セクション 3
メディアのフォーマット
次世代シーケンスデータのひとつの特徴として、大きな ファイルを扱うことがあげられる。数GBから数十GBのファ イルは日常的に扱うし、場合によっては100GBを超える。そ れらのファイルを扱うために、特別なソフトが必要である(テ キストエディタでFASTQファイルを開いてみてほしい。)が、
ハードにも多少の気を使わなければならない。HDDやSSDな どの容量はもちろん大切であるが、それはお店で聞けばわか るのではここではフォーマットについて述べる。
フォーマットはたくさんあるが、ここではFAT32、 NTS-F、Mac OS 拡張の３つを覚えていれば足る。FAT32は
win-dows PCの古いフォーマットで、買ったばかりの外付けHDD
やUSBメモリがこれになっていることがある。FAT32はほと んどすべてのOSに対応しており、windows PCでもmac でも 利用できるので便利であるが、ファイルサイズが4GB以上の ファイルを扱うことができない。数GBのファイルを扱う場合 に致命的である。NTSFはwindows PCの新しいフォーマット で、mac でもsnow leopard 以降なら対応させることができる
（参考：
http://doubleko.blog18.fc2.com/blog-entry-4027.html）。Linuxサーバーをwindows PC からのリ モートで利用している場合や、一度得られたデータを win-dows PC とmac で解析する場合にはNTFS が良いだろう。参
考にあげたホームページよりNTFS_Enabler.txtをダウンロー ドし、拡張子を.zipに変更して解凍。中に入っているファイル をダブルクリックしてパスワードを入力することで実行さ れ、NTSFフォーマットのメディアを扱うことができるように
なる。Mac OS 拡張はmac 専用のフォーマットで、ファイル
サイズの上限がBであるので、当面の間ファイルの大きさに悩 まされることはない。Time machine 用の外付けHDDなどを これにしている。
メディアのフォーマットをファイルサイズに合わせるので はなく、ファイルサイズをフォーマットに合わせる方法もあ
る。split コマンドなどでファイルを細分化してしまう方法
だ。先のセクションでbcl 変換について述べたが、通常のプ ロトコルでbcl 変換を行った場合にFASTQファイルは圧縮さ れた状態で出力され、また、こまかい複数のファイルに分け られて出力される。１つ１つのファイルサイズが4GBを超え なければ、全体で4GBを超えるディレクトリ／フォルダで
あってもFAT32で扱うことができ、実際にFAT32の汎用性は
便利であるのでFAT32を使うのも良い。
メディアのフォーマットを変更する場合には、ディスク ユーティリティを利用する。
起動すると、下図のようなUIである。
左のバーから対象のメディアを選択し、消去タブを選んで フォーマットを好きなものを選ぶ。名前も自由につけて構わ
ないが、名前にスペースや全角文字を入れているとそれが思 わぬ不具合の原因になることがあるのでさけた方が良い。
ターミナル上での取り回しを考えると、１文字目は小文字の アルファベットを推奨する。