［好気性グラム陽性球菌］
ブドウ球菌属：黄色ブドウ球菌，メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA），表皮ブドウ球菌 レンサ球菌属：A 群溶血性レンサ球菌，肺炎球菌，その他のレンサ球菌属
腸球菌属： エンテロコッカス・フェカーリス，エンテロコッカス・フェシウム，エンテロコッ カス・アビウム，バンコマイシン耐性エンテロコッカス・フェシウム，その他の 腸球菌属
ミクロコッカス属
［好気性グラム陰性球菌］
ナイセリア属：淋菌，髄膜炎菌
モラクセラ属：モラクセラ（ブランハメラ）・カタラーリス
［好気性グラム陽性桿菌］
リステリア属： リステリア・モノサイトゲネス エリシペロスリックス属：豚丹毒菌
コリネバクテリウム属： ジフテリア菌
バシラス属： 炭疽菌，バシラス・セレウス ノカルジア属
［腸内細菌科］
エスケリキア属： 大腸菌 シゲラ属： 赤痢菌
サルモネラ属： チフス菌，パラチフス菌，サルモネラ属（チフス菌，パラチフス菌を除く）
シトロバクター属
クレブシエラ属： 肺炎桿菌，クレブシエラ・オキシトカ エンテロバクター属：エンテロバクター・クロアカ
セラチア属： セラチア・マルセスセンス
プロテウス属： プロテウス・ミラビリス，プロテウス・ブルガリス モルガネラ属： モルガネラ・モルガニー
プロビデンシア属： プロビデンシア・レットゲリ，プロビデンシア・インコンスタンス エルシニア属： ペスト菌
［ビブリオ科］
ビブリオ属： コレラ菌，腸炎ビブリオ，ブルニフィカス菌，その他のビブリオ属
エロモナス属：エロモナス・ヒドロフィラ，エロモナス・ソブリア，エロモナス・キャビエ
［パスツレラ科］
パスツレラ属： パスツレラ・ムルトシダ
ヘモフィルス属： インフルエンザ菌，ヘモフィルス・デュクレイ（軟性下疳菌），
ヘモフィルス・エジプチウス（コッホ・ウィークス菌）
アグリゲイティバクター属：アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス
［ブドウ糖非発酵グラム陰性桿菌］
シュードモナス属： 緑膿菌，シュードモナス・プチダ，シュードモナス・フルオレッセンス バークホルデリア属： バークホルデリア・セパシア，バークホルデリア・シュードマレイ ステノトロホモナス属：ステノトロホモナス（ザントモナス）・マルトフィリア
アシネトバクター属： アシネトバクター・バウマニー，アシネトバクター・カルコアセティカス フラボバクテリウム属：フラボバクテリウム・メニンゴセプチカム
アルカリゲネス属： アルカリゲネス・フェカーリス
［レジオネラ科］
レジオネラ属： レジオネラ・ニューモフィラ，その他のレジオネラ属
［好気性グラム陰性球桿菌］
ブルセラ属： ブルセラ・アボルタス ボルデテラ属： 百日咳菌
フランシセラ属：野兎病菌
［微好気性グラム陰性菌］
カンピロバクター属：カンピロバクター・ジェジュニ，カンピロバクター・コリ ヘリコバクター属： ヘリコバクター・ピロリ
［嫌気性グラム陽性球菌］
ペプトストレプトコッカス属
［嫌気性グラム陰性桿菌］
バクテロイデス属： バクテロイデス・フラジリス
プレボテラ属： プレボテラ・インターメディア，プレボテラ・メラニノジェニカ，
その他のプレボテラ属（プレボテラ・ビビアを除く）
ポルフィロモナス属：ポルフィロモナス・ジンジバリス フソバクテリウム属：フソバクテリウム・ヌクレアタム カプノサイトファーガ属
［嫌気性グラム陽性桿菌］
クロストリジウム属： 破傷風菌，ガス壊疽菌群，クロストリジウム・ディフィシル アクチノマイセス属： 放線菌
プロピオニバクテリウム属：アクネ菌
ユウバクテリウム属： ユウバクテリウム・レンタム
［その他の細菌］
マイコバクテリウム属：結核菌，らい菌，マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス（MAC），
マイコバクテリウム・カンサシ，マイコバクテリウム・イントラセルラーレ ガードネラ属： ガードネラ・バジナリス
［スピロヘータ科］
トレポネーマ属：梅毒トレポネーマ ボレリア属： 回帰熱ボレリア
［レプトスピラ科］
レプトスピラ属：ワイル病レプトスピラ
［リケッチア科］
リケッチア属：リケッチア属（オリエンチア・ツツガムシ）
コクシエラ属：Q 熱リケッチア（コクシエラ・ブルネティ）
［クラミジア科］
クラミジア属：クラミジア・トラコマティス，クラミジア・ニューモニエ，クラミジア・シッタシ
［マイコプラズマ科］
マイコプラズマ属：マイコプラズマ・ニューモニエ，マイコプラズマ・ジェニタリウム ウレアプラズマ属：ウレアプラズマ・ウレアリティカム