AATTCGCGCGGCATTCGCGCC AAATCG----GCATTCGCGCC
5. Noise filtersの各オプションを任意に設定し、Nextをクリック。
Quality filters: 塩基のクオリティに関するフィルター オプション
Base quality filter: チェックすると、閾値に基づいてクオリティ フィルタリングを実施
• Neighborhood radius: 変異部位から検証する範囲（塩基数）を指定（必ず奇数）
• Minimum central quality: 変異が有すべき最小クオリティを指定
• Minimum neighborhood quality: radius内における、平均クオリティの最小値を指定 Direction and position filters:
• マップされたリードの方向(Forward/ Reverse)に関するフィルターオプション Read direction filter:
• チェックすると、一方向のリードにのみ多数認められる変異を除外Direction frequency (%)に、
各方向のリードで変異が認められる最小頻度を設定
※アンプリコンには適していません Relative read direction filter:
• チェックすると、Read direction filterと同様のフィルタリングを統計的に実施
• Significance (%)に閾値を設定 Read position filter:
• チェックすると、リードの方向および変異の位置に基づいて、統計的にフィルタリングを実施
• システマチックなエラーを除外することを目的とし、ハイブリダイゼーションしたデータにおいて有効
• 各方向のリードを5つのセグメント（合計10セグメント）に分割し、変異の分布が予測値とどの程度 異なるかを検定
• Significance (%)に閾値を設定
Variant Detectors
Remove pyro-error variants:
•チェックすると、Roche 454やIon Torrentなどの、パイロシークエンサー特有のエラーを除外 In homopolymer regions with minimum length:
•除外するホモポリマー領域で検出されたInDelの長さの最小値を設定 With frequency below:
•除外するホモポリマー領域で検出されたInDelのカバレッジ全体に対する最低頻度を設定
5. Noise filtersの各オプションを任意に設定し、Nextをクリック。
Variant Detectors
Create track： トラック形式の変異データを作成
※デフォルトではこちらが選択
Create stand-alone read mappings： Stand-alone形式の変異データを作成
6. Result handlingにおいて、データを保存するためにSaveを選択し、Nextをクリック。
7. Save location for new elementsにおいて、データの保存先を指定してFinishをクリック。
Variant Detectors
変異トラック（サンプル名の後ろに’Variant’が付されます）
テーブル表示に切り替え
Variant Detectors
•
Chromosome: 変異の検出された染色体番号
•
Region: 変異の位置
•
Type: 変異の種類(SNV, Insertion, Deletionなど)
•
Reference: リファレンスの塩基配列
•
Allele: 検出された塩基配列
•
Zygosity: 変異の接合性(HeteroかHomoか)
•
Count
※: マップされたリードのうち、変異を有するリードの数
•
Coverage
※: マップされたリード数
•
Frequency: 変異の頻度
※CountおよびCoverageについて:
ForwardとReverseリードがオーバーラップする場合、両者を合わせたフラグメントがカウントされます; 2リードで1フラグメントとなり、1としてカウントされます。
Annotation
基本データ アノテーションデータ
CLC Genomics Workbenchでは基本となる変異データに対して、
アノテーションツールを使用して様々なアノテーションをおこないます。
遺伝子情報の付加 アミノ酸置換情報の付加 既知変異情報の付加