Windows で Virtualbox 上に Lin4Neuro を簡単にインストールする方法 09-Jan-2016 根本清貴 Acknowledgment 本スライドは包括脳 MRI チュートリアル UNIX 基礎のチューターの方々に検証をしていただきました石川和宏太田深秀岡田直大門田宏

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WindowsでVirtualbox上に

Lin4Neuroを簡単に

インストールする方法

09-Jan-2016 根本清貴

Acknowledgment

• 本スライドは、包括脳MRIチュートリアルUNIX基礎のチューターの方々に検証をしていただきました石川和宏茨城県立こころの医療センター太田深秀国立精神・神経医療研究センター神経研究所疾病研究第三部岡田直大東京大学大学院医学系研究科精神医学分野門田宏高知工科大学総合研究所後藤政実北里大学医療衛生学部松田幸久金沢医科大学総合医学研究所プロジェクト研究センター戦略的研究部森田健太郎東京大学大学院医学系研究科精神医学分野山田貴志国際電気通信基礎技術研究所山本真江里名古屋大学精神科吉田篤司北海道大学病院放射線診断科

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Windowsのバージョン

• VirtualBoxで Lin4Neuroを動作させるには、64ビットの Windowsである必要があります • コントロールパネル→ システムとセキュリティ→システムから、お使いのシステムが 64ビットであるかどうかを確認できます 3

VirtualBoxのダウンロード

VirtualBoxは仮想化ソフトウェアです

チュートリアルでは、解析ソフトがすでに

設定済みのLin4NeuroをVirtualBox上で動

作させます

 https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads

よりVirtualBoxとExtension Packをダウン

ロードします

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ふたつのファイルをダウンロードしてください 2016年01月06日時点では5.0.12ですが、さらにアップデートされていたら最新版をダウンロードしてください 5

VirtualBoxのインストール

“VirtualBox-5.xxx-Win.exe”をダブルクリックしてインストーラーを起動します

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VirtualBoxのインストール(1)

 ダブルクリックでインストールします  通常のソフトウェアと同様です 7

VirtualBoxのインストール(2)

 途中、上のようなWarningが出ますが気にする必要はありません

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VirtualBoxのインストール(3)

 上の画面が出たら、「インストール」をクリックしてください 9

VirtualBoxのインストール(4)

 この画面も同様に、「インストール」をクリックしてください  もう一度出てきますが、それも同じです

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VirtualBoxのインストール(5)

 インストール終了です  チェックをはずして”Finish”をクリックしてください 11

Extension Packのインストール

Oracle_VM_VirtualBox_ Extension_Pack-5.xxx.vbox-extpackをダブルクリックして Extension Packのインストーラーを起動してインストールします

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Extension Packのインストール

• VirtualBoxが起動し、Extension Packの

インストールのための画面があらわ

れます

• 指示に従ってインストールします

13 こうなっていれば、正しくインストールされています

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仮想マシンの準備

 皆様が最低限の作業ですむように、すでに構築されたシステムを、ひとつのファイル（仮想アプライアンス）にまとめてあります  "L4N-VM.ova"が仮想アプライアンスです  “L4N-VM.ova”を包括脳のサイトからダウンロードしてデスクトップに保存します 15

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デスクトップにある "L4N-VM.ova"を選択します

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ここまで来れば基本インストールは完了です。あとは、共有フォルダの設定とチュートリアルのデータの準備をします。 19

共有フォルダの作成

仮想マシンと共有するフォルダを作成

します。

ご自身のパソコン（Windows）の「ドキュメ

ント」のすぐ下に"cbsn"というフォルダ

を作成します

（cbsnは包括脳の略称です）

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ドキュメントのすぐ下に"cbsn"というフォルダを作成します 21

チュートリアルデータのダウンロード

 各コースのデータをウェブサイトからダウンロードし、今し方作成したcbsnディレクトリに移動します  データのファイル名は以下の通りです • UNIXの基礎と応用 – cbsn_tutorial_2015_unix1.zip – cbsn_tutorial_2015_unix2.zip • DTI解析 – cbsn_tutorial_2015_tbss.zip • Resting-state fMRI – cbsn_tutorial_2015_rsfmri.zip

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共有フォルダの設定

仮想マシンから、今設定した共有フォルダを

見ることができるように設定します

VirtualBoxマネージャーの「設定」から設定し

ます

23 L4N-VMを選んでから「設定」をクリックします

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左の「共有フォルダ−」を選択してから、右にあるアイコンをクリックします 25

 先ほど作ったフォルダを指定します

 C:¥ユーザー名¥Documents¥cbsnになるはずです

 フォルダー名は自動で決まります

 自動マウントにチェックを入れます

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これで設定は完了です。

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パスワードは brain です

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ターミナルはここから起動します練習がてら、起動してみましょう

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cd /media/sf_cbsn とタイプします 31 共有フォルダに移動しました ls とタイプするとチュートリアルのデータフォルダが見えます

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データの解凍

チュートリアルのデータを解凍します

ターミナルから、unzipコマンドを使ってデータを

解凍します以下の赤字をタイプします

UNIXの基礎と応用

– $ unzip cbsn_tutorial_2015_unix1.zip – $ unzip cbsn_tutorial_2015_unix2.zip

DTI解析

– $ unzip cbsn_tutorial_2015_tbss.zip

Resting-state fMRI

– $ unzip cbsn_tutorial_2015_rsfmri.zip 33 データを解凍します UNIX系OSの基礎と応用の受講者は、ターミナルから、 unzip cbsn_tutorial_2015_unix1.zip unzip cbsn_tutorial_2015_unix2.zip とタイプしてください TBSSとrs-fMRIも同様です

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共有フォルダはここからもアクセスできますダブルクリックしてください 35 UNIX系OSの基礎と知識：unix, fsl-first TBSS: tbss Rs-fMRI: rs-fmri というフォルダが作成されていることを確認してください（上の画面ではまだひとつしか解凍していません）

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FSLを起動してみましょう "fsl"とタイプすれば FSLが起動します 37 左下のメニューから、「脳画像解析」を選ぶと、事前に設定がすんでいるソフトウェアを起動できます

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エラーが出てしまった場合

このようなエラーが出た場合は、コンピューターのBIOSの設定を変更する必要があります。一度、コンピューターをシャットダウンしてください。 39

BIOS画面の入り方(1)

• メーカーによりBIOSの入り方は異なります

• 各PCの取り扱い説明書もしくはサポートサイ

トをご覧になっていただき、BIOSを起動してく

ださい

– （参考） • Lenovo: 電源を押したらF1 • NEC: 電源を押したらF2 • Vaio: F3もしくはF4を押しながら電源を押す

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BIOS画面の入り方(2)

– 参考：Panasonic Let’s Note Windows 8 or 8.1

• [Windows ロゴ]キー＋[C]キーを押し、[設定]－[PC設定の変更]をクリック • 【Windows 8.1の場合】 [保守と管理]－[回復]をクリック • 【Windows 8の場合】 [全般]をクリック • 「PCの起動をカスタマイズする」の[今すぐ再起動する] をクリック • [トラブルシューティング]-[詳細オプション]-[UEFIファームウェアの設定]-[再起動]をクリック。 41