プライマリエントリから相補鎖領域を引用する場合にのみ
c を指定します。
62
クリックしたqualifierにおいて全 エントリーに対しての編集が可 能です。
Qualifierの編集アイコンをクリックしたときの入力
Copy クリックで、そのエントリー以
降に同じ値がコピーされます。ただし、件数が多い場合やPCの 環境により時間がかかる場合があ ります。
編集後 をクリ ク ます 編集後"Save"をクリックします
63
表の列ごとに、各入力欄の編集 が可能です。
Edit Column クリック時
テキストエリア上への一括pasteが可能
このテキストエリアに、直接入力するか、エク セルやテキストエディタなどからcopy ＆
paste
してください。エントリーの区切りには改行を用います。 編集後"Save"をクリックします
64
セルのダブルクリック または
Template: other選択時qualifierをクリック
セルのダブルクリック(Template: other選択時は
qualifierのクリック)で入力欄が現れます。入力ウイ
ンドウに対して必要な値を入力してください 編集後"Save"をクリックします
65
入力した生物名を検索キーとして、
NCBI taxonomy検索が実行可能です Virus、Phage、環境サンプル、合成配列、
taxonomy databaseに登録が無い場合など
の場合カテゴリーを選択します生物名の入力について
この欄に生物名(学名)を入力 します。
正確な学名入力のための入 力補助機能が備わっていま す。リスト表示された候補から
ウスでクリ クしてください
Select only for virus, environmental sample, etc.
マウスでクリックしてください。
Link
Organism qualifier に記載する生物名 http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html
66
生物名入力におけるカテゴリー
Category 内容
Select only for virus, environmental sample, etc. デフォルトです。以下のカテゴリーでない場合に選択します。
Viruses/Phages VirusやPhageの場合に選択します、生物名入力補完辞書がVirus、
Phageに切り替わります。
Environmental Samples 環境サンプルの場合に選択します。Scientific name:入力欄に自答的に
uncultured が記載されます。
Artificial Construct クローニングベクター、発現ベクター、合成配列の場合に選択します。
A known species but unregistered in taxonomy database 学名がvalidであるが、NCBI taxonomy databaseで見つからない場合に 選択します。
Not found in taxonomy database, but already registered in other sequence data
NCBI taxonomy databaseに無いが、以前の登録で同じ生物名を使用し たことのある場合に選択します。
A novel species to be proposed in the paper 新種を報告する場合に選択します。
Link
Organism qualifier に記載する生物名
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html 67
Category の種類により入力欄は変化します
Category: default
Scientific name 欄に学名を入力 Select only for virus, environmental sample, etc.
Link
Organism qualifier に記載する生物名：種が同定されている場合 http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#species
68
Category: Viruses/Phages
Scientific name欄に、VirusまたはPhageの名を入力します (入力補完辞書がVirus/Phage用に切り替わります)
Link
Organism qualifier に記載する生物名：ウイルス http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#virus
69
Category: Environmental Samples
Scientific name 欄に uncultured が自動記載されるので、
それに続く名称を入力します。
たとえば、uncultured の直後に
Bacillus sp.を入力します。
補助情報入力欄が出現、必要な場合に記 載をお願いします。自由記載が可能ですが、
載をお願いします。自由記載が可能ですが、
入力は必須ではありません。
Link
Organism qualifier に記載する生物名：環境サンプル http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#env
70
Category: Artificial construct
Scientific name欄に、ベクター名や合成配列の名称
を入力します(入力補完辞書が人工合成配列用に
切り替わります)Link
Organism qualifier に記載する生物名：人工的に構築した配列 http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#syn
71
学名を入力します
Category: A known species but unregistered in taxonomy database
taxonomic lineageを入力してくだ
さい(必須)。生物名をvalidであるものと報告して いる論文を入力してください(必須)。
そのほかの情報が存在する場合 に入力します。
Link
Organism qualifier に記載する生物名： database で見つからない場合
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#novel
72
学名を入力します
Category: Not found in taxonomy database, but already registered in other sequence data
生物名をvalid nameとして報告して いる論文を入力してください(任意)。
そのほかの情報が存在する場合 そのほかの情報が存在する場合 に入力します。
Link
Organism qualifier に記載する生物名： database で見つからない場合
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#novel
73
論文が公開されるまでは、学名がvalid nameになってないため、暫 定名で登録します。
暫定名の書式は、
Genus sp. ##-yyyy
の通りです。##を登録者名のイニシャル、yyyはその時の年に置き 換えます
Category: A novel species to be proposed in the paper
taxonomic lineageを入力してくだ
さい(必須)論文で提唱する新種名(学名)を 入力します。
換えます。
そのほかの情報が存在する場合に入力します。
さい(必須)。
Link
Organism qualifier に記載する生物名：種が同定されていない、または、新種提唱の場合 http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#unidentified
74
Error/Warning の説明は以下の URL でご覧いただけます http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html
Error/Warning 説明ページへのリンクについて
CDSのアミノ酸翻訳に関するエラー説明は以下のURLからご覧ください。
transChecker エラーメッセージ
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC (次ページ参照)
以下のリンクもご参照ください
• Feature key の定義
• Qualifier key の定義
• Organism qualifier に記載する生物名
• CDS feature について
• Location の記述法
75
Message Link
[WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC22 [WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC23 [WARNING] Amino acid of 'transl except' qualifier [#Value] is not [Met] http://www ddbj nig ac jp/sub/validator j html#TC24
翻訳エラーの内容により、リンク先の記載内容に基づき修正してください CDSフィーチャーにおける翻訳エラーと説明ページへのリンク
[WARNING] Amino acid of transl_except qualifier [#Value] is not [Met]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC24 [ERROR] Untranslatable codon [#Codon] is found in the sequence range. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC18
[ERROR] First codon [#Codon] is not a start codon. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC19
[ERROR] Final codon [#Codon] is not a stop codon. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC20
[ERROR] Stop codon '*' is found in the range. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC21
[ERROR] Description of Location [#location of CDS feature] is illegal. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC04 [ERROR] 'codon_start' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC05
[ERROR] 'codon_start' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC06
[ERROR] 'transl_table' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC07 [ERROR] 'transl_table' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC08 [ERROR] Amino acid abbreviation [#abbreviation] in 'transl_except' qualifier is illegal. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC09 [ERROR] 'transl_except' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC10 [ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is overlapped. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC11 [ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is invalid. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC12 [ERROR] Base range of 'transl_except' qualifier [#Value] is mismatched in reading frame. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC13 [ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not changed from conceptual translation. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC14 [ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [TERM]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC15 [ERROR] Stop codon is specified by 'transl_except' qualifier [#Value] in mid of CDS location. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC16 [ERROR] Entry [#Entry name] is NOT found in sequence entries. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC17
[FATAL] Proper 'Codon Table' is not found in 'src' folder. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC01
[FATAL] Proper 'Amino Table' is not found in 'src' folder. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC02
[FATAL] Unable to execute Translation. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC03
76
Next
がクリック可能である内容が 表示されます。“Confirm” クリック後 : エラー無し
画面下部にDDBJ登録形式のアノ テーションファイルが表示されます。
チェック後、次のステップに進め る場合は、Nextがクリック可能に なります。
77
“Confirm” クリック後： エラーがある場合
エラーで問題がある場合は、Next がクリック可能になりません。
エラーが表示されます。
78
ラ 内容が表示されます
Line番号のクリックでエラー対象行
エラー、警告メッセージはアノテーション入力領域の下に表示されます
エラー内容が表示されます。
画面下部にDDBJ登録形式のアノテーションファイルが表 示されます。
エラー対象は赤色で表示されます。
e番号 クリックで ラ
対象行にジャンプします。
エラーの説明へのリンクページが 開きます。
修正を行う場合は画面をスクロールアップし、annotation 入力領域においてエラーが生じたエントリーの修正を 行ってください。
エラー修正後、再度"Confirm"をクリックしてください。
79
Next
がクリック可能である内容が 表示されます。“Confirm” クリック後： 警告があるが次に進める場合
この例では、submitterの名前に関 するwarningが表示されています
warningがあっても、次のステップに進める場
合は、Nextがクリック可能になります。warningがでても、入力内容に問題がなけれ
ばNextをクリックします。するwarningが表示されています。
80
CDSが指定されている場合、Confirmクリックでまず書式チェック(Parserチェック)
が行われ、入力内容にエ ラーがある場合は書式エラーが表示されます。入力された書式に問題がなければ アミノ酸配列への翻訳エラーチェックが行われます。
つまり、書式エラーがある場合は翻訳チェックは実行されません。
例えば、 /lat_lon の書式に間違いがある場合は Confirm クリック後 /lat_lon のエ ラーのみが表示されます /lat lon を修正後 再度 Confirm をクリックし 翻訳エ
CDS フィーチャーを含む場合のエラーチェックに関して
ラーのみが表示されます。 /lat_lon を修正後、再度 Confirm をクリックし、翻訳エ ラーがある場合はその結果が表示されます。
翻訳エラーが含まれる場合の表示例
81
Entry 内にエラーがある場合の修正例
この例では、エントリー名
ENT01の lat_lon
を修正します82
画面をスクロールアップし、アノテーション入力 領域におけるエラー対象セルをダブルクリック して値を修正します。
83
"3. Submitter"をクリックします
Submitter 内にエラーがある場合
3. Submitter
をクリックしますSubmitter
を修正します。画面上部のプログレスバーから
"3.Submitter"
をクリックする3.Submitter画面に移動するのでSubmitterを修正後、"Next"をクリックする
画面上部のプログレスバーから"7 Annotation"
に戻る修正後、"7.Annotation" をクリック するとアノテーション画面に戻りま す。
画面上部のプログレスバーから、"7.Annotation" に戻る