© 2013 統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 2.1 日本
「 galFiltered.***」や、自分で作成したテキスト、Excelファイルを 使ってCytoscapeでパスウェイを表示、編集してみましょう。
②
③
①
１．Visual Styleの変 更
①Control Panelの
VizMapperタブを選択
②Current Visual Stypeから適当なもの を選択
２．Layoutの変更
③メインメニューの Layout、もしくはア イコンメニューの Layoutを選択
③
①
①
メインメニュー「Select」「Select all nodes and
edges」やメイン ネットワークビュー 上でノードやエッジ を選択
②
Table Panelでノー ド、エッジの属性を 確認③
ノードとエッジ属 性の切り替えはタブ で行う④
表示する属性を選 択ノード、エッジの属性の確認
②
④
VizMapper™を使ったラベルの編集
① Control Panel
で「
VizMapper
」 を選択② Visual Mapping Browser
の「
Node Label
」 で「
COMMON
」をノードの表示を属性の「COMMON」に 選択
変更。
①
②
VizMapper™を使ったエッジ形状の編集
① Control Panel で 「VizMapper」
を選択
② Visual Mapping Browserの
「Edge Line Type」を選択
③ 「Mapping Type」で
「Discrete
Mapping」を選 択
④ 「pd」（タン パク質-DNA結 合）を 「Dash」、
「pp」（タンパ ク質-タンパク 質結合）を
「Solid」に指定。
①
② ③
④
その他の書式変更の方法
ノード色の編集 スライド27～29「VizMapper™を使ったノード色の編集」を参照
デフォルト値の（ノード、エッジ書式の一括）編集 スライド30「VizMapper™を使ったデフォルト値の編集」を参照
レイアウト機能
サンプルデータ： galFiltered.cys
Attribute Circle Layout
①
メインメ ニュー「Layout」
「Attribute Circle
Layout」
「gal4RGex p」（使用す る属性値）を 選択
ノードの属性値の順に環状グラフの下部から時計回りに配置するレイアウト
Degree Sorted Circle Layout
①
メインメ ニュー「Layout」
「Degree Sorted Circle
Layout」を 選択。
ノードが持つエッジ数の多いものからの環状グラフの下部から反時計回りに
配置するレイアウト
Group Attribution Layout
①
メインメ ニュー「Layout」
「Group Attribution Layout」
「Degree」
を選択。
ノードの属性値（Attribute）で同値のものを同じ環状グラフに配置するレイアウト
Prefuse Force Directed Layout
①
メニュー「Layout」、
「Cytoscape Layouts」
「Prefuse Force
Directed Layout」を 選択。
グラフの詳細な構造を表すのに適したレイアウト
メニューアイコンで初期設定されているLayoutが「Prefuse
Force Directed Layout」
Hierarchical Layout
①
メインメ ニュー「Layout」
「Hierarchic al Layout」
を選択。
パスウェイを階層的に表現するレイアウト
データ解析の例
（ 参照： Basic Expression Analysis - Yeast ）
サンプルデータ： galFiltered.cys
①
Visual Mapping Browserの「Node Fill Color」で
「gal1RGex p」を選択
②
スライド27～29を参考
に低発現を赤、
高発現を緑に
②
設定。①
フィルタ機能を使った絞り込み
①
Control Panel の「Filters」を 選択②
「Filter Definition」「Column/Filter
」で「edge:interact ion」を選択、次 いで「Add」を 押す
③
Advancedのク エリー欄に「pd」を入力
④
「ApplyFilter」を押す
⑤
タンパク質-DNA相互作用（pd）を表す破 線が赤く選択さ れていることを 確認
①
②
③
④
⑤
タンパク質-DNA相互作用（pd）のエッジを抽出
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 1 of 8
①
メインメ ニュー「Select」
「Nodes」、
「Nodes connected by selected edges」を選 択
①
タンパク質-DNA相互作用（pd）のエッジと繋がっているノードの抽出
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 2 of 8
②
メインメ ニュー「File」
「New」
「Network」
「From selected nodes, selected
edges」を選 択
②
タンパク質-DNA相互作用（pd）のエッジとそれと繋がっているノードを構成要素 とするネットワークを抽出
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サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 3 of 8
③
Control Panelの「Network」
で、元のパス ウェイ（galFilteder.s if）の下位に、
部分パスウェ イ（galFilteder.s if(1)）が作成 されたことを 確認
④
メニューアイ コンでレイア ウトを変更③
④
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 4 of 8
④ Control Panel
の「VizMapper」で「
Edge Target Arrow Shape」を
「
Interaction
」、「
Mapping Type
」 を「DiscreteMapping
」、「pd
」 を「Delta
」に設定。⑤
もし「Edge Target Arrow Shape」の表示が
見当たらない場 合は、「Show All」をクリック。
エッジの一端が矢じり形であることを確認
④
⑤
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 5 of 8
⑥
メインネット ワークビューも しくは、画面左 下のネットワー ク全体図から、黒および赤色の ノード（低発現 遺伝子、GAL1, GAL7,
GAL10）に注目 し、その近辺を 拡大
⑥
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 6 of 8
⑦
メインネッ トワークビューで、
Shiftキーを押 しながらGAL4, 11を複数選択
⑧
アイコンメ ニュー「First Neighbors of SelectedNodes」をク リック
低発現遺伝子（黒、赤色ノード）の周辺に あるGAL4, 11に注目し、それらと直接相互 作用する遺伝子（タンパク質）を検索する。
⑦
⑦
⑧
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 7 of 8
⑨
アイコンメ ニュー「New Network From Selection」を クリック⑨
サブパスウェイ（部分パスウェイ）の抽出 8 of 8
⑩
GAL4, 11と 相互作用する遺 伝子（タンパク 質）を抽出プラグインの紹介
相互作用DB
Manage Plugins
データ解析、ネットワーク解析、等の拡張機能は「App Manage」で導入、実行、管理する
① メインメニュー
「Apps」「App Manager」を選択
エンリッチメント 解析
オントロジー解析
データインポー ト
GOアノテーショ ン
クラスタリング 遺伝子発現
グラフ解析
Agilent Literature Search
Pubmed、OMIM、USPTO（米国特許商標庁）を情報元として、検索キーワード と関係のある相互作用情報をマイニングし、ネットワーク表示するツール
ClueGO
過剰発現遺伝子群など遺伝子っクラスターを対象に、GeneOntology, Keggなどを使って機能予測するツール
類似のツール：BiNGO