエアに転送することができます。⼀般に、Microsoft Office Word や Power Point などに転送できます。

クロマトグラムやスペクトルを転送する

① メニューバーの Edit をプルダウンし、Copy メニューを選択します。

Copy には Copy Cell、Copy View、Copy Special…の 3 個のメニューがあります。

Cell 現在アクティブなセルをコピーします。

View 表⽰されているすべてのセル（Grid 単位）でコピーします

Special… 上記 2 個のオプションおよびグラフィックスのサイズを指定できます。

② Microsoft Office Word や Power Point を起動し、新規画⾯もしくは所定のファイルを開きます。

③ 各アプリケーションのメニューバーの Edit/Paste を選択します。 ④ PowerPoint の場合、グラフィックスを分解し加⼯することができます。転送後、グラフィックス全体を選択し、その上で右ボタンを押してメニューを表⽰し、Group/Ungroup をするとグラフィックスの各部分がオブジェクトとして選択できます。この状態で、フォント、線の太さ、⾊などが変更できます。ワードにコピー＆ペーストした例 Power Point にコピーし加⼯した例 RT:0.00 - 27.26 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 Time (min) 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Re lat iv e A bunda nc e 14.47 3.28 12.21 10.01 9.81 15.14 8.61 17.34 18.53 22.07 6.08 0.821.28 8.08 24.4026.79 NL: 8.03E7 TIC MS 5pro_mix_ 04 0 10 20 Time (min) Re la tiv e A b u nda n c e 14.47 3.28 12.21 10.01 9.81 8.61 TIC MS

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シークエンスファイルの開き⽅

シークエンスファイルを開く

ツールバーの ボタンまたはメニューの File＞Open Sequence…を選択します。Open Sequence 画 ⾯が開きますので、シークエンスファイル名（*.sld）を選択し、を押します。

リザルトファイルを開く

ツールバーの ボタンまたはメニューの File＞Open Result File…を選択します。Open Result File 画⾯が開きますので、リザルトファイル名（*.rst）を選択し、を押します。

Qual Browser で開くことのできるリザルトファイルは Processing Setup で Qual のバッチ処理条件を設定し解析したものに限ります。 Info Bar にシークエンスに含まれるファイルを表⽰します。解析したいファイルを、ダブルクリックすると、Replace Window、Current Layout のオプションでファイルを開きます。 Info Bar にインテグレーションされたピークの情報を表⽰します。

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Qual Browser Manual - 20 - データのインフォメーションを表⽰する

メニューの View の項⽬では、クロマトグラムやスペクトル以外のデータファイル（*.raw）に含まれる情 報を Scan Header、Scan Filters、Report に表⽰させることが出来ます。

① 表⽰させたいセルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ② セル上で右クリックします。表⽰されるメニューから Views/Report を選択します。

Report には Tune Method、Instrument Method、Sample Information、Status Log、 Error Log の 5 種類あります。

 _{Tune Method} _{TUNE File 名が記録されています。}

 _{Instrument Method} _{データ測定時に使⽤した Instrument Method の内容が簡単な}

形式で記録されます。

 _{Sample Information} _{Sequence Setup で⼊⼒した記述を表⽰します。}

（Sample Name、Type、Injection Volume など）

 _{Status Log} _{イオンソース、バキューム関係など測定時の質量分析計の} 状態を記録しています。  _{Error Log} _{測定中に発⽣したエラーを記録しています。} ①Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②右クリックして表⽰されるメニューから、 Views/Report/…を選択する。

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第２章スペクトルの解析

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スペクトルの表⽰

任意のスキャンナンバーのスペクトルを表⽰する ① クロマトグラムとスペクトルのセルを同時に表⽰し、スペクトルのセルの Cell pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ② この状態でクロマトグラム上の任意の場所でクリックすると、そのスキャンナンバーのスペクトルが表⽰されます。 平均したスペクトルを表⽰する 前セクションの操作で、クロマトグラム上をクリックする代わりにドラッグ&リリースで範囲を指定するとアベレージ処理になります。 ①スペクトルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②クロマト上をクリックする ③スペクトルのヘッダーに情報を表⽰します。ファイル名＃スキャンナンバー RT：リテンションタイム ②クロマト上の範囲をドラッグ＆リリースする ③スペクトルのヘッダーに情報を表⽰します。ファイル名＃スキャン範囲 RT：リテンションタイム AV:何スキャン分を平均したか NL:⼀番⾼いピークの強度 T:スキャンフィルタ

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Qual Browser Manual - 23 - バックグランドを差し引いてスペクトルを表⽰する ① スペクトルのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② クロマトグラム上の任意の場所でクリックします。 ③ スペクトル上で右クリックをします。表⽰されるメニューから Subtract Spectra/1Range もし くは 2Range を選択します。 ④ カーソルが変化したら、クロマトグラム上から、範囲を指定します。1Range の場合には、⼀箇所、 2Ranges の場合には⼆箇所指定します。 表⽰を戻す Subtract Spectra でバックグランドを指定した場合、同じフィルタ内では新しい範囲を指定するか クリアするまで設定が残ります。クリアするには再度スペクトル画⾯内で右クリックのメニューから Subtract Spectra＞Clear を選択します。 -1 ④バックグランドを引く範囲を指定します。バックグランド情報を表⽰します SB:13 17.88-17.95,18.04-18.08 リテンションタイム 17.88-17.95min と 18.04-18.08min の 13 スキャンの積算スペクトルを差し引きします。 ③右クリックのメニュー Subtract Spectra/１Range または２Ranges を選択します。 クリアする場合は、 Subtract Spectra/Clear を選択します。 ①スペクトルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②クロマト上をクリックする -2 バックグランド由来のスペクトルバックグランド由来のスペクトル化合物由来のスペクトル化合物由来のスペクトルバックグランド由来のスペクトル

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スペクトルの⽐較

複数のスペクトルを表⽰する 1 つのクロマトグラム内の複数のピークのスペクトルを表⽰させて⽐較する場合は、次のようにセルを配置しレイアウトを作成します。 ① ボタンでセルを 1 個にします。ボタンでクロマトグラムを表⽰します。 ② ボタンを 1 回押して、縦に２分割します。 ③右側のセルをアクティブにし、ボタンを押してスペクトル画⾯に切り替えます。 ④ ボタンを３回押して、セルを８個に分割します。 ⑤左側のクロマトグラムのセルをアクティブにし、ボタンで引き伸ばします。 ⑥下記レイアウトになります。それぞれの、スペクトルの Cell Pin をアクティブにして表⽰すれば、スペクトルを⽐較することが出来ます。 ①スペクトルの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。

１

２

３

４

１のスペクトル ２のスペクトル ３のスペクトル ４のスペクトル ②クロマト上の範囲をドラッグ＆リリースする

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

MS

ｎ

スペクトルを表⽰する

MSｎスペクトルを表⽰する

① メニューバーの View から Info Bar を選択し表⽰させます。

② スペクトルのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ③ のタブを選択すると MSｎ_{のプレカーサイオン別にツリーが表⽰します。} ＜設定項⽬＞ Time Range(min):設定時間の MSｎ_{のプレカーサイオンのツリーのみ表⽰します。} Track：チェックを⼊れて、クロマト上でドラックするとその幅が⼊⼒します。 Mass range: マスレンジ幅を⼊⼒すると設定幅内の MSｎ_{のみ表⽰します。} Mass tolerance:クロマトグラムのトレランス

Normalized composite spectrum:チェックを⼊れると⼀番強度の強いピークを 100％で表⽰。

④ MS2、MS3、MS4･･･と階層に分かれています。Average spectrum を選択するとその階層のスペクトル、Composite spectrum を選択するとそのプリカーサーのすべてのスペクトルを重ねて表⽰します。 Average spectrum

MS2

386.33(81-142) Average spectrum

MS3

386.33,222.16(256-389) Average spectrum

MS4

386.33,222.16,180.00(390-430) Average spectrum

MS5

386.33,222.16,180.00,152.16(431-451)

Total composite spectrum for

386.33

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スペクトルの表⽰オプションの変更

表⽰オプションを変更する

① スペクトルのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。

② スペクトル上で右クリックをします。表⽰されるメニューから Display Options…を選択します。

③ Display Options の Labels のタブで⼩数点以下の桁数やラベルを表⽰させる閾値を設定することができます。 ②メニューの Display Options… を選択しますラベルの表⽰桁数（⼩数点以下何位まで）ラベルをつける強度（Base Peak に対するパーセンテージ）

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スペクトルの情報を転送する

スペクトルの情報（Peak List）を Excel に転送する

① スペクトルの Cell pin をクリックしてアクティブな状態にして、⽬的のスペクトルを表⽰します。

② スペクトルのセル内に複数のプロットがある場合には、プロットをクリックして選択します。

③ 必要があればスペクトルを拡⼤し、必要なスキャン範囲のみを表⽰します。右ボタンをクリックし表⽰ されたメニューから、Export＞Clipboard(Exact mass)または Clipboard(Nominal mass)を選 択します。

④ Microsoft Excel を起動し、新規画⾯を表⽰したら、メニューバーの Edit/Paste を選択します。数値データが表⽰されます。

Peak List の転送はプロット単位でしか⾏えません。

③選択したスペクトルのセルをアクティブにし Export/Clipboard(Exact mass)

または Clipboard(Nominal mass)を選択します。

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ライブラリサーチ

Qual Browser では、Library Browser で使⽤するデータベース（オプション）を使⽤して簡単なライブラリサーチをすることが出来ます。データベースを購⼊されていない場合でも、Library Browser で作成することが可能です。

ライブラリの設定をする

① メニューバーの Actions/Library/Options…⼜はスペクトル上で右クリックをします。表⽰される メニューから Library/Options…を選択します。

① Search Parameters 画⾯が開きます。Search List のタブで使⽤するデータベースを選択し、ボタンを押して追加します。

② Search Parameters のタブでサーチタイプを選択し、OK ボタンを押します。 ① スペクトル上で右クリック /Library/ Options…を選択します。 ②ライブラリを選択し、Add＞＞ボタンを押します。 Selected libraries に追加されます。複数の登録が可能です。

NIST（National Institute of Standards and

Technology）MS Library は “ mainlib ” になります。

③Search Parameters のタブでサーチタイプやオプションの設定をします。

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Qual Browser Manual - 29 - ＜Search Parameters の設定項⽬＞ Search type Identity/Normal： デフォルト Identity/Quick： ライブラリ内にサーチしたい化合物がある場合使⽤します Identity/Penalize rare compounds： NIST のデータベース（MAINLIB）を使⽤する場合、 Similarity/Simple： 単純に似たパターンのスペクトルを持つ化合物をサーチします。

Similarity/Hybrid： Simple と Neutral Loss の両⽅をサーチします。

Similarity/Neutral Loss： 分⼦イオンピークと主なフラグメントイオンの差を認識して、類似したパターンの化合物をサーチします。 Options Search with MW： 設定した分⼦量の化合物に絞ってサーチします。 Reverse search： リバースサーチのスコア順位に結果を表⽰します Mass defect

Mass defect Enable： 精密質量を測定した場合の、⼩数点以下の値の補正を⾏います。

ライブラリサーチをする

① スペクトルのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② 検索したいスペクトルを表⽰させます。

③ 右クリックしメニューから Library/Search を選択します。

③ サーチが終わると、⾃動的に Qual Browser 内に新しく Library Search Results ウィンドウが起動します。 ①スペクトル Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ③スペクトル上で右クリックのメニュー Library/Search を選択します。 ②クロマト上をクリックする

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＜Library Search Results 画⾯について＞

サーチリストの Hit をクリックするとそのスペクトルの構造式、スペクトルの⽐較が出来ます。

①ヒットリスト

Hit：順位

SI：サーチスコア、⽣データのスペクトルとライブラリのスペクトルが完全⼀致で 1000.

900 以上:excellent match, 800-900:good match, 700-800:fair match, 600 以下:poor match

RSI：リバースサーチ（ライブラリスペクトルにないピークを省く）のスコア Prob：ヒットリストされた化合物のなかで、その化合物である確率。 ①ヒットリスト ②構造式 ③スペクトルの⽐較 _{④差スペクトル} ③スペクトルの⽐較上段：⽣データのスペクトル下段：サーチ結果のスペクトル ④差スペクトル上段：⽣データのスペクトルにのみ存在するピーク下段：サーチ結果のスペクトルにのみ存在するピーク

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Library Browser でのライブラリサーチ

Library Browser は NIST のアルゴリズムを⽤いて、ライブラリサーチやライブラリの管理⾏うアプリケーションです。Qual Browser からスペクトルを転送した場合は⾃動で起動します。Xcalibur の Home Page からも起動できます。

Qual Browser から Library Browser へスペクトルを転送と検索結果

① スペクトルのセルのアクティブにし、検索したいスペクトルを表⽰します。

② 右クリックしメニューから Library/Export to Library Browser を選択します。Library Browser が⾃動的に起動します。

③ Qual Browser でスペクトルのメニューから、Export to Library Browser でスペクトルを転送すると以下のメッセージとともに Library Browser が起動します。 ①Library Browser は最後に検索したスペクトルを表⽰します。上書きする場合は Overwrite を追加する場合は Prepend を押します。 ②右クリックメニューから Library/Export to Library Browser を選択します。

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④ Library Browser が起動します。Lib. Search タブが表⽰されています。この画⾯ではサーチの結果を確認することが出来ます。 ① Spec List ライブラリ検索を⾏うスペクトルが Spec List に保存されます。 Go ボタンを押す⼜はダブルクリックすると検索を実⾏します。検索が終了すると、Browser はマッチしたすべてのライブラリエントリーをヒットリストウィンドウに表⽰します。 Spec List にリストするには 3 つの⽅法があります。  _{Qual Browser で、スペクトルをエクスポートします。}

 _{他のソースからスペクトルをインポートします。（File｜Open コマンド NIST MS MSSERCH の} （*.MSP）を使⽤してください）  _{Hit List のエントリー上をダブルクリックします。} ＊Spec List の Src.について L : Qual Browser からエクスポートされたようなテキストファイル直接得られたスペクトル E : ユーザーライブラリマネージャーで編集作成したスペクトル M : NIST/EPA/NIH メインライブラリファイル名（２⽂字） : ユーザーライブラリからのスペクトル

●Lib. Search：Qual Browser からインポートされたデータのライブラリサーチ

③ Hit List ⑤ 差スペクトル ④ ⽣データのスペクトル ⑥ ライブラリのスペクト ② ヒストグラム ① Spec List

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Qual Browser Manual - 33 - ② Hit List ヒットリストは、実⾏したライブラリ検索結果の記録です。リスト上でクリックすると、そのスペクトル、構造式とテキストインフォメーションが Plot/Text of Hit に表⽰されます。また、⽐較スペクトルのウィンドウも同時に表⽰されます。エントリー上でダブルクリックすると Spec List の 1 番にコピーされます。 ライブラリサーチ条件 をクリックします。

Spectrum Search Type

Identity/Normal：デフォルト

Identity/Quick：ライブラリ内にサーチしたい化合物がある場合使⽤します

Identity/MS/MS MS/MS のスペクトルサーチ

Similarity/Simple：単純に似たパターンのスペクトルを持つ化合物をサーチします。

Similarity/Hybrid： Simple と Neutral Loss の両⽅をサーチします。

Similarity/Neutral Loss：分⼦イオンピークと主なフラグメントイオンの差を認識して、類似したパ

ターンの化合物をサーチします。

Similarity/MS/MS in EI MS/MS のスペクトルサーチ

Spectrum Search Options

Reverse search：リバースサーチのスコア順位に結果を表⽰します

Penalize rare compounds： NIST のデータベース（MAINLIB）を使⽤する場合

Presearch Default：スペクトルごとのマッチ率を計算する前にプリサーチを⾏います。 Fast：デフォルトより少ないスペクトル（3 回の平均）でプリサーチを⾏います。 Off：プリサーチを⾏わず、全データベースからサーチします。 MW：設定した分⼦量の化合物に絞ってサーチします。 Libraries：使⽤するデータベースタブを選択し、Add ボタンを押して追加します。

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Qual Browser Manual - 34 - Library Search Options

メニューバー/ Library Search Options を選択します

Libraries：検索に使⽤するライブラリの設定や検索するライブラリの順番を設定します。 Automation：⾃動でライブラリ検索を⾏うかどうか。Automatic Search に✔を⼊れます。 Limits Off/On：m/z やピーク強度に制限をする時に使⽤します。

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第３章クロマトグラムの解析

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クロマトグラムの表⽰

マスクロマトグラムを表⽰する ① セルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② ボタンでクロマトグラムを表⽰します。 ③ クロマトグラム内で右クリックしメニューから Ranges…を選択します。 ④ 操作するプロットを選択します。デフォルトでは TIC のプロットが 1 段⽬に表⽰されています。チェックを⼊れるとプロットを増やすことができます。1 つのセルに表⽰できるプロットは８段までです。 ②クロマトの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ③右クリックメニューの Ranges…を選択します ④操作するプロットを選択します。チェックすると最⼤８プロットまで表⽰できます。 ⑤選択したプロットごとに Plot properties で表⽰させるプロットの設定を⾏います。

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Qual Browser Manual - 37 - ＜Plot properties の設定項⽬＞ Raw file:ブラウスボタンでファイルを選択できます。プロット毎に違うデータファイルを表⽰させる ことができます。 Scan filter:測定条件によって作成されるフィルタを選択し、その条件でトレースすることができま す。（オートフィルタ、マニュアルフィルタの項⽬を参照）

Plot type: TIC、BasePeak、MassRange、Neutral Fragment から選択します。

Range(s)/Mass: m/z の範囲と値を指定します。

Detector: MS（質量分析計）以外に PDA や Analog など検出器のデバイスも選択できます。 Peak algorithm：ピークのインテグレーションのアルゴリズムを選択します。

Delay（min）:プロットを⽐較する場合のタイムラグを修正できます。 Fix scale to:縦軸を固定する場合の強度を⼊⼒します。

Base Peak：（スペクトルの中 で⼀番強度の⾼いピークをトレース） TIC：（デフォルトのプロット、 スペクトルの強度の総和をトレース） Mass Range：（Range に⼊⼒ した範囲でトレース） Neutral Fragment：（Mass に⼊⼒した値をニュートラルロスしたフラグメントイオンをトレース）

(39)

Qual Browser Manual - 38 - ⑤ Plot type を Mass Range にし、Range(s)に値を⼊⼒します。

⑥ OK を押すとプロットを表⽰します。 ①操作するプロットを選択します。 ②Plot type を変更します。 Range(s)に値を⼊⼒します。カンマ区切りで⾜し合わせて表⽰させることもできます。 ③設定したら、OK を押します。

(40)

Qual Browser Manual - 39 - 縦軸のスケールを固定する 通常、クロマトグラムは、各プロット（各クロマトグラム）毎に最も⾼い強度を 100％とした相対強度で表⽰されています。 ① クロマトグラム上で右クリックして Ranges…メニューを表⽰します。 ② 表⽰されたダイアログボックスの Fixed Scale をチェックします。 ③ スケールを変更したいクロマトグラムをクリックして選択し、スケールを⼊⼒します。 ⑤ _{各プロットについて繰り返しスケールを⼊⼒します。} ⑥ ⑤ OK ボタンでプロットを表⽰します。相対表⽰固定スケール複数のクロマトグラムが表⽰されている場合、通常の相対強度の表⽰と縦軸のスケールを指定する表⽰を併⽤することはできません ②Fixed Scale をチェックします。 ③プロットを選択します。選択したプロットに対してスケールを⼊⼒します。 （例．５E6 で 5000000 に セットされます） 6.77×10５ 2.37×106 2.50×106 2.50×106 （例．2.5E6 をセットした場合）

(41)

スキャンフィルタ

Scan Filter の表⽰ 測定条件によって Scan Filter が作成されます。この条件でトレースすることができます。 Scan Filter は使⽤装置、測定メソッドによって表⽰が異なります。 オートフィルタ ① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② 右クリックしメニューから AutoFilter を選択します。 ③ 1 段⽬のプロットに TIC、2 段⽬以降にフィルタを表⽰順に最⼤ 8 段まで表⽰します。アナライザー（ITMS/FTMS）極性（＋:POS/－:NEG）データ形式（c:セントロイド/ p:プロファイル） MSMS のスキャン範囲解裂⽅法（CID/HCD/PQD/ETD）およびエネルギープリカーサーイオンスキャンのタイプ（Full/SIM/ SRM など）ｄ：データディペンデントスキャン ①クロマトの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②右クリックメニューの AutoFilter を選択します。 TIC

(42)

マニュアルフィルタ

オートフィルタでは 7 つ⽬のフィルタまでしか表⽰できません。Data Dependent Scan で測定したデータではプリカーサーイオンごとに多数のフィルタが作成されます。そのような場合はマニュアルフィルタで表⽰します。 ① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② 右クリックしメニューから Ranges…を選択します。 ③ 表⽰させたいプロットにチェックをいれ、Scan Filter を選択します。 ＜Full Scan だけを表⽰させる＞ ＜MS2（MSMS）のスキャンだけを表⽰させる＞ 任意の ms2 のフィルタを表⽰しプリカーサー以下を Delete キーで消去します。 ④ OK ボタンで表⽰します。 ③プロットを選択します。選択したプロットに対して Scan Filter を設定します。 TIC Full Scan MS2 Scan

(43)

スムージングをかける

スムージングをかける ① クロマトグラムの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② 右クリックしメニューから Ranges…を選択します。 ③ Automatic Processing のタブをクリックします。

④ Smoothing の項⽬の Enable をチェックし、Type（スムージングのアルゴリズム Boxcar か Gaussian）を選択し、Point に３〜15 のうち奇数数字を⼊⼒します。⼊⼒する数値が⼤きいほど、滑らかなクロマトグラムになります。チェックをはずすまで、セル内のすべてのプロットにスムージングがかかります。スムージングなし３ポイント７ポイント 11 ポイント ③Automatic Processing のタブをクリックします。スムージング処理を⾏った場合表⽰します。 SM:7G 数字はポイント数、G：Gaussian/B：Boxcar SM:3G SM:7G SM:11G

(44)

クロマトグラムの表⽰オプションの変更

表⽰オプションを変更する ① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② クロマトグラム上で右クリックをします。表⽰されるメニューから Display Options…を選択します。

③ Display Options の Style のタブでクロマトグラムの表⽰⽅法を設定することができます。

②メニューの

Display Options… を選択します

Plotting は通常 Point To Point で描きますが、Stick に

変更すると、1 つのピークの Scan の数を確認することが出来ます。

Point To Point Stick

Arrangement はクロマトグラムを重ね合わせて表⽰させることが出来ます。 3D を選択し Elevation で重なりを、Screw で視点の⾓度を変えて表⽰させることが出来ます。 Stack(2D) Overlay(3D) Elevation:0 Screw:０ Overlay(3D) Elevation:8 Screw:30

(45)

④ Display Options の Labels のタブで⼩数点以下の桁数やラベルを表⽰させる閾値を設定することができます。

Area、Height、SN の計算

オートインテグレーション

① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。

② ツールバーのボタンでインテグレーションされた部分の⾊が変化し、ピークトップ上に Area、Height などが表⽰されます。表⽰されない場合は、Display Options の Labels を確認下さい。

④デフォルトの表⽰は Retention time のみです。ピークの⾯積値や SN はインテグレー ションしてもLabelsの項⽬にチェックが⼊ っていないと表⽰しません。 表⽰させる場合は、Area、Height にチェ ックを⼊れます。

Toggle Detection in This Plot

現在選択されているアクティブプロットのピークのみ対象とします。

Toggle Detection in All Plot

アクティブなセル内に表⽰されているすべてのプロットを対象とします。 ②インテグレーションするセルもしくはプロットをアクティブにし、ボタンを押します。

(46)

オートインテグレーションのパラメータの確認とアルゴリズムの変更

オートインテグレーションのパラメータは左側の Info Page に表⽰されています。アルゴリズムは Genesis、ICIS、Avalon の３種類あり、Action メニューまたはクロマトグラムのセル内で右クリック Peak Detection/Set Peak Detection Algorithm and Detect in all Plots(this Plot) でアルゴリズムを設定でき

ます。デフォルトのアルゴリズムは Xcalibur の Configration で設定変更できます。 Area を消去する オートインテグレーションした場合は、ツールバーのボタンが押された状態になっています。再度ボタンを押すとオートインテグレーションは解除されます。アクティブなセルの Area 値をすべて消去選択したアクティブなプロットのみの Area 値を消去

Peak Detection/Set Peak…

でアルゴリズムを変更します。

Genesis ICIS

Avalon（主に PDA ⽤）

パラメータを変更して Apply を押します。 Apply to All Plot にチェックを⼊れるとセル内の

(47)

Qual Browser Manual - 46 - マニュアルインテグレーション ① マニュアル操作で Area を表⽰する場合には、Area を表⽰したいセルをアクティブにします。 ② 選択したセルにプロットが複数ある場合には、プロットも選択してアクティブにします。 ③ ツールバーのを押すとカーソルがに変化します。この状態で、範囲を指定します。 ④インテグレーションされた両端の□にカーソルをあわせると、+に変わります。この状態でピークの⾯積値を切り直すことが出来ます。 マニュアルインテグレーションの Area を消去する 消去したいプロットをアクティブにし、ツールバーのボタンを押して Area が表⽰されているピーク をクリックします。 ①クロマトの Cell Pin をクリックしてアクティブな状態にする。 ②プロットを選択しアクティブにする。 ③ を押してドラッグ＆リリースで範囲を指定する MA:マニュアルインテグレーションの Area 値 MH: マニュアルインテグレーションの Height ④⻘い四⾓□にカーソルを合わせ⼗字+になったら動かす。

(48)

SN を計算する

① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② Display Options の Labels の Signal to Noise にチェックを⼊れます。

③ツールバーのボタンでオートインテグレーションすると、ピークトップ上に SN が表⽰されます。

②Display Options>Labels の Signal to Noise 項⽬にチェックを⼊れます。

SN:SN ⽐の値

ノイズ計算のアルゴリズム、ノイズ範囲のパラメータの設定＜ICIS>

Noise Method: INCOS Noise（デフォルト）または Relative Noise を選択 RMS：RMS で計算する場合はチェックを⼊れます

＜Genesis＞

Report Noise As:RMS または Peak to Peak を選択

＊RMS=Root Mean Square【⼆乗平均平⽅根：平均値からの変動の 2 乗の和をｎ－1（ｎは観測回数）で割ったものの平⽅根。】

(49)

Qual Browser Manual - 48 - ノイズの範囲をマニュアル指定する ① クロマトグラムのセルの Cell Pin をクリックし、アクティブな状態にします。 ② ツールバーのボタンを押し、ノイズの範囲をドラッグして指定します。指定した範囲が⾚く表⽰されます。プロット単位で指定がかかりますので、すべてのプロットに適⽤する場合は、パラメータの表⽰画⾯で、Apply to All Plots を選択し Apply ボタンを押してください。

ノイズの範囲の指定を解除する ボタンを押し、指定された範囲の⼀部分をドラッグすると範囲の指定が解除されます。 SN:SN ⽐の値 RMS：RMS にチェックを⼊れ た場合や、ノイズ範囲を指定した場合は SN ⽐の値の後にRMS と記載 ②ドラッグして範囲を指定。

Manual Noise Region にチェックが⼊り

RT Range に指定した範囲のリテンションタイムが⼊⼒されます。リテンションタイムに数字を⼊⼒して範囲を指定することもできます。

(50)

オートインテグレーションのパラメータについて

Genesis と ICIS の違い ピークの検出とインテグレーションの⽅法が違います。クロマト内に⾼さの違うピークが混在する場合や低濃度域のピークは Genesis では検出しづらいときがあります。また、下に⽳を掘るようなインテグレーション（下左図）をする場合があります。 ICIS アルゴリズムについて ピークの判定と Area のインテグレーションは、ピークスタート、ピークエンド、ベースライン（ノイズレベル）で決まります。これらを決定しているパラメータは以下の通りになります。

Peak parameters Advanced

ピーク判定 ③ Peak Noise Factor ⑦ Minimum Peak width

ピークエッジ ① Baseline windows

② Area Noise Factor

ノイズレベル ② Area Noise Factor ⑥ Noise Method

⑨ Area tail extension

上記の基本的なパラメータのほかに、ピークの形状によっていくつかのパラメータを使い分けます。

ピークの形状 Peak parameters Advanced

未分離のピーク ③ Peak Noise Factor

⑧ Multiplet Resolution ⑨ Area Scan window テーリングしている

ピーク

④Constrain Peak Width /Tailing Factor ⑤Constrain Peak Width /Peak Ht (%)

⑩ Area Scan window

Genesis _ICIS 下限のラインはあまりパラメータの影響を受けない下限のラインはパラメータによって変化するピークスタートとエンドがパラメータによって変化していく

(51)

Qual Browser Manual - 50 - ＜ICIS アルゴリズムのパラメータ＞

Peak parameters

①Baseline windows： 設定したスキャン数の中で⼀番低いポイントをピークエッジ（ピークスタート、ピークエンド）にします。

②Area noise factor： ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。

③Peak noise factor： 設定した S/N 値以上のピークを計算します。

④Constrain Peak Width /Peak Ht(%)：

ピークエンドを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％）の⾼さをピークエンドにします。

⑤Constrain Peak Width /Tailing Factor： ピークスタートからピークトップまでの幅を 1 としてこの数値でピークエンドまでの幅を決定します。 ②Area noise Factor ①Base Line Window ④Peak Ht ⑤Tailing Factor

(52)

Advanced

⑥Noise Method： ノイズの計算⽅法、INCOS Noise, Repetitive Noise のどちらかを選択します。マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。

⑦Min peak width： ピークとして検出する最低幅（スキャン数）

⑧Multiplet resolution： 未分離のピークを分けるパラメータ。未分離ピークまでの幅がこの数値より⼤きければ別ピークとしてインテグレーションします。（スキャン数）

⑨Area tail extension： インテグレーションの底部分の⾼さを設定するパラメータ。ピークエンドから⼊⼒したスキャン数の⾼さを平均します。その平均値が底部になります

⑩Area scan window： ピークをインテグレーションする幅（スキャン幅）を強制的に決定します。

⑦Min peak width=3

⑧Multiplet resolution

⑨Area tail extension Scan 数

(53)

Qual Browser Manual - 52 - Genesis アルゴリズムについて

Genesis の基本パラメータです。

Peak parameters Advanced

ピーク判定 ① Percent of Highest Peak

② Minimum Peak Ht (S/N)

ピークエッジ ③ S/N Threshold ⑨ Peak S/N Cutoff

ノイズレベル ② Minimum Peak Ht (S/N) ⑫ Number of scans in background

上記の基本的なパラメータのほかに、ピークの形状によっていくつかのパラメータを使い分けます。

ピークの形状 Peak parameters Advanced

未分離のピーク ④Valley Detection /Expected Width ⑩Rise Percentage ⑪Valley S/N テーリングしているピーク

⑤Constrain Peak Width /Tailing Factor ⑥Constrain Peak Width /Peak Ht (%) ＜Genesis アルゴリズムのパラメータ＞ Peak parameters ①Percent of Highest Peak： 最も強度の⾼いピークに対する設定値（％）をしきい値に設定しピークを判定します。 ②Minimum Peak Ht (S/N)： ノイズレベルの乗数を⼊⼒しピークのしきい値を決定します。設定した S/N 値以上のピークを計算します。 ③S/N Threshold： S/N 値を⼊⼒しピークエッジの⾼さを決定します。 ④Valley Detection Expected Width (sec) ：

未分離ピークを分ける場合にチェックを⼊れます。設定したピーク幅（sec）を超えたところで Valley を認識します。

⑤Constrain Peak Width /Peak Ht(%)：1

ピークエッジの⾼さを決定します。ピークの⾼さに対し、この設定値（％）以下を切り落とします。

⑥Constrain Peak Width /Tailing Factor：

ピークスタートからピークトップまでの幅を 1 としてこの数値でピークエンドまでの幅を決定します。

①Percent of Highest Peak＜10 ②Minimum Peak Ht<5

①Highest Peak ＜10 ②5＜Min Peak Ht＜１０

(54)

Advanced

⑦Report Noise As： ノイズの計算⽅法、RMS、Peak to Peak のどちらかを選択します。マニュアルでノイズ範囲を指定することも出来ます。

⑧Baseline Noise Tolerance (%)：

ベースラインをノイズのどの範囲で描くかを決めます。設定範囲 0.0-100.0％:デフォルト 10

⑨Min Number of Scans in Baseline： ベースラインを計算する場合のノイズ範囲のスキャン数設定範囲 2-100.0:デフォルト 16 ⑩Baseline Noise Rejection Factor: RMS ノイズレベルに対して、ノイズの範囲に含めないピークを設定。設定範囲 0.1-10:デフォルト 2.0 ⑪Peak S/N Cutoff： ノイズレベルに対して設定した S/N 値を満たすようにベースラインを引きます。設定範囲 50.0-10000.0:デフォルト 200 ⑫Rise Percentage： ピークエッジの勾配をノイズレベルからの⽴ち上がりで計算。設定範囲 0.1-500:デフォルト 10

⑬Valley S/N： Valley Detection をする場合の、S/N 値設定範囲 1-100:デフォルト 1 ⑭Background Recomputation (min)： バックグランドを再計算させる間隔設定範囲 0.5-10.0:デフォルト 5 ⑮Number of Scans in Background： バックグランドの計算におけるスキャン数。設定範囲 2-100:デフォルト 5 ⑤Peak Ht ⑥Tailing Factor ③S/N Threshold

④Valley Detection：No Check または

Expected Width>30

④Valley Detection： Check 0.0＜Expected Width＜20

④Valley Detection： Check 20＜Expected Width＜30

(55)

クロマトグラムの情報を転送する

Retention Time/Intensity の数値データを Excel に転送する

① クロマトグラムの Cell pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ② セル内に複数のプロットがある場合には、プロットをクリックして選択します。 ③ クロマトグラムを拡⼤し、必要な時間範囲のみを表⽰します。

④ 選択したプロット上でマウスの右ボタンをクリックし表⽰されたメニューから、Export＞Clipboard

（Chromatogram）を選択します。

⑤ Microsoft Office Excel を起動し、新規画⾯を表⽰したら、メニューバーの Edit/Paste を選択します。数値データが表⽰されます。

④転送したいクロマトをアクティブにし、右クリックのメニューから Export>Clipboard(Chromatograｍ) を選択します。

(56)

Peak List を Excel に転送する

クロマトグラム上で、ピークをインテグレーションすると、各ピーク上そのピークの Area、Height、 RT などが表⽰されます。これを Peak List と呼びます。この情報をコピーすることが出来ます。オートインテグレーションでもマニュアルインテグレーションでも可能です。 ① クロマトグラムの Cell pin をクリックしてアクティブな状態にします。 ② セル内に⽬的のプロットを表⽰し、インテグレーションします。 ③ 選択したプロット上でマウスの右ボタンをクリックし表⽰されたメニューから、Export＞Clipboard （Peak List）を選択します。

④ Microsoft Office Excel を起動し、新規画⾯を表⽰したら、メニューバーの Edit/Paste を選択します。数値データが表⽰されます。コピーはプロット単位で⾏います。 ③転送したいクロマトをアクティブにし、右クリックのメニューから Export>Clipboard(Peak List)を選択します。 ②インテグレーションして、 Area,Height を計算します。

(57)

(58)

Xcalibur Configuration

Qual Browser を含む Xcalibur の設定をあらかじめ⾏うことが出来ます。

１．デスクトップ上のアイコンをダブルクリックします。Thermo Xcalibur Roadmap 画⾯が起動します。 ２．メニューバーの Tools＞Configuration を選択します。 設定画⾯が開きます。ここで設定した値がデフォルトになります。 ＜Folders＞ データ、メソッド、レポートテンプレートを開く場合のデフォルトフォルダの Path

(59)

Qual Browser Manual - 58 - Configuration 画⾯の設定について ＜Fonts＞ 表⽰フォント ＜Peak Detection＞ ピークインテグレーションをする時のアルゴリズムの デフォルトを選択できます。通常は MS Data…ICIS PDA/UV Data…Avalon Other Data Types…ICIS

＜Mass Options＞

FTMS のデータ解析をする場合に設定の変更をデフォルトにすることが出来ます。 Default mass tolerance

クロマトグラムのトレランス（50ppm でマスクロを表⽰など）を設定できます。

Default mass precision

スペクトルの m/z の⼩数点以下の桁数を指定できます。

＜Labeling and Scaling＞

Labeling options

通常 MS Data は⼀番強度の強いピークを 100％で表⽰します。

Retention time precision

クロマトグラムのリテンションタイムの⼩数点以下の桁数を指定できます。

(60)

ツールバーの編集

ウィンドウ上部にあるツールバーの内容は⾃由に編集することができます。よく使うコマンドはボタンとしてツールバーに配置させることができます。 ツールバーを編集する ① メニューバーの Views/Customize Toolbar…を選択します。 ② 表⽰されるダイアログボックスの内容は、メニューバーのメニューとそれらをプルダウンして表⽰される各コマンドに対応しています。 ③ ツールバーに追加したい操作のメニューとコマンドを調べ、該当するカテゴリーとコマンドをダイアログボックスから探します。 ①メニューバーの Views/Customize Toolbar…を選択する。各項⽬のプルダウンメニューに対応メニューバーの各項⽬に対応

(61)

Qual Browser Manual - 60 - ④ ダイアログボックス内のコマンドボタンをドラッグし、ツールバーにドロップします。この操作でボタンが追加されます。 ⑤ ボタンを削除する場合は、ツールバーのボタンをドラッグして、ダイアログボックスにドロップします。 ⑥ 設定が完了したら、ボタンを押します。 ⑦ この設定は次に Qual Browser を開いて解析する際も有効です。デフォルトの設定に戻す場合は、Customize Toolbar を表⽰しボタンを押して下さい。 ④追加 ⑤削除 ④追加したいボタンを選択し、ドラッグ＆ドロップでツールバーへ落とします。 ⑦デフォルトの設定戻す場合は Reset ボタンを押します。

Qual Browser

ベーシックトレーニングマニュアル

低分⼦定性コーストレーニングマニュアル

第１章 基本操作

Qual Browser とは

クロマトグラム

スペクトル

Qual Browser の起動⽅法

Qual Browser での操作の注意点

データファイルの開き⽅

画⾯（セル）を配置する

クロマトグラム/スペクトルの拡⼤表⽰

スペクトルを表⽰する

レイアウトを作成する

１

２

３

４

レイアウトの保存と呼び出し

プリントアウト

他のソフトウェアへのグラフィックスの転送

シークエンスファイルの開き⽅

第２章 スペクトルの解析

スペクトルの表⽰

スペクトルの⽐較

１

２

３

４

MS

スペクトルを表⽰する

MS2

MS3

MS4

MS5

386.33

スペクトルの表⽰オプションの変更

スペクトルの情報を転送する

ライブラリサーチ

Library Browser でのライブラリサーチ

第３章 クロマトグラムの解析

クロマトグラムの表⽰

スキャンフィルタ

スムージングをかける

クロマトグラムの表⽰オプションの変更

Area、Height、SN の計算

オートインテグレーションのパラメータについて

クロマトグラムの情報を転送する

Xcalibur Configuration

ツールバーの編集

第１章基本操作

第２章スペクトルの解析

第３章クロマトグラムの解析