12 HP10 Read 1 Primer Mix
13 HP12 Index 1 Primer Mix
14 HP11 Read 2 Primer Mix
55
MiSeq
Illumina Experiment Manager (IEM) を使用します。
MiSeq の OS である MCS (MiSeq Control Software) は「ランの種類」や「サイク ル数」についてサンプルシートを参照する設定になっておりますので、サンプル シートはすべてのランに必要になります。
Index 配列の入力フォーマットは CASAVA と MCS で異なるので注意。
サンプルシートの作成
CASAVA
56
MiSeq を使用する際のまとめ
Dual-Index シーケンスに必要なプライマーは、 MiSeq のカートリッジに
標準装備されています。
サンプルシートはそれぞれのランに対して用意します。
Illumina Experiment Manager (IEM; 現行 version 1.4) を使用してサンプ ルシートを作成します。 (MyIllumina からダウンロード可能 )
http://support.illumina.com/downloads/illumina_experiment_manager.ilmn
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Sequencing Primers について
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TruSeq HT Nextera TruSeq Amplicon
Mi Seq
MiSeq reagent kit
Sequencing Primers について（まとめ）
TruSeq Sequencing primer box for SR TruSeq HT
Single-Read
Paired-End PE cluster kit v3 TruSeq Sequencing
primer box for PE Hi Seq1 000/2000 G enome Anal y z er
Nextera
Single-Read
Paired-End
TruSeq Sequencing primer box for SR TruSeq Sequencing
primer box for PE
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ペアエンドフローセル、ペアエンドライブラリを用いてDual Indexのシングルリー ドを行うことは出来ますか？
– Read2
のサイクル数を0に設定すれば可能。その場合はIndex2を解析した時点で終了します。
Sequencing Analysis Viewer (SAV) で Index read の結果が見られないのはなぜです か？
–
ランを開始する前にサンプルシートが必要です。SAV v1.8
以上のバージョンがインデッ クス情報を得るのに必要です。Dual-Index シーケンシングで RMX が使用されるのはいつですか？
–
ペアエンドのランにはRMX
はIndex 2 (i5) Read
の際に必要です。– Read 2
では必要ではありません。現行の TruSeq Dual-Index Primer Kit はすべての TruSeq ライブラリに対応しています か? 昔 Epicentre社より販売されていました Nextera kitにも対応していますか?
– TruSeq Dual Index primer kit
はIllumina Nextera primers
に加えすべてのTruSeq
ライブラリ に対応していますが、昔販売されていましたEpicentre
のNextera kit
には対応しておりませ ん。よくあるご質問リスト
60
Dual-Index のインデックスランでも Single-Index の場合と同様に補正のための 1 サイクルが必要になりますか？
– No, 6
塩基（＋補正1
塩基）のSingle-Index
に比べてDual-Index
は8
塩基の配列になる ので 補正のサイクルが必要になりません。Dual-Index シーケンシングでは通常のシーケンシングに比べてどれだけの時間
がかかりますか？
– HiSeq
でv3 SBS reagents とv3 flow cellを使用される場合、それぞれのサイクルご とに53
分(
計16
サイクル（8+8
）)
とペアエンドの場合はケミストリーオンリーの7
サイクルに2
時間 かかるので、通常のHiSeq
ランに比べて~16
時間ほど必要です。Illumina Dual-Indexライブラリはほかのライブラリと同一レーンで解析可能で すか？
– No, ですが同じフローセルで解析することは可能です。その際は、TruSeq
Dual-Index Sequencing Primer kitを必ずご使用ください。また、その際は Illumina PhiX
control library
のスパイクインをお試しください。
ドキュメント内
Slide 1
(ページ 54-60)