微生物は、人に対し感染症を引き起こすなど様々な影響を及ぼすことがあります。
わが国では、「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」（平成10年10月2 日法律第114号：最終改正平成23年12月14日法律第122号）が平成11年4月1日に施行さ れ、下記のように病原体と感染症を分類し、病原体の取扱と感染症の対策がとられています。
感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（感染症法）
バイオテロ対策
一種病原体 二種病原体 一類感染症
病原体の適正な 取扱の徹底 二種病原体 三種病原体 四種病原体
感染症患者の適 切な治療と感染 症の予防まん延
の防止 一類感染症 二類感染症 三類感染症 四類感染症 五類感染症
新型インフルエ ンザ等感染症
指定感染症 新感染症
一種病原体（国民の生命及び健康に極めて重 大な影響を与えるおそれがある病原体）
・アレナウイルス属ガナリトウイルス、サビアウイル ス、フニンウイルス、マチュポウイルス及びラッサウ イルス、
・エボラウイルス属アイボリーコーストエボラウイル ス、ザイールウイルス、スーダンエボラウイルス及び レストンエボラウイルス
・オルソポックスウイルス属バリオラウイルス（別名 痘そうウイルス）
・ナイロウイルス属クリミア・コンゴヘモラジックフ ィーバーウイルス（別名クリミア・コンゴ出血熱ウイ ルス）
・マールブルグウイルス属レイクビクトリアマールブ ルグウイルス
二種病原体（国民の生命及び健康に重大な影 響を与えるおそれがある病原体）
・エルシニア属ペスティス（別名ペスト菌）
・クロストリジウム属ボツリヌム（別名ボツリヌス菌）
・コロナウイルス属SARSコロナウイルス
・バシラス属アントラシス（別名炭疽菌）
・フランシセラ属ツラレンシス種（別名野兎病菌）亜 種ツラレンシス及びホルアークティカ
・ボツリヌス毒素（人工合成毒素であって、その構造 式がボツリヌス毒素の構造式と同一であるものを含 む。）
三種病原体（国民の生命及び健康に影響を与 えるおそれがある病原体）
・コクシエラ属バーネッティイ
・マイコバクテリウム属ツベルクローシス（別名結核 菌）（イソニコチン酸ヒドラジド及びリファンピシン に対し耐性を有するものに限る。）
・リッサウイルス属レイビーズウイルス（別名狂犬病 ウイルス）
四種病原体（国民の健康に影響を与えるおそ れがある病原体）
・インフルエンザウイルスＡ属インフルエンザＡウイ ルス（血清亜型がＨ2Ｎ2、Ｈ5Ｎ1若しくはＨ7Ｎ7で あるもの（新型インフルエンザ等感染症の病原体を除 く。）又は新型インフルエンザ等感染症の病原体に限 る。）
・エシェリヒア属コリー（別名大腸菌）（腸管出血性大 腸菌に限る。）
・エンテロウイルス属ポリオウイルス
・クリプトスポリジウム属パルバム（遺伝子型が一型 又は二型であるものに限る。）
・サルモネラ属エンテリカ（血清亜型がタイフィ又は パラタイフィＡであるものに限る。）
・志賀毒素（人工合成毒素であって、その構造式が志 賀毒素の構造式と同一であるものを含む。）
・シゲラ属（別名赤痢菌）ソンネイ、デイゼンテリエ、
フレキシネリー及びボイデイ
・ビブリオ属コレラ（別名コレラ菌）（血清型がＯ一又 はＯ一三九であるものに限る。）
・フラビウイルス属イエローフィーバーウイルス（別 名黄熱ウイルス）
・マイコバクテリウム属ツベルクローシス（三種病原 体を除く。）
一類感染症（感染力、罹患した場合の重篤性から判断して、
危険性が極めて高い感染症）
エボラ出血熱、クリミア・コンゴ熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マー ブルク病、ラッサ熱
二類感染症（感染力、罹患した場合の重篤性から判断して、
危険性が高い感染症）
急性灰白髄炎、結核、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属 SARSコロナウイルスであるものに限る。）、鳥インフルエンザ（病原体が インフルエンザウイルスＡ属インフルエンザＡウイルスであってその血 清亜型がＨ5Ｎ1であるものに限る。）、政令で定められた結核・重症急性呼 吸器症候群・鳥インフルエンザの擬似症患者についても患者とし、法で定 める強制措置の対象となる。
三類感染症（感染力、罹患した場合の重篤性から判断して、
危険性は高くないが、特定の職業への就業によって集団発生を 起こし得る感染症）
コレラ、細菌性赤痢、腸管出血性大腸菌感染症、腸チフス、パラチフス 四類感染症（動物、飲食物等を介して人に感染し、人から人 への感染はなく、国民の健康に影響を与える恐れがある感染症）
E型肝炎、A型肝炎、黄熱、Q熱、狂犬病、炭疽、鳥インフルエンザ（H5N1 型除く）、ボツリヌス症、マラリア、野兎病、政令で定めるもの（ウエス トナイル熱、エキノコックス症、オウム熱、オムスク出血熱、回帰熱、キ ャサヌル森林病、コクシジオイデス症、サル痘、腎症候性出血熱、西部ウ マ脳炎、ダニ媒介脳炎、つつが虫病、デング熱、東部ウマ脳炎、ニパウイ ルス感染症、日本紅班熱、日本脳炎、ハンタウイルス肺症候群、Bウイル ス病、鼻疽、ブルセラ病、ベネズエラウマ脳炎、ベントウイルス感染症、
発しんチフス、ライム病、リッサウイルス感染症、リフトバレー熱、類鼻 疽、レジオネラ症、レプトスピラ症、ロッキー山紅班熱）
五類感染症（国が感染症の発生動向の調査を行い、その結果 に基づいて必要な情報を国民や医療関係に情報提供・公開して いくことによって発生・まん延を防止すべき感染症）
全数把握 ウイルス性肝炎(A、E型以外)、クリプトスポリジウム症、後天 性免疫不全症候群、梅毒、アメーバ赤痢、急性脳炎(ウエストナイル脳炎お よび日本脳炎除く)、クロイツフェルト・ヤコブ病、劇症型溶血性レンサ球 菌感染症、ジアルジア症、髄膜炎菌性髄膜炎、先天性風しん症候群、破傷 風、バンコマイシン耐性黄色ブドウ球菌感染症、バンコマイシン耐性黄色 ブドウ球菌感染症、麻しん、
小児科定点把握 RSウイルス感染症、咽頭結膜熱、A群溶血性レンサ球 菌咽頭炎、感染性胃腸炎、水痘、手足口病、突発性発疹、百日咳、ヘルパ ンギーナ、流行性耳下腺炎
インフルエンザ定点把握（小児科・内科） インフルエンザ(鳥インフルエ ンザ除く)
眼科定点把握 急性出血性結膜炎、流行性角結膜炎
STD定点把握（産婦人科・皮膚科・泌尿器科・性病科） 性器クラミジア 感染症、性器ヘルペスウイルス感染症、尖圭コンジローマ、淋菌感染症、
基幹定点把握（内科・外科を持つ300床以上の病院） クラミジア肺炎(オ ウム病除く)、細菌性髄膜炎（髄膜炎菌性髄膜炎除く）、ペニシリン耐性肺 炎球菌感染症、マイコプラズマ肺炎、無菌性髄膜炎、メチシリン耐性黄色 ブドウ球菌感染症、薬剤耐性緑膿菌感染症
新型インフルエンザ等感染症 ブタインフルエンザ（H1N1亜型）
指定感染症（既知の感染症の中で1～3類及び新型インフルエ ンザ等感染症に分類されない感染症で、法で定める強制措置に よらなければ感染症のまん延により生命及び健康に重大な影響 を与える恐れがあるものとして政令で定める感染症）
現在なし
新感染症（人から人への感染が認められ、既知の感染症と明 らかに異なり、感染症の程度が重篤、且つ感染症のまん延によ り生命及び健康に重大な影響を与える恐れがある感染症）
感染症の感染経路は、微生物の種類によって様々であり、水系感染症の場合、WHO 飲料水水 質ガイドライン第3版では病原体と感染経路は以下のように示しています。
細 細菌菌
・病原大腸菌
・カンピロバ クター
・サルモネラ
・赤痢
・コレラ
・エルシニア
ウ ウイイルルスス
・アデノ
・アストロ
・エンテロ
・Ａ型肝炎
・Ｅ型肝炎
・ノロ
・ロタ
・サポ
原 原虫虫・・蠕蠕虫虫
・クリプトスポリ ジウム
・赤痢アメーバ
・ジアルジア
・トキソプラズマ
・メジナ虫
・レジオネラ
・抗酸菌
・ネグレリア
・様々なウイルス
・高曝露による 多種の病原体
・アカントアメーバ
・エロモナス
・抗酸菌
・緑膿菌
・住血吸虫
摂取（飲む） 吸入（エアロゾル） 接触（水泳等）
消化器系 （腸管） 呼吸器系 皮膚,目,粘膜
人体
水
水系病原体の感染経路
WHO 飲料水水質ガイドライン第３版（第１,２追補）に記載されている病原体一覧
（細菌・ウイルス・原虫）
Bacteria pathogens
・Acinetobacter
・Aeromonas
・Bacillus
・Burkholderia pseudomallei
・Campylobacter
・Escherichia coli pathogenic strains
・Enterobacter sakazakii
・Helicobacter pylori
・Klebsiella
・Legionella
・Leptospira
・Mycobacterium
・Pseudomonas aeruginosa
・Salmonella
・Shigella
・Staphylococcus aureus
・Tsukamurella
・Vibrio
・Yersinia
Viral pathogens
・Adenoviruses
・Astroviruses
・Caliciviruses
・Enteroviruses
・Hepatitis A virus
・Hepatitis E virus
・Rotaviruses and orthoreoviruses
Protozoan pathogens
・Acanthamoeba
・Balantidium coli
・Blastocystis
・Cryptosporidium
・Cyclospora cayetanensis
・Entamoeba histolytica
・Giardia intestinalis
・Isospora belli
・Microsporidia
・Naegleria fowleri
・Toxoplasma gondii