事 業
87
事 業
事 業
88
1. 遺伝資源の増殖・保存
(1) 植物遺伝資源
区分 保存区分 保存形態
総保存点数
アクティブ 種子 栄養体 培養系等
稲類 39,464 29,186 39,463 0 1
麦類 58,367 34,692 58,309 58 0
豆類 20,650 15,558 20,650 ０ 0
いも類 5,456 2,537 429 5,027 0
雑穀・特用作物 16,910 9,834 14,406 2,503 108
牧草・飼料作物 30,937 14,937 27,997 2,999 0
果樹類 8,063 3,578 145 7,940 162
野菜類 25,633 12,478 24,492 1,141 0
花き・緑化植物類 3,840 448 98 3,743 0
茶 6,429 1,272 148 6,281 0
桑 1,380 280 0 642 1,101
熱帯・亜熱帯作物 224 16 38 186 0
その他の植物 3,043 754 1,799 1,244 11
合計 220,396 125,570 187,974 31,764 1,383
【JP 番号による遺伝資源の保存状況】
注： ･ 集計期間： 平成 24 年 12 月 1 日〜平成 25 年 11 月 30 日
･JP 番号：遺伝資源の各アクセッションに与えられた固有の ID 番号 ･ 保存番号：遺伝資源の保存を管理するために与えられた ID 番号
（ある１種類の栄養体遺伝資源が、２か所で重複保存されている場合、JP 番号は１個、保存番号は２個となる。） ･ アクティブ：配布対象としている遺伝資源
【保存番号による保存場所別保存状況】
保存場所 総数 保存形態
種子 栄養体 培養系等
センターバンク 144,937 143,740 0 1,197
中央農研 159 159 0 0
作物研 4,326 2,737 1,589 0
生物研 24,210 23,148 868 194
畜草研 3,774 3,576 198 0
果樹研 7,728 118 7,610 0
野茶研 16,651 11,126 5,525 0
花き研 2,045 1 2,044 0
北農研 8,633 5,242 3,391 0
東北農研 2,673 2,161 512 0
近中四農研 2,342 2,220 122 0
九州沖縄農研 16,261 10,698 5,563 0
JIRCAS 1,580 771 809 0
種苗管理センター 11,059 1 11,057 1
NLBC 420 0 420 0
その他 4,039 2,394 1,645 0
合計 250,837 208,092 41,353 1,392
事 業
89 (2) 微生物遺伝資源
微生物種類
H24 実績 H25 計画株数 保存
株数
新規 保存
センター 移管
保存 アクティブ率
アクティブ 非アクティブ
計
細菌 10,456 294 136 7,958 2,792 10,750 74.0%
放線菌 318 0 0 159 159 318 50.0%
動物マイコプラズマ 172 5 0 90 87 177 50.8%
ファイトプラズマ 19 0 0 0 19 19 0.0%
リケッチア 7 2 0 5 4 9 55.6%
酵母 620 4 1 219 405 624 35.1%
糸状菌 16,445 459 213 14,233 2,671 16,904 84.2%
昆虫・動物ウイルス 695 59 0 400 354 754 53.1%
植物ウイルス 307 27 0 295 39 334 88.3%
バクテリアファージ 103 3 0 106 0 106 100.0%
ウイロイド 15 0 0 15 0 15 100.0%
原虫 59 3 0 16 46 62 25.8%
線虫 150 1 0 151 0 151 100.0%
細胞融合微生物 10 0 0 5 5 10 50.0%
細胞性粘菌 5 0 0 5 0 5 100.0%
合計 29,381 857 350 23,657 6,581 30,238 78.2%
857 増
（対 H24 実績）
微生物種類
H25 実績株数 達成率
新規 保存
センター 移管
登録 抹消
保存 アクティ
ブ率
センター
移管 保存
アクティブ 非アクティブ
計
細菌 285 155 20 7,929 2,792 10,721 74.0% 114.0% 99.7%
放線菌 0 0 0 159 159 318 50.0% − 100.0%
動物マイコプラズマ 25 0 0 110 87 197 55.8% − 111.3%
ファイトプラズマ 0 0 0 0 19 19 0.0% − 100.0%
リケッチア 0 0 0 3 4 7 42.9% − 77.8%
酵母 121 4 2 334 405 739 45.2% 400.0% 118.4%
糸状菌 691 334 31 14,435 2,670 17,105 84.4% 156.8% 101.2%
昆虫・動物ウイルス 57 0 0 398 354 752 52.9% − 99.7%
植物ウイルス 5 0 1 271 40 311 87.1% − 93.1%
バクテリアファージ 3 3 2 104 0 104 100.0% − 98.1%
ウイロイド 0 0 0 15 0 15 100.0% − 100.0%
原虫 3 0 0 16 46 62 25.8% − 100.0%
線虫 1 0 1 150 0 150 100.0% − 99.3%
細胞融合微生物 0 0 0 5 5 10 50.0% − 100.0%
細胞性粘菌 0 0 0 5 0 5 100.0% − 100.0%
合計 1,191 496 57 23,934 6,581 30,515 78.4% 141.7% 100.9%
1,134 増 1,134 増
（新規保存−登録抹消） （対 H24 実績）
事 業
90
(3) 動物遺伝資源
動物種類 H24 保存実績
H25 計画点数 新規保存 保存
アクティブ率 アクティブ 非アクティブ 計
ウシ 464 1 324 141 465 69.7%
スイギュウ 1 0 1 0 1 100.0%
ウマ 27 2 29 0 29 100.0%
ヒツジ 46 2 47 1 48 97.9%
ヤギ 58 0 58 0 58 100.0%
ブタ 213 0 196 17 213 92.0%
ウサギ 110 0 110 0 110 100.0%
家禽 89 1 69 21 90 76.7%
ミツバチ 2 0 0 2 2 0.0%
カイコ 724 18 630 112 742 84.9%
昆虫培養細胞 113 0 28 85 113 24.8%
天敵昆虫 4 0 2 2 4 50.0%
天敵餌用昆虫 2 0 0 2 2 0.0%
検定用昆虫 10 0 5 5 10 50.0%
合計 1,863 24 1,499 388 1,887 79.4%
動物種類
H25 実績点数
保存 新規 達成率
保存
登録 抹消
保存 アクティブ率
アクティブ 非アクティブ 計
ウシ 1 3 322 140 462 69.7% 99.4%
スイギュウ 0 0 1 0 1 100.0% 100.0%
ウマ 7 0 34 0 34 100.0% 117.2%
ヒツジ 3 5 43 1 44 97.7% 91.7%
ヤギ 0 0 58 0 58 100.0% 100.0%
ブタ 23 0 219 17 236 92.8% 110.8%
ウサギ 0 0 110 0 110 100.0% 100.0%
家禽 1 0 69 21 90 76.7% 100.0%
ミツバチ 0 0 0 2 2 0.0% 100.0%
カイコ 18 0 631 111 742 85.0% 100.0%
昆虫培養細胞 0 0 28 85 113 24.8% 100.0%
天敵昆虫 0 0 2 2 4 50.0% 100.0%
天敵餌用昆虫 0 0 0 2 2 0.0% 100.0%
検定用昆虫 0 0 5 5 10 50.0% 100.0%
合計 53 8 1,522 386 1,908 79.8% 101.1%
45 増
（対 H24 実績）
事 業
91
(4) DNA の受入・保存 区分
アクティブレクション 非アクティブコレクション 配布用ＤＮＡ（プラスミド） 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在
H25 保存数の増減 収集 受入 移管 廃棄 H 2 5 末 現 在 受入 廃棄 H 2 5 末 現 在 増殖 配布 廃棄 H 2 5 末 現 在
cDNAクローン237,313037,13200274,4450000021621600 RFLPマーカー1,71300001,713000000000 RFLPマーカーセット*1 100001000000000 YACクローン7,60600007,606000000000 YACフィルター*2 100001000000000 PAC&BACクローン1,17602,751003,927172,80000172,80003300 クローン数 計247,808039,88300287,691172,80000172,800021921900 セット数 計200002000000000 *1 RFLPマーカーセット：192クローン／2プレート／セット *2 YACフィルター：12年度より7,606クローン／1フィルター（11年度までは6,952クローン／5フィルター／1セット）【植物（イネ等）DNAの受入・保存】 【昆虫（カイコ等）DNAの受入・保存】
区分
アクティブレクション 非アクティブコレクション 配布用ＤＮＡ（プラスミド） 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在
H25 保存数の増減 収集 受入 移管 廃棄 H25 末現在 受入 廃棄 H25 末現在 増殖 配布 廃棄 H25 末現在
cDNAクローン21,979000021,979000000000 BACクローン*1 44,160000044,160000000000 クローン数 計66,139000066,139000000000 *1 BACクローンは96穴のプレートにそれぞれクローン毎に格納されており、1,078枚のプレートから成っている。 全クローンを増殖し、適当数のクローン毎にDNAを混ぜ、スクリーニングし易い形で配布。事 業
92
【家畜（ブタおよびウシ等）DNAの受入・保存】
区分
アクティブレクション 非アクティブコレクション 配布用ＤＮＡ（プラスミド） 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在 H25 保存数の増減 前年度 末現在 H25 保存数の増減 収集 受入 移管 廃棄 H 2 5 末 現 在 受入 廃棄 H 2 5 末 現 在 増殖 配布 廃棄 H 2 5 末 現 在
cDNAクローン10,147000010,14712,8640012,86400000 コスミドクローン0000001,800001,80000000 BACクローン*1 153,4880000153,488000000000 〃（Super Pool)100001000000000 〃（4D Super Pool)100001000000000 クローン数 計163,6350000163,63514,6640014,66400000 セット数 計2 00002000000000 *1 BACクローンは96穴のプレートにそれぞれクローン毎に格納されており、1,078枚のプレートから成っている。 全クローンを増殖し、適当数のクローン毎にDNAを混ぜ、スクリーニングし易い形で配布。事 業
93 2. 遺伝資源の配布実績
(1) 植物遺伝資源 (1) 植物遺伝資源
種類 国・独法機関 都道府県 大学 民間等 外国 合計
件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数
稲類
44 893 6 102 32 811 20 94 4 7 106 1,907 (5) (30) (2) (25) (5) (38) (2) (30) (1) (3) (15) (126) ※ 1 50 2,862 5 132 27 1,222 20 97 6 175 108 4,488 ※ 2
麦類
17 2,286 0 0 11 301 4 19 2 474 34 3,080 (4) (102) 0 0 (6) (105) 0 0 (2) (474) (12) (681) 14 400 0 0 9 559 6 26 1 117 30 1,102
豆類
11 462 3 7 21 735 6 11 4 353 45 1,568 (1) (27) 0 0 (2) (85) 0 0 (1) (155) (4) (267) 22 729 0 0 21 1,467 9 26 5 312 57 2,534
いも類 5 33 2 5 2 3 1 5 0 0 10 46
1 1 0 0 1 1 1 2 0 0 3 4
雑穀・
特用作物
7 48 4 11 2 11 5 21 1 10 19 101
8 148 2 22 3 54 4 7 2 125 19 356
牧草・
飼料作物
8 52 2 3 5 90 6 9 3 9 24 163
5 93 0 0 4 15 5 27 4 221 18 356
果樹類 1 1 4 7 0 0 14 56 0 0 19 64
3 43 4 16 0 0 12 22 2 9 21 90
野菜類 15 144 8 21 6 42 15 68 8 636 52 911
4 579 4 25 5 13 16 66 2 149 31 832
花き・
緑化植物
0 0 0 0 1 1 0 0 2 11 3 12
0 0 0 0 1 2 2 3 0 0 3 5
茶 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
桑 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 2
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00
熱帯・
亜熱帯植物
0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
未定義 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 1 5
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
合計
108 3,919 30 158 81 1,995 72 288 24 1,500 315 7,860 (10) (159) (2) (25) (13) (228) (2) (30) (4) (632) (31) (1,074) 107 4,855 15 195 71 3,333 75 276 22 1,108 290 9,767
種類
国・独法機関 都道府県 大学 民間等 外国 合計
件数 セット数 件数 セット数 件数 セット数 件数 セット数 件数 セット数 件数 セット数 コアコレク
ション
11 12 1 1 16 22 0 0 2 2 30 37
15 19 2 2 28 40 1 1 1 1 47 63
※ 1 （ ）内の数字は少量配布（内数）
※ 2 下段は前年度実績
注：集計期間： 平成 25 年 4 月 1 日〜平成 26 年 3 月 31 日
事 業
94
種類 国 ･ 独法機関 都道府県 大学 民間等 外国 合計
件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数細菌 9 60 5 10 33 580 23 89 3 39 73 778
16 55 6 22 23 527 22 49 6 39 73 692 ※ 糸状菌 43 529 20 65 47 162 68 233 7 24 185 1,013
33 270 19 66 43 164 59 151 12 39 166 690
植物ウィルス 3 12 3 3 5 9 4 4 0 0 15 28
5 20 2 3 8 14 8 21 2 8 25 66
動物ウィルス 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1
原線虫 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 2 2
2 3 0 0 3 5 4 12 0 0 9 20
放線菌 0 0 1 2 2 17 3 5 0 0 6 24
1 8 0 0 3 14 0 0 0 0 4 22
酵母 1 4 0 0 0 0 0 0 1 5 2 9
0 0 0 0 1 2 0 0 1 2 2 4
バクテリオファージ 0 0 0 0 0 0 1 24 0 0 1 24
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ウイロイド 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 2
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ファイトプラズマ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
合計 56 605 30 82 89 770 99 355 11 68 285 1,880 57 356 28 92 81 726 93 233 21 88 280 1,495 ※ 下段は前年度実績
(2) 微生物遺伝資源
事 業
95 (3) 動物遺伝資源
種類
国・独法機関 都道府県 大学 民間等 外国 合計
件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数牛（凍結精液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 ※
馬（血液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
馬（生体） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
馬（凍結精液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ブタ（凍結精液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ブタ（毛根） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ブタ（生体） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ヤギ（凍結精液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ヤギ（毛根） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ウサギ（血液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ウズラ（生体） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ウズラ（種卵） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
ニワトリ（血液） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1 9
ニワトリ（種卵） 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
ニワトリ
（凍結精液）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4
天敵昆虫 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
検定用昆虫 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
昆虫培養細胞 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 1 5 0 0 0 0 1 5
蚕種 9 432 15 16 5 17 12 41 0 0 41 506
10 96 15 17 5 8 18 47 0 0 48 168
合計 9 432 15 16 5 17 12 41 0 0 41 506
14 111 15 17 6 13 19 48 0 0 54 189 ※ 下段は前年度実績
事 業
96
種類 国・独法機関 都道府県 大学 民間等 外国 合計
件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数 件数 点数
【 イ ネ 】 完全長 cDNA クローン
（チューブ）
22 44 0 0 21 84 4 5 56 207 103 340
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ※
PAC/BAC クローン
（チューブ）
0 0 0 0 3 4 0 0 3 4 6 8
1 1 0 0 2 5 0 0 7 10 10 16
cDNA クローン
（チューブ）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
RFLP マーカー
（チューブ）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
RFLP マーカー
（プレート）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
計 22 44 0 0 24 88 4 5 59 211 109 348
1 1 0 0 2 5 0 0 7 10 10 16
【 ブ タ 】
cDNA クローン
（チューブ）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
完全長 cDNA
クローン
（チューブ）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BAC クローン
（チューブ）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BAC クローン
（スーパープール）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
BAC クローン
（4D プール）
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
計 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
合計 22 44 0 0 24 88 4 5 59 211 109 348
1 1 0 0 2 5 0 0 7 10 10 16
※ 下段は前年度実績
(4) DNA 等
事 業
97 (5) 原蚕種並びに桑の接穂及び苗木配布実績
区分 国・独法機関 都道府県 大学 民間等 計
件数 蛾 件数 蛾 件数 蛾 件数 蛾 件数 蛾
原蚕種 1 190 0 0 0 0 0 0 1 190
交雑原蚕種 1 60 0 0 0 0 1 5 2 65
交雑蚕品種 5 445 1 8 1 3 1 75 8 531
蚕 計 7 695 1 8 1 3 2 80 11 786
桑 件数 本 件数 本 件数 本 件数 本 件数 本
桑 計 0 0 1 60 1 200 8 2,690 10 2,950
（注） 配布単位は蚕が蛾、桑は本
事 業
98
3. 放射線育種場における依頼照射一覧
依頼者名 作 物 名 照射形状 照射方法 一般件数 協力件数
【独法試験研究機関】
（独）生物研 イネ、ソルガム 種子 急照射 71 0
（独）生物研 イネ、オオムギ 植物体 緩照射 63 0
（独）農研機構 作物研 イネ、サツマイモ 種子 急照射 7 0
（独）農研機構 北農研 ソバ 種子 急照射 2 2
（独）農研機構 近中四農研 イネ 種子 急照射 2 0
（独）農研機構 九州沖縄農研 ソバ 種子 急照射 3 0
（独）森総研 キノコ 培養体 急照射 3 0
小 計 151 2
【公立試験研究機関】
神奈川県農業技術センター 日本ナシ 穂木 急照射 2 0
島根県農業技術センター 宿根ソバ 植物体 緩照射 1 0
島根県中山間地域研究センター スギ 穂木 急照射 6 0
岐阜県立岐阜農林高校 ミニバラ 植物体 急照射 3 0
山梨県果樹試験場 スモモ 花粉 急照射 3 0
小 計 15 0
【大学法人等】
弘前大学農学生命科学部 リンゴ 花粉 急照射 4 0
東京大学大学院農学生命科学研 究科
イネ、ソバ 種子 急照射 87 6
〃 イネ、ゴボウ 植物体 緩照射 14 0
広島大学理学研究科 キクタニキク 種子 急照射 1 5
香川大学農学部 イネ 種子 急照射 2 0
東京農業大学農学部 シュンギク 種子 急照射 2 2
小 計 110 13
【民間・個人】
個人 イネ 種子 急照射 4 0
個人 ブドウ 穂子 急照射 2 0
民間団体 カイコ 蛹 急照射 4 0
民間団体 ダイズ 種子 急照射 1 0
個人 オジギソウ 植物体 急照射 4 0
個人 多肉植物 培養体 急照射 3 0
民間団体 キノコ 培養体 急照射 15 0
民間企業 おたね人参 培養体 急照射 6 0
民間企業 シソ 種子 急照射 3 0
個人 カンキツ 穂木 急照射 1 0
小 計 43 0
合 計 319 15
事 業
99 4. オープンラボ利用実績
(1) マイクロアレイ解析室
(2) 昆虫機能解析関連
利 用 者 件 数
生 物 研 内 42
研 究 所 外 38
小 計 80
依 頼 者 名 件 数
【遺伝子クローニング】
生 物 研 内 15
研 究 所 外 18
小 計 33
【マイクロアレイ】
生 物 研 内 6
研 究 所 外 4
小 計 10
【遺伝子組換えカイコの作成】
生 物 研 内 5
研 究 所 外 16
小 計 21
合 計 144
事 業
100
5. 生物研が公開しているホームページと主な知的基盤データベース 一覧
ホームページ又は データベース名
アクセス数 (H25 年 4 月〜
H26 年 3 月 )
担当 ユニット等 データベース等の内容
【ホームページ】
農業生物資源研究所 ウェブサイト
3,616,250 広報室 農業生物資源研究所（生物研）の公式ホームページです。
内容は生物研の最新情報、研究分野ごとの研究概要、プロ ジェクト研究概要、公開データベース情報、知的所有権 情報、公募・募集のお知らせ、プレスリリース、情報公開、
生物研 Q&A、問い合わせ窓口一覧等です。
【データベース等】
< 遺伝資源 >（マーカー情報、日本植物病名データベース、及び旧・蚕昆研のコンテンツのアクセス数は、農業生物 資源ジーンバンクウェブサイト のアクセス数の内数です。）
農業生物資源ジーン バンク
（以下、3 件は内数）
6,465,649 遺伝資源センター 農業生物資源ジーンバンクの概要紹介及び、保存してい る植物、微生物、動物遺伝資源を試験研究または教育用 に利用していただくため、遺伝資源の来歴や特性を提供 するサイトです。
- アズキ・ケルアズキ の SSR マーカー情報
7,447 遺伝資源センター アズキおよびケツルアズキの連鎖地図作成に用いた SSR マーカーのリストです。
- 日本植物病名 データベース
1,144,021 遺伝資源センター 日本植物病理学会編集の日本植物病名目録を出典とした データベースです。宿主名、病名、病原からの検索を行 うことができます。
- 蚕糸関係遺伝資源 データベース
（旧蚕昆研のコンテンツ）
243,442 遺伝資源センター 蚕糸関係遺伝資源データベースは、生物研が保存している 蚕品種（在来種、突然変異種、および実用蚕品種）情報及び、
必要とする特性から蚕品種の検索を行なう品種検索シス テムが利用可能です。また、保存している桑、昆虫培養 細胞株のデータも含んでいます。
農林水産 DNA バンク 1,824,671 ゲノムリソース U 農林水産 DNA バンク（NIAS DNA Bank）は、農林水産省 のプロジェクト研究から得られたイネ、カイコ及びブタ ゲノムの情報を公開しています。また、類似性検索やキ ーワード検索システムも提供しています。
ゲノムリソースセンター
（RGRC）
127,665 ゲノムリソース U イネゲノムリソースセンターは、グリーンテクノプロジェ クトで得られた多様かつ貴重なゲノム研究材料を、国内外 の多くの研究コミュニティーに提供しているサイトです。
< ゲノム情報統合データベース >
農林水産生物ゲノム 情報統合データベース
（AgriTOGO）
156,426 ゲノムリソース U 農林水産省委託プロジェクトで作成されたイネ、家畜、
昆虫のゲノムデータベースを中心に一元管理しています。
個々のデータベースの情報が効率的に閲覧出来るように データベース間の有機的な連携・統合を図り、ユーザー の利便性の向上を図ったデータベースシステムです。
< イネゲノム >
イネアノテーション データベース （RAP-DB）
7,565,039 ゲノムインフォ U 2004 年にイネの全ゲノム塩基配列が決定された後、ア ノテーション会議を開催するなどして、専門家によって 精査された高精度の遺伝子アノテーション情報を提供し ています。NCBI、Gramene、アリゾナ大学などの外部デ ータベースや機関と連携を図り、NCBI アノテーションや OMAP の BAC 端配列のような外部データも順次取り入れ ています。
イネ統合ブラウサ
（Rice TOGO Browser)
（新規）
317,494 ゲノムリソース U 農林水産省委託プロジェクトで作成されたイネのゲノム データベースを中心に一元管理しています。個々のデー タベースの情報が効率的に閲覧出来るようにデータベー ス間の有機的な連携・統合を図り、ユーザーの利便性の 向上を図ったデータベースシステムです。
事 業
101
ホームページ又は データベース名
アクセス数
(H25 年 4 月〜
H26 年 3 月 )
担当
ユニット等 データベース等の内容
イネ遺伝子発現データベース （RiceXPro）
5,753,441 ゲノムリソース U イネの生育過程を通して様々な器官・組織のサンプリン グを実施し、マイクロアレイ解析によって遺伝子発現情 報を収集しました。RiceXPro はその遺伝子発現情報を公 開するために構築されたデータベースです。2011 年 4 月 現在、器官・組織網羅的遺伝子発現データ、及び田植え から刈取りまでの期間における定期的な葉の遺伝子発現 データを閲覧することができます。このデータベースは、
簡単な解析ツールも実装しているため、目的とする遺伝 子の発現情報に容易にアクセスすることができるように なっています。
イネ遺伝子共発現データ ベース (RiceFREND)
（新規）
369,827 ゲノムリソース U イネ共発現解データベースは、イネの発現情報を利用し て遺伝子間ネットワークを調べることが可能なデータベ ースです。データセット毎にデータの正規化を行った 後、１つに統合し共発現解析を実施して、具体的には、
Weighted PCCs を算出し、さらに Mutual Rank(MR) を算 出して共発現性を示す指標としています。得られた結果 は、HyperTree、Graphviz、CytoscapeWeb の 3 通りの形 式でグラフを閲覧できます。
圃場におけるイネ遺伝子 発現データベース (FiT-DB)（新規）
39,668 植物機能 U 圃場におけるイネ（日本晴・農林８号）の葉の遺伝子発現 データと、その変動の背景にある要因の統計モデリング 解析結果のデータベースです。それぞれの遺伝子の発現 が、気象条件（気温、日射量など）、概日時計、日齢から どのような影響を受けているかを調べることができます。
また、逆に「気温の影響を受けている遺伝子」のような、
様々な条件から遺伝子を検索することも可能です。
イネ完全長 cDNA データ ベース （KOME）
3,436,792 作物ゲノム U イネゲノムプロジェクトの一環として 2000 年 1 月か ら、2003 年 9 月末までに遂行された「イネ完全長 cDNA プロジェクト」で収集、マッピング、意味づけされた約 28,000 の完全長 cDNA クローンの情報を公開しています。
イネ遺伝子発現データベー ス （RMOS）
247,189 作物ゲノム U 約 32,000 存在するイネ遺伝子の網羅的発現解析を行うた めにマイクロアレイ法という技術が 1999 年来立ち上げら れていますが、その技術紹介と 9,000、22,000、44,000 の 遺伝子を固定したマイクロアレイデータを紹介していま す。
全塩基アノテーション ゲノムブラウザー
（WhoGA）
RAP-DB に 統合
作物ゲノム U 日本型イネ「日本晴」全塩基配列解析の配列 Build04 と様々 なイネデータを利用し、全染色体のマニュアルアノテー ションを行いました。WhoGA ではこれらアノテーション 結果を染色体の位置毎に簡単に閲覧することができます。
また確実な予測遺伝子以外にも、「full length cDNA は存 在しているが遺伝子が組めない偽遺伝子」、「既知遺伝子 と有意な相同性を示しながらも遺伝子が組めない領域」、
「一つの予測プログラムでしか支持されていない ORF」も 同時に表示するため、遺伝子単離を目指す研究者の利便 性を考慮した予測遺伝子表示を行っています。
ミュータントパネル データベース （Tos17）
619,927 ゲノムリソース U 農業生物資源研究所で作出された遺伝子破壊系統（5 万系 統）の表現型と破壊された遺伝子を整理したデータベース です。RAP-DB でアノテートされたすべてのイネの遺伝子 情報も保持しており、それぞれの遺伝子の破壊部位と対 応する系統、及びその表現型情報が閲覧できます。33,000 か所を上回る破壊部位情報が登録されており、種子が必 要な場合は、系統のリンクよりゲノムリソースセンター へ分譲依頼ができます。
シスエレメントモチー フ検索データベース
（PLACE）
147,685 ゲノムリソース U 高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領 域（シスエレメント）の塩基配列モチーフ（特定の塩基配 列パターン）を論文から収集し、解説や文献などの情報 を付加したデータベースです。キーワード検索機能、解 析ツール SignalScan による検索機能などを有します。
事 業
102
ホームページ又は データベース名
アクセス数
(H25 年 4 月〜
H26 年 3 月 )
担当
ユニット等 データベース等の内容
イネゲノムアノテーションデータベース
（RiceGAAS）
137,277 ゲノムリソース U、
ゲノムインフォ U
このシステムは、イネゲノムの自動アノテーションシス テムです。このシステムは、タンパク質をコードする遺 伝子構造の予測と解析を行う統合プログラムです。
イネプロテオーム データベース（Rice Proteome Database）
531,267 （独）農研機構 作物研
（畑作物研究領域）
イネの生育時期・器官特異的、および細胞内局在性を示 すタンパク質群に関するデータベースです。二次元電気 泳動上のタンパク質群の配列情報、分子量や等電点情報 のみならず、検索機能も有しています。
イネミトコンドリア ゲノム情報
（RMG information）
12,986 遺伝資源センター、
ゲノムリソース U
イネミトコンドリアゲノムの情報を公開しているページ です。生物研と東京大学は 2002 年にイネのミトコンドリ アゲノム全構造を決定し、その詳細と特徴について解説 しています。単子葉植物で初めて、農作物で初めての例 であり、イネの研究に加え、コムギ、トウモロコシなど の研究にも役立っています。
アフリカイネアノテーシ ョンデータベース
（AfRicA DB）
5,761 ゲノムインフォ U アフリカイネは乾燥、病気、害虫への抵抗性が強く、そ のゲノム情報はアフリカ栽培イネとアジア栽培イネの両 方の改良に貢献することが期待されます。本データベー スではアフリカイネとアジアイネを塩基配列レベルで詳 細に比較表示し、分子マーカーの情報を提供し、さらに は BLAST による配列検索も可能にしています。
イネタンパク質構造 データベース
42,987 ゲノムリソース U イネタンパク質構造データベースは、イネ､ ソルガム、ト ウモロコシ、大麦、小麦、シロイヌナズナ、大豆のタン パク質 357 種の構造のデータベースです。また、イネの ゲノムにコードされる全タンパク質の配列データを解析 した結果をまとめた GTOP データベースも含みます。
植物のゲノム断片配列ア ノテーションパイプライ ン (Flowering Plant Gene Picker)（新規）
24,300 ゲノムインフォ U 植 物 の ゲ ノ ム 断 片 配 列 ア ノ テ ー シ ョ ン パ イ プ ラ イ ン (FPGP) は植物のゲノム断片配列を自動アノテーション
（注釈づけ）するために開発されたウェブサービスです。
1Mbp 以下のゲノム配列に対して、完全長 cDNA による遺 伝子構造予測とたんぱく質データベースを利用したアミ ノ酸配列の予測を行います。異種のデータに基づく遺伝 子構造予測を基盤としていることから、転写産物情報が 乏しい生物種のゲノム断片配列アノテーションに向いて おります。
< 昆虫ゲノム >
カイコゲノム情報 データベース
（KAIKObase）
8,961,010 昆虫ゲノム U カイコゲノム情報データは、2009 年 2 月に日本と中国、
双方で解読したデータを東京大学のコンピュータープロ グラムでつなぎ合わせて、ほぼ完全な塩基配列情報とした ものです。KAIKObase は統合化されたゲノムブラウザで、
4 つの地図ブラウザと 1 つの遺伝子ビューアから構成され ています。
カイコ cDNA（EST）
情報
（KAIKOcDNA）
アクセス数は
（KAIKObase）
に含む
昆虫ゲノム U この情報はカイコの様々な組織や異なる発生段階の組織 から作成された 100 種類の cDNA ライブラリー（公的デ ータベース登録機関からのデータ 29 ライブラリを含む）
から得られた 50 万個以上の EST を収集・分類し、自動ア ノーテーションがつけたものです。このデータベース内 で、キーワード検索、クローン名検索、BLAST によるホ モロジー検索が行えるようになっています。
カイコプロテオーム データベース
（KAIKO2DDB）
38,078 生体分子 U カイコプロテオームデータベースはカイコの各遺伝子が いつどこで発現しているか、時系列的・網羅的に調べた ものです。このデータベースは 8 つの主要組織で発現し ているタンパク質を同定するばかりでなく、時系列的に 成虫までの 22 日間に渡って調査をしています。本データ ベースはカイコゲノム情報その他と直接リンクできるよ うに設計しています。
カイコゲノムデータ BLAST 検索
（KAIKOBLAST）
100,973 昆虫ゲノム U WGS（Whole Genome Shotgun）法によるカイコゲノム シーケンスデータ、日本、中国で公開されている EST 情報、
カイコ末端シーケンス情報に対して BLAST によるホモロ ジー検索が行えます。
事 業
103
ホームページ又は データベース名
アクセス数
(H25 年 4 月〜
H26 年 3 月 )
担当
ユニット等 データベース等の内容
カイコゲノムアノテーションデータベース
（KAIKOGAAS）
1,986,570 昆虫ゲノム U KAIKOGAAS はカイコゲノム解析用に設定された自動アノ ーテーションシステムです。このシステムは遺伝子予測 とタンパク質コード領域の構造解析機能を持っています。
含まれるソフトウェアは、コード領域予測プログラム、ス プライスサイト予測プログラム、DNA シーケンスホモロ ジー検索プログラム、tRNA 遺伝子予測プログラム、繰り 返し配列解析プログラム、膜タンパク質分類および二次 構造予測プログラムを含んでいます。
トビイロウンカ EST 情報
（UNKA（BPH）EST)
17,182 昆虫ゲノム U イネ害虫トビイロウンカの 18 の組織・ステージ別 cDNA ライブラリーから任意のクローンの塩基配列を解読した、
5 万以上のクローンからデータを整理し、最終的に 37,122 の EST を選び出したものです。このトビイロウンカのサイ トでは EST のクローン名でデータを取り出す他に、EST に 対する BLAST 検索、geneontology による検索も可能です。
トビイロウンカマーカー データベース
1,272 昆虫ゲノム U トビイロウンカマーカーデータベースでは、トビイロウン カの連鎖地図とマーカー情報を提供しています。現在公 開している連鎖地図は、474SSR マーカー、43SNP マーカー、
及び 1STS マーカーの合計 518 マーカーより構成されてい ます。本データベースでは連鎖地図の閲覧、マーカーの 検索、詳細情報の閲覧が出来るようになっています。
コナガゲノムデータベー ス（新規）
71,842 昆虫ゲノム U コナガのゲノム情報データベースでは、ドラフトゲノム 配列、予測遺伝子配列、 発現遺伝子配列 (EST,RNA-seq)、
アノテーション情報 ( 各モデル昆虫との配列比較 結果、
Gene Ontology ID、HMMER による予測ドメイン・モチー フ結果等 ) 等を公開 しています。キーワード検索、BLASD ＢＬＡＳＴによる相同性検索、ゲノムブラウザによる 閲 覧、データのダウンロードが可能です。
< 家畜ゲノム >
ブタ cDNA（EST）情報 （PEDE）
6,604,514 家畜ゲノム U ブタ各種臓器の完全長 cDNA ライブラリー（発現してい る遺伝子を収集したもの）を構築し、それらを用いて解 読した発現遺伝子の断片 16 万個以上、また全長 cDNA 配 列 1 万個以上について、ヒト、マウス、ウシ、イヌなど 他の動物種の遺伝子との相同性検索を行うことで、遺伝 子の機能について明らかにした結果など、ブタの総合的 な発現遺伝子情報を提供するシステムです。
ブタの DNA マーカー情報 （Swine Marker Viewer）
6,044 家畜ゲノム U マイクロサテライトマーカーなどのブタゲノム上に存在 する DNA 多型マーカーについて、その PCR 増幅のための プライマーやマーカーの位置情報について提供していま す。連鎖地図、及び放射線雑種細胞パネルで作製された 地図（RH マップ）の情報にもリンクしています。
< その他 >
比較ゲノムデータベース
（SALAD）
1,103,217 植物機能 U 比較ゲノムデータベースは、主要作物であるイネ、実験植 物であるシロイヌナズナ、比較対照の紅藻の 3 種類の植物 について全ゲノム情報を整理整頓しました。そして、ユー ザーが一目で判断できるように、タンパク質の違いを色違 いでビジュアル的に簡単に分かるように表示しました。
オオムギ完全長 cDNA データベース
（BEX-DB）
457,529 作物ゲノム U 農水プロから得られた、栽培オオムギの 24,783 の完全長 cDNA の配列を、キーワード検索・個々の配列のアノテー ション等を付加して公開しています。
ダイズゲノム物理・連 鎖地図データベース (DAIZUbase）
106,839 ダイズゲノム U 国産ダイズゲノム ( 品種名 : エンレイ ) の解析のため作 製した、BAC ライブラリーの 10 万クローンの末端塩基 配列解読を行ないました。これらを米国で解読された Williams82 genome assebly 上にマッピングを行い、ダイ ズゲノムの 91% をカバーする BAC 物理地図を作製しまし た。この地図情報と、さらに DNA マーカーを連鎖地図上 に表示し、それぞれ DNA マーカー、BAC 末端塩基配列を ダウンロード可能としました。今後は他の国産品種のゲ ノム情報などを充実させ、国産品種間での SNP マーカー などをユーザーに提供します。
事 業
104
ホームページ又は データベース名
アクセス数
(H25 年 4 月〜
H26 年 3 月 )
担当
ユニット等 データベース等の内容
生体内分子の三次元構造データベース （3DMET）
114,717 生体分子 U 生体内の物質は多数のキラル中心を持つため、絶対配置 の正しい構造を集めることは重要です。これまで種々の 構コンバータにより生体内低分子物質の構造を三次元化 してきており、その結果自動的には変換不可能な構造が 多数あることが判明していました。このデータベースは マニュアル入力・修正による構造作成を行っており、自 動的に作成できなかった天然物質構造の収録を進めて公 開しています。
イネいもち病菌 EST データベース
（MgNEST-DB）
60,901 ゲノムインフォ U イネいもち病菌 cDNA クローン 18,821 を作製し、それら のクローンの両端から数百塩基の配列を決定し、読み取 った約 3 万 5 千の EST 配列情報をデータベース化しまし た。公開したデータベースには、解読した EST 配列のほか、
コンピューター解析により得られた遺伝子の構造や機能 に関する情報が格納されています。また、このデータベ ースは遺伝子の名前や機能に関連するキーワードで検索 ができ、検索結果を分かりやすく表示できるブラウザを 備えています。
イネ白葉枯病菌ゲノム データベース
（Xanthobase）
106,609 植微 U 農業生物資源研究所でゲノム解析を行ったイネの重要な 細菌病、イネ白葉枯病の病原細菌（Xanthomonas oryzae
pv. oryzae）のゲノムデータベースです。ゲノム解読菌
は、本所微生物ジーンバンク保存の MAFF311018（レー ス I）株です。ゲノムの概要、ORF、BLAST 検索、他の
Xanthomonas属細菌との比較解析等があります。
