分子科学部門_糖鎖化学研究室松尾一郎

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PerkinElmer Confidential

分子科学部門_糖鎖化学研究室松尾一郎

ChemDraw (ChemOffice) Professional の使い方に

関する講習会初級編

2018 年 4 月

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アジェンダ ChemDraw 編

NMRスペクトルの予測

OH O N O NN HN N

O

OH

O

O OH

OH

O + H₂SO₄

H₃BO₃

R e a c t a n t s P r o d u c t s

Formula MW Limiting?

Equivalents Sample Mass

%Weight Molarity Density Volume

Reactant Moles Reactant Mass

Formula MW

Equivalents

%Completion Expected Mass Expected Moles Measured Mass Purity

Product Mass Product Moles

%Yield C₈H₄O₃

148.12 Yes 10.00g

67.51mmol

10.00g

C₆H₆O2 110.11 No 7.43g

67.51mmol

7.43g

H₂O₄S 98.07 No 6.62g

67.51mmol

6.62g

BH₃O₃ 61.83 No 4.17g

67.51mmol

4.17g

C₁₄H₈O₄ 240.21

16.22g

67.51mmol

12.00g

87.00^% 10.44g

43.46mmol

64.37%

構造式作図のTips

物性推算

反応式作図のTipsと量論表

SciFinderへの検索

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33 PerkinElmer Confidential

ChemDraw (ChemOffice) Professional ではこのような絵が描けます

生物系の作図 BioDraw ツール TLC 作図ツール

ゲル電気泳動ツール

バイオポリマーツール

(4)

HO

H H

H

Valsartan

Cholesterol

時間をかけないで書くにはどうしたら良いか？

作図の Tips と HotKey

今日の目標： ChemDraw で化学構造式をかけるようになりましょう

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PerkinElmer Confidential

デスクトップ上のこのようなアイコンから

ChemDraw を立ち上げてください

(6)

結合を書く

立体の表記

アルキル鎖を簡単に書く

環状化合物

消しゴムツール選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

ベンゼン環

(7)

結合を書く

立体の表記

環状化合物

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力

図を回転させる

？？？？

同じ図を描く

・コピーする

・ペーストする図を選択する

ベンゼン環 Structure >> Clean up structure

(8)

結合を書く

立体の表記

環状化合物

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力図を回転させる

２重結合を書く

３重結合を書く

？？？？

ベンゼン環 Structure >> Clean up structure

(9)

結合を書く

環状化合物

ベンゼン環消しゴムツール選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと１（結合を描く）

文字入力文字入力

水素と窒素

ベンゼン環

=

立体の表記

(10)

結合を書く

立体の表記

環状化合物

ベンゼン環消しゴムツール選択ツール２選択ツール１

矢印

有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと２（反応を描く）

文字入力

Structure >> Clean up reaction

object >> align

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11

課題 10 ：生成物から反応式を書く

右の反応式を書きなさい。

＜ Tips ＞

 構造式の結合 Object>Join

 ベンゼン環の種類

Shift, Ctrl キーを使ってみる

O

shift Ctrl

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課題 5 ：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ 15 秒で作図しなさい。

(13)

13

課題 5 ：テンプレートの利用・登録

右の分子を１つ 15 秒で作図しなさい。

 登録されているテンプレートの使用

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課題 2a ： Short Cut Keys の利用

キー Fileメニューキー Viewメニュー

Ctrl+N New Document Ctrl+H Show Crosshair

Ctrl+O Open F11 Show Ruler

Ctrl+W Close

Ctrl+S Save キー Objectメニュー

Shift+Ctrl+S Save as Ctrl+G Group

Shift+Ctrl+P Page Setup Shift+Ctrl+G Ungroup

Ctrl+P Print Ctrl+J Join

Shift+Ctrl+H Flip Horizontal

キー Editメニュー Shift+Ctrl+V Flip Vertical

Ctrl+Z Undo

Shift+Ctrl+Z Redo キー Structureメニュー

Ctrl+C Copy Shift+Ctrl+K Clean Up Structure

Ctrl+V Paste Shift+Ctrl+X Clean Up Reaction

Ctrl+X Cut Shift+Ctrl+N Convert Name to Structure

Del Clear Alt+Ctrl+N Convert Structure to Name

Ctrl+A Select All

• Short Cut Keys を使用するとカーソルを動かすことなくキー

ボードからメニューの項目が選択出来ます。

(15)

15

課題 1 ：分子構造の作図

右の分子を作図しなさい。

 Undoボタン

 Windowsと同様のショートカットキー

 分子全体の選択

 原子・複数原子の選択（オブジェクト）

 Shiftキー

 分子の回転

 ある部分の色付け（ベンゼン環）

 選択したオブジェクトへの色付け

 色付き元素表示

 ファイルの保存

 ファイル名：課題1

 新しいドキュメント

View>Show Periodic Table Window

 Stereochemistryの表示

 Object > Show Stereochemistry

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課題 3 ：分子の特性・名前

分子量（特性）の算出

 View>Show Analysis Window

 構造式の変化に対応

IUPAC名の算出

 Structure>Convert Structure to Name

 多数の構造式から一括に変換するには、

ChemDraw for Excelを利用

分配係数 LogP （物性）の予測値

 View>Show Chemical Properties Window

 画面出力（Paste) 詳細出力（Report）

名前から構造式の算出

 Structure>Convert Name to Structure

 Tamiflu

 多数を一括に変換するには、ChemDraw for Excelを利用

これは実測値ではなく、予測値です

Chemical Formula: C₁₆H₂₈N₂O₄ Exact Mass: 312.20 Molecular Weight: 312.41

m/z: 312.20 (100.0%), 313.21 (17.3%), 314.21 (1.4%) Elemental Analysis: C, 61.51; H, 9.03; N, 8.97; O, 20.48

Boiling Point: 857.67 [K]

Melting Point: 580.79 [K]

Critical Temp: 918.25 [K]

Critical Pres: 16.92 [Bar]

Critical Vol: 943.5 [cm3/mol]

Gibbs Energy: -297.24 [kJ/mol]

Log P: 0.19 MR: 85.34 [cm3/mol]

Henry's Law: 13.92 Heat of Form: -846.82 [kJ/mol]

tPSA: 90.65 CLogP: 2.1318

CMR: 8.5864 ethyl (3R,4R,5S)-4-acetamido-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylate

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