8. メンテナンス
8.5 GridMPI の実行環境設定
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
63 CIM_Processor
また、前もってホスト 1 及びホスト 2 においてはコマンド実行ホストの~/.postgresql/
以下に配置された証明書によるPostgreSQLへの接続を可能とする設定を行います。
以下に実行例を示します。(例では mcd1.naregi.orgとmcd2.naregi.orgのmcdデータベ ースにあるテーブルのうち、merge_class.lstに列挙されたクラスのレコードをマージしま す)
% ${INFOSERVICE_HOME}/admintool/cdmerge.sh mcd merge_class.lst mcd1.naregi.or g mcd2.naregi.org
8.4.4 セルドメインデータベースにおけるデータの削除
時系列情報蓄積DBを設置したセルドメインデータベースにおいては、不要になった 古いデータは適宜削除します。以下に、１日１回（午前0時）一週間以上古いデータを
削除するcrontabの設定例を示します。
0 0 * * * /naregi-v1/pgsql/bin/psql scd -c "DELETE FROM db_root WHERE time_stamp <
(CURRENT_TIMESTAMP-INTERVAL'7 day');"
なお、「/naregi-v1/pgsql」は環境変数PGSQL_HOMEの値であり、これは環境変数では なくその値を直接書きます。
8.4.5 資源利用記録およびSBC関連情報におけるデータの削除
資源利用記録及びSBC関連情報はMCD DBに蓄積されてゆくため、不要になった古 い情報を適宜削除します。以下に１日1 回、1ヶ月以上前に終了したジョブに関するデ ータを削除するcrontabの設定例を示します。
0 0 * * * /naregi-v1/pgsql/bin/psql mcd -c 'delete from
"NRG_ConcreteJobReservationLog" where "GlobalJobID" in (select "GlobalJobID"
from "NRG_UsageRecordEndTime");'
10 0 * * * /naregi-v1/pgsql/bin/psql mcd -c 'delete from
"NRG_ConcreteJobReservationLogRecord" where "GlobalJobID" in (select
"GlobalJobID" from "NRG_UsageRecordEndTime");' 20 0 * * * /naregi-v1/pgsql/bin/psql mcd -c "delete from
¥"NRG_JobProcessingStatistics¥" where ¥"GlobalJobID¥" in (select
¥"GlobalJobID¥" from ¥"NRG_UsageRecordEndTime¥" where ¥"EndTime¥" <
(current_timestamp - interval '1 month' ) );"
8.5 GridMPIの実行環境設定
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
64 (1) rshの設定
rshでGridMPIジョブを実行する場合には、全計算資源のノード(GridVM管理ノード、
GridVM 計算ノード)において /etc/profile.d/ 配下にnaregi-GridMPI-XXXのシェルを作成 し、その中で以下のように環境変数を設定します。
export _YAMPI_RSH="rsh" ← 環境変数を設定する。
また、アクセス許可に関する設定が必要となります。
以下では、例として、ホスト単位でアクセス許可を行う設定をしています。
# vi /etc/hosts.equiv
naregi-gvms1.naregi.org ← 全計算資源を記述する。
naregi-gvme1.naregi.org ：
(2) sshの設定
sshでGridMPIジョブを実行する場合には、NAREGIとしてホストベース認証を推奨し
ます。全計算資源のノード(GridVM管理ノード、GridVM計算ノード)において以下のよ うに設定します。各ファイルが存在しない場合は作成します。なおDSA鍵によるsshの 認証方法はNAREGIミドルウェア導入手引書 8.4.2(3) を参照ください。
# vi /etc/ssh/sshd_config
HostbasedAuthentication no ← コメントアウトを外し、yesにする。
# vi /etc/ssh/ssh_config
Host * ← コメントアウトを外す。
HostbasedAuthentication yes ← コメントアウトを外し、yesにする。
# vi /etc/ssh/shosts.equiv
naregi-gvms1.naregi.org ← 全計算資源を記述する。
naregi-gvme1.naregi.org ：
# vi /etc/ssh/ssh_known_hosts ← 各ホストのSSHの公開鍵を記述します。
8.5.2 impi-serverの実行資源の設定方法
SSは、GridMPI ジョブの場合、impi-server の実行する計算資源を動的に割り当てます
が、impi-server が実行する計算資源の要件をあらかじめ設定することで、VO 管理者レ ベルで制御することが可能です。
以下では、構成設定ファイルによる impi-server の実行資源の設定方法について解説し ます。
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
65 (1) 構成設定ファイルの編集手順について
構成設定ファイルは以下に配置されています。”$GRIDSS_LOCATION”はSSをインスト ールしたディレクトリを指します。規定では”/usr/naregi/SS”になります。
$GRIDSS_LOCATION/etc/gridss/config-wwm3.xml 編集手順を以下に示します。
① config-wwm3.xml.in の編集
config-wwm3.xml.in を編集します。impi-server の実行資源の設定パラメータについ ては後述します。
$ cd $GRIDSS_LOCATION/etc/gridss
$ cp config-wwm3.xml.in config-wwm3.xml.in.mod
$ vi config-wwm3.xml.in.mod
② gridss-mkconf(1) の実行
変更内容を config-wwm3.xml へ反映するために、gridss-mkconf(1) を実行してくださ い。
$ gridss-mkconf
(2) 設定パラメータと環境変数
impi-server の実行資源の制御のための設定パラメータは以下のとおりです。
/configure/ShellComand/Environment
Environment パラメータに指定する impi-server の実行資源の設定のための環境変数に
は以下があります。
WFML2BPEL_IMPI_JSDL_OSNAME
JSDL の OperatingSystemName 要素(OS名)の値を指定します。GridMPI プログラム の実行で impi-server を使用しますが、SSが impi-server が実行する計算資源を割り 当てるとき、指定されたオペレーティング・システムをもつ資源に制限します。
下記は、impi-server が起動される計算資源を LINUX とする場合の例です。
例1.
<Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_OSNAME">LINUX</Environment>
WFML2BPEL_IMPI_JSDL_RESOURCES_PATH
JSDL の Resources 要素を含む XML ファイルのパスを指定します。GridMPI プロ グラムの実行で impi-server を使用しますが、SSが impi-server を実行する計算資源 を割り当てるとき、指定された資源要件をもつ資源に制限します。WFML2BPEL_I MPI_JSDL_OSNAME と同時に指定された場合、WFML2BPEL_IMPI_JSDL_RESOUR
CES_PATH が優先されます。
例2.
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
66
<Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_RESOURCES_PATH">@GRIDSS_LOCATION@/etc /gridss/impi-jrsc.xml</Environment>
XML ファイル（例では、@GRIDSS_LOCATION@/etc/gridss/jrsc.xml ）には、以下の ように記述します。例 2-1. は、WFML2BPEL_IMPI_JSDL_OSNAME=LINUX を指定 したのと同等の振舞いをします。
例2-1.
<jsdl:Resources
xmlns:jsdl=”http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl”>
<jsdl:OperatingSystem>
<jsdl:OperatingSystemType>
<jsdl:OperatingSystemName>LINUX</jsdl:OperatingSystemName>
</jsdl:OperatingSystemType>
</jsdl:OperatingSystem>
</jsdl:Resources>
例2-2. は、impi-server を起動する計算資源として、clusterA とclusterBを利用する場 合です。
例2-2.
<jsdl:Resources
xmlns:jsdl=”http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl”>
<jsdl:CandidateHosts>
<jsdl:HostName>clusterA.naregi.org</jsdl:HostName>
<jsdl:HostName>clusterB.naregi.org</jsdl:HostName>
</jsdl:CandidateHosts>
</jsdl:Resources>
WFML2BPEL_IMPI_JSDL_PATH
JSDL の JobDefinition 要素を含む XML ファイルのパスを指定します。
例3.
<Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_PATH"
>@GRIDSS_LOCATION@/etc/gridss/impi-jdef.xml</Environment>
XML ファイル（例では、@GRIDSS_LOCATION@/etc/gridss/ impi-jdef.xml ）には、
以下のように記述します。例3-1. は、impi-server を起動する計算資源として、clusterA と clusterB を利用する場合です。
例3-1.
<JobDefinition xmlns="http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl">
<JobDescription>
<JobIdentification>
<JobName>IMPID-Job</JobName>
</JobIdentification>
<Application>
<POSIXApplication xmlns="http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl-posix">
<Executable>impi-server</Executable>
<Argument>-server</Argument>
<Argument>1</Argument>
<Argument>-verbose</Argument>
<Argument>-out</Argument>
<Argument>@IMPIDLOG@</Argument>
<Environment name="IMPI_AUTH_NONE">0</Environment>
<WallTimeLimit>@WALLTIMELIMIT@</WallTimeLimit>
</POSIXApplication>
</Application>
<Resources>
<CandidateHosts>
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
67 <HostName>clusterA.naregi.org</HostName>
<HostName>clusterB.naregi.org</HostName>
</CandidateHosts>
</Resources>
</JobDescription>
</JobDefinition>
* SSは、@IMPIDLOG@ にログファイル名を設定します。
（例 impid-2008-04-21T07:24:46.674550Z.log0）
* SSは、@WALLTIMELIMIT@ に GridMPI ジョブの WalltimeLimit を設定します。
WFML2BPEL_IMPI_JSDL_NAMESPACE
JDSLの namespace を指定します。本環境変数は省略可能です。省略した場合には処
理内部で静的に namespace が割り当てられます。
下記は、impi-server が起動される namespace を“http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsd l”とする場合の例です。
例4.
<Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_NAMESPACE">
http://schemas.ggf.org/jsdl/2005/11/jsdl
</Environment>
(3) *.xml.in.modの記述例
*.xml.in.mod の記述例を記載します。
<configure>
<ShellCommand name="MakeReservations">
<Executable>@GRIDSS_LOCATION@/bin/wfml2bpel</Executable>
<Argument>--waitsec</Argument>
<Argument>15</Argument>
<Argument>--wfid</Argument>
<Argument>%W</Argument>
<Argument>--limit-activity</Argument>
<Argument>0</Argument>
<Argument>%D/%I%m</Argument>
<Argument>%D/%I%M</Argument>
< !-- Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_RESOURCES_PATH">@GRIDSS_LOCATI ON@/etc/gridss/impi-jrsc.xml</Environment -->
< !-- Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_OSNAME">LINUX</Environment-->
<Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_PATH">@GRIDSS_LOCATION@/etc/grid ss/impi-jdef.xml</Environment>
< !-- Environment name="WFML2BPEL_IMPI_JSDL_NAMESPACE">http://schemas.ggf.org/jsdl/20 05/11/jsdl</Environment -->
</ShellCommand>
<BWE_URL>@URLH_BWE@/wsrf/services/BpelWFEngine</BWE_URL>
<!--
<BWE_EPR>
<wsa0403:EndpointReference
xmlns:wsa0403="http://schemas.xmlsoap.org/ws/2004/03/addressing">
<wsa0403:Address>@URLH_BWE@/wsrf/services/BpelWFEngine</wsa0403:Address>
</wsa0403:EndpointReference>
</BWE_EPR>
-->
<JMS_URL>@URLH_JMS@/wsrf/services/ManagedJobFactoryServic</JMS_URL>
<!--
NAREGI Middleware使用手引書(管理者編)
68 <JMS_EPR>
<wsa0403:EndpointReference
xmlns:wsa0403="http://schemas.xmlsoap.org/ws/2004/03/addressing">
<wsa0403:Address>@URLH_JMS@/wsrf/services/ManagedJobFactoryServic</wsa0403:Address>
</wsa0403:EndpointReference>
</JMS_EPR>
-->
</configure>