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: 構造検索

ドキュメント内 STN 新プラットフォーム 基礎 (ページ 55-72)

■ 検 索 例 4 : 下 記 のような部 分 構 造 を含 む物 質 をすべて検 索 する.

・ STEP 1 : 構 造 検 索 を行 うデータベースを選 択 する.

・ STEP 2 : 構 造 作 図 画 面 を起 動 して,構 造 を作 図 する.

<構 造 作 図 画 面>

X : ハロゲン

リングパレット 属 性 パネル ペンシルツール: ノードや結 合 の作 図

X メニューツール: 可 変 原 子 の作 図 消 しゴムツール: ノードや結 合 の削 除

原 子 パレット アクティブなノード

アクティブな環

*各 ツールの詳 細 は 「構 造 作 図 ガイド」 参 照 https://www.jaici.or.jp/newstn/pdf/structure.pdf

*ノード : 構 造 中 に含 まれる特 定 の原 子 や可 変 原 子 のこと

C REGISTRY

ファイル

48 1. 環を描 く

<作 図 の手 順>

ここでは下 記 の手 順 で構 造 を作 図 する.

1. 環を描 く 2. 鎖を描 く 3. 原 子 を変 更する 4. 結 合 を変 更する

① リングパレットから 作 図 したい環 を選 択

② 作 図 したい位 置 まで ポインタを移 動 してクリック

③ 違 う環 を描 きたい場 合 は 再 度 リングパレットから選 択

④ 縮 合 環 を作 図 する場 合 は,

結 合 が 赤 く ハ イ ラ イ ト さ れ て いる状 態 でクリックする

49 2. 鎖を描 く

3. 原 子 を変 更する

① ペンシルツールをクリック

② 結 合 を描 きたいノードが赤 く ハイライトされている状 態 でクリック

① 作 図 したい原 子 を選 択

② 変 更 したいノードが赤 く ハイライトされている状 態 でクリック

C REGISTRY

ファイル

50

① X メニューツールをクリック

原 子 メニューツールをクリック す る と 原 子 の 一 覧 が 表 示 さ れる

シ ョ ー ト カ ッ ト メ ニ ュ ー ツ ー ル をクリックするとショートカット の一 覧 が表 示 される

② X (ハロゲン) を選 択

③ 変 更 したいノードが赤 く

ハイライトされている状 態 でクリック

51 4. 結 合 を変 更する

* 結 合 パレットから結 合 を選 択 することもできる

* 構 造 質 問 式 の修 正

特 定 部 位 の削 除 - 消 しゴムツール

直 前 に行 った操 作 を取 り消 す – Undo ツール

誤 って削 除

変 更 し た い 結 合 が 赤 く ハ イ ラ イ ト さ れ て い る 状 態 でクリック

* 二 重 結 合 →三 重 結 合 →単 結 合 の順 に 結 合 が変 更 される

元 に戻 る

C REGISTRY

ファイル

52 作 図 が完 了 したら,OK ボタンをクリックする.

・ STEP 3 : 検 索 を実 行 する.

今 回 は 部 分 構 造 検 索 (SSS) を 行 うので,自 動 入 力 された検 索 式 のままでよい

クリック

ヒ ス ト リ ー パ ネ ル 中 の STRUCTURES タブで,STR 番 号 と対 応 する構 造 図 が 確 認 できる

STR 番 号 は構 造 質 問 式 の番 号

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・ L1 でヒットした回 答

このテキストで紹 介 していないツールの使 い方 については 「構 造 作 図 ガイド」 を参 照 https://www.jaici.or.jp/newstn/pdf/structure.pdf

(例) 可 変 置 換 位 置 : 環 上 の置 換 位 置 が可 変 である場 合の作 図

(例) 繰 り返しグループ : 繰 り返し単 位 を含 む構 造 をまとめて作 図

(例) R グループ : 一 つのノードが複 数 の原 子 や部 分 構 造 となる可 能 性 がある場 合の作 図 まとめて作 図 したい

オルト位 メタ位 パラ位

まとめて作 図 したい

まとめて作 図 したい

R1 = O, COOH, X, ヒット部 分 は赤 くハイライトされる

C REGISTRY

ファイル

54

検索フィールド一覧

コード 内 容 索 引

単 位 検 索 例

一 般

/CRN /CI /DEF* /ENTE* /FA /FS

/REF.CAPLUS /PCT

/RN /SR

成 分 CAS RN® クラス識 別 子 物 質 の定 義 索 引 者 情 報 フィールドの存 在 ファイルセグメント

CAplus ファイルでの文 献 数

ポリマー分 類 用 語 CAS RN®

収 録 源

句 句 単 語 単 語 句 単 語 数 値 句 句 単 語 ,句

79-10-7/CRN PMS/CI

HYDROCARBONS/DEF

*ENZYM*/ENTE RSD/FA

PROTEIN/FS 50=<REF.CAPLUS POLYESTER/PCT 97-77-8/RN CA/SR

化 学 物 質 名 称

/CN /CNS /HP /ONS

化 学 物 質 名 称

化 学 物 質 名 称 自 然 セグメント 見 出 し語 母 核

CA 索 引 名 以 外 の名 称 セグメント

句 単 語 句 単 語

BENZOIC ACID/CN

*CYCLIN*/CNS BENZENE/HP ANILINE/ONS

分 子 式

/ATC /CMF /ELC /ELC.SUB /ELF /ELS /MF /NC

原 子 数 成 分 分 子 式 元 素 数

元 素 数 (物 質 全 体) 元 素 式

元 素 種 分 子 式 成 分 数

数 値 句 数 値 数 値 句 句 句 数 値

5/ATC C5H5N/CMF 7-9/ELC ELC.SUB>=8 C H F O/ELF B/ELS

C7H3BR2FO2/MF F/ELS NOT 2>=NC

環 データ

/CNR /CNRS /NR /NRRS /NRS

環 の数 (成 分 内) 環 系 の数 (成 分 内) 最 小 環 の数

環 系 内 の環 の数 環 系 の数 (物 質 全 体)

数 値 数 値 数 値 数 値 数 値

CNR=>12 3/CNRS 10/NR 5-6/NRRS 7/NRS

更 新 日

/EDSUB /UPNST /UPST /UPSUB

入 力 日

構 造 以 外 のデータの更 新 日 構 造 データの更 新 日 更 新 日

数 値 数 値 数 値 数 値

EDSUB>19940210 UPNST>=20130101 UPST>20110210 UPSUB=20140130

* スペースは (W) には置 き換 わらないため,句 (フレーズ) で検 索 する場 合 には (W) を入 力 する 例 : (*ALKYL* (W) *ETHER*)/ENTE

D クロスオーバー検索

55

化学物質のクロスオーバー検索

■ REGISTRY ファイルと CAplus ファイルは CAS RN® をキーに関 係 付 けされている.

REGISTRY ファイル

CAplus ファイル

クロスオーバー検索

REFX L# SUBX L#

または

REGISTRY ファイルで得 られた物 質 の

文 献 情 報 を CAplus ファイルで得 る

CAplus ファイルで索 引 された化 学 物 質 の

情 報 を REGISTRY ファイルで確 認 する

物 質 索 引

新 規 物 質 や新 しい知 見 のあった既 存 の特 定 の化 学 物 質 が

CAS RN® で索 引 されている

CAS ロール

CAS ロールは,文 献 中 でのその化 学 物 質 の役 割 (ロール) をコード化 し た も の で あ り , 特 定 の 化 学 物 質 (CAS RN®) や 化 合 物 ク ラ ス 用 語

(統 制 語) と共 に索 引 されている

または

D

クロスオーバー検索

56

CAplus ファイルの化学物質索引

■ CAplus ファイルで索 引 される化 学 物 質

・ 雑 誌 論 文 の場 合

文 献 中 に記 載 されている 「科 学 的 ・技 術 的 に新 しい知 見 があった特 定 の化 学 物 質」.

- 索 引 される化 学 物 質

・ 新 規 物 質 ・ 新 しい知 見 があった既 知 物 質

- 通 常 索 引 されない化 学 物 質

汎 用 の試 薬 ,溶 媒 ,触 媒 (これらは抄 録 の検 索 で見 つかることがある)

計 算 物 性 値 だけが記 載 されている物 質 や,公 表されたデータ評 価 のために示された物 質

・ 特 許 の場 合

- 特 許 実 施 例 中 またはクレーム (1981 年 以 降) に記 載 されており,新 規 性 ・改 良 点 ,重 要 な事 項 に関 連 する特 定 の化 学 物 質 .

- 実 施 例 由 来 の場 合 は,何 らかの hard data (融 点 や NMR スペクトル等 ) のある特 定 の 化 学 物 質 (名 称 のみが記 述されているような例 示 物 質 は索 引 されない).

- ただし,以 下 の特 許 がベーシック特 許 となった場 合 には,実 施 例 中 の hard data のない 化 学 物 質 (Prophetic 物 質) も索 引される.

・ 2009 年 1 月 以 降 に発 行 された,主 要 国 (CA, DE, EP, FR, GB, JP, RU, US, WO) の特許

・ 1998-2008 年 に CA, DE, EP, FR, GB, US, WO で発 行 された特 許 のうち,英 語 ,仏 語 または

独 語 で書 かれた特 許 (1993-1997 年 は一 部 収 録)

・ 2000-2008 年 に発 行 された,日 本 語 で書 かれた特 許

1. 特 許 の実 施 例 に記 載 されている hard data のない特 定 の化 学 物 質 (例 :反 応 物 ,単 離 された中 間 体 ,生 成 物) で,クレームには記 載 されていないもの.構 造 式 だけでなく,

化 学 物 質 名 で表 現 されているものや,表 にまとめられているものも含 まれる.

2. 新 規/改 良 した用 途 が報 告 されているが,その用 途 が実 証 されていない物 質 .

■ 化 学 物 質 索 引 の年 代 変 遷

・ 1967 年 以 降 のレコードでは,化 学 物 質 は CAS RN® で索 引されている.

・ 1907-1966 年 のレコードには,冊 子 体 の Subject Index から索 引 情 報 を追 加 した.

- CAS RN® と CA 索 引 名 が収 録されている.一 部 CA 索 引 名 のみの物 質 もある.

- Formula Indexの情 報も収 録 .

・ 1906 年 以 前 のレコードには,一 部 のレコードにのみ化 学 物 質 索 引 が付 与 されている.

Prophetic 物 質 の定 義

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■ 化 学 物 質 の文 献 調 査

・ REGISTRY ファイルで得 られた物 質 の文 献 情 報 を得 るには,REGISTRY から CAplus ファイ

ルへのクロスオーバー検 索 を実 行 する.

・ 【方 法 1】 REGISTRY ファイルで をクリックする.

・ 【方 法 2】 CAplus ファイルで,REFX コマンド (REFX L#) を実 行 する.

■ REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへのクロスオーバー検 索 の流 れ

・ Get References ボタンまたは REFX コマンドを実 行 すると,REGISTRY ファイルの回 答 集 合

中 の CAS RN® が抽 出 され,CAplus ファイルで検 索される.

REGISTRY ファイルで化 学 物 質 を検 索 する

<例>

58-08-2/RN (CAS RN®) CAFFEINE/CN (化 学 物 質 名 称) C8H10N4O2/MF (分 子 式) STR1/SSS,FUL (構 造 検 索)

CAplus ファイルでクロスオーバー検 索 を実 行 する

REFX L1

(REFX L1) (U) CAS ロール/RL

・ REFX コマンドは,ファイルを CAplus ファイルに 切 り替 えてから実 行 する

・ クロスオーバー検 索 時 に CAS ロールで限 定 する場 合 ,REFX コマンドの前 後 の括 弧 が必 要

Get References ボタンをクリックする

Search ボタンをクリックする

CAS ロール

・ チェックを付 けなかった場 合 : すべての文 献 を検 索

・ チェックを付 けた場 合 : 選 択 した CAS ロールを持 つ 文 献 を検 索

・ すべての CAS ロールが一 覧 に表 示 されるわけでは ない.一 覧 にない CAS ロールを使 用 したい場 合 には,

REFX コマンドを用 いてクロスオーバーする

【方 法1】 【方 法 2】

L1

D

クロスオーバー検索

58

検索例 : クロスオーバー検索

■ 検 索 例 : 検 索 例 4 で得 られた物 質 の合 成 文 献 を調 べる 【方 法 1】

・ ボタンを使 い,REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへクロスオーバーする.

クロスオーバーする際 ,Preparation (合 成) にチェックを入 れることで合 成 文 献 に限 定 できる.

Preparation にチェックを入 れることで,

合 成 文 献 に限 定 することができる クリック

クリック

自 動 的 に CAplus ファイルに入 り,

(REFX L#) (U) (PREP)/RL が実 行 される

Hit 表 示 形 式 を選 択 すると,サマリー 表 示 画 面 でヒットした物 質 の CAS RN® と構 造 が確 認 できる

チェックを入 れた回 答 のみを クロスオーバーすることも可 能

59

■ CAS ロール

・ CAS ロールは,文 献 中 でのその化 学 物 質 の役 割 (ロール) をコード化 したもの.CAplus ファ イルで,特 定 の化 学 物 質 (CAS RN®) や化 合 物 クラス用 語 (統 制 語) と共 に CAS ロールが 索 引 されている.

コード 英語名 定義 備考*1 ANST*2 Analytical Study 分析に関する研究

ANT Analyte 分析対象

AMX Analytical Matrix 分析マトリックス ARG Analytical Reagent Use 分析試薬用途 ARU Analytical Role,

Unclassified

上記以外の分析に 関する研究 BIOL*2 Biological Study 生物学的研究

ADV Adverse Effect,

Including Toxicology 副作用 (毒性を含む) AGR Agricultural Use 農業関連用途

BCP Biochemical Process 生化学的プロセス 2002- BMF Bioindustrial

Manufacture 生化学的工業生産

BPN Biosynthetic

Preparation 生化学的合成

COS Cosmetic Use 化粧品用途 2002-

DGN Diagnostic Use 診断用途 2002-

FFD Food or Feed Use 食品または飼料用途 NPO Natural Product

Occurrence 天然物の起源・分布 2002-

PAC Pharmacological

Activity 薬理活性 2002-

PKT Pharmacokinetics 薬物動態 2002-

THU Therapeutic Use 医薬用途 BUU Biological Use,

Unclassified

上記以外の生物関連 用途

BSU Biological Study, Unclassified

上記以外の生物学的 研究

BAC

Biological Activity or Effector, Except Adverse

生理活性またはエフェ クター (副作用を除く) -2001 CMBI*2 Combinatorial Study コンビナトリアル・ケミストリー

に関する研究 2002- FORM*2 Formation,

Nonpreparative

生成

(意図的合成ではない) GFM Geological or

Astronomical Formation

地質学的,天文学的 生成

FMU Formation, Unclassified 上記以外の生成

NANO*2 Nanomaterial ナノ材料 1992-

OCCU*2 Occurrence 起源・分布 GOC

Geological or Astronomical Occurrence

地質学的,天文学的 起源・分布 NPO Natural Product

Occurrence 天然物の起源・分布 2002-

POL Pollutant 汚染物質

OCU Occurrence, Unclassified

上記以外の起源・

分布

コード 英語名 定義 備考*1

PREP*2,3 Preparation 製造 1907-

BMF Bioindustrial

Manufacture 生化学的工業生産

BPN Biosynthetic

Preparation 生化学的合成

BYP Byproduct 副生成物

IMF Industrial Manufacture 化学的工業生産 PUR Purification or

Recovery 精製

SPN Synthetic Preparation 化学合成

PROC*2 Process プロセス

PEP Physical, Engineering or Chemical Process

物理的,工学的,また は化学的プロセス

BCP Biochemical Process 生化学的プロセス 2002- GPR Geological or

Astronomical Process

地質学的,天文学的 プロセス

REM Removal or Disposal 除去または処分

PRPH*2,4 Prophetic Prophetic 物質 1993- RACT*2 Reactant or Reagent 反応物または試薬

RCT Reactant 反応物

RGT Reagent 試薬 2002-

USES*2 Uses 用途

AGR Agricultural Use 農業関連用途 ARG Analytical Reagent Use 分析試薬用途

CAT Catalyst Use 触媒用途

COS Cosmetic Use 化粧品用途 2002-

DGN Diagnostic Use 診断用途 2002-

FFD Food or Feed Use 食品または飼料用途

MOA Modifier or Additive Use

改良剤または添加物 用途

POF Polymer in Formulation ポリマー組成物 TEM

Technical or Engineered Material Use

工学・工業材料用途 THU Therapeutic Use 医薬用途

BUU Biological Use, Unclassified

上記以外の生物学的 用途

NUU Other Use, Unclassified 上記以外の用途

PRP Properties 物性

MSC Miscellaneous その他

*1 表 中 の備 考 欄 が空 欄 の CAS ロールの付 与 年 代 は,1967 年 以 降

*2 4 文 字 コード (網 がけのコード) はスーパーロール

*3 PREP のロールは CAS RN® に付 加 されている接 尾 辞 P と対 応

*4 Prophetic 物 質 の詳 細 は p.56 参 照 .

ドキュメント内 STN 新プラットフォーム 基礎 (ページ 55-72)

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