①
（任意の遺伝子・ここではMKRN2)
をクリック。詳細情報が表示される。
②”Genomic Sequence”
をクリック。表示したい配列情報の 範囲や書式についての 条件を設定する画面。
設定後に
③”submit”
ボタンをクリック。
配列データのページ
パソコンのコピー＆ペースト機能 を使って
④
のデータを保存表示領域の移動
①”move” の ”>>>” をクリック
② 表示領域が移動
①
②
エクソンの保存性の確認①
選択した生物種間で保存されている領域にピークが確認される。
青枠内のエクソンの位置と比較すると一致していることがわかる。
エクソンの保存性の確認②<”Comparative Genomics” 設定手順>
配列の保存性を種間比較により調べる
①”Comparative
①
Genomics”
メニューをクリック
エクソンの保存性の確認③<”Comparative Genomics” 設定手順>
②”Comparative Genomics”
メニュー の“Conservation”
リンクをクリック
③
比較ゲノム解析のた めのページが表示され るので、設定を行う
④
サブミットボタンをク リックして結果をビュー ワーに反映させる②
③
比較したい 生物種に チェックを
入れる
④
エクソンの保存性の確認④（表示設定）
前々々ページの図を表示させる条件設定
①PPARγ
遺伝子の全体像を表示させる操作：
<1>
ビューワー上部の”position/search”
の入力ボックスに” chr3:12353879-12475854”
を入力
<2>”jump”
ボタンをクリック。②
比較生物種をデフォルトに戻し、表示モードを”full”
にする。操作：
<1> ”Comparative Genomics”
メニューから“Conservation”
リンクをクリック<2>
ページ上側にある”Reset to defaults”
をクリック
<3>”Submit”
ボタンをクリック②
<2>
<1>
<1> <2>
chr3:12353879-12475854
①
< ３ >
レトロトランスポゾンの検出①<“Variation and Repeats”>
P PARγ
遺伝子のイントロン内には・沢山の
SINE
やLINE
が含まれている・
LTR
型のレトロトランスポゾンはほとんど観察されないPPARγ
遺伝子内の繰り返し配列の検出①
レトロトランスポゾンの検出②<“Variation and Repeats”設定>
PPARγ
遺伝子内の繰り返し配列の検出②
①
④
③
②
前ページの図を表示させる条件設定①” Repeats”
メニューの
”RepeatMasker”
を”full”
モードにする。②”Genes and Gene Prediction Tracks”
の”UCSC Genes”pack”
モードにする。③”Comparative Genomics”
メニューの“Conservation”
を”hide”
モードにする④
ページ最下部にある”refresh”
ボタンをクリック して設定の変更をビューワーに反映させる。＊
③
の”hide”
モードへの変更はSINE
やLINE
等を より見やすくするための設定レトロトランスポゾンの検出③（LINE, SINEとは）
・
レトロトランスポゾン
・哺乳類は沢山の SINE のコピーを 持っている。
最も観察される SINE は Alu 配列 と呼ばれるものである。
・ LINE がレトロトランスポゼースを コードするのに対し、 SINE はコー ドしない。
ヒトゲノムの 30% 以上の領域がレトロトランスポゾンで占められている
PPARγ
遺伝子内の繰り返し配列の検出③
t-RNA like region similar to LINE 3’
LINE: Long interspersed nuclear element
SINE: short terminal repeat
①ゲノム座標からの検索
→
該当領域周辺の遺伝子・遺伝子構造等–
サンプル:chr21:33,031,597-33,041,570
②キーワード（遺伝子名等）からの検索
→
ゲノム座標・遺伝子構造等–
サンプル：PPARγ
– (0)
基本, (1)
エクソンの保存性, (2)
レトロトランスポゾンの検出– サンプル： Ad4BP
– シス制御領域の検出
演習内容
シス制御領域の表示①
イントロン中で保存されている領域
location of exon
例）Ad4BP(Adrenal 4 binding protein)
シス制御領域の表示②＜操作手順＞
例）
nuclear receptor Ad4BP
Ad4BP
①
③
①UCSC Genome Browser
の トップページにアクセスし”GenomeBrowser”
をクリック②
ヒトゲノム用のトップ ページの”position or search term”
入力ボックスに”Ad4BP”
を入力
③submit
ボタンをクリック④let-7a
についての検索結果がリストとして出力される。
ヒトゲノムの
”NE5A1”
のリン クをクリッック②
ヒトゲノム用のトップページ
UCSC Genome Browser のトップページ(http://genome.ucsc.edu/)
④
シス制御領域の表示③
From http://xarquon.jcu.cz/edu/uvod/09nucleus/092function/gene_activation.htm
Encode Track
のプルダウンメニューをshow
にするEncode Regulation
と書かれているところをクリックDNase Clusters をクリック
This track shows DNase hypersensitive areas assayed in a large
collection of cell types by the ENCODE project. Regulatory regions
in general, and promoters in particular, tend to be DNase-sensitive .
Txn factor ChiP のプルダウンメニュー
を full に変更して submit をクリック
イントロンの保存領域 に対応するバーを クリック
ドキュメント内
bioinfo pptx
(ページ 34-54)