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本稿では,スコア付けを用いた特徴量選定により,化合物とGPCRの結合予測の精度が 大きく向上できることを報告した.スコアを算出することで,結合に強い影響を与える化 合物とGPCRの特徴量を抽出することができた.これは,化合物とGPCRが結合する場合 としない場合において頻出する特徴が異なるからである.既存研究との比較実験では,

Accuracyが10.3%,AUCは0.049,F値は0.100向上させることができ,提案手法の有用性

が実証できた.実験結果から,化合物と GPCR の結合を予測するには,結合時と非結合時 に頻出する特徴に着目することが重要である.

今後の課題としては,本実験では,GPCR としてのプロスタグランジン類の受容体のみ を利用したが,別グループのGPCRさらには,GPCR以外のタンパク質に拡張して結合予測 を行うことが挙げられる.

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謝辞

本研究を行うにあたり,多大なご指導,ご助言を頂いた早稲田大学理工学術院 山名早人 教授に心より感謝致します.研究の方針,さらに多大なご指導,ご助言をして頂きました 産業技術総合研究所 生命情報センター 副研究センター長 藤博幸先生に心より感謝致し ます.また,PGD受容体モデル構造を提供して頂いた大阪大学 大安裕美先生,分子記述子 の計算方法をご教授して頂いた産業技術総合研究所 広川貴次先生に心より感謝致します.

最後に,本研究を行うにあたり,アドバイスをして下さった先輩,同輩の皆様に心より感 謝致します.

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研究業績

 大野亮仁,藤博幸,山名早人:“SVMによるGタンパク共役受容体と化学化合物の 相互作用予測”, 第34回バイオ情報学研究発表会,11号,2013.

 大野亮仁,藤博幸,山名早人:“結合・非結合時における特異な特徴量を抽出したG タンパク共役受容体と化学化合物の結合予測”,第7回データ工学と情報マネジメン トに関するフォーラム(DEIM2015),2015.

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参考文献

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