Single experiment analysisは自分の解析したエクスペリメント1つと既知のパスウェイデー
タとの関連を調べることができます。マイクロアレイ解析では主にこちらを使います。ま
た、Multi-Omic Analysisは、ほぼ同じ操作で2つのExperimentから遺伝子リストを選び既知
のパスウェイデータとの関連を調べることができます。
1. ワークフローのPathway AnalysisからSingle Experiment Analysisをクリック 2. 対象生物と解析対象のパスウェイを選択します
54 3. 解析するインタープリテーションとエンティティリスト、利用するIDを選択
4. 結果が表示されるのでNext
5. Save pathway listが開くので、名前を決めてFinish 6. ブラウザで結果を閲覧
パスウェイリストは、p-valueでソートして小さい順に見てください。
パスウェイリスト
ブラウザ
遺伝子リスト フィルタ
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ゲノムブラウザ
Technologyにゲノムの位置情報があればゲノムブラウザ上にエクスペリメントを表示する
ことができます。遺伝子発現だけでなく、CGHのようなゲノム構造、メチル化や転写因子 といった発現制御の情報なども同時にゲノムブラウザで閲覧することができます。
データの準備
1. AnnotationsメニューからAnnotations managerをクリック
2. Annotations managerが開いたら、左上のListからAnnotation serverを選択 3. 生物種一覧が表示されるので、必要な生物種にチェックを入れる
4. Updateボタンをクリックするとダウンロードが始まります。
5. ダウンロードが終わると完了です。
使い方
1. アイコンでゲノムブラウザを起動する
2. ゲノムビルドが複数ある場合は、使用するゲノムビルドを選択する
56 3. データを表示させたいエクスペリメントをブラウザにドラッグ＆ドロップする
エンティティリストもドラッグ＆ドロップでゲノムブラウザに表示させることができます。
4. アノテーションを表示させたい場合は右側のAnnotationタブからダブルクリックで表示する
※ライセンスによっては表示されないアノテーションもあります
5. ゲノムブラウザの表示はScatter plotですが、右クリックメニューのEdit track propertyでグラ フタイプや軸の設定などを変更することができます。
表示したいインタープリテ ーションとサンプルを選ぶ
57 ゲノムブラウザ操作アイコンの説明
A：ゲノムブラウザの全画面表示
B：トラックのマージ：Ctrlキーを押しながら2つトラックを選択してからマージします C：トラックの自動サイズ調整
D：トラックのフルズームアウト E：トラックのズームアウト
F：トラックのズームイン※Shiftキー＋ドラッグでも拡大できます。
G：トラックの方向切り替え H：トラックの表示順変更 I：画像ファイルのエクスポート J：染色体の切り替え
K：閲覧する染色体位置の指定、またはGene Symbolを入力して遺伝子の検索
A B C D E F G H I J K
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参考資料 便利な機能
Translate機能 ※遺伝子発現とmiRNAの統合解析に利用可能
同一のサンプルからmiRNAデータとGene Expression（mRNA）データの両方を取得した場合、
miRNA解析のFind Targeted Genesで得られた遺伝子リストをGene Expressionに移動するこ
とができます。アレイのプラットフォームや生物種が異なっても自動的に対応する遺伝子 リストに変換する機能があります。
Translateの操作手順（例：AエクスペリメントからBエクスペリメントにTranslate）
1. エンティティリストをTranslateする先のBのエクスペリメントを選択
2. Aのエクスペリメントのエンティティリストを右クリックし、Translate Listを選択
3. IDと一緒にTranslateする値を選択
Import list associated valuesにチェックを入れると、エンティティリストにp-valueやFold change などのassociated valueがある場合は一緒にTranslateできます。
Import signal values：選択したインタープリテーションの Normalized 値か Raw 値を一緒に Translateできます。
4. Translation mappingが表示される
A
B
59 Percentage of entities translated ~ で変換されたパーセンテージを確認できます。
この対応表を保存したい場合、図上で右クリックメニューのExport As textを使用してください。
5. 名前を確認してFinishをクリック
6. BのエクスペリメントにTranslate結果が保存される
Translateの注意点
・アノテーションにEntrez GeneIDが無い場合、利用できません。
・Homologene（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene）で定義されていない生物種は利用
できません。
・ProbeIDとEntrez GeneIDが1対1ではない場合（ほとんどの場合1対1ではない）
Translate前後でエンティティリストの数が変化します
A
60 Export as Image
ブラウザ上の画像をファイルでエクスポートすることができます。
1. エクスポートしたい画面上を右クリックでExport as Imageをクリック
2. ファイル名の決定、画像の大きさ、解像度を指定してOKをクリックすると保存されます。
61 Export List
Entity Listにアノテーションを付加した情報をテキストファイルでエクスポートすることが
できます。論文作成や他のソフトウェアへのデータ排出に使用します。
1. Entity Listを右クリックでExport List
2. エクスポートしたいデータにチェックを入れます、アノテーションは選択して矢印ボタンで移動す ることができます。Selected itemsに含まれるアノテーションがエクスポートされます。
3. ファイル名とファイルタイプを指定して保存します。
62 セレクションモードとズームモードの切り替え
ブラウザ上で右クリックすることで、セレクションモードとズームモードを選択できます。
セレクションモード
スキャッタープロットの興味深い分布を範囲選択することで後述の機能でエンティ ティリストを作ることができます。
ズームモード
見えにくい部分を拡大する場合、ズームモードに切り替えて範囲選択することで選 択した部分を拡大することができます。
Create Entity List from selection
Scatter plotやProfile plotのブラウザで選択したエンティティをエンティティリストとして
保存できます。
1. セレクションモードで興味のあるエンティティを選択する 2. Create Entity list from selectionをクリック
3. 名前をつけて保存する。
63 Import Entity List from File
論文や参考書にある外部の遺伝子リストをGeneSpringGXにインポートします。
1. インポートしたい遺伝子リストをタブ区切りテキストで準備する
準備するリストにはGeneSpringGX 内のデータとマッチするID が必要です。お使いのチッ プのプローブIDやEntrez GeneID等を準備してください。
2. UtilitiesからImport entity list from fileをクリックする
Choose file：テキストファイルを指定
Choose column to match：テキストファイル内のIDに相当するものを選択 Choose technology column：テキスト内のIDとマッチさせるGX内のIDを選択
Choose columns to import：テキストファイル内にID以外にインポートしたい
情報があれば、Available ItemsからSelected Itemsに移動させる
3. OKボタンをクリックして取り込み完了
※取り込めない場合は、マッチさせるテキスト内のIDとGX 内のアノテーションが同じタイ プのIDかどうかを確認してください。
64 アノテーションの閲覧
自分が解析しているTechnologyにはどんなアノテーションが含まれるかどうかを確認しま す。
1. SearchメニューからTechnologyを選択、何も入力せずにNext
2. インポート済みの Technology 一覧が表示されるのでアノテーションを閲覧した
いTechnologyを選択してInspectボタンをクリック
3. アノテーションを閲覧する
Configure columnボタンで表示するアノテーションを選べます。
65 アノテーションからのエンティティの検索
Technologyに含まれるアノテーションから興味のあるエンティティを検索できます。ブラ
ウザ上でCtrlキー＋Fでも検索ウィンドウを開くことができます。
1. SearchメニューからEntitiesを選択
2. 検索条件を決定してNext
Search for：検索するテキストを入力
検索対象のアノテーションを左から選んで右に移動します。
3. 検索結果を確認してNext
4. 名前を確認して、Finishで保存します。