InvDB: ヒト遺伝子アノテーション統合データベース

ドキュメント内 立体構造予測 フォールディング問題、 (Page 37-41)

„ ヒトゲノムのアノテー ション(注釈付け)がま とまっています。

„ “actin skeletal

muscle” で検索し、

HIT000035891 をク リック

„ Protein Structure をク リック

„ GTOP をクリック

…

このリンクは

H-InvDB

用の

GTOP

のリンクです。

C. Yamasaki et al., Gene 364, 99-107 (2005), “Investigation of protein functions through data-mining on integrated human

transcriptome database, H-Invitational database (H-InvDB) ”

38

GTOP : Genomes TO Protein structures and functions

„

先程、皆さんが実行したのと同じ(リガンドはなしですが)、

E-value

0.001

でホモロジーモデリングした構造が表示さ

れます。

„

立体構造予測だけでは

なく、機能予測やいくつ かの解析がまとめられ ています。

„

それも

610

生物種全て のゲノムに対して解析 したまとめです。

T. Kawabata, K. Nishikawa, Tanpakushitsu Kakusan Koso 46, 2592-2597 (2001), “GTOP: database for protein 3D structure prediction ”

このH-invDBからのGTOPはヒトのみですが、講義ページのリンクはGTOP本体にリンクしています。

39

PDB-BLAST

:少し遠縁の検索

„

これまでのモデリング(構造予測)は、

PDB

データベースに対 して、相同性検索に基づいたものですが、有意な構造がない 場合、構造が構築できません。

„

上記より、少し遠縁のタンパク質を検索する方法として

PDB-BLAST

があります。

…

構造に偏りのある

PDB

ではなく、初めに

NR

データベースに対して

5

ウンド

PSI-BLAST

検索し

PSSM

を出力します。

…

その

PSSM

を用いて、

PDB

データベースに対して、

PSI-BLAST

検索 して少し遠縁のタンパク質を検索します。

„

モデリングは、アラインメントを基に先程おこなったものと同じ です。

… 2

ページ後の

3D-Jury

の項目に入ってます(内部で実行)。

„

プロファイル(

PSSM

)情報は大変有用です。

40

Fold Recognition (フォールド認識)サーバー : FUGUE2

„

これまでの、

PSI-BLAST

に おけるプロファイル(

PSSM

) は配列情報のみによる。

„

既知立体構造(

PDB

)情報 を基にデータベース

HOMSTRAD

を構築し、そ のデータベースに対して、

配列の

PSSM

および構造

/

環境の

PSSM

ESSTs

)を 用いて、フォールド・機能の 検索を行う。

PSSMの例) ACTA1配列をPSI-BLAST検索 (構造PSSMではない)

J. Shi, T.L. Blundell, K. Mizuguchi, J. Mol. Biol. 310, 243-257 (2001), “FUGUE: sequence-structure homology recognition using

environment-specific substitution tables and structure-dependent gap penalties ”

41

フォールド認識法 Threading など

„

これまでは、BLAST、PSI-BLAST等による相同性検索を用いて主に近縁の配列 を検索し、その鋳型・アラインメントを基にモデル構築をおこないましたが、

„

マルチプルアラインメント、プロファイル(PSSM)を有効に用いたり、構造配列相 関を用いることにより、より遠縁の鋳型を検索することができます。

„

これらフォールド認識法を用いた多くのサーバーが存在します。

… 3D-PSSM, FUGUE2, Sam-T02, mGenThreaderなど

„

さらに、それらいくつかのサーバーのメタサーバー(コンセンサス予測をする)もあ ります。

… 3D-Jury

… [URL] http://bioinfo.pl/meta/

ドキュメント内 立体構造予測 フォールディング問題、 (Page 37-41)

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