PubMedの使い方
(地域の医療従事者の方向け)
【作成者】横浜市立大学医学情報センター 2021年1月 横浜市立大学医学情報センター1
※ この資料は、2020年12月時点の情報で作成しました。 資料内で紹介している検索画面等は、予告なく変更される場合があります。PubMedとは?
• NLM(米国国立医学図書館)内のNCBI(国立生物
科学情報センター)が作成している、MEDLINEを
中心とするデータベース。
• 世界の主要医学系雑誌に掲載された文献を検索する
ことができる。
<PubMedの構成>
PubMed
MEDLINE
出版社提供
レコード
MEDLINE
収録基準外
レコード
MEDLINE
収録前
レコード
PubMedの特徴
• インターネットが繋がればどこからでも無料で利用可能
• 詳細検索でフィールドを指定して検索
• サイドバーのフィルター機能でしぼりこみ
• 検索履歴を活用した高度な検索
• MeSH(シソーラス)に基づいたキーワードの付与
• MeSHとSubheading(副標目)をかけ合わせた
精度の高い検索
• 多彩で便利な周辺機能
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター3
検索内容に応じて
機能を使い分けましょう!
PubMedへのアクセス
GoogleやYahoo!等の検索エンジンで「PubMed」と検索。
横浜市立大学学術情報センター
ウェブページからアクセス。
https://opac.yokohama-cu.ac.jp/drupal/ 2021年1月 横浜市立大学医学情報センター4
PubMedNew PubMedトップページの見方
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター
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1 簡易検索
詳細検索 2 詳細検索
3 Single Citation Matcher 4 MeSH Databese MyNCBI (マイページ)
1 簡易検索
①検索ボックスに キーワードを入力 例)ips cell ②Searchボタンをクリック、 またはEnterキーを押す ③検索結果の一覧が 表示される iPS細胞(ips cell)に関する 論文を探したい…2 詳細検索①
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター
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①Advancedをクリック
②Advanced Search Builderが 表示される iPS細胞(ips cell)を用いた パーキンソン病(parkinson)治療の 論文を探したい
2 詳細検索②
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター8
①検索ボックスに キーワードを入力例)ips cell ②Addボタンをクリック
③クエリボックスに キーワードが反映される ④検索ボックスにキーワードを入力 例)parkinson ⑤検索演算子を 選んでクリック ⑥クエリボックスに 検索式が作成される ⑦Searchボタンをクリックすると 検索結果が表示される
2 詳細検索③
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター9
検索フィールドの選択 Search:検索結果一覧を表示 Add to history:検索履歴のみ作成 ※プルダウンリストで選択する クエリボックスが空:ADD クエリボックスにキーワード有: ANDがデフォルトで表示される メニュー表示 検索式の処理の詳細 検 索 履 歴 検索結果件数 クリックすると 検索結果を再表示 全検索履歴の 消去検索のコツ
• ダブルクォーテーション “ ” で括ると、フレーズ検索
ex. “iPS cell”、”adverse effect”・・・
※ ただし、フレーズ検索を行うとMeSHの自動付与は
行われない(=同義語をまとめて検索できない)。
• アスタリスク * をつけると、ワイルドカード検索
ex. Pharma*→Pharmacy, Pharmacology,
Pharmacist, Pharmaceutical・・・
• 著者名は「姓+名のイニシャル」で検索
※ フルネームで検索すると、
2002年以降の論文しか検索できない。
※ 著者を特定したい場合は、著者所属(
Affiliation)を含めて
検索する。
• 検索演算子「AND」「OR」「NOT」(※
大文字
で入力)
#1と#2 両方含む #1 と#2 どちらか含む #1 のうち #2は含まない3 Single Citation Matcher
(文献リストからの検索)
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター
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参考文献に記載されている、この論文を探したい…
R Teshigawara, Junkwon Cho, et al. (2017). Mechanism of Human Somatic Reprogramming to iPS Cell. Lavoratory
investigation 97(10), 1152-1157
①Single Citation Matcher
をクリック 2017 97 10 1152 ②書誌情報を入力 ※わかっている範囲でOK ③Searchボタンをクリック ※Enterキーはきかないので注意
4 MeSHの活用①
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター12
MeSHとは… 米国国立医学図書館(NLM)が作成する シソーラスの略称。 例)・cancer ・neoplasm Neoplasms ・tumor ①MeSH Databeseを クリック ①MeSHを探したいキーワードを入力 例)diabetes ③Searchボタンをクリック、 またはEnterキーを押す ④MeSHの検索結果が 表示される4 MeSHの活用② サブヘディング
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診断や治療の方法別に絞り込みが可能! ✔ ✔①
( "Diabetes Mellitus/complications"[Mesh]OR "Diabetes Mellitus/drug therapy"[Mesh] )
②
③
①絞り込みをかけるサブヘディングにチェック。
②”Add to search builder”をクリック。
→”Search builder”に検索式が入る。
③”Search PubMed”をクリック。
サブヘディングを複数選択した場合、 検索演算子は「OR」が設定されます。 Search Builderは手入力もできるので、 必要に応じて検索演算子を変更します。4 MeSHの活用③ 階層構造(Tree)
※ 語の関係性を理解する。
表示している MeSHの関連語上位語 ←
→ 下位語
上位語・下位語とは?
基準のシソーラス(太字)より…
左が上位概念(大きな概念)
右が下位概念(小さな概念)
4 MeSHの活用④ メリット/デメリット
メリット
・MeSHに限定して検索
→検索結果の精度が上がる。
・サブヘディングを組み合わせて検索
→MeSHと組み合わせることで、よりきめ細かい検索ができる。
デメリット
・最新のレコードにはMeSHが付与されていない
→MeSHを用いた検索では、最近追加された新しい文献の情報の
検索漏れが起こる可能性がある。
・新しい概念には、対応するMeSHが存在しない場合がある
→MeSHを用いた検索では、新しい疾患や治療法などの検索が
できない可能性がある。
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター15
よりテーマに沿った 文献を探すことができる!検索結果の見方:一覧画面①
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター16
検索結果の保存(後述) 年毎の収載データ数 スニペット 抄録中から検索キーワードに関連度が 高い部分を抜き出して、表示する機能。 検索キーワードと一致する部分は、 太字で表示されている。 検索結果のしぼりこみ(後述) 検索結果の並び替え (表示件数も変更可)検索結果の見方:一覧画面②
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター17
★検索結果のしぼりこみ 例)検索結果に表示されている文献を英語で書かれているものだけにしぼりこみたい ✔ ✔ ①Additional filters をクリック ②フィルターの 項目をクリック (ここではLANGUAGE) ③表示したい条件を選択 ④Showボタンを クリック ⑤追加した条件を 選択すると しぼりこみが行われる しぼりこみを全て解除したい場合→画面左下の”Reset all filters”か、結果リスト上部 の“Clear all”をクリックする しぼりこみを部分的に解除したい場合 →解除したい条件のチェックを外す
検索結果の見方:詳細画面①
誌名(略称), 巻(号), ページ 出版年月 論文タイトル 著者 PMID DOI 著者 情報 抄録 類似文献 ↓下に続く検索結果の見方:詳細画面②
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター19
中略 被引用文献 (PubMed Central収録誌に 掲載された文献のみ) 論文の種類 付与されているMeSH 当該論文の全文掲載先等 ページ内 メニュー検索結果の保存:ファイルのダウンロード
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター20
①保存したい結果に チェックを入れる ②保存先を選択 ③保存件数を確認※プルダウンでAll results on this pageや、 All resultsに切り替えることもできる。 ④フォーマットを選択 ※表形式で保存したい場合は、 「CSV」を選択すること。 ⑤Create fileボタンをクリックすると、 選択した形式で作成されたファイルが ダウンロードされる
検索結果の保存:メールでの送付、その他
2021年1月 横浜市立大学医学情報センター21
①保存したい結果に チェックを入れる ②保存先を選択 MyNCBIへの 保存方法を選択 ③メールアドレスを入力 ④保存件数を確認※プルダウンでAll results on this pageや、All resultsに切り替える こともできる。 ⑤フォーマットを選択 ※表形式で保存したい場合は、 「CSV」を選択すること。 ⑥Send emailボタンをクリック