journal for measurement

(1)

Journal ^作成

1. Journal ^？

Journal MetaMorph^中 ^あ ^複数 ^コマン ^組 ^合わ (^マ ) ^総称

Journal ^解析 ^撮影 ^限 MetaMorph ^内 ^{各種コマン} ^マ ^化 ^べ ^コマン

可能言ういコマン組合わ主変数(Variable) IF FOR NEXT

様論理組込可能

Journal ^作成 MetaMorph ^{各種コマン} ^理解 ^必要

2. Journal ^作成方法 ^い

Journal Journal ^ニ 2^通 ^方法 ^作成 ^可能

Start Recording ^一連 ^コマン ^操作 ^記録 ^登録 ^方法

Edit Journal Journal Editor 1^コマン ^登録 ^書 ^込 ^方法

Start Recording Journal^作成 ^簡単 ^細 ^い部 ^設定 ^向

方法慣 _MetaMorph 各種コマン理解必要細い設定可能

Journal Editor Journal^作成画面

(2)

3. Journal ^作成 Start Recording ^使 Journal^作成

Start Recording ^使 Journal^作成 ^複雑 ^細 ^い設定 Journal ^向 MetaMorph

内使用頻高いコマン簡単 _Journal化 _TaskBar 登録ニ画面選択操作さ簡便化

使用頻高利便性あ画像マッ変換 Start Recording ^使 Journal^化

例題：

16bit ^マッ ^画像 ^コマン Duplicate as Displayed ^使 24bit ^マッ

変換

16bit ^マッ 24bit ^マッ

3-1^．

本操作通常 _Edit ニ _Duplicate As Displayed ^選択 ^ン 24bit^コ

変換行い ₁ ッニ選択行う効率向可能

(3)

3-2^．

Journal ^作成 ^始

対象 _16bit画像 ₁枚用意 _Journal ニ Start Recording ^選択 ^さい

Start Recording^機能 ^実行後 ^操作 ^コマン ^記録 ^い ^選択後 MetaMorph ^ン

[Recording] ^表記さ

Edit ^ニ Duplicate As Displayed ^選択 ^さい

Journal Recording^中 Record^可能 Journal ^登録可能 ^コマン ^ン ^表示さ

画像変換行い Entire Image ^選択 ^い ^確認 OK ^ン ^押 ^さい

OK ^ン ^押 ^変換さ ^画像 ^作成さ

Duplicate ^{変換コマン} ^登録 ^完了

(4)

3-3^．

Recording ^完了 Journal ^保 3-2 ^操作 ^う Journal ^ニ

Stop Recording ^選択 ^さい

選択後 _Journal 保画面表示さ任意称 _Journal _(jnl) 保

保完了ン表示さ _Taskbar 登録う

Taskbar ^登録後 ^ン ^称 ^任意 ^変更 ^可能

Taskbar ^登録後 Taskbar ^任意 ^称 ^付

保さい _Journal 登録完了

登録後 _Journal 動作確認さい

(5)

4. Journal ^編集 Journal Editor ^使 Journal ^編集 ^作成

Edit Journal ^使 ^既 Journal ^{編集及び作成} ^い ^述べ

3^． ^作成 Duplicate Journal Journal Editor ^使 ^編集 ^う

編集内容

Duplicate as Displayed ^実行 ^前 ^コ ^元画像 ^表示比率 Zoom ^等倍 1x ^変更

コ行う編集行い

4-1^．

Journal Editor Journal ^ニ Edit Journal ^選択

4-2^．

ほ作成 _Journal 選択選択後様 Journal Editor ^起動

(6)

4-3^．

Journal Editor Journal^化 ^べ ^コマン ^組 ^合わ IF FOR NEXT^等 ^論理

条件記述 _Journal 作成編集可能

編集追記可能目大 ₃

Builtin Functions

Acquire^や Region Measurements^等 MetaMorph ^各 ^ニ ^在 ^各種機能

Journal ^追記 Recorded Journals

既作成 _Journal 別 _Journal 中組込

Actions

任意変数 _Variable For/Next If/Then/Else^等 ^{論理コマン} Prompt User ^様 ^コマン ^入力

式ンン等 _Journal 組込出来

編集中 _Journal _Editor ン右表示さ _Functions Descriptions

表示替え可能

編集中 _Journal 各コマン細表示さ Descriptions ^表示 ^良い ^う

(7)

4-4^．

Journal ^追記編集 ^行い ^う

現在 _Journal 構文い思い

1 ^行目 As Displayed ^コマン ^あ ^コ ^対象 Current At Start ^コ ^さ ^画像

New ^新規 ^ン Untitled ^いう ^称 ^作成さ ^いう意味

参考コマン編集う

1 ^{行目} 1^：New”Untitled”= ^{コマン} ^ッ ^{選択} ^後 ^部 ^あ Edit

Function Settings ^押 ^さい

様 Duplicate as Displayed ^ン ^表示さ

Source Image ^ッ ^さい

処理対象回場合画像複製元画像選択

Journal^中 ^処理対象 ^画像 ^基本的 ^全

回処理対象画像 ₁枚 Current At Start ^選択 OK ^押 ^さい

Last Result^：現在 ^コマン ^実行さ ^直前 ^処理やLoad

さ画像選択

Current At Start^：Journal^実行中 ^最初 Load^さ

Acquire ^画像 ^指定 Journal^処理中 ^ン

中画像 ₁枚い場合選択さい

Specified^：任意 ^称 ^指定 ^固定さ

い対処理行う場合使い

Select On Playback^： ^処理 ^行う際 ^処理前

ン中対象画像選択求

ッマ入当コマン実行時

Journal ^一旦停 ^当

コマンン表示側入力待機状態

(8)

続い Duplicate as Displayed ^前 ^コ ^元画像 ^表示比率 Zoom ^等倍 1x ^変更 ^必要あ

処理実行コマン追記

Set Image Zoom ^ッ As Displayed ^直 ^追記

画像表示比率_(Zoom) 変更コマン _Set Image Zoom

コマン _MetaMorph 基本機能 Builtin Functions ^中 ^在

View Alphabetical ^替え ^全機能 ^表示

中あ Set Image Zoom ^選択

(9)

Set Image Zoom ^追記 Set Image Zoom ^機能 ^ン ^表示さ

処理対象画像 ₁枚 _Image: Current At Start ^選択 Zoom: ^等倍 100

(^元画像 ^比100% ^意) ^入力 ^ン ^押 ^さい

Journal ^編集 ^終了

回 _Journal 修編集終了

作成 _Journal Journal Editor^最 ^部 ^あ ^ン ^実行

(10)

5. ^変数(Variable) ^使 Journal ^編集 ^作成

Journal ^主 ^各機能 ^組 ^合わ ^作成 Variable ^ば ^{変数コマン} ^利用

利便性機能性拡張出来

5-1^． Variable

Me M r ソ内部使わい様々設定目画像解析結果露時間画像

ROI 情報個別設定さい

例表示さい画像比率 V r e e I e. えいえば現在表示さい画像表示比率 % あば C rre V e わ

従いほ編集 _Journal い Set Image Zoom ^機能 ^使わ ^画像比率 ^変数

割当い場合様変数使画像表示比率設定可能

記様 _Journal 場合機能コマン使う方法 _Variable 使う方法結果全

Variable ^{変数コマン} ^さえ割 ^当 ^い ^ば ^細 ^いコマン ^や ^任意 ^変数 ^自由 ^作

成変数内容更新入言うッあ

(11)

5-2^．

Variable ^う ^使う ^？

MetaMorph ^い Variable MetaMorph^中 ^様々 ^機能 ^設定数 ^象 ^紐付 ^さ

簡単一例挙

記 _Journal 画像 _Region 幅 Region.Width Region ^高さ(Region Height) ^共 100 変更

記場合 _Region 絶対行い _Variable 便利画像

対 _10% … 様相対入可能

画像解像 Image.Width (^画像 ^幅) Image.Height (^画像 ^高さ) ^変数 ^在

記様

Region.Width = Image.Width * 0.1

画像解像 _10% 仮解像 _1000x1000 あば ₁₀₀₀ _10% あ ₁₀₀

Region ^幅 ^定義さ

う _Variavle 他 _Variable 入四則演算関数等組合わ使う可能

Variable ^使え ^う ^あ ^探 ^次 ^明

(12)

5-3^．

Variable ^種類 ^調べ方

変数あ _Variable 非常多数在大 ₆ い

様目あ Assign Variable ^ン ^確認 ^う

Assign Variable Journal ^ニ Variable Assign Variable ^表示

Assign Variable ^ン

(13)

Assign Variable ^ン ^本来 ^機能 MetaMorph ^有 ^い ^変数 ^任意 ^入目的い

Journal Editor Actions Assing Variable^コマン ^機能 Journal ^追記

Assign Variable ^ン Variable ^各 ^選択

記各ニ求変数確認

Custom^： ^任意 ^作成 ^変数

Image^：画像 ^関 ^解像 ^等 ^変数

Measurements^{：解析結果} Summary ^関 ^変数

Program^： ^や ^等 ^{接続制御さ} ^い

関変数

Region^：画像 ^あ Region ^関 ^変数

Objects^{：解析結果} Objects ^関 ^変数

(14)

変数変更可能物ういあ

例えば記 _Region 関変数場合

各目段あ _Attrib 変数対変更可否示い

R^： Readable

変数新い割当べ測定変数専用

解析結果や画像輝階調当

RW^： Readable / Writable

変数込異変更入

RWX^： Readable / Writable / Executable

変数変更数入結果即時変更さ

えば Active Region Region.Width ^変数 ^変更 OK ^ッ Region

え数従幅変更さ。

従い _Region 関 Region.Width(Region ^幅) Region.Height(Region ^高さ)

Region Top(Region ^最 ^部 Y ^標) Region Left Region ^端 X ^標 ^変更可能

変更処理即時画面 _Region 変化 Region Type(Region ^形状)

変更一いいう

い Assign Variable Journal ^い ^登録 ^{方法及び使い方} ^次 ^明い

Journal ^ニ Edit Journal New Journal ^新規Journal^作成画面 ^び出 ^さい

(15)

5-4^．

Journal Editor Assign to Variable ^使い方

簡単例題 _5-2 紹

画面あ _Region 大さ _100x100 変更

い思い

画像 _Load 画像 ₁ 大目 _Region 作成さい場合注意べ

Journal^中 Variable ^変更 ^付 Region Active Region ^あ ^いう

画面複数 _Region あ場合都変更処理 _Region 選択必要あ

続い Journal Editor ^あ Action Assign To Variable ^ッ ^う ^追記 ^い

行書込

(16)

追記直後う表示さ

書込直後変数指定いい Assign To Variable ^文 ^赤 ^表示さ

い

う条件指定さいい起構文場合赤文表記さ

続い _Journal 編集行いやいう Descriptions ^ッ Journal ^内容 ^細表

示替えさい

(17)

Assign To Variable

対象変数：_Variable ＝対象変数入数文列変数：Expression

う目コ目的

回 _Journal _Region 幅高さ ₁₀₀₍ ₎ いう場合

Region ^幅 ^高さ(Variable) ^＝100(Expression)

必要あ

1^行目 Region ^幅 = 100 Region ^幅 ^変数 Variable ^入力

Journal Editor ^部 ^あ Variable ^入力欄 ^右 ^あ ^ン ^押 ^さい

変数わい場合直接行記述 _OK

Assign To Variable ^ン ^{表示さ} Region ^関 ^{変数} Region ^{選択}

Region ^幅 ^意味 ^変数 Region.Width ^選択 ^ン ^び出 OK ^ン ^押

さい

(18)

う登録完了

次 _Expression 入力指定数 ₍₁₀₀₎ 入力ば_OK

Region ^幅(Region.Width) 100

続い _Region 高さ様追記 Assign To Variable ^ほ ^記述 ^行 ^直 ^追記

様作成さい

作成完了 Journal Editor ^あ ^ン ^あ File ^ニ

Save as ^任意 ^称 Journal ^保 ^さい

作成 _Journal ン押実行早実行さい

Region ^指定 ^変更さ

(19)

結果見い _Region 単純小さ場合処理後

Region ^元 Region ^位置 ^キ ^い

Region ^位置 ^標 ^ン ^標 (x y) Regon Region.Top, Region.Left ^あ

い補足記述い

補足

Region ^位置 ^標 ^い

Region Region ^標 ^位置 ^定義 ^ン

Region.Top ^ン Y ^標 Region.Left X ^標

標 ₀ 原様画像矢印示う画像方向右方向標位置

記踏え _Region 変更場合ン収縮後 _Region 移動

う

回避前 _Region 中心標あ任意変数入縮小後

Region ^位置 ^変数 ^使 ^移動 ^必要 ^あ

前 _Region 中心標● 様示さ

(Region.Left, Region.Right)

Region.Height/2

前 _Region 中心標 _{x y} 変数_{cx cy}

中心標_cx

cx=Region.Left + (Region.Width/2) 中心標_cy

cy=Region.Top + (Region.Height/2)

Region.Width/2

(20)

続いさ _Region 赤元_Region 対比様

赤い後 _Region 前位置

記様ば

う元位置標 Region.Top, Region.Left ^ほ ^変数 ^割 ^当 ^中心 ^標 cx cy ^使

い更新ば

新さ _Region 位置 _Region ン前

Region ^位置 ^位置 Region Region.Width Region.Height ^変数 ^ほ

定義中心標 _{cx cy} 使う様定義

Journal ^様

(Region.Left, Region.Right)

(cx,cy)

Region.Height/2

Region.Width/2

前 _Region 中心標 _{cx cy} さ

Region ^中心 cx cy ^位置 ^変更

Region.Left=cx - (Region.Width/2) Region.Top=cx - (Region.Height/2)

定義可能

(21)

6. ^他 ^コマン ^い 6-1.

Loop^コマン Loop Journal Loop for all Images/Plane/Regions/images in directory

本コマンあ _Journal 指定範内繰返実行コマン

Journal ^ニ Loop ^選択可能

Loop a Journal

Loop a Journal ^指定 Journal ^{指定回数繰} ^返 ^実行可能

Journal ^実行間 ^い ^任意 ^ン ^設定 ^可能

実用例 _Acquire 等撮影コマン _Journal 化繰返実行簡易的

組可能

(22)

Loop for all images

Loop for all images MetaMorph ^ン ^展開さ ^画像全 ^指定 Journal ^実行

出来

予解析い画像 _Load IMA(Integrated Morphometry Analysis)^等 ^解析機能 Journal 登録本コマン実行画面全画像一括解析言処理可能

Loop for all Planes

指定 _Journal 任意 _Stack い全ン実行

例 _Stack い _{All Plane} 解析い_IMA等機能使う全ン解

析対象実行可能

Loop for all Regions

画像作成 _Region べ指定 _Journal 実行可能

画像複数 _Region あ実行いコマン画像 _Region べ実行い場合等便利

Display Paint Region ^様 Region ^中 ^{任意} ^輝 ^ン ^塗 ^ぶ ^{可能}

Journal ^自動化 ^い場合 Paint Region Journal ^本機能 Loop ^ば全ROI ^ン ^可

能

(23)

Loop for all Images in Dirctory

指定内画像全任意 _Journal 実行可能

例えば _IMA 解析行う_Journal ₁ 作 _Journal 本機能 _Loopさ内

数百数千画像在 _Load 解析自動実行

Journal ^夫 ^画像 Load ^画像処理 ^行い ^処理後 ^画像 ^別 ^保 ^言

自動画像処理自動保可能

1^行目 As Dispayed Current at Start ^画像 ^指定 Duplicate ^行い 2^行目 ^元画像(16bit)

閉 ₃行目残処理後画像 _{Save as} 保う _Journal 想定さ思い

実際実行 _{Save as} 保確認行う自動化

MetaMorph ^い ^処理中 ^新 ^作成さ ^画像 ^自動 ^保

場合新画像自動保必要在箇所示変数

Image.FilePath ^在

Loop for all Images in Dirctory ^ン ^中 ^あ Auto

Save Modified ^ッ ^入 Journal ^普通 Save A^ｓ ^コ

マン入様 _Journal 進行保都

マニ指定い行う _Saveコマン進

(24)

行停マニ保回避自動保行う場合新作成さ画像対 Image.FileDrive

何処 (Image.FileDir)

様前 (Image.Name)

記₃ 変数組合わ Image.FilePath ^入 ^い ^ば Save as ^自動的 ^指定

対指定称保さ

例えば _Load 画像 _24bit 画像化画像 _{color_} 頭文付保

言 _Journal 様

1~3^行目：

Load^さ ^元画像 ^必要 ^変数

Image.Name^： (^任意変数 name ^入)

Image.FileDrive^： (^任意変数 drive ^入) Image.FileDir^： (^任意変数 directory ^入)

確定 4^行目：

As displayed ^コマン ^画像 24bit^化 ^行い

5^行目：

時 _MetaMorph ン _16bit 元画像 _24bit 変換さ画像 ₂ 在

必要い元画像 _Close 閉

(25)

6^行目：

対象画像 Image.File.Path ^設定 ^記 Journal

drive + directory+ “color_” + name + “.tif”

設定いコン区文文列使用さ

変数足い変数え文列繋形示う

FilePath ^形成さ

拡張子コン区保マッ任意指定

Journal ^あ ^ば 4^行目 ^処理方式 ^部 ^書 ^換え ^簡単 ^画像処理 ^自動保

Journal ^書 ^換え ^可能

Enter valiable

本コマン変数ン性持任意数変数選択肢可 _Yes/No ₂択性持

撮影露時間入力解析解析入力等幅広い用途あ

Enter valiable 6^種類 ^あ

次各種類明い

(26)

Yes/No Massage Box

変数 _ValX 対 _Yes _{or No} ₂択

い_(Y) 選択 _{ValX = “Y”}

いいえ_(N) 選択 _{ValX = “N”}

ン押様

Preview ^表示さ ^際 ^ン

位置調整実際

Journal ^実行 ^際 ^ン ^位置

設定さ

(27)

Yes/No Massage Box

変数 _ValX 対 _{Yes No} 加え _Cancel ₃択

い_(Y) 選択 _{ValX = “Y”}

いいえ_(N) 選択 _{ValX = “N”}

キン選択 _{ValX = “C”}

(28)

Number Field

指定変数任意数入可能

記様 ₁₀₀ 入力 _{ValX = 100}

目ッ入入力可能数入力幅設出来

(29)

String Field

指定変数任意文列入可能

記様 _DAPI 入力 ValX = DAPI

(30)

Radio Buttons(Single selection)

指定変数作成 ₁ 入文文列選択出来

ッ入否選択返答文形式変化

ッ入いい場合

DAPI ^選択 ValX = A GFP ^選択 ValX = B

返答さ入文番 _A _B _C …

ッ入い場合

DAPI ^選択 ValX = DAPI GFP ^選択 ValX = GFP

表記文列や数任意変数入い場合選択さい

Item List ^任意 ^作成 ^改行 ^場合 Ctrl+Enter^キ ^押 ^改行(^＝

ン追加₎ 出来

(31)

Text List(Multiple selection)

指定変数作成 ₁ 複数入文文列選択

出来

^ッ ^入 ^否 ^選択 ^返答 ^文 ^形式 ^変化

基本的前 Radio Button ^機能 Text List 1 ^変数 ^対 ^複数

選択可能

右様 ₃ 選択場合

ッ入いい場合 ValX = “ABC”

ッ入い場合 ValX = “DAPI;GFP;RFP”

(32)

Prompt User Enter Variavle ^違い

Action ^選択可能 Prompt User ^記述方式 ^異 ^基本的 Prompt User ^コ

マン

Prompt User ^相違

Enter Variable Text List(Multiple selection) Prompt user Checkboxes

Radio button^やCheckboxes

ン押表示さ

Prompt User ^異 Enter Variable

Ctrl+Enter ^改行 Ctrl+Tab ^キ ^横

方向追加可能

様 _Well 模ン

作成可能

Enter Variable ^異 ^返答さ

変数文列 _{(A B C} ₎