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つくばリポジトリ NENJI 2015 195

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(1)

Ⅷ 生命物理

教授 育照

助教 司 男

助教 栢沨愛 計算科学研究 ン

研究員 原 隆 学術振興会特別研究員

研究員 藤龍馬 外部資金雇用研究員

学生 大学院生1 後期課程 1 回生1

研究の概要

生命物理学研究 生体 要 働 し い 蛋白質 核酸 注目し

そ 原子 特異的機能 理論的 解明 目的 し い 理論解

析 大規模 子化学計算 開発 行し 行 い

1 ン 質 折 畳 ュ ョン[文献1-8]

ン 質 折 通常 分子動力学(MD) ュ ョン 追跡可能 時

間 長時間 確率過程 い 観測さ ン あ 々 (1) 構造

変化 誘起 可能性 高い初期構造 遥択 (2) 遥 対し 速

再分配し 短時間 MD 実行 過程 構造 ン ン

手法 開発し 一般的 ン 質 折 過程 問題点 う 応

標 遥ぶ ? いう あ 一般的 結晶 構造 均自乗偏差や

ン し 時 特 水 結合 ン 数 遥 し し

う 応 標 最終的 構造 分 場合 義さ ン 予測

向 い し し ン 質 折 特 応経路 う 遥択

極 困 あ そ 本手法 々 開発し OFLOOD法 行わ

ン 特性 生 し 着目し い 応 標 {

i}

違 う 応 標 え 時 数 最大

応 標 要 応 標

x 捉え 拡張し 応

標系 {

i,

x } 対し OFLOOD法 実行 図

探 領域 積 数 あ 数 増大 伴い

OFLOOD法 束 遅い 右図赤線

わ 本手法 束 極 速 右図緑線 図 探 領域 積 数

(2)

2 フラグ ント分子軌 FMOGPGPU化[文献 18]

GPU等 演算 速装置 用い 高性能科学技術計算 へ 対応 子化学計算

い 要 ッ い 々 大規模分子軌道計算 実現

向 ン 分子軌道(FMO)計算 実装 一 あ OpenFMO GPGPU

化 向 開発 行 本 果 し ン 間 静電相互作用(ESP)

計算 GPU化 あ ESP計算 う 特 近接 ン 間 静電相互作用 計算

4中心 ン 間 ン相互作用計算(4C-IFC) 構

GPU化し Fock行列計算 類似し そ 知見 大い 活用

実装し GPGPU化OpenFMO 性能評価 筑波大学 HA-PACS 用い 行 8 利用し ン ン (642原子 20 ン ) FMO-HF/6-31G(d)計算

実行し 比較 CPU 直接計算 SCF中 積分 保存し in-core手法

行 い 表 全実行時間[sec] えFMO計算 主 計算過程 あ 自

己無撞着電荷(SCC)計算 自己無撞着場 dimer SCF 計算 び遠 正殿

相互作用計算(ES dimer) 実行時間[sec] 示し CPU 直接計算 GPGPU化

性能向 (speedup) 示し い GPU化 全 計算過程 3〜4倍 高速化

計算全体 し 3.3倍 高速化 実現し い

CrambinGPGPU化さ OpenFMO 性能評価

Crambin CPU direct CPU in-core CPU+GPU direct Speedups direct

# node 8 8 8 8

SCC[sec] 629.8 632.2 207.1 3.0 dimer SCF[sec] 1266.2 857.3 345.5 3.7 ES dimer [sec] 43.3 42.5 10.5 4.1 Total [sec] 1961.1 1586.0 590.8 3.3

3 項消 過程 理論解析

励起状態 含 複数 分子 協 的 ン状態変化 複合励起過程 一 あ

項- 項消滅 TTA 過程 高 へ変換 UC

可能 そ 効率 解明 急務 あ そ 本研究

分 学的実験 び 子化学 分子動力学計算 両面 TTA 支配因子 抽出 機構 解

明 通し 用 新規物質 設計指針提案 目的 し い 本 溶液中

TTA-UC 理論解析 行

溶液中 ン ン DPA 鎖長 異 鎖架橋

ン ン Cn-sDPA; n 炭 鎖数 体 配向 分子動力学計算 解析し DPA 体 心間距 6〜8Å 発 率 最 良好 C7-sDPA 11Å

程 存在し そ 配向 様々 あ 溶液中 構造 多様性 う

(3)

縮 し そ 分布 衡 あ 考え 項 発 び単

体 項状態 供給 そ 衡 変化 子 率 理論値 限 11% 超

え 理 あ 推測さ

4 (NHase) 応機構 い 理論的研究[文献 9]

NHase 水和し 生 R-CN + H2O → R-CONH2 酵 あ

化学工業 い 等 合 用い い 要 生体触媒 一 あ

NHase 応機構 詳 関し 最近 K.H. Hopmann 行理論研究 更 Y. Yamanaka

変異体 R56K 時間分解X線結晶構造解析 環状中間体 形 さ

示唆さ し し 環状中間体形 後 応機構 関し 3 異 経路

提唱さ 明 い 々 QM/MM法 環状中間体生 以降

想 さ 複数 応機構 解析 行い 以 機構 あ 明 し (1) Tyr72

基質 Ser113 経 し ン移動 起 Cys114-SO- S-O 結合 開裂

時 Cys109 Cys114 間 S-S結合 生 (2)水分子 Cys114 硫黄原子 応

酸生 Cys114 ン ン酸 再生 起 (3)活性中心あ い

ン 質 外 酸 異性化 応機構 深 関わ 周辺

酸残基( Arg56) 役割 い 分子 明 し S-S中間体 形 い 要 役

割 果 し い 明 し

5 合 酸 発生中心 電子状態 い 理論的研究[文献 13-16]

光合成 光エネルギーを化学エネルギー 効率的 変換す システ あ 生命が作 げた洗

練さ た化学反応系 も言え 光合成反応 巨大 蛋白質複合体内 行わ 一連 化学反応:光

捕集 電子伝 ATP生成 糖生成が行わ 電子伝 を担う光化学系II 水を分解し 酸素分

子を発生す 以 反応を触媒し い

2H2O + 4 hv -> O2 + 4H+ + 4 e–

応 化学的 安 水 電子 引 抜い 酸化し い 分 う

極 しい 多 応制御 さ い 考え そ 応機

構 明 生化学的 要性 人工 合 益 設計指針 え

期待さ

々 最 初 化学 応過程 あ S2->S3 遤移 子 典混合(QM/MM)法 用い 理論

解析し 活性中心 Mn 化学 応 Y161(Yz) 関連 ン共

役電子移動 扱う Y161 含 大 QM領域 用い 応経路探 行 そ

結果 Ca 配 水(W3) Mn(III) 移動 経路(L R 応) 存在

見い し 中 L構造(L-opened structure) 経 経路(L経路) R 応経路

障壁 好 しい 明 し

2015 PSII-OEC Mn 骨格 良 再現し Mn原子 持 錯

(4)

う 酸化状態 構造変化 電荷 ン状態 い 詳し 理論解析 行 [3,5] 錯

体 多 物性 native OEC 極 良 似 い 明 し 少し違い

明 Native OEC 錯体 構造 比較 錯体 Mn3 Mn4

酸 原子(O4) 無い 理論 O4 導入 native OEC 構造 近

O4 導入 正確 錯体 要 あ 示し

6 宇 生命計算 (宇 物理分 共 研究)

宇 分 目覚 しい観測技術 向 宇 星間空間 酸 検出 近

注目さ い 石中 数種類 わ 酸 検出 電波観測 分子雲中

ン前駆体 発見 探査機Stardust ン ン 彗星中 ン 発見等

星間 酸 存在 強 示唆さ う 一方 そ 生 機構 明 点 多

観測さ い 星間分子 う し 酸 作 未 謎 多い 々

提案さ い 生 経路 基 応物 生 物 安 性 び 応 遤

移状態 関 評価 行う 最 妥当 酸生 経路 理論的 推 し

特 や ン ン い 安 性 高い中間体 経 し 水分解 応

酸生 応活性 高い 分子 用い 経路 い 第一原理計算 密

汎関数法 解析 行

そ 結果 前駆体 水分解 酸生 そ 応 障壁 60 kcal/mol

以 触媒 し 水分子 え 50 kcal/mol程 星間雲中 う

極 温 程 障壁 熱揺 越え し 輻射

う 外部 供給 応促進 必要 一方 用い ン生

機構 そ 生 経路中 応 障壁 最大 7.99 kcal/mol 最 い経路

全体 1.85 kcal/mol し 星間 比較的起 や い生 経路 あ

星間分子 し 酸生 強 関 わ 計算科学的 解

明し 本研究 星間 酸 生 機構 対 詳 応

構築 し

<学術論文 20>

1. R. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta, “TaBoo SeArch (TBSA) algorithm with a modified inverse

histogram for reproducing biologically relevant rare-events of proteins”, Journal of Chemical

Theory and Computation12, 2436–2445 (2016), DOI:10.1021/acs.jctc.6b00082.

2. R. Harada, T. Nakamura, Y. Shigeta, “Sparsity-weighted Outlier FLOODing method” Journal of

Computational Chemistry37, 724-738 (2016), DOI:10.1002/jcc.24255.

3. R. Harada, A. Kitao, “Non-targeted Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Enhancing

the Conformational Sampling of Proteins” Journal of Chemical Theory and Computation 11, 5493-5502 (2015), DOI:10.1021/acs.jctc.5b00723.

(5)

Method” Chemical Physics Letters639, 269-274 (2015), DOI: 10.1016/j.cplett.2015.09.031. 5. R. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta, “Efficient Conformational Sampling of Proteins based on a

Multi-Dimensional Inverse Histogram: an Application to Folding of Chignolin in Explicit Solvent”

Chemical Physics Letters 630, 68-75 (2015), DOI:10.1016/j.cplett.2015.04.039.

6. R. Harada, Y. Takano, T. Baba, Y. Shigeta, “Simple, yet Powerful for Conformational Sampling of

Proteins” Physical Chemistry Chemical Physics17, 6155-6173 (2015), invited as a feature article, DOI: 10.1039/C4CP05262E.

7. R. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta, “Enhanced Conformational Sampling Method for Proteins on the

TaBoo SeArch algorithm: Application to the Folding of a Mini-Protein Chignolin” Journal of

Computational Chemistry36, 763-772 (2015), DOI: 10.102/jcc.23854.

8. R. Harada, T. Nakamura, Y. Takano, Y. Shigeta, “Protein Folding Pathways Extracted by OFLOOD

Method” Journal of Computational Chemistry36, 97-102 (2015), DOI: 10.1002/jcc.23773.

9. M. Kayanuma, M. Shoji, M. Yohda, M. Odaka, Y. Shigeta, “Catalytic Mechanism of Nitrile

Hydratase Subsequent to Cyclic Intermediate Formation: A QM/MM Study”, The Journal of Physical Chemistry B123(13), 3259-3266 (2016), DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b11363.

10. M. Kayanuma, T. Stoll, C. Daniel, F. Odobel , J. Fortage , A. Deronzier, M.-N. Collomb, “A

computational mechanistic investigation of hydrogen production in water with the

[RhIII(dmbpy)

2Cl2]+/[RuII(bpy)3]2+/ascorbic acid photocatalytic system”, Physical Chemistry

Chemical Physics17, 10497-10509 (2015), DOI: 10.1039/C4CP04949G.

11. T. Stoll, C. E. Castillo, M. Kayanuma, M. Sandroni, C. Daniel, F. Odobel, J. Fortage, M.-N.

Collomb, "Photo-induced redox catalysis for proton reduction to hydrogen with homogeneous

molecular systems using rhodium-based catalysts", Coordination Chemistry Reviews 304, 20-37,

(2015), DOI:10.1016/j.ccr.2015.02.002.

12. M. Shoji, M. Kayanuma, H. Umeda, Y. Shigeta, “Performance of the divide-and-conquer approach

used as an initial guess”, Chemical Physics Letters 634, 181-187 (2015), DOI:10.1016/j.cplett.2015.06.011.

13. M. Shoji, H. Isobe, K. Yamaguchi, “QM/MM Study of the S2 to S3 Transition Reaction in the

Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II”, Chemical Physics Letters 636, 172-179 (2015),

DOI:10.1016/j.cplett.2015.07.039.

14. M. Shoji, H. Isobe, J.-R. Shen, K. Yamaguchi, “Geometric and electronic structures of the synthetic

CaMn4O4 model compound mimicking the photosynthetic oxygen-evolving complex”, Physical

Chemistry Chemical Physics18, 11330-11340 (2016), DOI: 10.1039/C5CP07226C.

15. M. Shoji, H. Isobe, T. Nakajima, K. Yamaguchi, “Full Geometry Optimizations of the CaMn4O4

Model Cluster for the Oxygen Evolving Complex of Photosystem II”, Chemical Physics Letters

(6)

16. H. Isobe, M. Shoji, J.-R. Shen, K. Yamaguchi, “Chemical Equilibrium Models for the S3 State of

the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem II”, Inorganic Chemistry 55(2), 502-511(2015),

DOI:10.1021/acs.inorgchem.5b02471.

17. K. Hanaoka, W. Tanaka, M. Kayanuma, M. Shoji, “A QM/MM study of the 5'-AMP DNA

hydrolysis of aprataxin”, Chemical Physics Letters 631-632, 16-20 (2015), DOI:10.1016/j.cplett.2015.04.053.

18. 梅 宏明 塙敏博 司 男 朴泰祐 育照 ”OpenFMO 4中心 ン相

互作用項計算 GPGPU化 試 ” Journal of Computer Chemistry Japan (invited letter) 14,

69-70(2015). DOI: 10.2477/jccj.2015-0041.

19. S. Maekawa, R. Sato, K. Hirao, Y. Shigeta, “Solvent effects on excited-state electron-transfer rate

of pyrene-labeled deoxyuridine: a theoretical study”, Chemical Physics Letters 644, 25-30 (2016).

DOI:10.1016/j.cplett.2015.11.037.

20. S. Maekawa, T. Matsui, K. Hirao, Y. Shigeta, “A Theoretical Study on Reaction Mechanisms of

Nitrite Reduction in Copper Nitrite Complexes as Models for the Copper Nitrite Reductase“,

Journal of Physical Chemistry B119, 5392-5403 (2015). DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b01356.

<学位論文>

a)卒業研究 件

坂本航 朗 伸長因子 EF-1α 立体構造 関 理論的研究

<講演>

a) 国内 口頭 19件中、招待講演10

1. 育照 " 系 ュ ョン :そ 後 展開 招

待 子化学 最近 進展– 大規模 複雑系 子化学 ュ ョン – Mar.

23rd 2016 AICS

兵庫.

2. 育照 "分子動力学法 情報科学 融合 ン 質 構造探 " 招待 分

子技術 理論計算 科学 大阪大学未来研究分子技術

Mar. 14th-15th 2016

大阪大学豊中 ン 大阪

3. 育照 “第一原理計算 基 物質 起源 生命痕跡 探求” 招待 ン

宇 惑星居 実現 向 − 生命維持 食糧生産 資源開

発 等 − 化学工学会第81 会 Mar. 13th-15th 2016 関西大学千 山 ン

大阪.

4. 育照 “化学 動力学 統計 い ” 招待 研究交流会 理論分子

科学 分子非線形科学 東京大学駒場 ン

Mar. 5th-6th 2016

東京.

5. 育照 “ ン し ン 質 構造変化 機能” 招待 ン

(7)

学技術研究 ン ENEOSホ Mar. 1st-2nd 2016 東京.

6. 育照 神谷克政 “理論研究 c 酸化酵 酸化還元 共役し

ン輸 機構:入 出 ” 招待 生物物理学会 ン 膜 介し

ン透過機構 Sep. 13th-15th 2015 金沢 石川.

7. 育照 “理論計算 基 ン 質 応性 物性 解析” 招待 2015

第1回水和 構造研究会 Sep. 1st-2nd 2015 那須 栃木.

8. 育照 “第一原理計算 基 酵 機能解析: c酸化酵 ン

ン 例 し ” 招待 東京大学物性研究所 機能物性融合科学 (3)

応 輸 Jun. 24th-26th 柏 千葉.

9. 育照 神谷克政 “ c 酸化酵 ン輸 構造的 掛 ”

招待 分子研研究会 膜 ン 質 部 ン透過 考え Apr. 20th-21st

2015 分子研 愛知.

10. 司 男 NTChem 合 酸 発生中心 電子状態解析” 招待 第 回

NTChemワ ョッ 秋葉原UDX6階 ン ン 2016/3/9.

11. 栢沨愛 司 男 育照 水和酵 触媒機構 関 理論的研究”

日本化学会第96春季 会 志社大学 京都 頭 2016/3/27.

12. 栢沨愛 司 男 育照 QM/MM 法 水和酵 触媒機構 解

析” 生体分子科学討論会2015 高崎 群馬 頭 2015/6/13.

13. 司 男 宇 空間 酸生 応 い 理論的研究” 第 回

研究会 京都大学 京都 頭発表 2015/11/28.

14. 司 男 磯部寛 山 兆 育照 優 化学系II酸 発生中心 S2->S3

状態変化 い 理論的解明” 3D active site 第 回 果報告会 筑波山京 ホ

茨城 頭+Poster 2015/9/4-5.

15. 張致遠 原 隆 栢沨愛 司 男 ○ 育照 主 分解析 基 ン

計算 関 一考察” 第 回理論化学討論会 大阪大学 大阪 頭

2015/5/20-22.

16. M. Shoji, H. Isobe, J.-R. Shen, K. Yamaguchi,"Electronic structure analysis on the synthetic

model (Mn4CaO4) of the photosynthetic oxygen evolving complex" 日本化学会春季 会,

志社大学 京都 頭 2016/3/27.

17. 司 男 宇 空間 酸生 応機構 い 理論的研究” 日本

文学会 2016 春季 会, 首都大学東京 東京 頭 2016/3/15.

18. 藤竜馬 鎌 賢司 岸亮 中 雅 育照 項- 項消滅 ッ

ン ョン 応機構 理論的研究 第29回分子 ュ ョン討論会 朱

ッ 新潟 頭 2015/11/30-12/2.

19. 藤皓允 司 男 育照 白石賢 矢花一浩 梅村雅之 “星間空間

応 L型 酸過剰生 計算科学的検証” 第3回 研究会 京都大

(8)

b) 国内 ポ タ 7件中

1. 司 男 栢沨愛 教育照 長 紀 長 雅子 蛋白 特異的 色性(Soret

帯CD) い 理論的解明” 蛋白質科学会 あわ ホ 徳島

2015/6/24-26.

2. 司 男 栢沨愛 梅 宏明 育照 分割統沧法 用い 初期電子密 行列 構築

第 回理論化学討論会 大阪大学 大阪 2015/5/20-22.

3. 栢沨愛 司 男 育照 水和酵 触媒機構 関 理論的研究” 第

回理論化学討論会 大阪大学 大阪 2015/5/20-22.

4. 司 男 藤皓允 藤竜馬 原 隆 栢沨愛 育照 分割統沧法 用い 初期

電子密 行列 効率的作 ” 蛋白質研 東京大学 端科学研究 ン 東京

ョ 2016/3/1-2.

5. 藤竜馬 鬼頭 西岡 宏任 安藤耕司 育照 倭剛久 回復酵 電子移

動経路解析 蛋白研 東京大学 端科学研究 ン 東京 2016/3/1-2.

6. 藤皓允 司 男 育照 “ 酸過剰生 起源 い 理論解析” 大阪

大学蛋白質研究所 東京大学 端科学技術研究 ン 2016/3.

7. 藤皓允 司 男 育照 “L型 酸過剰生 起源 い 計算化学的解析”

第5回CSJ化学 2015 ワ ホ 船堀 2015/10.

c) 国際 口頭 13件中、招待講演6

1. Y. Shigeta, "Theoretical design of photochemical properties of diarylethenes" (Invited), International Mini-Symposium on Fundamentals and Applications of Photosynergetic Excitations, AIST Osaka center Mar. 15th 2016, Osaka, Japan.

2. Y. Shigeta, “Inverse Histogram-based Sampling Algorithm for Protein-folding Problems” (Invited), The Seventh Asia-Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APCTCC 7), Jan. 25th-28th 2016, Kaohsiung, Taiwan.

3. R. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta, “Simple, yet powerful conformational sampling methodologies for proteins” 
(Oral), Symposium #98 ‘Conformational Dynamics of Biomolecules and the Biomolecule-Solvent Interface' Pacifichem 2015, Dec. 15th-20th 2015, Hawaii, USA.

4. Y. Shigeta, “Theoretical studies on triplet-triplet annihilation processes of diphenylanthracene derivatives in solution” (Invited), Symposium #44 ‘Modeling and Analyzing Exciton and Charge Dynamics in Molecules and Clusters' Pacifichem 2015, Dec. 15th-20th 2015, Hawaii, USA.

(9)

Czech-Slovakia-Japan Theoretical Chemistry meeting, Oct. 11th-14th 2015, Bratislava, Slovakia.

7. Y. Shigeta, K. Kamiya, T. Baba, M. Boero, “An Integrated Approach for Analyzing Mutational Effects on Enzymatic Reactions of Nylon Oligomer Hydrolase (NylB)” (Oral), 20th Quantum Systems Chemistry, Physics, and Biology, September 14th-20th, Varna, Bulgaria.

8. M. Kayanuma, M. Shoji, Y. Shigeta, "A QM/MM study of catalytic mechanism of nitrile

hydratase"(Oral), The 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Kanazawa

University, oral, 2015/9/13.

9. M. Kayanuma, M. Shoji, Y. Shigeta, "Theoretical study on the reaction mechanism of nitrile

hydratase"(Oral), Kyoto University, Kyoto, oral, 2016/3/17.

10. M. Shoji, Y. Ujiie, M. Kayanuma, Y. Shigeta, T. Murakawa, H. Hayashi, "Theoretical elucidation on

the molecular mechanism of product assited catalysis of threonine synthase"(Oral), The 53rd

Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Kanazawa University, 2015/9/14.

11. 司 男 化学系II 酸 発生中心 電子状態” (Invited) 総会 ン 第53

回生物物理学会 2015/9/14.

12. M. Shoji, "QM/MM study on the possible reactions of Photosystem II oxygen evolving complex in

the S2 to S3 transition" (Invited), AWEST2016, Awaji island Conference, Hyogo, 2015/6/14-15.

13. M. Shoji "Possibilities of Glycine formation in interstellar medium" (Invited), Symposium on Hierarchy and Holism in Natural Sciences, National Astronomical Observatory of Japan, 2016/2/5.

d) 国際 ポ タ 3

1. K. Okuno, Y. Shigeta, R. Kishi, M. Nakano, “Theoretical Studies on Efficient Nonlinear Optical

Switches by Tuning Diradical Character Controlled by Photochromic Reaction." , 12th Functional π

electron systems, Jul. 19th-24th, Seattle, USA.

2. M. Shoji, Y. Ujiie, R. Harada, M. Kayanuma, Y. Shigeta, T. Murakawa, H. Hayashi, "Molecular

dynamics study on the key catalytic intermediates of threonine synthase", 29th Annual Symposium

of the Protein Society, Barcelona, Spain, poster, 2015/7/22-25.

3. M. Shoji, "QM/MM Study on the Reaction Mechanism of Assimilatory Nitrite Reductase (aNiR)", Metals in Biology in Wako, poster+2 min's talk), 2015/6/16-17.

<著書 報 >

1. R. Harada, Y. Inagaki, Y. Shigeta, “Protein Folding and Evolution”, Materials Science and Engineering, Article ID: Protein Folding and Evolution/00999 Elsevier.

<集中講義 件 >

1. 育照 子化学 基 化学 応理論 “大学院講義 応 子化学” 14th-15th Jan.

(10)

2. 育照 “大学院講義” June 22nd 2015 徳島大学大学院薬学研究科.

<外部資金獲得 5件 >

1. 新学術領域研究 複合 応答 計画研究: 育照 研究代表者 〜

実験 理論 協奏的 多 ン励起子変換制御

2. 基盤研究 C: 司 男 研究代表者 〜 ン合 酵

全 応機構 理論的解明

3. 若手研究 B :原 隆 研究代表者 〜 ン 質構造揺

基 構造変化予測法 構築

4. 挑戦的萌芽研究: 育照 分担者 代表者:岡 泰則 大阪大学教授 ( 〜

) 空間 移動速 論創 挑戦的研究

5. 特別推進研究: 司 男 分担者 代表者:沈建仁 岡山大学教授 ( 〜 )

合 系II 水分解 応 学理解明

<その他>

a) ンポ ウム運営 件

1. 育 照 研 究交流 会 理 論分 子科学 分子 非線形 科学

2016.3.5-3.6.

2. 育照 構造 基盤 蛋白質科学 未解決問題 大阪大学蛋白研

2016.3.1-3.2.

b) 学会委員等 件

1. 育照 分子科学会 速報配信担当 2015/09/01-2016/08/31

2. 育照 水和 構造研究会委員 27 ATI-公益財団法人新世代研究所.

c) 産学連携 件

1. 育照 原 隆 司 男 谷 岳志氏(株式会社MCHCR&D ン )

共 研究.

2. 育照 原 隆 中村朋健 富士通株式会社 共 研究.

3. 司 男 阿部幸浩氏 東洋 へ 学術指導.

d) 受賞 件

1. 司 男 新学術領域3D活性 科学第 回 果報告会 賞 大門賞 2015

9

2. 藤 皓允 D 賞 賞(発表 : L型 酸過剰生 起源

い 計算化学的解析 ) 第5回化学 2015 11

表   Crambin 対 GPGPU 化さ OpenFMO 性能評価

参照

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