ある塩基配列に対して BLAST を用いて相同性検索を行った結果、 Score=150, Expect=3e-20 という結果が得られた。この結果の解釈としてもっとも適切なもの を選択肢の中から一つ選べ。
1. 150 以上のスコアが偶然に出る確率は、およそ 3x10
-20である。
2. 150 以下のスコアが偶然に出る確率は、およそ 3x10
-20である。
3. 150 以上のスコアが偶然に出る確率は、およそ 1-3x10
-20である。
4. 150 以下のスコアが偶然に出る確率は、およそ 1-3x10
-20である。
1. 150
以上のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ3x10
-20である。2. 150
以下のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ3x10
-20である。3. 150
以上のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ1-3x10
-20である。4. 150
以下のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ1-3x10
-20である。平成19年度バイオインフォマティクス技術者認定試験
(日本バイオインフォマティクス学会主催)問題から引用
H19 問49
ある塩基配列に対して BLAST を用いて相同性検索を行った結果、 Score=150, Expect=3e-20 という結果が得られた。この結果の解釈としてもっとも適切なもの を選択肢の中から一つ選べ。
1. 150 以上のスコアが偶然に出る確率は、およそ 3x10
-20である。
2. 150 以下のスコアが偶然に出る確率は、およそ 3x10
-20である。
3. 150 以上のスコアが偶然に出る確率は、およそ 1-3x10
-20である。
4. 150 以下のスコアが偶然に出る確率は、およそ 1-3x10
-20である。
1. 150
以上のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ3x10
-20である。2. 150
以下のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ3x10
-20である。3. 150
以上のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ1-3x10
-20である。4. 150
以下のスコアの偶然に生じるアライメントの本数の期待値は、およそ1-3x10
-20である。平成19年度バイオインフォマティクス技術者認定試験
(日本バイオインフォマティクス学会主催)問題から引用
タンパク質の相同性の判断基準
100
同一残基率 30% 以上
BLAST の E-value < 0.0001
PSI-BLAST の E-value < 0.0001
0 10
20 30
40 70
25 15 5
35
同一残基率 (Sequence Identity) (%)
立体構造比較が必要
配列解析50
60 80
90
BLAST のプログラムの種類
クエリ配列 データベース 配列
比較回数 典型的な使用目 的
blastn 核酸 核酸 2回
相補鎖にしたDB配列と も比較
ゲノムDNAのアノテー ション、cDNAのゲノムへ のマッピング、非コーディ ング領域の比較
blastp アミノ酸 アミノ酸 1回
タンパク質配列からの比較的遠縁のホモログの発 見
blastx 核酸
(を翻訳したアミノ酸)
アミノ酸 6回
クエリから6通りのアミノ 酸配列を生成して比較
ゲノムDNAから遺伝子(タ ンパク質をコードしている 領域)を発見する
tblastn アミノ酸 核酸
(を翻訳したアミノ酸)