飛び回る配列トランスポゾン
飛び回る配列トランスポゾン
タンパク質コード領域を持たない
タンパク質コード領域を持たない RNA? RNA?
ゲノム
RNA
さらにコード領域を持たない多数の
さらにコード領域を持たない多数の RNA? RNA?
タンパク質をコードしない
タンパク質をコードしない
RNA RNA
配列が多くある配列が多くあるゲノム
RNA
ゲノムの
62.5%
をカバー多くの
RNA
は翻訳されなくても機能を持つ？非翻訳
RNA
が多量に存在？アンチセンスＲＮＡ アンチセンスＲＮＡ
ヒトゲノム
cDNA
マウスで
8,331
組もあるアンチセンスＲＮＡによる遺伝子制御 アンチセンスＲＮＡによる遺伝子制御
タンパク質を合成できない
AAAAA
#
#
#
#
ゲノム中に多く存在する偽遺伝子 ゲノム中に多く存在する偽遺伝子
機能性遺伝子 偽遺伝子
AAAAA
タンパク質
ヒトには
>12,000
、マウスには>5,000
の偽遺伝子が存在する(Zhang et al. 2004)
機能性遺伝子由来
タンパク質をコードする能力を失っている
偽遺伝子は機能を持っていない 偽遺伝子は機能を持っていない ??
偽遺伝子は
–
転写されない–
機能を持っていないと考えられてきた。
しかし
...
# # # ## AAAAA
マウスで機能がある偽遺伝子の例
マウスで機能がある偽遺伝子の例 (1) (1)
mRNA
Makorin1
Makorin1にコードされている タンパク質が合成される Makorin1-p1 (偽遺伝子)
mRNA
野生型
mRNA分解因子が偽遺伝子の 転写産物に結合
(Hirotsune et al. 2003)
mRNA
に転写マウスで機能がある偽遺伝子の例
マウスで機能がある偽遺伝子の例 (2) (2)
Makorin1
mRNA
変異型
mRNA分解因子が機能性遺伝子 由来のmRNAに結合
mRNA is degraded No Makorin1-p1
(Hirotsune et al. 2003)
骨形成に異常のあるマウスが生まれる。従って、
Makorin1-p1
はRNA
レベルで機能を持つ。転写されている偽遺伝子の特定 転写されている偽遺伝子の特定
ゲノム
RNA
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ヒトの偽遺伝子のうち、約
7.8%
が転写されている マウスの偽遺伝子のうち、約6.2%
が転写されてい る今まで死んでいたと思われていた、偽遺伝子の中 に実は重要な機能を持つものがあるかも知れない
…
授業について
授業について
ゲノム解析の研
ゲノム解析の研究 究
遺伝子データベース
GenBank, etc.
配列データ
結果 考察
既存または独自のプログラム
ATTCCTACGA…..
抽出
分析
GenBank
GenBank とは？ とは？
塩基配列データベース
塩基配列、コード領域、
exon, intron
などの 情報が入っているアメリカの
NCBI
というところが管理している 膨大な量のデータGenBank
GenBank の形式 の形式
ドキュメント内
Perl + α. : DNA, mrna,,
(ページ 30-45)